辛巳（一六四一），先生四十一歲。
聞黎師博庵游廣陵，先生渡江往候。踰月，起會先生于廣陵，與博庵同聚平山堂。既隨先生游海陵。海陵守陳公澹仙方試士，聘起入署中，先生已還廣陵。時四方名流敘廣陵六十余客。先生與博庵為中秋大會，刻秋燕詩集，起不及赴。至重九，博庵復有萸社之舉，起與焉。及先生歸龍山，而阿采已化為異相矣（偶記：沈起從余嘉定，余方納姬宛宛，系歌兒，仲方為力贊。踰年方十七齡，病卒。仲方悲曰：「先生素以起寒宜僧，寒而清宜是有知識僧。此后缺比丘尼一半熱棒矣」）。遭旱蝗，龍山南畝皆為赤地。（「外志」：崇禎十四年六月，大旱蝗，民饑，鬻子女，售田舍，涂有餓殍，而賦稅加等，始苦田累）。四方至止，賓館常滿，先生未嘗謝客。孟冬，三科又戒成，三科選詩成。先生每歲有四方之役，或以為疑。起見先生出游，必當事者敦請而后就。是年，漕臺吳震崆（邦臣）延入公署。值江北奇旱，海陵守陳澹仙延先生于客館，以麥折事就商。先生密語于吳漕臺，復致書于司理湯惕庵（來賀。「揚州府志」：字佐平，南豐人，崇禎庚辰進士，揚州推官）。澹仙隨親懇之漕撫史公（可法，字憲之，號道鄰，謚忠正）。得允。于是江北四郡皆從麥折，先生與有力焉（文集：為澹仙書海陵荒政前幅）。
〔補〕同宗詩選傳：辛巳、壬午間，公上隅計十二條于浙撫黃鳴駿：一人口募，二稽額，三鄉保，四固圉，五號令附賞罰，六偵探，七則古，八拔殊，九俯謀，十器仗，十一形勢，十二勤敏；皆為保固浙東西計，切中當時情事。如論形勢，謂宜宿兵長玉，應接豫章，勿應以彼此屬分爾我。再駐兵五百于獨松關，以據險絕蕪湖陸走入浙之徑。至南都長江為限，一遞水道不必慮，亦不及慮。浙東阻海，南接閩，而海寇、山寇為患不足慮。劈畫指顧，皆非經生家言也。
壬午（一六四二），先生四十二歲。
先生丁外艱，哀毀骨立，悉屏諸女伎，獨處樸園。樸倚園樓，可三四百年物，設法置柝樸上，擊之門自開，似蒼頭應門。作樸應門傳。樸旁有大榆。榆樸交加處，結亭于上。下板上幔。常獨坐幔中（「古樸園記」：客至，臨窗小坐。爨下茗熟，置圓匜，浮水上流。益水一匙，匜走至窗，有竹堤之。主客隨手挹茗。茗竟啟堤，空甌復返爨下。諸飲食皆如是，省童子攜送之勞。壁作徑寸小門，門設通氣其中，直貫爨處。客至，所須不必傳示，就壁門細語，客尚不聞，廚者大悉主人意。須臾，如意而至。中設蒲團，如轉斗法。或欲靜坐，一轉便入秘室。三門蓄書，地通穴，仰出石罅，非習走，入不能出也。至于窗格門式，制無不曲變。甫成，先生嘆曰：「吾不知何人效此區區」。從來勝地，造物所忌。會申酉之際，先生坐其中，手錄釣業可五、六十日，便釋去，避難會稽。歸而園蕪不可理，尚存數椽壁立耳，而門樸膚創故在也）。有句云：『誰能顏吾廬』（詩集作巢居五古）？繼作原書上下二卷（文集：原書及門潘集為之注。乞言啟注：革列門黨事過激有作，今失下卷）。序曰：『釣史有感于時，而務為有用之學也。凡天道人事物故，無不甚備，主于化小人為君子，不主于辟小人為君子』（辟如陰陽會合而成道，必欲天下獨陽，無此天下）。因賦雜感，有『欲近人情姑命酒，不通時務尚論文』之句（先生嘗有句云：「世變安能皆我法，情平始解讀人詩」。與此俱得風人忠厚之旨）。
