今上即位，命公督辦新疆軍務。先是，以東南海防為急，有議棄關外地者；公力持不可。然軍食奇絀，各省協餉不繼；公夙夜憂勞，常繞帳彷徨，中宵不寐。前后至借洋商、民商一千數百萬，隨時以協款抽償。經營一載，士飽馬騰；遂于明年春，大軍次第出關，公駐肅州調度；烏魯木齊都統金順軍、提督張曜軍先駐哈密，軍食皆由公兼籌。公令劉京卿錦棠辦理營務，率提督譚上連、譚拔萃、余虎恩等湘軍二萬人分起由戈壁前進。其秋，大軍攻拔古牧地，克復烏魯木齊、迪化州暨瑪納斯城，新疆北路皆平；由是下兵南路。南路八城，曰阿克蘇、曰烏什、曰庫車、曰喀喇沙爾、曰英吉沙爾、曰喀什噶爾、曰葉爾羌、曰和闐；而吐魯番別為一部，在天山之南，為八城門戶。公令劉京卿錦棠率軍自北而南，提督張曜、徐占彪率軍自東而西，增調包頭防軍五千人隸劉京卿；于是軍勢益盛。以明年春三道進攻，吐魯番、達坂堅城皆下；旋克托克遜賊巢。其秋，連克喀喇沙爾、庫爾勒、庫車、阿克蘇、烏什；一月之中行三千余里，兵威大振，遠人懾服。時以伊犁為俄所踞，恐難遽復，詔公統籌全局。公奏曰：『竊維立國有疆，古今通義。規模存乎建置，而建置因乎形勢；必合時與地通籌之，乃能權其輕重，而建置始得其宜。伊古以來，中國邊患，西北常劇于東南。蓋東南以大海為界，形格勢禁，尚易為功。西北則廣莫無垠，專恃兵力為強弱，兵少固啟戎心，兵多又耗國用。以言防，無天險可限戎馬之足；以言戰，無舟楫可省轉饋之煩：非若東南之險阻可憑，集事較易也。周、秦至今，惟漢、唐為得中策；及其衰也，舉邊要而捐之，國勢遂益以不振。往代陳跡，可覆按矣。顧祖禹于地學最稱淹貫，其論方輿形勢，視列朝建都之地為輕重。我朝定鼎燕都，蒙部環衛北方，百數十年無熢燧之警；不特前代所謂「九邊」皆成腹地，即由科布多、烏里雅蘇臺以達張家口亦皆分屯列戍，斥堠遙通，而后畿甸晏然。蓋祖宗朝削平準部兼定回部、開新疆，立軍府之所貽也。是故重新疆者，所以保蒙古；保蒙古者，所以衛京師。西北臂指相聯，形勢完整，自無隙可乘。若新疆不固，則蒙部不安。匪特陜、甘、山西各邊時虞侵軼，防不勝防；即直北關山，亦將無晏眠之日。而況今昔勢殊，俄人拓境日廣，由西而東萬余里與我北境相連，僅中段有蒙部為之遮閡；徙薪宜遠、曲突宜先，尤不可不預為綢繆者也。高宗平定新疆，拓地周二萬里，一時帷幄諸臣不能無毫中事西之疑；圣意堅定不搖者，推舊戍之瘠土、置新定之腴區，邊軍仍舊、餉不外加，疆宇益增鞏固，可為長久計耳。方今北路已復，烏魯木齊全境祗伊犁尚未收回。南路已復。吐魯番全境祗白彥虎率其余黨偷息；開都河西岸，喀什噶爾尚有叛弁逃軍，終煩兵力。此外各城則方去虎口，如投慈母之懷，自無更抗顏行者。新秋采運，足供余糧；棲畝（？）鼓行而西，宣布朝廷威德，且剿且撫，無難挈舊有之疆宇還隸職方。此外如安集延、布魯特諸部落，則等諸邱索之外，聽其翔泳故區可矣。