一 石刻文本的整理不足
我國石刻自先秦發生（以留存石刻論），發展至清朝末年，已有兩千多年歷史，留下了不計其數的作品，但從研究者文本整理的結果看，數量既不全，質量也不高，毛遠明曾批評碑刻文獻整理的問題，指出材料散碎、原始，搜集整理不夠。[7]確實如此，這由多種原因造成。
1.有意識的石刻整理工作起步太晚，前期時段發生的石刻，因失去了整理的機會而消失得不到整理。
關于石刻文本的整理，今知最早有梁元帝著《金樓子》卷五《著述》類所載蘭陵蕭賁撰“《碑集》十袟百卷”，《四庫全書總目》稱其“是為裒輯金石之祖”。[8]嗣后，《隋書》記載南朝的石刻整理成就漸多，有《碑集》二十九卷；《雜碑集》二十九卷；《雜碑集》二十二卷（梁有《碑集》十卷，謝莊撰）；《釋氏碑文》三十卷，梁元帝撰；《雜碑》二十二卷，《碑文》十五卷，晉將作大匠陳勰撰；《碑文》十卷，車灌撰。又有《羊祜墮淚碑》一卷，《桓宣武碑》十卷，《長沙景王碑文》三卷，《荊州雜碑》三卷，《雍州雜碑》四卷，《廣州刺史碑》十二卷，《義興周處碑》一卷，《太原王氏家碑誄頌贊銘集》二十六卷；《諸寺碑文》四十六卷，釋僧佑撰。[9]雖然這些成果出現較早，但是，如今這些石刻著述早已付之云煙，內容如何，是石，是拓片，抑或是文字整理成果，自然無從談起。《文選》雖然錄有碑文，如《蔡伯喈郭有道碑文》《陳太邱碑文》《王簡棲頭陀寺碑文》等，因未知其文究竟是來自石刻還是其他載體的文本，因紙本文其結構畢竟與本來產生的石本形式、內容有差，所以對于石刻的文本整理成就而言，也就難以斷定是否。《隋書》記載的南朝石刻整理之后，直到趙宋時劉敞、歐陽修等，才開始有個別學者專注石刻。也就是說，石刻從開始發展至五代期間，相關整理是空白期，與沒有起步完全等同。這樣，石刻的文獻整理就只能從宋代說起了，宋前的石刻也因此多數湮沒無聞。然而，宋代以后在石刻的文獻整理方面由于以下原因，一樣地不如人意。
2.研究者石刻的文本價值意識嚴重欠缺，導致不注重石刻文本的采錄。
石刻研究若自宋人說起，長期專注于金石學，人稱是考古學的前身，學界的石刻研究成果多是在書法、文字方面，從研究成果看不難理解。雖然一些學者對石刻的文獻價值認識比較深刻，但遠比不上對書法與文字學價值的認識，這導致學者對石刻的文字筆畫，或者文字構造的過度關注，關注石刻中某一個字的構造、一個字體的形態，而忽略其整片石刻的文本意義。在這種思想指導下，我國石刻自先秦產生，專門的石刻文本采錄在今日看，至早也是到南北宋之交時候的洪適（1117—1184）作《隸釋》，才開始起步，有少量比較完整的文本錄入。[10]這種情況可以說一直持續著，因此，至今留下經過整理的石刻文集，只有寥寥幾部，除《隸釋》《隸續》之外，還有明代都穆的《金薤琳瑯》，清朝的《金石萃編》《八瓊室金石補正》等。所錄文本又受到厚古薄今思想的影響，常限在宋元以前，明清石刻的文本錄入可說沒有。
3.石刻研究歷來存在嚴重的厚古薄今的傾向，這種傾向從宋代開始，一直延續到了清朝末年。凡石刻研究者僅關注其前朝作品的存在，而對當朝的石刻文本基本是視若無睹，這從宋人開始關注石刻時已是如此。比如，宋朝人注重五代以前石刻，五代以下的本朝闕如。歐陽修的《集古錄》，曾鞏的《金石錄跋》，趙明誠的《金石錄》，王象之的《輿地碑記目》，陳思的《寶刻叢編》及無名氏的《寶刻類編》等石刻目錄或著作，都只著錄到五代。而《隸釋》《隸續》則是僅錄漢石刻文字。