起源于中國云南省

1894年，法國巴斯德研究所的亞歷山大·耶爾辛（Alexandre Yersin）和北里柴三郎兩人在同一時期分別發現了鼠疫桿菌。當時，北里柴三郎在德國細菌學家羅伯特·科赫（Robert Koch）的指導下開展研究。自那以后100多年來，鼠疫桿菌的起源已經被揭開了。

在14世紀大流行期間，群葬墓地可見于歐洲各地。巴斯德研究所的芭芭拉·巴拉曼奇博士等人在2011年發現了《十日談》中描繪的群葬墓地（圖11），從骨骼和牙齒中采集了鼠疫桿菌的DNA，并進行了基因分析。

圖11　在法國羅訥河口省馬蒂格鎮發掘的18世紀瘟疫死者的集體墓地

新發現二系統的鼠疫桿菌，不同于已知的三系統的鼠疫桿菌。這二系統的鼠疫桿菌表明，中世紀歐洲的鼠疫桿菌是分成兩路入侵的。在法國南部馬賽港附近的1347年墓地發現的菌種，與1349年在英格蘭威爾士邊境附近的赫里福德墓地發現的菌種相同。它在法國地中海一側登陸，并迅速蔓延到英國。

愛爾蘭科克大學的馬克·阿克特曼教授等國際團隊根據各地鼠疫基因的突變情況制作了進化血統（譜系）樹，并在2010年發表。其研究說明，2 600年前鼠疫最初出現在中國云南省。