癸未（一六四三），先生四十三歲。
初，漳浦黃公石齋（道周）得譴，其后賜環，先生各有詩二章紀之。有云：『以名存四海，其道本先民』。又云：『擬作先生傳，何當圣主憐』之句（明詩綜：黃道周字幼平，一字石齋，福建漳浦縣人，天啟壬戌進士，授編修，以言事落職，廷杖下詔獄遣戌。釣業：黃先生得罪，詩以慰之：「圣主終無怒，箕心不悔狂。囗嬰傳諫草，野史備行藏。所議嗟曾驗，此身合不祥。是非千截在，屏見待汪洋」。已先生竟無罪，詩以勉之：「不知何所見，窮海欲公存。帝欲試以死，恩深于無冤。艱難歷后涉，兵食及時論。一慰蒼生望，歸來朝至尊」）。至是入閩。石齋方講學江東，墮崖折肱，肱絡如虬。得先生詩，強作書投答。有曰：『讀尊詩，令吾脅風舉擲萬仞無害』。至于「擬作先生傳」之句，石齋曰：『不知此生可復煩君五指，則幸矣』。隨和韻見答。后石齋殉難，先生果為之作傳（載國壽錄。詩綜：福藩稱制，進禮部尚書。南京既下，猶督師出婺源。師潰，執系不屈。丙戌二月，死于市。著有大滌函書、浩然詠）。旋游興化，賓客日以百計，酬應繁，或不即答報。有投匿名柬云：『先生海內人望，不宜先縉紳而落寒士』。翼日，有客匍匐伏門外，先生急持之。曰：『昨匿柬，康邵所上書也（偶記：字召平，福建莆田人）。夜讀先生詩，有「陌路憐才如護子」之句。邵久在先生襁褓中，愚不足錄。雖然，幸賜教，請為弟子』。先生曰：『余無心賦詩，誠能動物，有如是哉』！自是益以誠存之旨示諸學者。未幾，漳浦令沈翁聞大迎先生度歲，入署中。
〔附〕偶記：癸未，余視沈聞大漳浦，陳夏木（壯行）來見，而以余閩游諸倡和韻言盡付梓，題曰「閩游有韻之言」，余作詩以謝。
〔補〕癸未，草傳奇梅花讖入鄭所南心史一節，及稗氏中山狂人自剄事，又以翠為美人陪和靖林先生。方七月，草成，忽庭梅花開西南枝。或曰：『筆墨感無知矣』！先生曰：『非時不祥』！既攜書入閩，見興化鄭郊為所南后裔，尚未知井史事，遂存副本（「外紀」：又半劇為書生擲筆弄兵事，數年，三吳果應此讖）。
大清順冶元年甲申（一六四四），先生四十四歲。
漳浦多寇警，先生以戎服同令侯巡城者彌月，發矢中盜首。經春寇退，始解嚴。將北歸，石齋貽書云：『賊滿山，行道絕，姑待之』。石翁廬城外二里許，先見賊，數過其門不敢入。先生因答書云：『先生惠余詩，在賊當聞而去。賊畏見先生，必不幸見某』（方車嶺詩：「傳語彼昏猶未化，囊中帶有石齋詩」）。既行，沈聞大發機兵二十名（耿巖文選：叔沈聞大，壬午授漳浦令。甲申，鄭芝龍遣稗將持檄征餉，罵絕之，大吏飛章劾罷）。及門胡紫柏（名仁祖）以家丁十人來助。乃謝眾曰：『若遇賊過五百眾，則吾壁立無聲，待其先鋒至五步外，視的共擊之。即進前不踰十步，若百人以外，可以戰，然必乘高，或吾處卑，寧如前法。蓋賊之先驅者乃賊也，余皆農夫，不知共力囗囗』。再三促行，離縣一舍，名方車嶺，嶺以路狹得名。命整而行。遠見賊，吾乘高伺之。賊不知兵，仰高來從。過五步，先生猝取勢，奮一槊，傷其股，機兵連發弩。