上命軍機大臣傳諭李侍堯、常青、徐嗣曾曰：此等么〈麻上骨下〉賊匪，原不過一時烏合，現在黃仕簡、任承恩督兵會合搜剿，自無難立時撲滅。前因徐嗣曾輕離省城，恐致人心疑駭，曾降旨飭諭。此時人情大定，非同前比；且大兵抵臺，三路圍攻，賊匪自必四散潰竄；恐有逃至原籍及內地者，猶應于各口岸嚴密截拿。徐嗣曾不妨視其地方緊要，間一親往各處搜查。前有旨令：李侍堯抵閩后，即駐扎蚶江，督辦一切；常青親自渡臺督同黃仕簡等搜剿賊匪。著傳諭該督等遵照妥協辦理。常青抵臺后，即令任承恩迅速馳驛來京。該提督輕于舉動，未免跡涉張皇，然究屬遇事勇往，尚無不是。今令其來京，不過欲面詢臺地事宜，常青可告知該提督，毋庸心生疑懼。
臣等謹案兵貴先聲制人，兩提臣于到臺之始，賊匪即已望風驚潰，小丑技倆，于茲可見。若能兩路定期會剿，直如摧枯拉朽；乃觀望遷延，遂使烏合之眾，得乘暇廣為糾集，愈肆鴟張，實屬有負任使。賴我皇上神幾遠燭，罰不旋踵，是以天威震疊，即當迅掃賊氛也。
初二日（庚子），徐嗣曾奏言：遣將調兵，本應督臣主政。乃臣于派兵赴淡水一節，因巡檢王增錞稟請救援迫切，急求集事，竟一面奏派，一面咨會督臣，未及札商辦理。事后，捫心自訟，實屬過涉張皇，近于越俎，咎無可辭。至督臣遇有公事，悉皆開誠剖示，總以協力同心，相為期勉。即如臣調兵赴淡水，未及待督臣咨覆，臣之錯謬，已難自解，而督臣并不因此稍存意見，惟以公事為重，虛衷斟酌。將所調省兵留省彈壓，改用延、建之兵，由陸赴廈，悉皆往返札商，議歸畫一。至軍需口糧、鹽菜及裹帶戰糧、軍火、器械、船只、人夫等項，先經與督臣酌定章程，一切水陸運送，均無遺誤。本日，據廈防同知劉嘉會稟報，官兵到臺，賊匪紛紛散去。定于十三日會剿，收復諸羅等處。郡城內外，今已照舊生理，民情安堵等語。官兵克期剿捕，自必立就撲滅。誠如圣諭，此時總以鎮靜內地、嚴拿逸匪為要。臣復又嚴飭沿海文武員弁，實力堵拿，毋使竄逸。
同日，松江提督藍元枚奏言：正月初八日，自松江起身，晝夜兼程趲赴，已于十九日馳抵福州省城。隨訪探臺匪情形，自官兵陸續渡臺以后，賊眾即紛紛潰散。現在郡城保守無虞，兩提臣克期會剿，自可即日蕆事。但恐賊匪四出竄逸，逃入內山與生番勾結引藏，搜捕不免有需時日。若偷渡，各處海面山箐捷便之路，無不可通，猶屬稽捕不易。而臺灣語音與廣東之潮州相同，此時北風當令，海道赴粵極順，恐逆匪等猶易于竄往。臣現晤撫臣徐嗣曾，詢知閩省各處口岸，已經設法嚴密偵緝。臣抵泉后，再當與督臣常青實力查拿。一面飛咨兩廣督撫提臣等，并札飭文武員弁加意防緝，不致一名漏網。至臣自入閩境以后，察看一路民情，俱各寧謐；以鄉語諮詢，俱似不知有臺灣用兵之事。省城亦極寧帖。均奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、常青、藍元枚、徐嗣曾曰：現在兩提督厚集兵力，克期會剿，自必立時撲滅。惟前據徐嗣曾奏，黃仕簡到臺后，開炮打死賊匪一千余人，賊俱奔逃內山。而本日藍元枚亦奏及賊匪竄入內山與生番勾結，將來搜捕需時等語。內山雖系生番巢穴，但賊匪窮蹙無歸，或以賄結、或以勢脅生番容留藏匿，將來大兵撤后，潛出滋擾，猶屬不成事體。該督等務須乘此兵力，上緊搜捕，俾盡根株，以靖海疆。至賊首林爽文、王芬二犯，及此外有名頭目，如經官兵生獲，即選派員弁解京審辦，以彰憲典。再前已降旨，令任承恩俟常青抵臺后，即馳驛來京陛見，詢問該處情形；其陸路提督著藍元枚署理。現在江南提督署理有人，藍元枚俟任承恩回任后，再回江南本任。