英人為安集延說者，慮俄之蠶食其地，于英有所不利；俄方爭土耳其與英相持，我收復舊疆，兵以義動，設有意外爭辯，在我仗義執言，亦決無所撓屈』。是時東四城已克復，進規西四城，大軍仍三路進攻，遂于冬十一月克葉爾羌、和闐、英吉沙爾、喀什噶爾，南疆悉定。捷奏，公晉二等侯。朝廷乃遣全權大臣崇厚使俄索伊犁，條約中多所不便，詔公議奏；公上疏曰：『國家建中立極，東南濱海，西北以昆侖枝干為界畫，向與俄羅斯不相聯接，以蒙部哈薩克、布魯特、浩罕為之遮蔽間隔也。近自俄人日迫、誘脅日眾，哈薩克、布魯特各部落多附俄人；俄又取浩罕三部落，拓其邊圉。于是俄與中國邊境毗連，無復隔閡矣。適中原兵事方殷，未遑遠略。俄人乘間占踞伊犁，藉偁「代我收復」為要索計，并照其國法按灶科賦以充兵費，亦偁饜足矣。朝廷重念邦交，既予以「代我收復」之名，并允給償款盧布五百萬元（盧布亦呼嚕布，即所謂俄元者也）。光緒三年，西洋新聞紙載俄國議：愿得俄元二百五十萬交還伊犁；海上傳播，未必無因。此次償款，忽議增五百萬元；其挾詐相嘗，已可概見。至界務與商務兩者相因，西北與東南事體各別。道光中葉以后，泰西各國船炮橫行海上，闖入長江；所爭者通商口岸，非利吾土地也。亦謂重洋迢遞，彼以客車深入，雖得其地，終無全理；戰則勢孤、守則費巨，合從之勢既成，獨據則誨爭、分肥則利薄也。中國削平發、捻，兵力漸強；制炮造船，已睹成效。彼如思逞。亦有戒心。而渝約稱兵，各國商賈先失貿易之利；茍可相安無事，其亦知難而息焉。若夫俄與中國，則陸地相連，僅天山北干為之間隔。哈薩克、安集延、布魯特大小部落，從前與準回雜處；自俄踞伊犁，漸趨而附之，俄已視為己有。若此后蠶食不已，新疆全境將有日蹙百里之勢；而秦、隴、燕、晉邊防，且將因之益急。彼時徐議防邊，正恐勞費不可；殫言大局，已艱覆按也。夫陸路相接，無界限可分；不特異日無以制憑陵，即目前亦苦無結束。不及時整理，坐視邊患日深，殊為非計！且俄人專尚詐力，不以信義為重；其情易變屢遷，與泰西各國不同，斷難望其守約而持久。即如占踞伊犁之始，謂俟我克復烏魯木齊、瑪納斯，即當交還。比官軍連下各城并克復南疆，而俄不踐前言，穩踞如故；方且庇匿叛逸，縱其黨肆出窺邊。上冬今春，陜回及布魯特汗、安集延條勒入犯時，官軍獲生賊訊供，搜有俄官路票；昨次布魯特、安集延諸賊由俄境阿分地方出竄，經官軍剿洗殆盡，漏網數十人仍遁匿俄境。據活賊口供，亦由俄官驅遣所致。四次賊蹤犯邊，官軍追賊均未越俄界一步。我之守約如此，彼之違約如此；尚何信義可言！當崇厚與俄官議交伊犁時，俄人首以「恩赦」為請，并以「曉示難于遍及」為慮；崇厚奏奉諭旨，飭臣照辦。臣謹遵旨并會同金順出示曉諭伊犁漢、陜、纏、土各回民等，宣布皇仁，以安反側。金順即派提督殷華廷赍示，前赴伊犁張帖；俄官七河邊撫忽變前議，將殷華廷擋回，不令帖示，借偁應俟圖爾齊斯坦總督回信。比金順二次遣殷華廷復往探詢，七河邊撫竟派人阻之伊犁境外，不準復入。