三年庚午（日本寬永七年）：先是，芝龍舊黨李魁奇再降再叛（明史），遂聚大小戰(zhàn)船數(shù)百橫行海上，連破吉丫、小二城，燒毀民屋殆盡（武經(jīng)開宗）。熊文燦輕敵戰(zhàn)敗（據(jù)明史紀事本末吳旸語）。芝龍偕芝虎乘其不意，星夜水陸并進，遂擒之（武經(jīng)開宗。按明史紀事本末云：「芝龍忌魁奇，斬之」；且系之二年條，今不并取矣）。海警漸息，而海盜鍾斌又起（明史。武經(jīng)開宗，「斌」作「進」。明史又作「鍾凌秀」）。自閩海至廣東澳，所在侵略；之浙江，誘官軍敗之，總哨皆陣沒（綏寇未刻編）。后就撫，復(fù)叛，寇福州（明史）。肆妨商販，居民被害甚慘（武經(jīng)開宗）。文燦誘而遣泉州（明史、明史紀事本末），芝龍迎擊敗之；既而蹙之大洋，斌投海死。數(shù)平閩中巨寇，芝龍力也（明史），以功任都督（鄭成功傳）。文燦亦敘功增秩（明史）。
四年辛未（日本寬永八年），正月，帝召廷臣及各省監(jiān)司議海寇備御，福建布政使吳旸曰：「海寇與陸寇不同，故權(quán)撫之；但官兵狃撫為安，賊又因撫益恣，致數(shù)年未息」。陸之祺曰：「海上官兵肯出死力，有司團練鄉(xiāng)兵多設(shè)火器，以守為戰(zhàn)，剿之不難」。廣東布政使陸問禮曰：「廣東寇俱自福建至，舟大而多火器，兵船難近，但守海門，勿令登陸，則不為害」（明史紀事本末）：皆無奇策。二月，擢文燦兵部右侍郎兼右僉都御史，總督兩廣軍務(wù)兼巡撫廣東。時鍾斌余黨入長汀，轉(zhuǎn)掠江西屬邑；文燦檄芝龍，芝龍擊破之（明史）。長沙人洪云蒸窮追，盡覆其巢穴（明史）。
五年壬申（日本寬永九年），十一月，劉香犯福建小埕，芝龍時為游擊，擊走之（明史紀事本末）。
六年癸酉（日本寬永十年），路振飛巡按福建，香數(shù)勾紅夷入犯。振飛懸千金，勵將士，遣芝龍大破之。初，振飛論海賊狀，謂維璉不能辦，維璉罷去；及奏捷，力奏其功，復(fù)召用（明史。明史紀事本末云：「香侵長樂」）。
七年甲戌（日本寬永十一年），四月，香復(fù)犯海豐（明紀編年、明史紀事本末），閩、粵、江、浙靡有寧日（武經(jīng)開宗）。帝以責(zé)文燦。文燦不能討，乃議招撫（明史）。令守道洪云蒸、巡道康承祖、參將夏之本、張一杰入賊舟宣諭，俱被執(zhí)。燦懼罪，誣奏「云蒸等信賊自陷」（明史、明紀編年、明史紀事本末）。給事中朱國棟劾之（明史）；帝謂：「賊受撫，自當(dāng)聽其輸誠，豈有登舟往撫之理？弛備長寇，尚稱未知，督臣節(jié)制何事」？命巡按御史確核以聞（明史紀事本末）。詔貶秩，令戴罪自效（明紀編年、明史紀事本末）。
八年乙亥（日本寬永十二年），四月，文燦欲以芝龍為援擊香，維璉等以香與芝龍有舊，疑不遣，曾櫻以百口保之（明史）。芝龍奉命，合粵兵擊香（明史紀事本末）。芝龍既奉命，造巨艦于五羊城南；香偵知戰(zhàn)艦未成，大驅(qū)數(shù)百艘直突河下。芝龍即令沿河設(shè)兵，與芝虎領(lǐng)戰(zhàn)艦數(shù)十以迎。交戰(zhàn)之際，燒己艦以燒寇艦，令兵各以腰牌為號，火發(fā)齊投水中。寇亦投水。