戊子，兵科給事中郝絅劾吏部文選司郎中吳昌時、禮部祠祭司郎中周仲璉竊權附勢、納賄行私，為周延儒干子；內閣票擬事關機密，事事先知。總之，延儒多欲不剛，智足掩過而忠不足謀國。見忠直雖援護，而實遠之；見邪佞雖褻慢，而實昵之。是以辜負知遇，耽誤封疆：則延儒天下之罪人，而昌時、仲璉又延儒之罪人也。辛卯，御史蔣拱宸、何綸各劾昌時貪險不法；命昌時除名，聽勘。
秋七月壬辰朔，督修歷法。光祿寺卿李天經上言：『日食分數時刻，與西法各有異同；止于宮中親測，西法多合』。令更考訂，求其畫一以聞。
甲午，發帑金四十萬貯富新倉；出陳納新，毋得輕動。
訊雷演祚、范志完于中左門。初，演祚入朝，面奏志完兵淫掠；命逮之。至是，上問『志完兵淫掠，又金鞍、銀數千兩、馬百匹，托諭德方拱干行賄京師，其事若何』？演祚歷歷可指。因召拱干入，上問：『演祚云爾所言稱功頌德偏于班聯者，誰也』？曰：『周延儒招權納賄，如起廢、清獄、蠲租自以為功；考選科道，盡收門下。又幕客董廷獻居間，凡求巡撫、總兵，先通賄于廷獻，然后得之』。上怒，即命逮董廷獻。上又問志完：『爾馬百匹送方拱干，金鞍十并數千金饋誰』？志完謝曰：『無有。是日臣在大王莊，副總兵賈名芳等單騎乘大風，卻之』。上斥其妄；又問『駐德州四旬，何支五日餉也』？演祚曰：『彼兵止欲折干；若趙光拚兵有紀律，其過山東曾不索餉』。上曰：『光拚亦逗留，何不舉劾也』！曰：『光拚兵，實不曾擾』。上命演祚起。問御史吳履中：『爾在天津，察志完云何』？履中對如演祚言。志完飾辨，上曰：『光拚亦逗留，獨劾志完，難服其心』！命錦衣衛即逮光拚。方拱干入辨，未嘗受賄；『所云名馬百匹驅入禁城，形跡彰露；何待演祚外臣發覺耶』！上頗然之，乃退。
以史可法為南京兵部尚書。
逮張國維、侯恂——以秉樞不職、棄開封不守也；并責給事中方士亮、御史蔣拱宸、兵部職方郎中尹民興。
乙卯，上自訊吳昌時于中左門，拷掠至折脛，乃止；并逮蔣拱宸，俱下獄。尋征周延儒聽勘。
丙辰，免各省直崇禎十二年前上供紗綾紙等。
議恤故總理盧象升，并核各死事文武官。
庚申，出千金資太醫院療疫。自春二月迄今，京師大疫，死亡日以萬計。又出二萬金，下巡城御史收殯。
八月壬戌朔，左良玉遣馬進忠復武昌。
張獻忠復陷岳州；至臨湘，知縣林不息死之。
辛未，裁南京操江都御史。時罷鎮遠侯顧肇跡，以誠意伯劉孔昭代之；孔昭因召對，泣陳文臣制肘、事權不一，故有是命。然孔昭實無片長，惟以空言鼓動主上；上遽信之，竟停文臣操江之命。
前諭入覲官薦將才，令兵部匯上并文武大臣科道所舉堪督、撫、總、副者。
以司禮太監王承恩督察京營戎政、韓贊周守備南京。
丁丑，永王出閣就學。
丙戌，張獻忠陷長沙，總兵尹先民降。先是，武昌陷，湖廣巡撫率所部千人奔長沙；推官蔡道憲請還屯岳州，謂『岳與長沙，唇齒也；并力守岳，則長沙可保，而衡、永無虞』。乃勉赴岳州；及入蒲圻，遂揚帆南遁。迨王聚奎至，亦自保，駐袁州，逗留不進；道憲復請屯岳州。聚奎屯岳數日，仍檄徙長沙；道憲曰：『既無恢北之志，岳州無恙，不于此時練兵固守，乃棄之南下！賊攻岳，尚慮長沙為之援；若岳不守，長沙豈獨全哉』！聚奎不納；驅萬人入長沙。所過如洗，視賊特甚。聚奎去，巡撫御史劉熙祚以吉王走衡州。癸未，賊至，望帥旗下無一人，笑取裂之；至城下，呼推官曰：『吾軍中皆知爾名；勸吾勿犯，可速降，毋自苦』！道憲不應，挽強弩射之。獻忠怒，攻三日夜而陷。執道憲，百計誘降；不可，磔之。健卒林國俊等九人追侍道憲，賊勸道憲降，語甚苦；國俊曰：『如吾主可降，亦去矣，不至今日』！賊叱云：『不降，爾且不得生』！國俊曰：『若我輩愿生，亦去矣，不至今日』！賊并殺之。中四卒奮然曰：『愿且延旦夕！葬主骸畢，當受爾刃』。賊亦許之。于是四卒解衣裹骸，葬之南郭；葬畢，四卒還，自經。道憲，晉江人；理長沙，治績甚著。