初四日（壬寅），柴大紀奏言：彰屬賊匪林爽文、王芬攻陷諸、彰二邑，恃眾分路來攻郡城。自本月初九至十三，連日堵御，殺退賊匪。十四日子刻，接據臺灣道永福來札，知鳳山又被賊陷。隨飭游擊蔡攀龍帶兵七百名，守備邱能成帶兵三百名，往南剿捕，以復鳳山。乃出城未遠，即遇賊眾來犯郡城。當此盜賊蜂起，南北交迫，郡城為全臺根本，倘有疏失，恢復更難。查郡城并無墻圍，惟以木柵〈艸〈束刂〉〉竹環繞，實不能固守，必離城稍遠于各總口扼其要害，方克有濟。臣相形度勢，南則桶盤棧地方，距城十里余，可截南路賊眾，兼可以應大、小東門，飭游擊蔡攀龍帶兵七百名，并南路參將瑚圖里就此扎營；東則舊萬壽亭，離城五里，可御中路之賊，亦可以援大、小南門，飭守備邱能成帶兵三百名，李步云帶兵二百名，就此扎營。其沿海一帶，飭守備林球帶兵二百名，把守三鯤身；署守備張時泰駕船把守港口；并提標金門等標載班兵哨船六只，俱飭駛在大港協守，則安平既嚴，西門亦固。至北路賊匪雖多，臣仍扎鹽埕橋，獨當一面；倘東南門有急，俱可隨時應援。署游擊王天植、參將宋鼎同道府廳縣等督率兵民，堅守四門；游擊鄭嵩在城彈壓巡查。前此，城內民人聞風恐懼，自鹽埕連日戰勝，莫不踴躍鼓舞，共奮義勇，出城助戰。似此四面嚴守，雖南北賊勢猖獗，郡城可保無虞。俟內地兵到，隨即長驅前往，力圖恢復。奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、常青、徐嗣曾曰：前賊匪滋擾鳳山時，瑚圖里縱馬由南而去，不知下落。朕以該參將之不能抵御，由于兵散獨力難支，與臨陣退縮者不同，曾諭令常青俟事定后，核其功罪，分別辦理。今該參將業已回至郡城，率兵堵御，如果奮勉殺賊，則功過尚足相抵。著常青俟事竣后，秉公核實具奏，并給咨送京，候詢問臺地一切情形。再，柴大紀摺內稱郡城并無墻圍，惟以木柵〈艸〈束刂〉〉竹環繞，官兵難以固守等語。前曾諭令李侍堯于臺匪蕩平后，將是否可以建城之處，酌量辦理。今閱柴大紀所奏，體察情形，彰化等三縣一廳應否改建城垣，尚可俟籌辦善后事宜時，確實勘估繪圖妥議，請旨辦理。至郡城為全臺根本，即應速建城垣，以資保障。著李侍堯、常青一俟事竣，即熟商妥議，一面奏聞，一面興工辦理。
初五日（癸卯），上命軍機大臣傳諭李侍堯曰：從前辦理緬匪時，曾調福建水師兵二千名，隨同進剿。該兵丁等沿途滋事，鞭責夫役；甚至將民夫雙耳割去。當將首犯正法，以示懲儆。及隨京兵打仗時，又復怯懦，竟有聞槍炮聲恐懼戰憟，欲泅水逃避者。可見該省兵丁勇于私斗，怯于公戰之習，牢不可破，皆由該省將弁平日不能認真訓練，以致軍無紀律。著李侍堯于剿捕臺匪事竣后，實心訓練，申明軍律，隨時懲創，俾各弁兵共凜法紀，有勇知方，痛改從前積習，以作士氣而勵戎行，方為有備無患。該督不可惟知辦理地方事件為重，而轉置軍旅專責于不問也。