至明朝學者，稍往后延續，逐漸開始關注宋人或元人的石刻文本，如都穆錄《金薤琳瑯》只錄至唐，張鳴鳳作《桂勝》錄宋人石刻，但是一樣都不關注身邊本朝人的石刻文本。清朝的學者又開始關注明代石刻，翁方綱《粵東金石略》收錄明人石刻如《明嘉靖御書程子四箴范香溪心箴》《嘉靖重修廣州府儒學記》《大成樂記》，陳白沙《風塵樓記》《包孝肅詩》《書肇慶城隍廟記》等，同樣，也并不收錄清朝人的石刻。其實，清朝的金石學家一般錄文也大多就是晚錄至元代，一些代表作如王昶的《金石萃編》，畢沅與阮元同撰的《山左金石志》，阮元的《兩浙金石志》，陸增祥的《八瓊室金石補正》等，即使研究者如錢大昕《潛研堂金石文跋尾》也是研究至元朝。這種厚古薄今的傾向，使得石刻文本自其發生時，即不能得到很好的搜集與整理，及至有人認識到其價值欲加以整理的時候，石刻本身已經殘破不堪，甚至已經消失，所以，我們研究石刻文獻見到許多的石刻簡目而不知其文；見到其文本者，又見其間多是表示脫漏的符號。這種情況在其他類別的文獻中是極少存在的，直接影響到后世的石刻研究，如當代人綜合研究石刻者多是論宋前，及至對明清石刻的論述，往往也是一筆帶過。通論性著作如趙超的《中國古代石刻概論》，徐自強、吳夢麟的《古代石刻通論》都是這樣。
4.石刻文本搜集重人制形態的碑刻，特別是墓碑或墓志銘，而輕摩崖。大概是因為人制碑刻多在易到易得之處，而且形式平整規則，接近地面，容易拓取，而摩崖則多是刻在山崖之上，且制作形式粗狂，形制又多巨大，不易拓片的緣故。所以，這就是我們今天讀到的清代以前整理的石刻文字，多是各種內容的碑，或者是墓志銘之類的緣故，如《北京圖書館藏中國歷代石刻拓片匯編》所錄，其中的摩崖作品甚為有限。葉昌熾曾有宋碑難得之嘆，事實上宋代摩崖非常多，并不難得到，只是拓片者少，而摩崖是石刻中的一大類，這樣也就導致了石刻搜集的不全面。
5.石刻研究者整理石刻過于重名人名作，一錄再錄，如吉日癸巳、石鼓文、史晨碑、大唐中興頌等，而對一些一般作者的作品視若無睹，又是導致石刻文本整理不足的原因之一。
6.石刻的文字書寫形式復雜，許多字難以辨識，也給石刻文獻整理帶來了困難。石刻從先秦產生以來，文字書寫形式既有時代性，同時帶有極強的書法家的個性表達因素。從留存的石刻看，有古文字、大篆、小篆、秦隸、漢隸、魏體書、草書、正書、俗字、訛字等。文字的時代性可以通過研究解決，但許多個性化的文字卻比較難以辨識，如傳說產生在大禹時代的岣嶁碑之類，字體結構怪異，學者猜測紛紛，難有定論。也就是說，有些字是只有作者才能明白的一些書體，這樣就使得許多學者即便是有整理石刻文獻的動機，卻也不得不知難而退。
最后就是石刻的地域分散性給石刻的搜集造成了極大的客觀困難，也導致了石刻文獻整理的成果不足。石刻的產生多為紀念某事而設，如各類建筑的興起、個人的旅行所在、社交事件的發生等，相關之人常會立石以示，而石一般也就建立在事件的發生地，這樣，許多石刻便自然而然隨其所屬地而存在，這些地方又多常人難到之處，或深山巨壑，或斷橋野渡，或佛寺道觀，或名苑別墅，石刻深藏其中，許多也就難以被搜尋集中，于是，優秀的石刻被發現，常常是在若干年若干朝代之后，如東漢永元元年（89）《封燕然山銘》至今方發現在蒙古國境內（內蒙古大學蒙古學研究所2017年8月消息）。又如墓志銘之類深埋地底，很可能永遠都不會被搜集到。