四圍小舟見牌號救之，無者斬殺，香逃去（武經(jīng)開宗），芝龍追迫于田尾遠洋（明史、明史紀事本末）。香脅云蒸出于舟中，令止兵；云蒸大呼曰：「我矢死報國，急擊勿失」！遂遭害（明史、明史紀事本末、武經(jīng)開宗、綏寇未刻編）。芝龍揮淚激勵三軍，追兵大進（武經(jīng)開宗）。香勢蹙，自焚溺死。承祖等脫歸（明史、明史紀事本末、綏寇未刻編。談往曰：「香恨芝龍數(shù)困己，窺其在漳鎮(zhèn)，欲遣心膂徒殲芝龍室；芝龍迎而佯歡，飲以酒殺之；開船而詣香居，為再共事者（？）而斬殺」。與諸說異）。茲役也，芝虎竊隱于帆末，風(fēng)轉(zhuǎn)及香船，大呼飛下，擊殺幾盡。芝虎勇悍，聲如乳虎，每戰(zhàn)深入，終戰(zhàn)歿矣（鄭成功傳）。浙西大盜屠阿丑與香老合謀，至是擒斬（菊泉集）。香余黨千余人詣?wù)憬瓪w款，海盜悉平（明史），通販益便（談往）。臺灣商船歲詣日本，至成功時以為常（華夷變態(tài)）。先是，萬歷三十八年庚戍（日本慶長十五年），幕府令執(zhí)政本多正純移牒于福建總督陳子貞，言通信使，且令商賈交易；其書有言：「我國家又安，財貨饒足，朝鮮致貢，琉球稱臣，諾蕃麕至」。子貞讀至是，怒謂「日本待我以夷狄歟」！不報；止許通販（國史）。萬歷三十九年辛亥（日本慶長十六年），明人至駿府，幕府命令外國船皆來長崎。明年（日本慶長十七年），芝龍父紹祖及祖官來謁幕府于駿府，幕府親問以外國事，紹祖獻藥品（武德編年、國史、武德編年集成。書芝龍父，據(jù)集成。按諸書皆以慶長十七年一官至日本為芝龍；然據(jù)南塾乘寬文十一年記五十年前芝龍投化之文，及談往芝龍初來日本年十八之文，則慶長十七年芝龍年猶幼，恐非芝龍，故從集成為芝龍父矣。又按成功傳以一官為芝龍小字，然其實當(dāng)時明人來日本，率匿名稱幾官，蓋一、二排行之類。官，稱爺若郎之類，猶唐人五郎、三郎之稱也。芝龍來日本稱一官，故亦鄒以為小字耳。然則芝龍父子同稱一官，不必容疑。又按祖官不詳何人）。幕府命館長崎（逸史）。后芝龍亦乘商船，數(shù)來往日本（長崎夜話草）。時紅毛復(fù)據(jù)臺灣，與奸民互市。茲歲八月，給事中何楷陳靖海策謂：「臺灣地廣而腴，多魚鹽之利。芝龍等初倡亂以來，濱海不靖；今紅毛又筑城其中，與奸民互市，屹然一大部落，非墟之不可。而墟之之計，非可干戈從事，必嚴通海之禁，俾紅毛無從謀利，奸民無從得食，出兵四犯，我?guī)煶颂摀糁＜t毛舍此而去，然后海氛可靖」。不報。楷字符子，漳州鎮(zhèn)海衛(wèi)人，天啟五年進士，博綜群書，尤邃于經(jīng)學(xué)。
十年丁丑（日本寬永十四年），帝信東廠讒，謂曾櫻行賄謀擢官，命械送京師詰問。事關(guān)芝龍，芝龍具疏請罪。至士民擊登聞鼓，訟櫻冤，命削芝龍官，猶令櫻巡視海道。時賊殘十余州縣，櫻乃調(diào)芝龍剿賊，賊多降，一方遂寧（明史）。
