李鴻章在奏折中還闡述了關于海防的具體實施辦法。提出中國應以陸軍為主，海軍設立南洋、東洋、北洋三支水師。左宗棠提出不同的意見，他認為，現在大清國應該實施“東則海防，西則塞防，二者并重”的意見。他認為，如果設立三支水師，那么將導致領導的不統一，三支水師會各自為政。他建議，海軍應該統一領導。

李鴻章和左宗棠的分歧在于，李鴻章認為西北塞防可有可無，甚至可犧牲新疆作為代價。而左宗棠認為西北邊疆十分重要，塞防不固，則西北屏障盡失。當時清政府面對的局勢是沙俄侵占伊犁，阿古柏占據新疆，收復新疆迫在眉睫。1874年底，同治帝病死，光緒帝繼位，慈禧再次垂簾聽政。次年，海防討論進入了廷議階段。以奕為首的總理衙門既沒有采納李鴻章的意見，也沒有贊同全力注重西征的主張，最后作出“海防”“塞防”并重的方針。令李鴻章負責海防，左宗棠去負責“塞防”問題。

左宗棠在稍后的奏折中，看似支持朝廷意見，實際是主張全力西征。在他看來，海防沒有現實的危險，“竊維泰西諸國之協以謀我也，其志專在通商取利，非必別有奸媒……商賈計日求贏，知敗約必礙生計也，非甚不得已，何敢輒發難端。自輪船開辦，彼挾以傲我者，我亦能之；而我又博心抑志，方廣求善事利器益為之備；謂彼猶狡焉思啟，顧而他之，似亦非事理所有。”顯然，左宗棠認為西方各國無意侵犯，而中國已有足夠的準備，海防不足為慮。言外之意就是應該全力西征。

李鴻章則認為當時的主要危險來自漫長的海疆，尤其是京津和滬寧是國家的腹心所在，一定要以海防為重點。但是，李鴻章沒有考慮到，西陲有事應在短時間內集中人力物力先行解決。左宗棠的成功就在適應了這一需要，雖然他對海防形勢的估計未免過于樂觀。當時清政府的財政非常困難，只好把能夠動用的財力主要用于西征。李鴻章在“海防大討論”以及后來關于海軍海防問題上的竭力倡言，為近代中國海軍海防建設起到了有力的推動作用。

在以李鴻章為代表的務實派高級官員們的努力倡導下，清政府建成了福建、北洋、南洋和廣東4支小規模的海軍艦隊。然而，法國侵華遠征艦隊于1884年8月中法馬尾海戰中，竟然全殲了最早組建的整個福建海軍。中法戰爭剛一結束，光緒帝就鄭重發布了大力擴充海軍的上諭：“自海上有事以來，法國恃其船堅炮利，橫行無忌。我之籌劃備御，亦嘗開立船廠，創立水師。而造船不堅，制器不備，選將不精，籌費不廣。上年法人尋釁，迭次開仗，陸路各軍屢獲大勝，尚能張我軍威；如果水師得力，互相援應，何至處處牽制。懲前毖后，自以大治水師為主！”隨即，光緒帝下諭設立了總理海軍事務衙門，簡稱海軍衙門。

海軍由此成為國家的正式軍種，近代中國的海軍海防事業開始步入正軌，開始了新的發展時期。光緒帝的生身父親醇親王奕譞親自出任總理海軍大臣，而一直力主大舉興辦海軍的李鴻章出任會辦海軍大臣，具體掌管全國海軍海防建設大業。

李鴻章在擔起籌建北洋水師的任務后，全身心投入海防建設，購買船艦，興辦水師學堂，建設大沽口、旅順口、威海衛軍港基地，起用著名科學家徐壽之子徐建寅等一大批中外專業人才。光緒元年（1875年），日本入侵中國的另一個藩屬國朝鮮，第二年逼迫朝鮮簽訂《江華條約》，解除中國與朝鮮的宗藩關系；光緒五年（1879年），日本吞并琉球，改設沖繩縣。慘痛的事實一次次震動著清政府朝野，從而也促進了海軍建設的加速。尤其是中法戰爭期間，馬尾軍港被法軍炸毀，福建水師全軍覆沒，促成了海軍衙門的建立，慈禧命醇親王奕譞總理海軍事務，慶郡王奕劻、李鴻章為會辦，漢軍都統善慶、兵部右侍郎曾紀澤為幫辦，其陣容相當龐大，而李鴻章則是北洋海軍的實際權力掌握者。

要建立近代海軍，必須解決船艦問題。李鴻章最初主張自己制造，后來轉向從英國和德國買船為主，造船為輔的方針。因為當時在中國造船，造價要遠遠高于從國外買船。李鴻章在買船的同時，還將閩滬兩廠制造的一些輪船調入北洋海軍。除了船艦之外，還須建立海軍基地。李鴻章在大沽建造了船塢，在旅順口修建了口西、口東海岸炮臺，陸路炮臺，還有大連灣炮臺；在威海衛岸上的要隘建立炮臺，在水面建筑鐵碼頭。一時間，威海衛堪稱“東海屏藩”。旅順口和威海衛由此成為北洋海軍的基地，守衛著渤海和天津。李鴻章還意識到要培養一大批海軍人才。福建船政學堂的學生，幾乎都被李鴻章所用。此外，李鴻章還雇傭了一批洋人擔任技術人才。

