第二、第三波的襲擊

在那之后，鼠疫間歇性地繼續流行。在17世紀，歐洲又遭受了第二波鼠疫災禍的打擊。1663年在荷蘭流行，1665至1666年也在倫敦流行。《魯濱遜漂流記》的作者丹尼爾·笛福（Daniel Defoe）在《瘟疫》（中文名《瘟疫年紀事》——譯者注）中，詳細描繪了導致四分之一的倫敦市民死亡的疫情發生時的悲慘狀況。

由于劍橋大學因瘟疫而關閉，牛頓回到家鄉伍爾索普農村，避開了瑣事的打擾，埋頭研究萬有引力定律。牛頓一生的成就幾乎都集中在這一年的避難時期，被稱為“牛頓奇跡年”。

1666年，倫敦遭受了空前的大火災，85%的房屋被燒毀。在重建中，由于強制性地建造磚石建筑，老鼠的棲息地減少了，鼠疫也消退了。可是，1720年法國馬賽暴發鼠疫，導致約10萬人死亡。

1894年，第三波鼠疫流行開始于中國云南省，迅速蔓延至香港，然后通過海上航線擴散到太平洋地區。在夏威夷，1899年從香港駛入港口的船舶帶過來的老鼠傳播了疫情，瓦胡島的唐人街遭到毀滅性災難。疫情并沒有停止蔓延，市政府決定將唐人街燒毀。可是，燃燒蔓延開來，發展成一場大火災，有400人被燒死。

1899年，鼠疫入侵了日本，源頭是進入神戶港的臺灣船只上的船員。在隨后的27年中，大大小小的流行不斷發生，2 906人感染發病，2 215人死亡。之后，日本政府的瘟疫防御措施取得了成功，并在1926年控制了疫情。

1900年，鼠疫傳播到美國本土，首先在舊金山流行起來，113人死亡。同一時期，澳大利亞也發生了疫情，截至1925年，反反復復出現了25次流行，大約1 900人死亡。