賊反走，吾大聲詟之，群賊不敢前。其后漸退。遂率眾乘其怯，連傷數賊。賊盡走。一先鋒賊恃勇回斗，我眾環而擒之。令眾高呼數聲，聲震二十里。又輿從二十人，合五十聲為一聲，故聞聲遠，以寒賊之膽，虞其尾而求復也。抵漳州，其先鋒姓黃（名儕）戮于市，以首級歸漳浦示眾（方車嶺詩自序：乃抵漳浦，鄭標來迎，以為神人。吾五六千御賊，不得一賊，坐觀賊去，豈有被縛者哉。于是鄭師蒲請坐我上座，更為衛我泉州道）。此先生小試兵法之一端。其后有事小亹及尖山（詳后），武功于此可見。抵家，值三月十九日之變。龍山有市，哄狡健起。浙東宋某與狡首李某、吳某為亂，欲辱先生弟，誤擊先生幾斃。邑侯林公子野（垐）親臨龍山，置李于法。吳懼，蒲伏乞命。先生曰：『汝走氣急，試其不靜，非欲殺我』。諸狡始遁散（耿巖文選：林垐字子野，號恥齋，侯官人，崇禎十六年進士，授海寧令甫一月，燕京信至，金陵未立。邑鎮有大家奴乘間煽諸毒怨于大家者，揭竿起，而已陰陽構兵其間。通邑震恐。狀聞，垐將狀不問。且曰：「皆鄉約所構約」。密于稠人中縛奴，數其罪，立殺杖下，余悉不問。合邑安堵。紹更記聞：家簡可公諱全臨，游崇教寺，遇李三刀橫目遮路，叱之。時李潛謀揭竿煽亂。公密詣大尹林子野，告諸不法事。翼日，令臨寺講鄉約，密相稠人中擒獲，立斃杖下）。
〔附〕「外志」：東鄉盜起。初，孝廉查繼佐等渡江任兵部主事，令弟繼囗等牒鬻武爵，人人系銜。自三月初行劫，云助餉江南。馮騏澄齋偶錄：崇禎之季，有蘇某為參將，俗號東坡，林某為總兵，諢號朝奉。時奉南京密牒，假名征餉，橫行剽掠。凡里中富室，遣游騎偵視，劫其要人，系之寺前樹下，胸垂一牌，書贖銀若干。旬日之間，得金數萬。
按甲申魯藩未立，先生尚未渡江授職，豈有令弟鬻爵事？外志失于考核。當時家剽戶掠，溫室盡罄，先生弟受其摧辱，在所不免。林侯臨鎮，實為李三刀一人。吳某、宋某，或因蘇、林二賊傳聞互詞耳。
乙西（一六四五），先生四十五歲。
五月，南都大去其國（「三藩紀事本末」：福王名崧，神宗孫，福王子。甲申四月監國，十五日僭即位，稱明年弘光元年。乙酉五月十八日，大兵渡江，王奔蕪湖）。六月，杭城北款。先生偕夫人蔣氏避亂廟灣（在縣東八十里）。八月，生子勖（字韋一，號斐庵，副室蔣夫人生），方十日，棄不返顧。薶所著書于坎（「外紀」：釣業十二卷，系甲申閩歸手書，會避難江東，以石匣錮薶地。既而盜跡先生故居，索地，意他物發之。及先生歸，購得十之五六）。竟渡江去。時越中鄭義興（遵謙。「魯春秋」：鄭遵謙字履公，奉魯藩起江上，上授義興將軍，后于紹興晉公爵），已奉魯起事江上（「魯春秋」：乙酉八月，魯王監國于紹興。王名以海，太祖第十子荒王檀，十傳為王，以明年為監國魯元年），先生領職方，節制小亹。宋狡亦歸越，來謝罪請死。即令之去，曰『茲豈不忘宋時』。既率眾抵大尖山，告捷（注見后），義聲大振，諸鎮倚以為重。時沈起已剃發于東禪寺（學園集：江西建昌松溪山資圣寺天水和尚，歲甲申三月，應檀越耆請，始住東禪寺。明年，沈起始從師薙發為弟子。