此時，威妥瑪希望英國軍官能夠獨攬對北洋海軍的教習任務，遭到了李鴻章拒絕。李鴻章一直采用英國軍官和德國軍官并用的原則，使得列強沒有能夠達到控制中國海軍的目的。1888年10月，在李鴻章的苦心籌辦下，海軍衙門上奏慈禧太后并獲準頒行《北洋海軍章程》，標志著北洋海軍正式組建成軍。

這是近代中國海軍海防事業發展的輝煌頂點。由于北洋海軍的龐大陣容，中國海軍作戰艦艇的總噸位達到4萬多噸，一度躍居海軍世界大國的行列，在亞洲地區則是首屈一指。北洋軍事工業的重要企業為旅順魚雷制造所。

北洋海軍的建設一直以日本為假想敵，到甲午海戰之前，其實力已經達到了當時世界的領先水平。但是，在這個過程中，也充斥著清政府內部的派系斗爭，北洋海軍在很大程度上存在著諸多致命弱點。如在防御體系的建設、海軍的訓練以及軍隊的體制等問題上都存在很多問題，尤其是在經費問題上，慈禧太后多次挪用海軍經費修建頤和園、舉行壽慶活動，更有戶部尚書翁同龢不但處處為李鴻章設置障礙，還公開反對北洋水師建設，拖欠、拒絕給付海軍經費。因為財力的限制，中國的海軍遠遠無法和外國的軍隊抗衡。李鴻章曾經感嘆道：北洋只有半支海軍。不久之后，李鴻章的擔憂真的變成了殘酷的現實，那就是甲午海戰的失敗。一系列問題導致了中日之爭的最后結果——北洋水師在甲午海戰中以慘敗告終。

心狠手辣殺降將

從1863年初到1864年5月，李鴻章率領淮軍一路收復昆山、常熟、蘇州、常州，向世人顯示了這支軍隊的作戰能力。在此期間，“常勝軍”也協同淮軍一起作戰，但都是遵從李鴻章的部署。1863年11月，李鴻章親自率軍攻打蘇州，與忠王李秀成部抗衡，雙方相持不下。此時，太平軍內部一些動搖分子產生叛降之念。當戈登率領的“常勝軍”攻城陷入埋伏之后，太平軍將領納王郜永寬等為了贏得叛降的資本，故按兵不動，放了戈登一馬。否則，戈登必然全軍覆沒。李秀成見力敵無望而率軍撤退，把守城的任務交給了慕王譚紹光。淮軍副將鄭國魁是郜永寬的結拜兄弟，在程學啟的鼓動下，鄭國魁對郜永寬做了許多勸降工作。一天深夜，在蘇州附近的湖上，郜永寬等人秘密和程學啟簽下協議，由戈登作證，商議投誠事宜。

李鴻章得知消息后，一面安撫戈登，讓他在北門外待命；另一方面假意接受郜永寬等人的投誠。李鴻章之所以假意接受他們的投誠，是因為郜永寬等人要以殺死堅決守城的譚紹光為條件，自己仍然率舊部留守蘇州。當時太平軍在蘇州城內約有十萬余人，他們答應讓出蘇州城的一半給清軍，而自己的部隊不能被拆散，要保持整個建制編入淮軍。程學啟看到他們這樣的條件，于是向李鴻章獻計，將降將殺掉。李鴻章認為，他們幾人今天能降我，明天也可能降他人。如果他們投降之后再反叛，我豈不是自討苦吃？如果不允許他們自帶舊部，那么蘇州城仍然不可得。所以，他依了程學啟之計，在蘇州城外威武的座船上大擺鴻門宴，乘機將投誠的太平軍八大降王一并殺掉了。

曾國藩對此事評價說，李鴻章心狠手辣，眼疾手快。李鴻章在其他事情的處理上也有類似的做法，有人說這是“厚黑”。李鴻章做事通常比較注重結果，而不在意過程，這也算是他的某種風格吧。

滅東捻封賞太低

在湘軍攻陷天京之后，曾國藩與清政府的關系驟然緊張起來。清政府深切地感到自己統治的最大威脅并不是太平天國余波，而是手握重兵、廣攬利權的曾國藩。當時曾國藩總督兩江，督辦江、浙、皖、贛四省軍務。他所創建的湘軍已增至30萬眾，他直接指揮的湘軍包括其嫡系曾國荃部在內亦多達12萬人。他還控制著皖、贛等省厘金和數省協餉。他因“用事太久，兵柄過重，利權過廣，選者震驚，近者疑忌”。而權勢遠在曾氏之下的左宗棠、李鴻章等同清政府的矛盾則降到次要地位。清政府為了防止曾國藩的權勢繼續膨脹而同自己分庭抗禮，便采取了壓抑曾國藩兄弟，扶植左、李等人與之抗衡的分而治之的策略。1864年11月6日，即在湘軍攻陷天京尚不到4個月的時候，清政府突然命令曾國藩前往皖、鄂交界“督兵剿賊，務其迅速前進，勿少延緩”，而改派李鴻章署理江督事。曾的幕僚趙烈文為此發出“殊咄咄可怪”的驚呼，曾國藩本人也“意殊寥落”。雖然不及一月清政府就收回了成命，但此舉卻是明顯的揚李抑曾。

