Gerbode Defect主要應與三尖瓣反流、主動脈竇瘤破入右心房等病變鑒別，根據分流束的起源部位和時相的不同進行鑒別。三尖瓣反流時右心房內的射流來自右心室，而Gerbode Defect的分流起自膜部室間隔。主動脈竇瘤破入右心房時，由于主動脈和右心房的壓力差存在，分流呈持續性，以舒張期為主，而Gerbode Defcet產生的分流主要位于收縮期。