其年秋，天子以西陲師久無功，移公督陜、甘；并授欽差大臣，督辦軍務。公上疏曰：『臣維西北戰事利在戎馬，東南戰事利在舟楫；觀東南事機之順在炮、船練成以后，可知西北事機之轉亦必待車營、馬隊練成以后也。春秋時晉侯乘鄭之小駟以御秦，為秦所??；是南馬不能當西馬之證。漢李陵提荊湖步卒五千轉戰北庭，為匈奴所??；是步隊不能當馬隊之證。見在捻、回猖獗，官軍征剿多年尚未蕆事。于時急圖掃蕩，固我疆宇，非講求步隊、馬隊不為功；而欲善步隊、馬隊之用，又非講求步隊、馬隊之利不可。臣謹就愚陋之見，為我皇上敬陳之。捻、回之患在平原曠野，本騎之利；官軍以步隊當之，鮮不被其輕軼矣。于是而圖制賊之長，宜用車營助步隊遏其突騎，固也。然車營、步隊足以遏突騎，守雖有余；以之鈔截追剿，戰尚不足；則練馬隊為急。以馬力言之，西產不若北產之健；以馬隊言之，西北不若東北之雄。祖宗隆興東北，平定中原；中葉以來，平準回、靖朔漠：神武震鑠，跨越古今。敬繹列圣方略官書，竊以為欲平方今之患，非追法先世遺烈，其道末由也?；伛R多西產，捻馬多略北產零騎，故捻之戰悍于回。所幸者，捻、回之馬雖多至數萬騎，然均用之野戰，非如官軍隊伍鈐束之不可撼；捻、回諸逆人各一心，非如官軍節制賞罰之不可亂；捻、回馬上多用長矛，非如官軍槍械、火器之不可敵。誠于時購北口良馬，得其人習練而節制之，庶制勝有其具，而賊不足平；且可藉閱歷以造就人才，為國家固根本、垂久遠之計』。又言：『臣由鄂入秦，先剿陜逆。此時臣軍步隊僅止三千余，馬隊尚未習練，雙輪、獨輪車式尚未動工制造；所擬以制賊者，步隊、馬隊、車營皆無以應手。倉卒就戎，必貽后悔；臣不敢不慎也。方今所患者，捻匪、回逆耳。以地形論，中原為重，關隴為輕；以平賊論，剿捻宜急，剿回宜緩；以用兵次第論，欲靖西陲，必先清腹地。臣軍入甘，應先分兩大枝：由東路廓清，各路分別剿撫。俟大局勘定，然后入駐省城，方合機局。是故進兵陜西，必先清關外之賊；進兵甘肅，必先清陜西之賊；駐兵蘭州，必先清各路之賊。然后餉路常通，師行無?！弧Ｔt從之。六年夏，取道武昌，提兵一萬二千人由潼關入秦。當是時，捻酋任柱、賴文光糾數萬騎擾山東、河南，是為東捻；張總愚糾數萬騎擾秦中，是為西捻。陜回、甘回數十起、眾至百萬，橫行腹地，兩省幾無完土。公接統陜、甘軍，部署諸營，不令捻、回合勢。劉提督松山領萬余人、郭總兵寶昌三千人、劉總兵厚基三千人，是為剿捻之師；高提督連升三千人、劉京卿典五千人，是為剿回之師；楊總兵和貴、周總兵金品三千余人屯鳳翔，周總兵紹廉二千余人屯宜君，吳郎中士邁千余人防渭，復以親兵三千余人、水師千人、黑龍江馬隊千余人分布華州、華陰、潼關、渭南、臨潼間，是為兼討捻、回之師。于是諸軍所向克捷，公又定計先捻、后回。張總愚既屢破于延州，復南竄，乃自宜川踰山至壺口，乘冰橋渡河山西大擾；公遣松山各軍渡河躡追。穆宗以山右毗連畿輔，召公親往督師；公自率五千人赴援，奏以劉京卿典代督陜、甘軍。六年十二月，捻自垣曲入河南，趨衛輝；復自河南北犯直隸，至河間、獻縣京師。戒嚴，詔切責公與欽差大臣李公鴻章、河南巡撫李公鶴年及直隸總督官文公，皆奪職。時東捻甫平，西捻萃于畿輔；公先令劉提督松山繞出賊前，大破賊于獻，賊反奔山東。七年，公駐軍吳橋，合淮軍、東軍、皖軍擊捻，卒破平于荏平南鎮。

七月，公復職。入覲，天子褒美，且詢西陲師期；公奏「五年可竣」。乃率師還陜；十月，至西安省城。公部兵數萬人，諸將名者高連升、周紹濂、魏光燾、劉端冕、吳士邁、黃鼎、雷正綰、陶茂林、成定康、馬德順、郭寶昌、李耀南、李輝武皆能將，而劉公松山為最。劉公典已署陜西巡撫，戮力同心，賞罰嚴而號令明，遂定三路平回之策。公令劉公松山由綏德取道花馬池，直搗金積老巢，為北路；道員周開錫由秦趨鞏，討鞏昌、河狄之回，為南路；公與劉公典督諸軍盡驅陜回入甘，為中路。遂破回巢數百，斬馘數萬。八年二月，拔董志原老巢。四月，陜西平，進兵甘肅。劉公松山已趨定邊花馬池，魏光燾、周紹濂、劉端冕出合水、寧州、正寧向環、慶，雷正綰、黃鼎由董志原、涇州趨鎮原、崇信、華亭、固原，李耀南、吳士邁由隴州、寶雞趨秦州，公率親兵馬步四千道永壽、邠州、長武以赴涇，令馬德順屯靈臺之上良百里鎮策應南北，遂開振恤、集流亡，勸民種秋糧，兵燹遺黎栩栩有生意矣。于是諸路皆捷，蘭道通。八月，劉公松山克靈州；十一月，公移駐平涼。劉公松山攻金積堡陣亡，公以松山從子錦棠統其軍；東自吳忠至靈州堡寨四百五十余、西自洪樂至峽口堡寨一百二十余盡平。九年冬，克金積堡，馬化龍伏誅；公奏言：『西陲之不靖于今九年，關隴講回視金積堡為向背。今金積破，回勢瓦解矣』。詔加公騎都尉世職。十年三月，寧夏平，公令諸將進規河州。秋，移駐靜寧，又移安定。冬，平黑山回；盡平黨川回壘，且剿且撫。十一年二月，河州平；三月，循化撤納歸誠。夏，諸軍攻肅州西南賊壘，皆下。七月，公進駐蘭州省城，奏調宋慶軍由神木赴甘助剿；以張曜軍屯金積堡，移劉錦棠軍赴西寧，陶生林、金慶元、戴宏勝馬步軍赴肅州。十一月，劉公錦棠大破回于西寧大通。明年，金順、宋慶、徐占彪合攻肅州。八月，公至肅州督攻。九月克之，屠客回一千五百余人，悍酋馬文祿并黨魁八人磔之，惟白彥虎逸出關外；拔出漢民男女一千一百余人、回民老弱婦女九百余人，肅州平。關內肅清，詔公以總督協辦大學士，改騎都尉為一等輕車都尉世職；諸將給獎有差。