以上諸種因素共存、長存，導致石刻文本的搜集困難，整理更困難，文獻學者、金石學者多畏而卻步。從現存的整理文本看，新文豐出版公司編輯部編《石刻史料新編》統計金石類著作有1042種（國家圖書館整理歷代石刻史料匯編也稱查書千余種），其中石刻的文本搜集也僅僅只有80多種，其他石刻文獻則不過是石刻簡目或者是研究類的題跋、隨筆與雜錄等。從文本內容看，這些石刻文獻雖有80多種，但是又多重復收錄，比如《隸釋》收漢碑《史晨饗孔廟后碑》，明《金薤琳瑯》收，清《金石存》收，《金石萃編》同樣收等，其實，都是根據一種石刻的不同拓本，或相同的流行拓片整理。也就是說，石刻文本整理的整體數量并未有實質的增加，即石刻文本搜集的范圍并無擴大，石刻文本的搜集工作并沒有得到不斷加強。
從文獻整理的傳統角度，看石刻的文本整理成就，就更加令人難以滿意。現存的這些前人搜集的石刻文本或文本的集子，僅有極少做過規范的文字整理如校勘、標點等，大部分還停留在搜集者的初刻或者稿本的狀態，這在根本上影響了石刻文獻與文學研究的進步與繁榮。
以上說的是民國以前的石刻文本整理情況，現在石刻文本的整理，逐漸得到學人的重視，也產生了一些成果。成果的形式分兩類，一是影印推廣，二是作現代規范的校勘與標點。
做石刻影印集成的主要有三大家：一是1977年臺灣新文豐出版公司影印出版的《石刻史料新編》。該編將收入石刻文獻分一般類、地方類、目錄題跋類三類，將原本的著述編輯影印而成，分三輯出版。二是中國東方文化研究會歷史文化分會編輯，江蘇古籍出版社1998年出版的《歷代碑志叢書》25冊，收錄85種石刻著作，包括石刻目錄題跋與文本等，也是影印原文。三是國家圖書館善本部金石組編，2000年北京圖書館出版社出版的《歷代石刻史料匯編》，分全書共16冊，將民國以前編印的地方志以及金石著作中的石刻文獻按時代分解，然后再將同一時代的不同著作除去重復，順次編為五編：即先秦秦漢魏晉南北朝全編（2冊）、隋唐五代全編（4冊）、兩宋全編（4冊）、遼金元全編（3冊）、明清全編（3冊），著重收錄石刻文本，并精心制作了每編的目錄和索引。目錄置于每編第一冊首，索引則附于每編最后冊尾。
這三種整理成果，多是早期搜集成果的一種重新編輯與出版，沒有增加新的石刻，只是為讀者全面獲取舊日整理過的石刻文獻提供了方便，但在閱讀方面由于缺乏校點，無論是完好程度還是斷句分段，都需讀者用一番辨識整理功夫。
第二類整理是當代人的成果。如毛遠明的《漢魏六朝碑刻校注》，周阿根的《五代墓志匯考》，周紹良、趙超等編的《唐代墓志匯編》《唐代墓志匯編續集》，蔡美彪編著的《元代白話碑集錄》，王金英的《全金石刻文輯校》，陳垣編纂的《道家金石略》等。甘肅省還主持了中國石刻總錄的項目。還有一些地方性石刻文的整理成果，如《桂林石刻總集輯校》《廣西石刻總集輯校》《四川歷代碑刻》《北京石刻擷英》《隴西金石錄》等。
此類整理多能借鑒前人成果，而且能夠搜集補充新發現的石刻，整理形式較規范，字形規范，標點規范，又多附錄各類索引，易于讀者使用。只是該類整理成果數量尚少，遠遠不足以反映石刻發展的實際存量，在深度上或超越傳統的石刻整理，但在廣度方面卻還有一定的差距。
石刻文本整理的不佳，嚴重阻礙了石刻各門類學術的研究，如趙超著《中國古代石刻概論》受到學界的贊揚，但從其篇章布置我們看到第二章共六節，依次論我國石刻的發展與存留狀況，包括第一至五節的先秦石刻、秦代和西漢石刻、東漢石刻、魏晉南北朝石刻、隋唐石刻，所分章節時段甚細，論述也細致而充分，而第六節則是總論五代宋遼金元及明清石刻，跨過多個朝代，論述粗略，有一筆帶過的感覺。而實際上五代后的石刻存留，從內容到形式都要比唐前豐富得多。石刻文學的研究自然也是如此的先詳后略，甚至先有后缺。