十二年己卯（日本寬永十六年），三月：先是，萬歷中開洋市于漳州府海澄縣，一年得稅二萬有余兩，以充閩中兵餉。至于末年，武備廢弛，遂致盜賊刼略，紅毛亦時來奪取船貨，遂就絕開洋之稅。至是，閩人給事中傅元初上疏請開洋禁云：「語云：海上，閩人之田。海濱民眾，生理無路，兼以饑饉薦臻，窮民往往入海從盜，嘯聚亡命。海禁一嚴，無所得食，則轉(zhuǎn)略海濱。近雖鄭芝龍就撫之后，屢立戰(zhàn)功，保護地方，海上頗是寧靖；而歷稽往事，自汪直作亂以至于今，海上固不能一日無盜，特有甚不甚耳。海濱之民，惟利是視，鶩走至臺灣，與紅毛為市。紅毛已據(jù)其地，以為窟穴，日夜往來漳、泉內(nèi)港；而呂宋佛郎機之夷見我禁海，亦時時私至雞籠、淡水之地，與奸民闌出市貨。官府知之而不能禁，禁之而不能絕。徒令沿海將領(lǐng)、番夷、奸民坐享洋利，有禁洋之名而未盡禁洋之實。夫利歸于奸民，而使公家歲失二萬余金之餉，猶可言也；利歸于奸民，而使沿海將領(lǐng)、不肖有司目為奇貨，掩耳盜鈴，利權(quán)在下，將來且有不可言者！洋稅不開有此害，洋稅一開即可復(fù)萬歷初年二萬余金之餉以餉兵」（天下郡國利病書。潛確類書論倭舶事情曰：「嘉靖間夏言為科臣建言，禍繇市舶，請罷之。不知市舶之設(shè)，有無相易，華夷各便，第不當(dāng)任內(nèi)臣耳。自市舶罷而利孔在下。番貨至，輒為奸商所負，已而投貴官家，貪戾尤甚。番人搗近島索捕，每乏食，出沒為盜。貴家又恐嚇官府，出兵驅(qū)逐，遂激成汪直、徐海之變。大亂十余年，戕江南百萬生靈，費朝廷千萬財用。邇來反幸通番禁弛，中國人闌出交易，以故夷情得安。然市舶之利，固已坐失之矣」。此論與傅疏并見，可知當(dāng)時事情，故附記焉）。
十三年庚辰（日本寬永十七年），八月：先是，芝龍任福建參將，至是累遷三省總?cè)执髮④姶蠖级绞履习目偙酪u錦千（參取明史紀事本末、武經(jīng)開宗）。既滅香，澄清海氛，且以海利交通朝貴，寖以大顯（明史紀事本末）。
十六年癸未（日本寬永二十年）：先是，賊李自成、張獻忠起，相繼陷諸州，官兵數(shù)失利，京師大震（明史）。十一月：先是，鴻逵中崇禎庚午武舉，為津撫鄭宗周部將，轉(zhuǎn)隸都督孫應(yīng)龍麾下。登萊之役，應(yīng)龍敗績，逮系天津；事白，復(fù)與同撫張廷拱共事。未幾，以芝龍平紅夷功，移蔭錦衣衛(wèi)千戶，中庚辰武進士，故事勛衛(wèi)射策甲科加三級，進都指揮使，茲歲為福建副總兵（鄭成功傳）。至是，設(shè)南贛兵三千統(tǒng)之。
十七年甲申（清世祖順治元年、日本正保元年），正月，前兵科給事曾應(yīng)遴薦鴻逵曰：「緩急可用」，因詔益南贛兵二千，以舟師守鎮(zhèn)江（明史紀事本末）。二月，議京師城守，詔天下勤王。三月，封寧還總兵官吳三桂為平西伯（明史。「平西」二字據(jù)三朝實錄），飛檄召三桂入關(guān)（明紀編年）。賊先入關(guān)，京營兵潰，城陷，帝崩于萬歲山（明史）。自成僭稱帝，國號大順。既而，三桂率兵入援（明紀編年）；賊遣人招三桂，三桂不從。時清主章皇帝令其攝政和睿親王多爾袞為將軍伐明。三桂致書求援，多爾袞許之；且曰：「率眾來歸，封以故土，晉為藩王」。三桂復(fù)致書，約以首尾夾攻。多爾袞星夜進發(fā)，至山海關(guān)，三桂降于清，與清兵合擊，大敗賊。五月，多爾袞共三桂搗北京，明臣民迎降（三朝實錄）。
