（三月戊申），兵部覆都給事中張鹵奏「請申明閩廣巡按、紀功御史職掌」：『每當用兵，以調度機宜責之巡按，以隨軍按錄功罪責之紀功；俱不令兼制。差期，俱以一年而更。又玄鍾參將當令兼攝漳、潮交會地方，以兵往來黃岡、柘林、大城、南澳間，而嚴盜賣火藥之禁。其有奸民與賊通者，本犯凌遲，全家處斬；比鄰不舉者，謫戍』。上命如議行之。
庚戌，錄閩、廣協剿海寇吳平功，命原任巡撫都御史聽調汪道昆候缺推用、升福建總兵戚繼光右都督，各賞銀、幣；升前海道右參政周賢宣等俸一級，仍與把總胡世等各賞銀有差。
戊辰，海賊曾一本勾引倭寇犯廣東，破碣石、甲子諸衛所，官軍御之無功。雷瓊參將耿宗元御下素嚴，及是聲言欲斬敗將；周云翔、廖鳳、曾德久、廖廷、相云翔等大懼，乃謀作亂。會宗元閱兵于教場，云翔等忽鼓噪躍起，手刃宗元、執通判潘槐以叛，遂與賊合。已而潘槐自賊中誘擒廖鳳，獻之巡撫都御史熊桴所：桴具以聞。給事中張鹵因劾桴解紛無略、抵飾虛詞，而原任總督張瀚候代未行、坐視不省，及總兵郭成逗遛潮陽、按察司副使張子弘監督無狀；乞并議罰。得旨：『瀚降一級聽用；桴等俱住俸，戴罪剿賊』。
（五月辛亥），初，廣東叛將之殺耿宗元亡入賊巢也，賊屯兵平安山、大峒等處，入掠海豐縣，從鹿境渡河。會總兵郭成等方率兵進剿，而南贛巡撫張翀亦遣參將蔡汝蘭等兵至；于是共趨大浦白云屯以入平山，夾攻之。凡月余，各部共擒斬一千三百七十五人——內生擒真倭酋丘古所一人，從倭一百余人，奪歸被虜通判潘槐而下六百余人；叛將周云翔潰圍出走，成部卒擒之。捷聞，上命先賞，蔡汝蘭而下兵部議功。至是，部言：『郭成、蔡汝蘭執訊獲丑，張瀚、熊桴運籌制勝，張翀救災恤鄰，其功俱宜先敘；而藩臬有司官張子弘等、坐營守備李峨等二十四員并其余獲功官兵，乞行紀功御史勘奏。丘古所及周云翔等即令梟示，以正國法』。得旨：『張瀚復原職聽用，熊桴等俱開俸；桴仍與郭成、張翀各賞銀三十兩、纻絲二表里。余悉如議』。
（乙卯），升賞福建南澳等處地方獲功陣亡、被傷官軍民兵胡世等五百九十九人。
六月癸酉朔，總督兩廣、福建軍務都御史劉燾條上廣東賊勢及兵食至計言：『廣賊有五種：其首惡，曾一本及碣石殘倭，流毒最甚；亟宜殄滅。其次，則沿海通賊居民；若一概誅剿，則既絕其可生之路而益堅其從賊之心。請揭榜曉諭，許其自新；
不悛，乃重置之法。其次，山賊黎汝誠等；撫之固無所顧忌，剿之亦不可勝誅。宜撫剿并行，殄其首惡，則余黨自可傳檄而定。其次，撫賊林道干，叛服不常，固有養虎遺害之憂；然業已聽撫，又立功海上，宜察其果無異志，即當推心置腹，勿使自疑。此三種者，皆可以計定，而不可以兵劫者也。其目前平寇之計有二：一、厚賞格以勵士氣——查得原議賞格，凡斬賊一顆，賞銀二兩；斬獲曾一本，升職一級：軍中咸以為輕。乞仿征蠻事例，一人自擒斬三名顆、四名顆、五名顆者升實授一級，不賞；六名顆以上者亦升一級，余功扣賞。領軍、領哨等官，部下擒斬一百名顆升署一級、三百名顆升實授一級，俱不賞；四百名顆以上亦升一級，余功扣賞。例應賞者仍量賊大小、成功難易，分為下、中、上、奇四等給散。有斬獲曾一本者，若平民即升授指揮僉事、指揮即加升都指揮使，俱準世襲；仍照前議給賞。一、積糧餉以裕兵食——前者，兵、戶二部已發銀十萬兩；今調兵數多，饋餉猶恐不給。乞令戶部移文督責各省原貸廣中軍餉銀兩速行補還，并南京戶部再發公帑五萬兩助給』。兵部覆奏，得旨：『如議』。
（七月）甲午，廣東巡按御史楊標言：『海賊曾一本雖已會師夾剿，而他寇尚多；如林道干最號黠狡，及林容、程老、王老等皆四出鹵掠。宜乘勝蕩平，勿貽將來之患』。兵部覆如標言，上然之。
（八月丙午），福建巡按御史勘報澳頭等處失事狀，福寧衛后所副千戶劉應謙以城陷論斬，指揮楊涌等降、罰有差。
