疾病預后與分流量的大小、并發癥的嚴重程度以及合并其他畸形的情況有關。心內分流的持續存在會增加罹患感染性心內膜炎的風險。長期隨訪顯示，部分小缺損可以自行閉合。有學者在術中發現，實際上是發生了動脈瘤樣變的三尖瓣隔瓣封閉了缺損。沒有自行閉合的可行手術封堵，結果較為滿意。有學者建議，即使是無癥狀的患者也應進行手術封閉缺損，以預防感染性心內膜炎的發生。