福王名由崧，神宗孫、莊烈帝之兄也。避亂南下，鳳陽總督馬士英、兵部尚書史可法等迎至南京，茲月即位（明史稿），稱明年為弘光元年（明紀編年、三藩紀事、中興實錄）。史可法等為東閣大學(xué)士，入閣辦事；馬土英加太子太師，處軍務(wù)；總兵鴻逵鎮(zhèn)九江，黃蜚鎮(zhèn)京口。六月，兵部侍郎呂大器劾士英賣官爵，不聽。東平伯劉良佐攻臨淮，不克。流賊陷重慶。怵陽知縣劉士燝、山東僉事黃澍入賀，言士英罪可斬。詔令黃斌卿防御京口，調(diào)芝龍兵六千入衛(wèi)。遣陳洪范使于清，贈金帛議和，終不成。是月，清師南行，晉三桂爵薊國公（明史）；以銀米犒軍，三桂不受（吳三桂傳）。八月，張獻忠陷成都。封芝龍南安伯。九月，鴻逵移屯鎮(zhèn)江（明史）。十月，章皇帝即位，奠鼎燕京，國仍號大清，建元仍順治（三朝實錄）。芝龍以總兵鎮(zhèn)守福建。十一月，清取海州，山東、豐沛盡降。十二月，命何騰蛟專理恢剿。清兵圍邳州。大閱京師。清兵入河南府，總兵李際遇降。
福王弘光元年乙酉、唐王隆武元年、魯王監(jiān)國未稱元（清順治二年、日本正保二年），正月，福王在南京。許定國給殺興平伯高杰，尋降于清。二月，清兵取西安；三月，取郾城，又取西平。李自成逼承天，遣何騰蛟御之。清兵取歸德府（明史稿）。四月，左良玉舉兵，稱除君側(cè)惡，將討馬士英，適病死，子夢庚東下，至采石戰(zhàn)敗；賞功，賜總兵鄭彩等銀幣有差（明紀編年。「總兵」二字據(jù)三藩紀事。按明遺民張斐曰：「舉兵者夢庚，非良玉」。然則編年說得實，明史稿為父子分兵陷州縣者蓋訛，故不采焉。按彩，蓋芝龍親族也，然不詳其系；華夷變態(tài)以彩為成功一名者，誤矣）。清兵破揚州，史可法、任民育等死之（明史）。五月，封鴻逵靖鹵伯。清兵進至揚子江，水師總兵鴻逵、彩等督兵守江，楊文驄監(jiān)軍。清兵以大炮擊，每炮發(fā)，江水涌激數(shù)丈。二帥見勢不可為，遁去。清兵乘煙霧蔽江，縛芻置木筏上，張燈順流以下，紿京口兵；京口兵以為真兵，悉盡銃丸；而清兵潛從龍?zhí)抖桑贫汲恰Ｍ醵葜潦徍熊娞镄蹝锻踅登澹▍⑷∶魇贰⒚骷o編年、明史紀事本末、三藩紀事、三朝實錄、華夷變態(tài)。按明清闘記曰）：「芝龍裝士兵一千為日本人，令持火器，芝豹領(lǐng)之，遣鴻逵陣，臨江發(fā)大小銃御之，清兵死傷無算，清人患之，謀設(shè)藁人，盡其火藥，然后得涉江」）。王踐位無幾，盛興土木，廟門告災(zāi)，祖陵數(shù)震，而荒酒漁色，侈費無度，識者知其不堪旦夕矣（三藩紀事）。劉宗周上疏論時事謂：「新朝既立，自應(yīng)立遣北伐之師，而諸臣之計不出此，紛紛制作，盡屬體面；惟陛下再發(fā)哀痛詔，速興問罪之師」。不聽。陳子龍亦疏云：「中興之主無不身先士卒，故能光復(fù)舊物。今入國門再旬矣，人情泄沓，無異升平：清歌漏舟之中、痛飲焚屋之內(nèi)，臣不知其所終」！宗周字起東，山陰人，萬歷二十九年進士，天啟初起儀制主事，首劾魏忠賢不臣，遂削籍；后吏部缺左侍郎，帝以宗周清正肯言，任吏部，直言不聽，告歸。及南都陷，慟哭不食死。子龍字臥子，崇禎十年進士，擢兵科給事中。遭京師陷，事福王，諫不聽而去；欲為監(jiān)國魯王謀事，不就而死焉（明史）。