秦皇歷485年，秦明稱帝，頒布新制治理天下。正值天下變革之際，朝政一片混亂，他以梳理朝政，實行新制為由收繳各地兵符，之后以巨子令招天下墨家之人，聚之咸陽。
新制實行之始，儒墨之爭再起。從禮制與尚賢、尚同之爭到如今賢人治政與依法治政之爭。由天命論與非命之爭演變成現在歷法的天人合一與道法常在；不為堯存，不為禹竭的智辯。
而剛正守秩的法家經此一難，已經名存實亡。或收入儒家，或并入墨家。儒墨之爭但看似是兩家道統的矛盾，實則是公天下之爭背后的士人精英與天下之人的制政之權爭奪，權利來源的解釋權之爭。但不論如何，公天下已經成為世人認可，不容違逆的趨勢。
秦皇歷487年，秦明病重，對于新制背后國家權力的來源到了必須蓋棺定論的時候，他先后詔見了儒家代表孔氏，然后又召開了墨家內部會議，希望將皇位傳承給太子的同時，將墨家巨子的位置也如同皇位一起世代相傳。墨家一眾長老堅決反對此事，他們對皇位的傳承并無意見，但是墨家巨子的傳承自墨家建立以來就有嚴格的接任制度，師徒傳承的學治體系不容改變。
秦皇歷488年春，經過三次墨家內部會議商議未果，秦明再次召見了孔氏，最后下定決心罷黜墨家，獨尊儒術。逮捕天下墨家之人，焚燒墨家從政典籍，墨家四大長老三個被捕，在被捕之前，他們都發出巨子變節，隱退天下的信號，在暗堂堂主的策劃之下，墨家開始淡出朝堂，進入至暗時代。同年秋，明秦第一代帝王秦明駕崩，太子秦廣繼位。
儒家當政第一件事就是摒棄法治，建立以禮制為核心的國家管理制度。君為臣綱，父為子綱的至孝政治。與此同時，撤銷工坊，關閉大量礦場，在全國范圍內實行齊戶編民，嚴格限制人口流動，摒棄王田制實施民田制，新制度的推行使得大秦原本發達的手工制造業直接陷入崩潰當中。實行的按業分戶制度更加直接固定死了社會階級層次的變遷，使得整個國家由高效運轉的機器直接變成一動不動的禮器。儒家士大夫驕傲的將這樣一個社會稱之為盛世之治。
秦皇歷496年春，涪陵郡土司楊世釗與羅炳田因田界勘察問題大打出手，雙方由罵戰逐漸演變成械斗，最后參與械斗的規模逐漸擴大。地方官府數次勸說無果，最終上報咸陽朝廷。咸陽派遣大理寺官員前往調解，由官方進行核定劃界。首次劃界，楊世釗不服，認為大理寺官員有失公允。于是朝廷便派遣戶部侍郎前往進行二次劃界，由于兩次派遣的官員根本就不會核算田畝，都是按照輿圖一筆了事。羅炳田感覺第二次劃界劃的更加離譜，當事雙方對這一結果都不滿意。于是雙方干脆各出了個方案，最終決定以械斗定輸贏。
秦皇歷496年秋，朝廷開始收秋稅。地方官員按照魚鱗冊催繳田稅，楊世釗拿到稅單通知之后，覺得款項不對，于是便帶著田畝文書上縣衙復合。縣令查看之后告訴他，他手上的田畝文書界堪有問題，堅持要求按照魚鱗冊收稅。楊世釗極度不滿，但無可奈何，悲憤離去。
秦皇歷497年春，地方胥吏再次找到楊世釗以收運糧費為名，要求他的寨子再度繳稅。（實際上是地方官府在核算賬目時出了錯，上報的時候報多了。在法治時期，田稅的繳納與運送都是由府衙經過嚴密計算之后，上報朝堂，算錯了地方官府都要自己想辦法承擔的。為了禁絕地方官府行勒索之事，對于秦法對收稅范圍和次數都是有嚴格的規定！所以出這種事通常都是地方官府用自己的錢或者找大商人借錢去填窟窿。）土司楊世釗以聞所未聞為由，拒絕二次繳納糧稅，此事直接引爆了地方土司與官府的矛盾。縣令索性將稅款差額全部推到了楊世釗身上，上報朝堂稱他心有反意，不愿繳稅。楊世釗聽了此事之后大為惱火，秦皇歷497年秋，他索性就真不繳稅了。
