另一次是鎮壓活躍于潁州、蒙城、亳州交界處的陳學曾、紀黑壯起義。據記載：

（咸豐三年三月）有巨捻陳學曾、紀黑壯等嘯聚潁州之王市集，官軍節次被挫，周天爵率編修李鴻章督團堵剿。5月初，安徽巡撫李嘉端行抵廬州，不久即將李鴻章從周天爵處調來，協辦團練。這位新任皖撫把“靖內變而御外侮”作為首要任務。周天爵把鎮壓境內以捻軍為主體的群眾斗爭叫作“靖內變”，把堵截太平軍進入安徽叫作“御外侮”。其實，本地的造反群眾已經搞得他們顧此失彼，疲于奔命，哪還有什么力量阻止太平軍破門而入呢？就在李嘉端行抵廬州不久，太平天國先后派兵大舉北伐和西征，而安徽則首當其沖。率先挺進安徽的，是以林鳳祥、李開芳為首的北伐軍。5月10日，北伐軍占領滁州，18日，北伐軍攻克臨淮關，直逼鳳陽。面對北伐軍的凌厲攻勢，李嘉端等膽戰心驚，寢食難安，哀嘆：“現在鳳陽以南均無重兵，各城團練亦單，一無足恃。”因而一面吁請咸豐速調江西、湖北官兵趕赴廬州救應，“并堵賊回竄之路”；一面表示要“號召兵勇親援鳳陽”。他令候補直隸州知州李登洲帶勇三百先行，繼令戶部主事王正誼于梁園鎮會合李鴻章，“號召練勇，勸借軍餉”，他隨后帶兵二百余名陸續進發。5月28日，北伐軍一舉攻下鳳陽。剛剛帶勇進至定遠、鳳陽交界的李登洲，忽聞鳳陽失守，手下“民夫盡逃”，又怕所帶合肥鄉勇“思歸驟散”，于是率部慌忙退卻。李嘉端“一籌莫展，五內如焚”，踟躕于護城驛。他雖然沒有勇氣率兵直逼鳳陽，但又“不能不虛張聲勢”。他令王正誼、李鴻章“分諭各團首，自店埠至麻布橋排日點驗練勇，使槍炮之聲聯絡不絕。”只是由于北伐軍繼續北上，并沒有揮師南下，李嘉端、李鴻章才得以逃脫滅頂之災。

隨后，安徽巡撫李嘉端開始指派李鴻章獨立指揮軍事。1853年6月，李鴻章手下已經擁有兵勇一千人。這些人都是李鴻章從地方團練和其他部隊征集來的。8月，在安徽北部巢縣附近，李鴻章的這支軍隊首次戰勝了一小股太平軍，使得李鴻章初博小名。為此，李嘉端還專門上奏清政府，請求給予李鴻章“六品頂戴、藍翎”的獎勵。其實，當時李鴻章雖然恪守職責，但仗卻是打得毫無章法。李嘉端為之請功，不過是老官僚為自己臉上貼金。

皇上的獎勵并沒有讓清軍的士氣有所振作。就在李嘉端為李鴻章請功后不久，太平軍大將石達開率部到達安慶，主持太平軍的西征軍事。石達開大軍所到之處，清兵潰不成軍，望風而逃。隨后，石部步步進逼，直取集賢關、桐城，呂賢基所死守的舒城危在旦夕。李鴻章慌忙在合肥拼湊了幾百兵勇，趕往舒城大營。眼看太平軍就要打進來，呂賢基做好了以死報效皇恩的準備。看到這種情況，李鴻章很是為難，他想：自己總不能和那些士兵一樣逃跑吧？可是，不跑的話自己也很難活命。在李鴻章關于逃與不逃無法決斷之際，一個叫劉斗齋的人給他解了圍，勸說李鴻章快點逃跑。開始李鴻章不好意思，也許劉斗齋已經看出了李鴻章的心思，他已經把馬牽出來了。這時，李鴻章索性上馬連夜跑回了家。11月，就在李鴻章逃跑的第二天，太平軍攻下舒城，呂賢基投水而死。次年1月，太平軍攻克廬州，新任安徽巡撫江忠源也被迫投水自殺。

咸豐帝急命福濟為新任安徽巡撫。福濟，滿洲鑲白旗人，字符修，道光進士。是李鴻章考進士時的副考官。福濟不懂用兵之道，所以到達安徽之后，立即召李鴻章入幕。福濟對李鴻章很重用，一同商量軍事大計。他對于李鴻章的每一建議，都認真考慮。由于太平軍實力雄厚，援軍和糧餉不斷，致使清軍連連敗北。福濟決計不再強行攻打，而是等待太平軍失去外援，彈盡糧絕，發生內亂時再伺機進攻。