曾國藩太精于權術，也深諳官場之道。“功高震主”這四個字不時地敲擊著曾國藩的心。他不由得琢磨起后路來。

曾國藩開始主動裁撤湘軍，以保住清政府對他的信任。他還希望通過保留李鴻章的淮軍，作為自己和清政府之間平衡的砝碼。曾國藩把手中的12萬人分給了左宗棠、沈葆楨二人，對于朝廷最為擔心的曾國藩的嫡系部隊（即胞弟曾國荃所部），曾國藩也進行了大批裁撤，并安排曾國荃以生病為借口回老家調養。

1865年5月，清政府的“剿捻”統帥僧格林沁在山東菏澤全軍覆沒。僧格林沁死在一個十幾歲的童子兵張皮梗的手下，場面煞是驚人。清政府馬上任命當時為兩江總督的曾國藩為欽差大臣北上督師，讓李鴻章以江蘇巡撫署理兩江總督。這意味著李鴻章即將掌握兩江的軍權和政權。李鴻章在各方面給曾國藩的剿捻活動以支持。首先是在兵力上，湘軍已經被裁撤的差不多了，李鴻章調給曾國藩33個營的淮軍，又派出10個營的精銳部隊航海前往天津然后轉戰到景州、德州。李鴻章在糧餉上也給予曾國藩很多支援。他知道，在“剿捻”的大計面前，湘軍和淮軍必須團結一致。

曾國藩的此次剿捻，先后調集淮軍6萬。這些淮軍一律裝備著洋槍洋炮，還有堪稱完備的獨立炮隊。可是，曾國藩在指揮淮軍時卻很不靈光，因為淮軍只聽從李鴻章的調遣，而這一點他并不是不知道。曾國藩心中即使有一些怨恨和牢騷，也只好徒自興嘆。他此刻最大的感嘆，就是湘軍的盛況已去……曾國藩剿捻并不盡如人意，1866年9月，捻軍大破開封附近湘軍戰線。曾國藩得知后，十分憂慮，一下子病倒了。曾國藩給朝廷寫了請罪書，還把李鴻章叫到身邊幫忙。可是，清政府卻發來了圣旨，讓曾國藩返回兩江總督任內，令李鴻章為新的欽差大臣，接替剿捻重任。曾國藩臉都氣紫了，真是太有失顏面了。他為了平衡心態，一再要求留下來維持軍心，可是清政府卻讓他趕快回到兩江去。

1866年12月12日，清政府實授李鴻章為欽差大臣，專辦“剿捻”事宜，李鴻章成為“剿捻”主帥。

李鴻章派人到曾國藩那里去取大印，曾國藩本來就生著病，看到此景格外感傷和落寞。他無奈地說：“這么快就拿走了？我還以為得辦個交接儀式呢！”

李鴻章接任后，得意忘形，根本沒有把捻軍放在眼里。不久，他就嘗到了接連四次潰敗的苦滋味。這四次分別在羅家集、倒樹灣、尹隆河、六神港。捻軍突破曾國藩的河防之后，在1866年10月分為東西兩部：賴文光和任化邦率東捻軍在河南活動，張宗禹率西捻軍攻打陜西。

捻軍和太平軍不同，他們人數較少，沒有根據地，作戰靈活，采取游擊戰術。湘淮軍則人數眾多，調動起來很困難，經常被捻軍牽著鼻子走，疲于奔命。和李鴻章交手的東捻軍將領賴文光足智多謀，任化邦驍勇善戰，二人配合得相當默契。淮軍各營統率又各自為政，爭功心切，互不相幫。所以，李鴻章吃了不少苦頭。李鴻章吸取教訓，重新改組隊伍。他把淮軍改編成四支精銳部隊，即銘、武毅、鼎、勛四個營。此外，李鴻章還增加騎兵的力量，嚴加訓練。因為捻軍在北方平原上慣于騎馬，來去無蹤，飄忽不定，淮軍的騎兵怎么也追不上他們。

為了盡快地訓練騎兵，劉銘傳采取了一個辦法。他把一個金元寶吊在大營門口，并點上一炷香。下令說，在一炷香的時間里繞著營盤騎馬跑三圈，誰第一個到達就給誰這塊金子。這個辦法十分有效，騎兵們奮勇操練。三個月之后，跑得最快的兵士，已經能在一炷香的時間里，繞著十四個營盤跑三圈了。