連續兩年賦稅缺額，直接惹惱了縣令。縣令決定讓他吃個教訓，派人去抓他。楊世釗也是個暴脾氣，直接把縣令派來的人一頓暴打，趕出土寨。縣令見自己拿他沒辦法，并上報郡守楊世釗謀反。（實際上是蓄意打擊報復。）郡守也未派人復核，直接派兵鎮壓。這樣一來導致官逼民反，楊世釗直接以武力對抗。周圍土寨對補稅之事早已不滿，看到地方官府派兵剿滅楊世釗未果，也同樣像他一樣索性就不繳稅了，反正你也拿我們沒辦法！（那個時候人都很淳樸，自己算錯了賬，讓我們來承擔，憑什么？）土司之亂由此爆發，席卷西南。
秦皇歷498年，朝堂收到消息之后，非但沒有處置縣令，反而征兵圍剿土司（談判都不談了，直接開打）。土司聯軍在盧陽與官軍展開大戰，戰事延綿三年毫無進展。官軍死傷甚重，朝堂威望大打折扣。
秦皇歷502年，恒氏之子恒豐建都建康，稱越王，起兵反叛（早知道老皇帝死后，你們就這么廢，我當初就不投降了）。朝堂兩線作戰壓力巨增，于是只能采取剿撫并用，東剿西撫之策，以應對南方的叛亂，從此開啟了南方土司不納稅賦的歷史。
秦皇歷511年，恒氏兵敗遠走南方，越國從此遷移至交址（朝堂儒家掌權之后仗打的稀爛，土司剿不動，舉全國之力打一個東南，打了9年也未盡全功）。
秦皇歷514年，樂浪郡三韓復叛，建國朝鮮。朝堂諸公以苦寒之地食之無味，棄之可惜為由，干脆封王安撫。（實際上是東南大戰連續打了12年，國庫打空了，沒錢糧打了。）
秦皇歷515年，貳世秦廣在享受一世富貴榮華之后駕崩，史稱仁皇帝。（自己給自己無能貼金，說以仁義為先。）經過一番政治斗爭，皇帝四子15歲的秦浩登基稱帝，權相荀苗以輔政之名，包攬朝政。次年，淮河流域水災嚴重，與此同時關中出瘟疫。儒家聲稱此乃皇帝失德所致，要求皇帝敬天法祖，下罪己詔。（天災發生朝堂不救災，反而把鍋推到了15歲的傀儡皇帝身上，假惺惺的的告知天下都是我的錯，要怪罪就怪罪我吧，不要怪罪我的臣民，這實質上是人文思想的退步。）
秦皇歷522年，皇帝秦浩于武英殿設計擒殺荀苗，還政朝堂。此事直接激起了儒家士子的不滿，紛紛罷朝。無奈之下皇帝只能妥協，宣布東巡泰山祭拜孔子，封孔丘為至圣先師來緩和矛盾。同一年，在四百年前被趕至西方的匈奴得到金屬鑄造工藝之后（在此之前他們能少量制造金屬器件，弓箭還多以骨制箭頭為主），在魯塞尼亞地區東部（今烏克蘭東北部，哈薩克斯坦西部）開始發展壯大，重建匈奴王庭。
秦皇歷526年，匈奴王庭發生巨大變動，新單于阿拉提上位（就是那個號稱上帝之鞭的阿拉提）。萬夫長只脖兒斤氏爭位失敗，只能帶著部落東遷，歷經四年至阿爾泰山東部地區落腳。
秦皇歷542年，經過12年的休養生息，明秦逐漸繁盛，形成一片盛世祥和的氣息。而東部匈奴此時也開始發展壯大，占據北部草原大半。