1855年2月，李鴻章帶兵占領含山，殺死太平軍千余人，得清政府賞賜知府銜。李鴻章乘勝配合副都統忠泰攻打巢縣太平軍，雙方僵持不下。這時他接到父親去世的消息。1855年7月，李文安在合肥去世。李文安是1854年回到安徽帶團練的。當時，安徽廬州的團練在李氏父子的帶領下，整齊有序，堪稱是團練的典范。李文安身體很好，喜歡喝酒。1855年7月，酒后無疾而終。李鴻章得知父親去世的消息，悲痛萬分，急忙趕回去料理喪事。就在這時，巢縣的太平軍發動了猛烈進攻，副都統忠泰戰死沙場，全軍覆沒。李鴻章因不在軍中而幸免于難。

李文安的死，給李鴻章以很大的思想打擊，我們在李鴻章很多詩文中都可以看到他對父親的深深想念和沉沉悼念。李鴻章對父親的遺訓銘記在心，一刻不敢懈怠。1855年11月，福濟、和春等督兵勇攻陷廬州，李鴻章從戰有功，受到嘉獎。其后兵分兩路，西南直指舒城、三河、廬江等地；東南則進犯巢縣、和州、東關等地。這次戰役除了舒城小勝之外，其他各地均以失敗告終。李鴻章參與的東南戰事，也是一路潰敗。他極為郁悶，以詩賦志——

四年牛馬走風塵，浩劫茫茫剩此身。

杯酒藉澆胸磊塊，枕戈試放膽輪囷，

巢湖看盡又洪湖，樂土東南此一隅。

我是無家失群雁，誰能有屋穩棲烏。

其悲涼之情，溢于言表。1856年9月，太平天國發生空前內訌。福濟、和春等趁機督軍打通廬州東南和西南通路。李鴻章參與了巢縣、和州、東關等戰役，因有功而加按察使銜。1857年2月，太平軍的青年將領陳玉成和李秀成又向安徽北部發動進攻，攻克桐城、舒城等地。李鴻章部潰敗，他帶領母親倉皇北逃。1857年秋，李鴻章向清政府請求為亡父丁憂守制。因為李鴻章征戰有功，清政府將李鴻章交軍機處記名，等到有道員缺出，給予簡放。就這樣，李鴻章結束了五年的團練生涯。

在李鴻章幫辦團練的過程里，既有不知所措的迷茫和困惑，又有實踐中的探索和積累。他雖然有“專以浪戰為能”的不良記錄，以及“翰林變綠林”的惡名；但是從清朝統治階級的立場來看，他的確在為維護大清帝國的江山而苦斗不已。

在五年的“牛馬走風塵”里，李鴻章逐漸懂得了一個道理：為將之道，在于洞察先機，真正做到知己知彼才能百戰不殆。不能在乎一時的成敗，要通觀大局，萬萬不能逞匹夫之勇。而對自己潰敗的種種經歷，落魄倉皇的心情，李鴻章是深感羞愧的。這種羞愧，比起他在仕途上不盡如人意的坎坷，更深刻地刺痛著他的心。這種羞愧感并不會因為受到朝廷的幾次嘉獎便能平息。

1859年1月，李鴻章投到曾國藩的門下做了一名幕僚。曾國藩和李鴻章除了早年在京城的多次會晤，一直有書信往來。當時李鴻章的哥哥李瀚章在曾國藩統率的湘軍里做事，很受曾國藩的重用。

就在李鴻章幫辦團練期間，曾國藩多次寫信給李鴻章，直接建議他效仿湘軍的成功經驗，別開生面地鍛煉出一支有戰斗力的隊伍。李鴻章的守制丁憂即將結束時，一次次盤算著出路。漫漫人生無常，冷冷官場無情！這么多年來的閱歷告訴李鴻章，那無法預測的政壇風云變化和人物沉浮獎懲，說到底還是人際關系的爭斗。把握好可以依靠的人，才是最為關鍵的。此時同是回家為父守制結束的李瀚章，被曾國藩派到江西總理糧臺事務。臨行，身為長子的瀚章決定帶著母親一起去南昌任上。李瀚章攜母走后，太平軍再破廬州。李府祖傳宅院盡為太平軍燒毀，家中所藏也被掃蕩一空。看著殘垣斷壁，看著家宅被毀的痕跡，看著驚慌失措的家眷，李鴻章不禁又想起父親“此賊不滅，何以家為”之遺訓，心中蔓延著無盡的悲凄。

無家可歸進曾府

1859年1月，懷著悲涼心情自稱“書劍飄零舊酒徒”的李鴻章，終于受到命運之神的眷顧，從一個潦倒失意客一躍而成為湘系首腦曾國藩的幕賓，從此他的宦海生涯又翻開了新的一頁。