「魯春秋」：沈起，乙酉棄諸生為僧東禪寺，法名銘起，改字墨庵，亦有似乎晦之義）。浙東任事者猶持東林門戶，先生作書以告諸君子，都不省，因自號「不省」或稱「省翁」。復擬姚善致鄭公智書，其注云：『建文四年，蘇州守姚善（建文書法擬：姚善字克一，安陸人。初姓李，后復姓。洪武三十年，擢蘇州府。建文元年，至京師，畫策防御。文皇即位，為麾下縛之。上詰責，不遜。死之）。知義兵不可戰，謂當以智用之。前敗事，諸公率不聽，以是潛海上自理。鄭公智時為御史（遜國志：鄭公智字叔貞，臺寧海人。方孝孺薦之蜀獻王。建文初，為監察御史。靖難初，坐方黨論死），視師南浙，欲倚善為重，遣使招之，善致書』云云。書存后甲集中。
〔附〕偶記：余乙酉在越，于戎馬之日，周九逸（驤）周旋久。時余不自意其生，以故余少壯閱歷啟處，性情議論，以至述古、懷舊、怡興、放足、嬉笑、怒罵，無不留心，記憶最悉。
丙戌（一六四六），先生四十六歲。
在越，得會稽高朗初及門，以文為贄，題為「事君能致其身」，取武侯「鞠躬盡瘁、死而后已」兩語為題破，同學竊笑之。先生曰：『毋然！此言其志也』。春，小亹吾捷（「魯春秋」：監軍左尹以兵救赭山，大捷，追奔數十里，多斬獲。赭山為小亹對渡，義興兵越江南而守被殘。左尹曰：「不守赭山，是揖敵門庭也」。親往督陣。副將朱之彪先登）。六月上旬，江上內變，魯航海（「魯春秋」：監國奔臺州，次富平將軍張名振石浦）。高朗具公服，詣浦江自沉以見志（高朗字克揚，會稽諸生。及監國渡海，克揚詣蔡林廟誓神圖后起。父岱字白浦，力止之。走浦江投水死。父亦十余日不食死。岱登北榜賢書，坐借籍見革。監國授兵部職方主事。見「東山國語」外紀中），先生慟哭之，拜于江口。潛走小江。有吳允仲者，素未謀面，募竹筏來迎入湯湖，為治半畝之宮，數日一遺粟。乃手成竹亭，茅覆之。取泉中圓石甓地如鱗。日哦其中。此地一望修篁，泉流曲折，至湖而暖，飲之可治寒疾（「外志」隱湯湖時，擬作史論，論必得解，不礱前人一語。每史冠以史律，律不得意出入，如傳次第之。方竟史記及兩漢共三史，便歸東山）。除夕，年家子董克千（良標）遠遺豕肉，有謝詩云：『珍重私遺除夜肉，至今余暖在滄浪』。
丁亥（一六四七），先生四十七歲。
初夏，先生將歸東山，以詩別吳允仲及履伯：『草長花飛盡可傷。百年心事重他鄉。主人此夜難為客，一樣江流分外長』（「外紀」：道有寄居詩十二章。既至東山，遠寄允仲詩，題絹上，令夫人手針刺之，極精致，有云：「與子相期三百日，臨行猶未眺東山」）。既歸，盡失故業，僅存數十畝，分割以遺同氣。曰：『弟不能復為同文矣』。手自涂其垣壁，日親圃事以給朝夕，不以為苦。借書讀空楹無壁處，風翻書葉如輪。聞鄭義興畢命于海，飲泣為之作傳（「魯春秋」：建國公鄭新與遵謙有隙，使其將楊賡故與遵謙善，誘入中流，進酒為壽。遵謙手一飲盡，大呼二祖列宗，長嘯拱手自沈。監國輟朝五日，贈太保，謚武愍）。是年，次子昌生（字天迪，號岐山，側室金氏生）。
〔附〕「外紀」：（丁亥）「玉琭緣」一劇為養生而作也。嘗語人：老少無成相，男女無成形，從變處求不變，造物所以長存也。