秦皇歷543年秋，明秦三世皇帝秦浩駕崩。太子秦乾繼位登基。與此同時，東部匈奴與鮮卑蠻族大戰于瀚海南部，此戰鮮卑大勝，兼并東部匈奴。吞并匈奴人口之后原本被打的七零八落的鮮卑再度發展壯大（鮮卑多次南下寇邊，被大秦教訓，發展低迷時期被打到人口不足5萬）。兩部合并之后，人口再度達到30萬，號十萬控弦之眾。以盛樂為都，建立代國。
秦皇歷547年秋，南部恒氏越國勵精圖治發動北伐，攻入南海郡，象林郡；南方戰火重燃。新皇秦乾被動迎戰，邊關軍士不敵于越軍，一度潰敗至虔城地區。恒氏越國發展壯大，朝廷緊急增兵豫章郡，雙方在豫章南部展開大戰。戰事綿延5年后未有勝負，最終不得不停戰談判。與此同時，北部草原代國經過連續南征，一統草原各部落。
秦皇歷554年，代國南下寇邊。明秦只能依靠長城死守，被動挨打。（儒家大規模廢棄礦場，關閉工坊以后，秦弩的研究和制造就陷入中斷之中，鑄造造精良的箭矢產量一年不如一年，各類戰爭機械也由于墨家的離去徹底擺爛，各類兵甲的鍛造也不如從前精良。這背后的原因是冶煉配方的缺失，秦漢制武器是使用多種礦物配方冶煉的合金，這一點從出土的秦或者漢制武器能看得出來，墨家不僅使用合金來鍛造兵器，他們還使用礦物粉末配方進行火煉法對將校的武器進行鍍金。而墨家徹底隱退之后，金屬的大規模冶煉工藝就開始停滯不前了。）在三番四次的吃虧之后，朝堂上開始意識到武備喪失的危害，但是要讓儒家向墨家低頭那是不可能的，于是在這種背景之下，活動于民間的公輸氏再次被請回了朝堂之上。家主公輸鐸被征辟為工部右侍郎，專司朝廷武備兵甲的鍛造之事。
而沉寂五十多年的墨家也以此為連接，重新開始活躍起來。實際上在過去十幾年里，墨家也一直試圖滲透進儒家，以借此來暗中回到朝堂之上。但是效果一直不是很好，因為墨家尚檢，許多弟子通過儒家一回到朝堂就迅速腐化，不搞研究，開始享受起了生活。而公輸家族回到朝堂之后，墨家以此事為基準重新滲透進入工部，借助國家資源更新軍事機械。（戰爭機械的研究是非常吃資源的，墨家在過去的幾十年里，喪失國家支持之后，軍事機械的研究一度陷入停滯，只憑商業利益根本就無法支撐軍工研究的推進。）
秦皇歷557年，代國南攻晉陽城。企圖復刻羌人滅南秦之舊事，更新武備之后的明秦軍隊借助銅蒺藜，廂車陣，地火雷三大利器慘勝代國的鮮卑騎兵。斬敵13000騎，繳獲戰馬7000多頭，自身傷亡2萬余人。（原始火器開始第一次登上歷史的舞臺。）南征受挫的鮮卑人，放棄了速勝的想法，開啟了每年一次，多點滲透的劫掠戰法。而西域的喪失，常年未收復，導致明秦的戰馬極度缺乏，軍隊退化為步兵。
秦皇歷561年，西羌人也加入了東下劫掠的隊伍，大河北方不勝其擾，無奈之下再次遷都洛陽。兩年后，咸陽城被西羌攻破，羌人在典農（寧夏附近）建國稱后秦。（他們認為自己攻下咸陽滅了大秦，該繼承大秦的疆土。）從此以后明秦陷入衰落后期。大河北方燕趙之地也逐漸被鮮卑建立的代國所占；次年，代國遷都漁陽，改漁陽為燕京。
秦皇歷565年，皇帝秦乾在遷都的屈辱中病逝于汴州，20歲的大皇子秦昀繼位。值此時機，后秦與代國同時南下，朝堂評估戰事不利，再一次執行遷都南下許昌。儒家為了再一次避免出現周失典籍，百家爭鳴的情況出現。朝堂先一步遷移大部分典籍，這些典籍被一分為二；其中關于機械，百工技術的部分被送往川蜀之地。涉及天文，歷法，節氣等勘定推算之法被送往建康；朝堂諸公此時已經做好了亡國的準備。