李鴻章無家可歸，只好收拾簡單的行囊攜帶老婆孩子出逃。他輾轉來到南昌看望母親，在哥哥的幫助下，他見到了在建昌的曾國藩。當時曾國藩的局面也不好，正面臨三河慘敗的情勢。雖說湘軍在曾國藩的帶領下是兵多力壯，一派朝廷之師的威武氣象，但湘軍旗下真正可用的人才并不多。曾國藩迫切需要一個得力的助手，一個有才華、善通變，能夠處理具體事務的干將。而此時，在李瀚章的安排下，曾國藩驚奇地發現，端坐他面前的李鴻章言談舉止卓越超群。他那評判政事的尖銳深刻，那軍旅生涯磨礪出的求真務實，那敢于面對失敗的勇氣，那追求上進施展才華的抱負，都讓曾國藩欣賞有加。曾國藩知道，現在的李鴻章，已經不再是京城翰苑中的那個文弱書生，他的身上既增添了幾分成熟，又激蕩著年輕人的豪氣，同時也有渴望干一番大事業的雄心壯志。這次會面之后，曾國藩決定把李鴻章留在身邊。于是，李鴻章成為曾國藩的幕僚，并從此開始了他們師生之間長達數十年的共事之情。

1853年，曾國藩以在籍侍郎的身份，受命幫辦湖南團練事宜，他看出“兵伍不精”是清王朝的大患之一，決心獨樹一幟，改弦更張，編練一支新式武裝，以挽救清朝統治。1854年2月，他編成并督率湘軍水陸兩軍，沿湘江北上抗拒太平軍。湘軍有別于清朝常備軍，它是漢族地主武裝，“以招募易行伍，盡廢官兵，使儒生領農民，各自成營”。曾國藩“在京官時，以程朱為依歸，至出而辦理團練軍務，又變而為申韓。”他采取傳統的“以上制下”的戰略方針，先清兩湖，穩定后方，繼而把軍鋒指向江西和安徽。1858年七八月間，曾國藩先后奉命馳赴浙、閩，進擊分裂出走、放棄江西根據地、盤旋浙閩的石達開部太平軍。10月，他率部到達建昌，未及入閩，石達開部即由閩入贛，轉進湖南，鋒銳大挫。是時江南軍情漸松，而江北卻風云突變。面對江南、江北大營進逼天京，湘軍圍攻安慶、三河，威逼廬州的嚴峻形勢，陳玉成、李秀成兩支太平軍主力聯合作戰，首先摧毀江北大營，解除天京北面威脅，繼而在安徽三河全殲李續賓所部湘軍精銳六千余人，擊斃李續賓和曾國藩胞弟曾國華以及文武官員四百多人。包圍安慶的湘軍，見勢不妙，慌忙逃跑，安慶之圍不戰而解。曾國藩因“江北軍情變幻”而驚恐萬分，哀嚎“嗚呼慟哉！”12月奉命移師援皖。

在這種形勢下，李鴻章趕到建昌拜訪了曾國藩。李瀚章是為他們牽線搭橋的人，李瀚章于1849年以拔貢朝考出曾氏門下，1853年署湖南善化知縣，當時在衡陽帶兵的曾國藩檄調來營，襄辦糧臺，遇有戰陣，也督隊指揮。曾國藩稱贊他“內方正而外圓通，辦事結實周詳，甚屬得力。”1857年1月，湘軍糧臺裁撤，歸并江西省局，瀚章回籍為其父守制，安徽巡撫福濟奏留辦理團防捐務。1858年，曾國藩檄調瀚章赴江西總理糧臺報銷，瀚章遂奉母同住。曾國藩十分器重瀚章，而瀚章也把曾國藩倚為靠山。瀚章既經常向曾國藩通報鴻章在皖情況，有時甚至將其弟家書轉呈曾國藩過目；又時時向鴻章介紹曾國藩的宦海浮沉并吹捧其道德學問。瀚章在其弟與曾國藩之間起著溝通情感、增進了解的作用。時值鴻章到南昌看望老母，曾國藩便乘機通過瀚章邀請鴻章前來會晤。1858年12月，曾國藩函告友人說：“筱泉家被賊焚劫，挈眷至南昌，日內亦即來營，少荃亦約來此一敘。”曾國藩與李鴻章早就結下了師生之誼，曾國藩稱譽弟子為“偉器”，李鴻章敬佩其師如“神圣”。他倆有相似的追求：撲滅太平天國烈火、維護清朝統治以期封侯蔭子、光宗耀祖；又有相互利用之必要，曾國藩希望借助李鴻章之才以成“大業”，李鴻章企圖依靠曾國藩援引以立功名。

對李鴻章的才識，曾國藩早有所知，但認為他性情不穩、妄自尊大，所以故意不見他。一個多月后，李鴻章又托人說情，曾國藩說道：“李鴻章也是翰林，志大才高，我這里局面窄狹，只是一條淺溝，容不下他這條大船呀，他何不回京供職？”經反復說情，李鴻章終在1859年1月入曾國藩幕，成為曾的幕賓。其實，曾國藩并非不想要他，只是想打一打他的傲氣，讓他更加內斂沉穩。