同日，常青奏言：現在水陸兩提臣俱經到臺，內地加調官兵亦接續繼進，兵力已屬厚集。雖未接該提臣等報有進剿情形，已據廈門同知劉嘉會差丁自臺回廈稱，上年十二月二十六至三十等日，官兵嶼賊打仗，殺死賊人甚多，收奪器械無數。正月初四日，黃仕簡官兵到臺，賊匪紛紛散去。聞大兵現定十二、三等日，長驅會剿。郡城內外照舊生理，民情安堵。又據蚶江船戶張淡等稟稱，陸路提督于正月初六日到鹿仔港上岸，十一日殺死賊人七名祭旗各等語。是該督臣等到臺之后，已自相度情形，會齊進剿，以期一舉蕆事。正與不用零星打仗，輕于嘗試之諭旨相符。再臣與撫臣徐嗣曾，共事日久，一切地方公務，無不和衷辦理。今臺灣遠隔重洋，匪徒竊發，恨不滅此朝食！臣與徐嗣曾俱有同心。祗因臣駐扎泉州，距省較遠，以致續調官兵稍有參差，并非各存意見。況軍務猶關緊要，臣不敢因此生嫌。至該此商民等保護地方，率先向義，洵屬可嘉！已咨水師提臣黃仕簡于事竣后，逐一查辦。又提訊盤獲匪犯陳樵，據供：籍隸漳浦，乾隆五十一年六月渡臺，在彰化縣大肚地方宰豬營生，與林爽文會黨許溪熟識，許溪邀入天地會，陳樵應允。十一月初二日該犯同郭盞、吳帶、陳榜、吳汴、李積、郭卻、阮擇、薛指、林倚、趙榮、林載生等共十二人，齊赴麻園莊王芬家內入會，嗣林爽文攻破大墩營盤，殺害官兵，該犯系帶竹篙槍在場附和。林爽文等懼內地發兵往剿，經許溪付給該犯番銀十圓，囑令搭船內渡，探聽官兵。十二月初二日，陳樵赴大安港搭船，于二十八日飄至漳浦古利僻處上岸。聽聞各處查拿嚴緊，不敢回家，躲匿附近之陸鰲山內。于五十二年正月初三日，經漳浦縣兵役拿獲；至天地會名色，不知起自何時等語。審明后，即將該犯正法。其家屬財產及在臺匪伙，分飭嚴拿照例辦理。至漳浦縣羅澤坤，于陳樵上岸潛匿，即經會營拿獲，應請免議。其臺灣失察偷渡之文武各職名，仍俟查明另參。又彈壓臺灣府城參將宋鼎、游擊鄭嵩等，因防守小北門把總高大捷逃赴鹿耳門，覓船內渡，隨差外委鄭廷棟前往鎖解到郡詰問。據供，懼賊勢猖獗，欲赴內地。隨將高大捷即行正法。辦理尚屬妥協。奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、常青、徐嗣曾曰：現在大兵已到，賊匪望風膽落，潰逃四散。黃仕簡、任承恩統領官兵，克期分路進剿，捷音何以至今遲滯未到？林爽文等于光天化日之下，糾眾不法，攻占城池，戕害文武官弁，實屬罪大惡極，神人共憤！所有逆惡渠魁及有名頭目，務須按名擒拿殲戮；如經官兵生獲，即選派員弁解京，盡法處冶；不可任其逸入內山，搜捕需時。該督等更須窮究黨羽，按名從嚴辦理，務使凈盡，以靖海疆，方為妥善。
上又諭內閣曰：綠營恇怯積習，最為可惡！在兵丁臨陣脫逃，已屬大干軍紀；況高大捷身系把總，當臺匪滋事之時，帶兵防守，輒敢擅離郡城，首先逃避，情罪更重；自應立正典刑，以肅軍令。該參將宋鼎等，一聞高大捷逃赴鹿耳門之信，立即鎖解到郡，會同訊明正法，所辦甚是。武職中參游等官，雖非專閫大員，于例不應專戮，但行軍之際，非尋常無事時可比，該參將等能知事體輕重，一經訊明脫逃屬實，即會同該道將高大捷先行正法，使在事兵弁咸知儆畏，甚屬能事，可嘉！宋鼎、鄭嵩、左淵、王天植，俱交部議敘；仍著事竣后，俱給咨送部引見。向來逃兵拿獲，尚且即行正法；況高大捷以武弁委城脫逃，猶為可惡！雖已正法，尚不足蔽辜，著該督查明伊子奏聞，發遣。并將辦理緣由，著各督撫通行曉諭綠營弁兵，使知避賊潛逃，希圖幸免，不但戮及其身，即其子嗣亦難邀寬宥，庶懲一儆百，不敢后蹈恇怯惡習。