秦皇歷571年，北方戰爭持續六年，三方僵持于大河防線，你唱罷來我登場。連年的戰爭導致北方百姓疲憊不堪，長期的消耗戰讓大家看不到勝利的希望，于是北方百姓紛紛南遷，于是形成了歷史上有名的諸夏衣冠南渡事件，大江南方開始興旺起來。
秦皇歷574年，三方都打不動了，大家開始偃旗息鼓。明秦趁機遷都建康，改名金陵。（這個時候已經開始吸取北秦的教訓，大戰之時絕不遷都）
秦皇歷581年，在南方越國發生了重大的政治事件，在北征和談之后，越國能安分下來主要是因為兩件事，他們因為承襲秦制的原因，因為稅收之事西面的和西邊的土司發生了爭斗。（事實上這是中了禍水西引之策；和談劃界的時候，北方朝廷故意把涪陵郡南方的一部分劃給了越國，那里是土司、生苗聚集的地方。）另一件事就是不久之后越王去世，越國朝堂發生了立儲之爭。在這之后上位的大王一個比一個命短，頻繁變更的皇室和朝政根本就讓越國形不成合力。終于在這一年越國太尉阮南燭直接兵變，弒殺越王恒泰全族，自己上位稱王。丞相黎朝允見勢不妙，帶著家族眾人倉皇北逃，到金陵求救。朝堂上的儒家眾人聽聞之后怒不可遏，如此惡徒焉能讓其逍遙天地之間。于是在明秦朝廷的支持之下，黎氏帶領3萬久經戰陣的秦軍南下，打著為越國王族恒氏報仇的旗號攻進南海郡，召集親信故舊圍攻都城番禺，與眾人約定先入番禺城者為王。圍困城池一月有余，阮南燭自戕，其部眾開城投降。
秦皇歷583年夏，黎朝允在番禺城受封越王，建立黎朝越國。其后效仿明秦改制，任用儒生治理國家。
秦皇歷586年中原戰事再起，先是鮮卑代國與羌人后秦大戰，羌人不敵，求救于明秦。明朝廷經過斟酌之后出兵，沿淮黃運河北上至汴州，之后沿著黃河東進進攻燕京，這招圍魏救趙成功的讓鮮卑人停下了西進的腳步。從此以后，中原大地進入三國爭霸的局面。
大秦歷594年，明秦皇帝秦昀病逝于金陵。19歲的大皇子秦祥登基為帝，被稱為賢王的蜀王秦駒輔政。蜀王年長，長期活躍于中原前線。607年，皇帝秦祥身在宮室之中，常年聽得到朝臣對賢王的夸贊之聲，心中不岔，逐漸起了厭煩之心。自古以來登高震主者，難有善終；更何況秦駒還是宗室。
秦皇歷608年秋，明秦朝廷的政治斗爭拉開帷幕，朝堂上保皇派與賢王派開始了對權力的爭奪，后方不穩前線也無戰心。已經42歲的蜀王只能回到金陵處理朝事，前線的鮮卑人看到了機會，直接發動了西征，趁著明秦朝廷動亂之際，于609年攻克咸陽，兵進典農。羌人棄城逃往關外，后秦即滅。
秦皇歷610年秋，代國國主慕容至在燕京登基稱皇，同年派十萬兵馬從陳倉出發，進兵漢中，得到消息的蜀王顧不得朝堂的爭斗，立刻乘船出發前往蜀地組織防御。雙方在漢中大戰三年，由于地形對騎兵不利，鮮卑屢次損兵折將。戰報傳到金陵，皇帝秦祥動起了北伐的心思。既然蜀王王以8萬不到的區區偏師能在漢中抵擋代國主力騎兵，而他自己手握二十萬步卒，5萬水師未必不能復刻昔日閃擊燕京之舊事。
秦皇歷611年夏，秦祥不顧朝中大臣反對，在金陵大張旗鼓誓師北伐，率領南軍步卒20萬，大江水師5萬再次沿運河北上汴州。可是他不知道的是他在大張旗鼓的誓師之時，早有眼線將消息傳到了北方燕京。