李自成筑七城于襄陽城西；驅難民，誘官軍斬獲，實非賊也。總督孫傳庭不知其詐，奏：『聞臣名，皆驚潰。臣誓肅清豫、楚，不以一賊遺君父』！識者憂之。
九月壬辰朔，上憫都人疫，諭修省，釋輕系。
己亥，孫傳庭出關進討李自成，步騎各五萬。傳庭所部皆關西銳卒，仗鎧旗幟鮮明耀目，難民夾道歡呼稱慶；傳庭意氣甚盛。辛丑，攻寶豐，賊救至；總兵白廣恩、中軍高杰分擊之，克其城，擒偽州牧陳可新。壬寅，傳庭兵自朱仙鎮而南，大雨六日，糧車日行三十里，又道淖；未至，士馬俱饑。或勸傳庭旋師就運，傳庭曰：『吾軍行巳六、七日，度即還軍，亦饑；寧能濟乎！要當破一縣就食耳』。甲辰，復郟縣；縣俱窮民，集騾羊二百，頃刻分臠食盡，不足給。己酉，命河北、山西就近餉傳庭兵。
丙午，賜進士楊廷監等四百人及第、出身有差。
丁未，吉王、桂王并至永州。御史劉熙祚護吉王抵衡州，值桂王走永州，迎之，方舟而前。庚戌，張獻忠追二王于永州，官兵星散；夜至茅粟鋪，執巡撫御史劉熙祚，誘降不屈，死之。
甲寅，作新鈔。戶部尚書倪元璐上言：『內發鈔式，命臣詳議鈔法。度一歲有五十萬之入，籌國長計，孰便于斯！或以久廢乍復，人則駭之；不知此即民間之會票也。宋時，謂之錢引。終元之世，錢法不行，尚爾用之不匱。況復化裁通變，稽古宜民乎』！
孫傳庭兵潰于襄城。降盜李際遇陰通賊，賊已大至，佯遁，誘傳庭兵追之；伏兵道左，襲軍后餉道。傳庭既乘勢長驅，糧運漸遠。會糧車沮雨至者，復為賊伏所得，傳庭始困；召諸將問計。總兵高杰請戰；白廣恩曰：『吾軍困甚，宜駐師，分據要害，步步為營以薄賊，易耳』。傳庭恐賊遁，廣恩曰：『即賊退，我乘而擊之，士氣倍奮』。傳庭曰：『將軍怯，獨不如高將軍耶』！廣恩不懌，又前覬「總統各營」不得，方怏怏；自引所部八千人去。賊前鋒號「三堵墻」，其隊紅一、白一、黑一，各七千二百人；紉重布為甲，刃矢揮擊不得入，敢戰。驟與遇，遂接刃；我軍卻，陷泥淖中，殺傷三、四千。高杰立嶺上望，曰：『不可支矣』！麾眾退；進入于河，死亡四萬余人。傳庭與杰以數千騎走河北，遇巡按御史蘇京；京曰：『君自為計，我當以實聞』！戊午，李自成攻潼關，白廣恩擊破之，賊不退；傳庭竟回潼關，眾尚四萬。
以程注為兵部尚書。
冬十月辛酉朔，副總兵沈萬登復汝寧。萬登，汝寧大俠也；聚鄉勇萬余人。李自成偽授威武大將軍，不受。是日，偽將軍馬尚志蒞任，萬登潛遣諜入城；因擁眾入，斬五百級，誅尚志，獲印；擒汝寧偽防御使金有章、偽府尹鄧漣。
總兵劉良佐等以鳳泗兵、副總兵馬得功以禁兵合趨潁州、沈丘。
徐州副總兵金聲桓討蕭、碭諸盜，平之。初，蕭縣盜王道善等陷縣城，焚徐州囗囗；桃源盜程繼孔合之永城，余寇朱安世、燕青等相煽于徐、宿、永間。聲桓以九月丁巳會兵分討，繼孔請降，以兵守之。是日，拔諸寨，斬二千八百。
李自成間道緣山崖出潼關后，夾攻官軍，大潰；總督孫傳庭死之，白廣恩遁。自成結陣而西，連陷華州、渭南，殺渭南知縣楊暄；又陷臨潼、陷商州，屠之：關中瓦解。
馬士英進兵河南，副總兵莊朝梁以三千騎來會；汝南道韓煜復息縣，義兵帥申夏志復上蔡。
乙丑，清兵屯山海關外；總督王永吉趨山海、永平，發內帑金八萬、戶部金十萬資餉。
張其在陷萍鄉插嶺，賊分掠萍鄉、醴陵境上，檄萍鄉知〈系系〉造舟獻馬；于是袁、瑞、臨江、新喻、分宜之人俱空。
丙寅，諭有司贖鍰除留額積榖外，俱充餉。
巡撫陜西都御史馮師孔知寇棘，急入西安收保。午刻設城守，俄寇至。是夕，高杰逃至，不納；寇攻城。
削孫傳庭督師尚書銜，以秦督充為事官，扼守關隘——時上未知其敗沒也。加援剿總兵官白廣恩蕩寇將軍，給兵三萬。
張獻忠遣部將以二百余人趨連州。南贛兵備副使王孫蘭駐韶州，兵不滿百；使十輩請兵，得羸卒七百人；復以他警，一夜撤去。至是，聞之，遽自經；知州踰城遁，樂昌、乳源、仁化自潰，韶州吏民縋而逃盡。
兵科給事中蕭遴奏：『孫傳庭處置失宜，致白廣恩生心西奔；各營隨之，為賊所乘。或言廣恩與高杰不合，掉臂而去；則廣恩固可殺也』！上方信廣恩，不聽。