似此任意把持，不獨違慢朝旨，并置其君與外部諸臣成議于不顧；其悖謬又如此。俄之占踞伊犁也，將大城西北三城廬舍墮為平地，迤東清水河塔爾、奇綏、綏定三城均毀棄以居漢回，蘆草溝、城盤子等處均棄而不守，而取各城堡木料于大城東南九十里金頂寺營造木廛幾二十里；臣上年十月二十二日覆陳折內，已略言之。茲接金順、錫綸所言伊犁情形，亦同。察俄人蓋欲踞伊犁為外府，為占地自廣，借以養兵之計；久假不歸，布置已有成局。我索舊土，俄取兵費巨資，于俄無損而有益；我得伊犁，只剩一片荒郊。北境一、二百里間皆俄屬部，孤注萬里，何以圖存！況此次崇厚所議第七款「接受伊犁后，陬爾果斯河及伊犁山南之帖克斯河歸俄屬」。無論兩處地名中國圖說所無，尚待詳考；但就方向而言，是劃伊犁西南之地歸俄也。自此伊犁四面，俄部環居；官軍接受，墮其度內，固不能一朝居耳。雖得必失，庸有幸乎！武事不競之秋，有割地求和者矣。茲一矢未聞加遺，乃遽議捐棄要地饜其所欲，譬猶投犬以骨，骨盡而噬仍不止。目前之患既然，異日之憂何極！此可為嘆息痛恨者矣。金順、錫綸之擬緩收伊犁，而以沿邊喀什噶爾、烏什、精河、塔爾巴哈臺四城宜足兵力、浚餉源、廣屯田、堅城堡，先實邊備；自非無見。惟伊犁見無定議，謀新疆者非合南北兩路通籌不可。見在伊犁界務未定，則收還一節自可從緩計議。喀什噶爾、烏什規畫已周，毋庸再議。其塔爾巴哈臺、精河，急須加意綢繆。應由金順、錫綸自行陳秦請旨外，所有崇厚定議畫押十八款內「償費」一節，業經奉有諭旨；第八款所稱「塔城界址擬稍改照同治三年議定界址」尚只電報，應俟崇厚奏到再議；第十款「于舊約喀什噶爾、庫倫設領事官外，復議增設嘉峪關、烏里雅蘇臺、科布多、哈密、吐魯番、烏魯木齊、古城七處」，十四款并有「俄商運俄貨走張家口、嘉峪關赴天津，漢口過通州、西安、漢中運土貨回國」，均經總理衙門奏奉諭旨指駁外，第二款「中國允即恩赦伊犁居民」業經遵旨照辦，被俄官截阻赍示委員不準張帖，第三款「伊犁民人遷居俄國入籍者，準照俄人看待」，意在誘脅伊犁民人歸俄，而以空城貽我，與阻截赍示委員同一用心。第四款「俄人在伊犁準照舊管業」，雖伊犁交還，中外商民雜處，無界限可分，是包藏禍心，預為再踞之計。至商務允其多設口岸，不獨奪華商生理，且以啟蠶食之機；總理衙門原奏籌慮深遠，實已纖細畢周。諭旨允行，則實受其害。先允后翻，則曲仍在我。應設法挽回，以維全局。竊維邦交之道，論理而亦論勢。本山川為疆索界畫，一定截然，而不可踰；彼此信義相持，垂諸久遠者：理也。至爭城、爭地，不以玉帛而以興戎；彼此強弱之分，則在勢而不在理。所謂勢者，合天時、人事言之，非僅直為壯而曲為老也。俄踞伊犁，在咸豐十年、同治三年定界之后。舊附中國，與中國民人雜處；各部落被其脅誘，俄官即視為所屬，藉以肆其憑陵。俄之取汗罕三部也，安集延未為所并；其酋阿古柏畏俄之逼，裹其部眾陷我南疆。