（癸丑），錄平閩、廣巨寇曾一本功，升總督兩廣、福建軍務右都御史劉燾為左都御史，巡撫福建右僉都御史涂澤民、巡撫廣東右僉都御史熊桴俱右副都御史，蔭一子入監讀書，督、撫如故；廣西總兵都督同知俞大猷為右都督，福建總兵都督僉事李錫、廣東總兵都督僉事郭成俱署都督同知，原任參將王詔實職三級，副使柴淶、廣東海道僉事楊芷、監軍副使江一麟各一級，及福建三司、府州縣官陳典等二十三人各賞銀、幣有差。死事把總胡世、趙紀、哨總王宗瀛等各贈官，立祠享祀，仍升其子官二級。軍士死創者，人給銀伍兩。命紀功御史王宗載、參贊主事王俸還京；仍賜兵部尚書霍冀銀三十兩、纻絲二表里，侍郎曹邦輔、曹亨銀十五兩、一表里，職方司郎中孫應元十兩。先是，一本劫掠閩、廣間，勢益猖獗；上命燾兼兵部右侍郎往督三省師，又調大猷率兵會閩、廣夾剿。六月，大猷及錫先與賊遇于柘林澳，三戰皆捷，俘斬甚眾；賊遯入馬耳澳，整眾復戰。會成及詔率廣東兵至，次萊蕪澳，分三哨進攻。一本勢窮，自駕大舡戰益力；成等復敗之，遂焚其舟，賊多赴水死。詔生擒一本及其妻鄭氏并族黨尾叔等，斬首五百余級；賊平。督、撫官以捷聞，兵部以閩、廣諸將相為掎角，功當并敘；故有是命。一本尋死，仍磔其尸，并尾叔等梟首以徇。
（十二月庚子），以廣東潮州府擒剿林樟等巢賊首郭明等功，賞總兵郭成、兵備僉事楊芷、監軍副使江一麟等銀兩有差。
初，潮、揭、浦、惠諸縣山賊依險為巢者以百數，郭明據林樟巢、胡一化據北山洋、陳一義據馬湖寨，聲勢相倚；屠戮劫虜，蓋二十年。是年九月，成等率官軍分部進剿，明及一化、一義并伏誅，斬首及俘獲者一千三百有奇；諸巢悉平。至是，總督劉 燾奏捷；且言撫民林道干等實用命，宜許贖罪。上既賞成等，而命御史勘道干功狀以聞；又以廣中山寇尚多，飭燾等亟為剿滅，毋玩愒養寇，以貽民患。
辛酉，琉球國中山王尚元遣其臣守備由必都等歸我日本虜去人口，守臣以聞。上嘉尚元虔效忠誠，賞銀五十兩、彩緞四表里，仍賜敕獎勵；由必都等各給銀、幣有差。
（隆慶四年正月戊寅），總督兩廣、福建都御史劉燾奏「討平海寇林容等功」，命賞兵備張士純等銀兩有差，磔賊首林容等于市。容，本海寇吳平殘黨，巢聚西海，劫掠為患。與曾一本殘黨許瑞相攻于吳川赤水海面，容敗被執；瑞遂因容所虜千戶朱本源求撫，獻容等首從三百余名、被虜教官謝贊、謝式、謝庠、陳漸階、生員周坦等男婦四百余名。事聞，兵部因請釋瑞勿誅，許其立功自效。報可。
（八月丙申朔），以福建山海寇警，免福州、興化、泉州、汀州、漳州五府、福寧州、福清、同安、惠安、漳浦、詔安、上杭、寧德七縣正官朝覲。
（隆慶六年二月庚戌），先是，廣東惠州海賊六百余人破甲子門所，殺千戶董宗儒及軍民二百余人，掠二百余人以去，撫寇朱良寶等遂反；名色把總韓國、李時魁領兵御之，賊夜襲破國等于程洋崗寨，殺二十余人、虜六百余人。至是，巡按御史趙焞勘上其事，請治百戶吳一道等、千戶田于藩等、指揮李臣、經歷郭標及國等失事罪，并罰治碣石右寨把總白玉及海防僉事金柱等；且言：『甲子門所城十年三陷，幾為丘墟；而程洋崗等寨切近寇巢，民不安枕。況海倭無歲不來，而撫寇桀驁日甚。
乞責督、撫官亟圖善后之策』。兵部覆奏，上是焞言。命停玉等俸三月、柱等二月，下一道等御史問。
（閨二月甲申），命南京右軍都督僉書右都督俞大猷充總兵官，鎮守福建并浙江金、溫等處。
（三月己丑），提督兩廣軍務右侍郎殷正茂奏：『撫民許瑞出兵攻剿倭寇，生擒七十八人，斬首二十五級；請授把總職銜，以示優異』。兵部謂「廣盜未靖，姑厚其賞；令盡剿諸賊，乃并授官」。命如部議。
（五月戊戌），廣東海賊李茂破樂會縣，乞招降；守臣欲許之，科臣梁問孟等以為不可。兵部言：『李茂本以林容余黨攻毀縣城，罪在不赦；豈可聽其甘言單詞茍安目前，重貽后患！宜令提督侍郎殷正茂詳議，或陰假「招安」以為擒剿之圖，無墮賊計』。上是之。