我復南疆，阿古柏死，逆子竄入俄境，俄乃認安集延為其所屬，欲藉為侵占回疆腴地之根。見冒稱喀什噶爾住居之俄屬，本隨帕夏而來之安集延余眾。俄之無端冒為己屬，實與交還伊犁仍留復踞地步，同一居心。觀其交還伊犁而仍索南境、西境屬俄，其詭謀豈僅在此數百里土地哉！此界務之必不可許者也。俄商志在貿易，本無異圖；俄官則欲藉此為通西于中之計，其蓄謀甚遠，非僅若西洋各國只爭口岸可比。就商務言之，俄之初意只在嘉峪關一處。此次乃議及關內并議及秦、蜀、楚各處，非不知運腳繁重，無利可圖；蓋欲藉通商便其深入腹地，縱橫自恣，我無從禁制耳。嘉峪關設領事，容尚可行。至喀什噶爾通商一節，同治三年雖約試辦，迄未舉行；此次界務未定，始從緩議。而烏里雅蘇臺、科布多、哈密、吐魯番、烏魯木齊、古城等處廣設領事，欲因商務蔓及地方化中為俄，斷不可許。此商務之宜設法挽回者也。此外，俄人容納叛逆白彥虎一節，崇厚曾否與之理諭，無從懸揣；應俟其復命時請旨確詢，以憑核議。臣維俄人自占踞伊犁以來，包藏禍心為日已久。始以官軍勢弱，欲誑榮全入伊犁，陷之以為質；繼見官軍勢強，難容久踞，乃藉詞各案未結以緩之。此次崇厚全權出使，嗾布策先以巽詞餂之、枝詞惑之，復多方迫促以要之。其意蓋以俄于中國未嘗肇啟釁端，可間執中國主戰者之口，妄忖中國近或厭兵，未便即與決裂以開邊釁；而崇厚全權出使、便宜行事，又可牽制姜臣免生異議。是臣今日所披瀝上陳者，或尚不在俄人意料之中。當此時事紛紜、主憂臣辱之時，茍心知其危而復依違其間，欺幽獨以負朝廷、耽便安而誤大局，臣具有天良，豈宜出此！就事勢次第而言，先之以議論，委婉而用機；次決之以戰陳，堅忍而求勝。臣雖衰庸無似，敢不勉旃』！上壯其言，嘉許之。公乃自請出屯哈密，規復伊犁。六年正月，詔毅勇侯曾紀澤自英國赴俄，重議約。二月，公分兵進取伊犁，奏以精河一帶為東路，伊犁將軍金順主之；所部馬步萬人，檄卓勝軍二千為之助。自阿克蘇沿特克斯河為中路，廣東提督張曜主之；所部馬步五千人，增募皖勇千人、土爾扈特馬隊數百人，復檄湘軍二千五百為之助。自烏什經布魯特游牧為西路，幫辦軍務劉錦棠主之；所部馬步萬余人。而分遣譚上連步馬二千余人屯喀什噶爾，譚拔萃等二千余人屯阿克蘇，陶鼎金、王福田等二千余人屯哈密為后路，聲援塔爾巴哈臺，與俄逼處。參贊大臣錫綸兵不足，募徐學功、孔才舊部二千畀之。四月，公發肅州，舁櫬以行。五月，抵哈密。俄人聞王師大出，增兵守伊犁納林河；別以兵般翔海上，冀震撼京師。于是，天津、奉天、山東皆警。七月，詔公入京備顧問。明年正月，和議成，海防諸軍皆罷。先是，俄人縱我叛回及嗾布魯特、安集延逆酋三次犯邊，官軍皆大敗之；遂懾中國兵威，交還伊犁全境。公既入朝，授軍機大臣，賜紫禁城騎馬，使二內侍扶掖上殿；皆異數也。

冬，以東閣大學士出督兩江。明年，法人啟釁侵越南，粵、閩邊疆有事；詔公督辦軍務。會和議成，罷兵。