在相對和平的時間里，司馬懿也把主要精力放在了內部人的身上。有一次，他給曹操寫信，指出當時的荊州刺史胡修、南鄉太守（湖北淅川南部）傅方，一個是橫征暴斂，一個是揮霍無度，不像忠臣良將，不應該守在邊境地區。曹操為了大局的安定，沒有對這兩個人加以懲罰。公元219年，關羽從江陵（湖北江陵）北上，進攻曹操政權在湖北的第一重鎮樊城（湖北襄陽），還全殲了曹仁部將于禁、龐德率領的軍隊，曹仁難以抵抗，只好退入樊城死守，關羽一面猛打樊城，一面又派人包圍和樊城隔著一條漢江的襄陽，在這個萬分危急的時刻，司馬懿所彈劾的胡修、傅方不僅沒有救援曹仁，反而痛痛快快的就投降了關羽，使得曹仁本來面目全非的局面更加雪上加霜。
受到關羽的影響，原本是曹操大后方的中原地區，自許昌以南，紛紛背叛曹操去響應關羽，可以這么說，關羽的攻勢，是自官渡之戰以后曹操政權面臨的最大危機。而與此同時，曹操已經走到了生命的最后階段，精力已經嚴重不足，最后居然想把都城從離關羽戰場很近的許昌遷到黃河以北的鄴城去。在這個時候，又是司馬懿力站了出來勸住曹操，同時，他出了一條改變日后三國形勢的絕妙計策。
司馬懿說：“于禁等人的部隊被大水擊敗，并不是戰略戰術失策，這種戰敗，對于國家大局并沒有致命影響，但是如果輕率的遷都，不但是向敵人示弱，而且會造成中原地區的連鎖崩潰。孫權和劉備兩個人，表面上親近而內心早已反目成仇，現在關羽獲得勝利，孫權一定不高興，我們可以聯系孫權，讓他在后方絆住關羽，那么樊城的圍困也自然就解除了。”
司馬懿的計策，是圍魏救趙之計的經典再現，最為難得的是，他的思維居然這么有跳躍性，能夠在自己一方被一個死敵逼得發瘋的時候，想到去和另一位死敵去聯合。要知道，自從公元208年赤壁之戰以后，曹操就把孫權、劉備列入必殺名單，因為正是這兩個人毀滅了他一統天下的夢想，在11年的戰爭中，曹操和孫權大打小打十幾場，損兵折將無數，甚至孫權本人都差點兒被曹操的軍隊殺死。但是，司馬懿能夠在極短的時間內沖破11年的政治慣性，快速上升到絕對理性的高度去思考重大問題，這才是一個杰出政治家特有的頭腦。最終，同樣是杰出政治家的曹操一聽司馬懿的絕妙好計，立刻和另一位杰出的領袖孫權快速取得了和解，在兩大軍團的前后夾擊下，關羽全軍覆滅，劉備一方永遠失去了荊州。曹操自赤壁之戰之后同時面對劉備、孫權的艱難局面一舉改變。
大戰雖然過去，但曹操仍然驚魂未定，總是難以忘記許昌以南一起背叛的場景，晚年的他，猜忌多疑而且有仇必報，為了確保中原的安定，曹操認為，應該把許昌以南的所有百姓全部遷走。
這是一項荒唐透頂的規劃，如果真的實施，立刻就會再次引起大規模的動亂。因為關羽事件已經表明，曹操雖然貌似強大，但他并不是那么得人心，即使他統治中原已經將近二十年，希望變天的人仍然很多。如果強行遷移，無異于火上澆油，恐怕劉備、孫權還沒打過來，中原就已經再次暴發起義了。
在這個時候，司馬懿又出現了，他對曹操說：“荊州這里的人民風彪悍，容易搞事兒還不容易安撫。關羽被擊敗以后，各種心懷叵測的人仍然躲在暗處觀望，如果不論是否無辜都一律遷走，不僅傷害了平民的心，也讓那些隱藏在平民里的壞人再次作惡。”曹操不愧是一個杰出的領袖，雖然經常犯渾，但只要一聽到正確的意見，立刻就能改正過來。在官方的安撫之下，老百姓很快擺脫了大戰亂帶來的動蕩，很多當初因為起事而逃跑的人，也都陸陸續續回到家鄉，重新做起正常人的生活了。
根據《晉書》記載，曹操雖然重用司馬懿，可是對他總是非常防范，甚至幾次都想要殺掉他。說起原因來，就是擅于觀察人的曹操發現司馬懿的志向過大、能力過強，漸漸就對他心存戒心。后來有人造謠，說司馬懿走路回頭的樣子很像一頭狼，只轉腦袋不轉身子。那狼是什么東西呢？歷來是象征殘忍、狡詐、沒良心的動物。說司馬懿是狼，明顯就是害他。曹操聽說以后，還專門把司馬懿叫來，讓他走路的時候回一下頭，結果司馬懿果真就像狼一樣，身子沖前，只轉過個腦袋看著曹操。其實我個人認為，這只能說明司馬懿脖子長，并不能說明其它問題，可關鍵是曹操從此就相信了司馬懿不是個好東西。
據說到了后來，曹操又夢到了三匹馬在一個槽里吃草，古人認為夢能預示未來，曹操認為這個夢里的馬就是司馬懿，草就是曹的意思，這不就是司馬懿將要吃掉曹家的意思馬？曹操對他的繼承人曹丕說，司馬懿恐怕不甘心只做大臣，將來咱們的基業恐怕要會在他手里。司馬懿把曹丕伺候的很舒服，曹丕就總是給司馬懿說好話，而司馬懿自己本身就很小心謹慎、勤勤懇懇，曹操對他的態度也逐漸發生了變化。
實際上，我倒認為曹操非常重用和信任司馬懿。司馬懿的老爸司馬防，就是曹操的老上司，而他的大哥司馬朗，又是曹操非常器重的封疆大吏。在曹操時代，司馬懿大部分時間都跟在曹操的身邊，像曹操這么猜忌人的人，如果把司馬懿看做是個禍害，又怎么會一直讓他呆在自己身邊，并且對他的意見那么重視呢？而且最能看出曹操喜歡司馬懿的一件事兒，就是他讓司馬懿一直跟隨繼承人曹丕混事兒，如果曹操敵視司馬懿，又怎么會把自己的兒子交給他呢？
曹操死的時候，司馬懿只有41歲，這種年齡差距，相當于老子輩兒和兒子輩兒，對于擁有許多優秀人才的曹操來說，司馬懿年齡相對年輕、加入時間又晚、加入態度又不積極，所以不管是他的經驗能力也好、還是資歷人望也罷，都不可能在曹操這個時代就超越那么多優秀的老前輩們。而且，曹操手下又那么多的人才，也不可能單單對當時還算是老小伙兒的司馬懿那么重視甚至忌憚。《晉書》因為寫的是司馬家族，所以難免吹噓了一下司馬懿，弄得他好像是多么了不得的人物，連曹操都把他放在眼里不敢拔出來。
曹操在他的人生后期，先后殺掉和罷黜了很多大臣，說起根本原因，其實是這些人或明或暗的不支持他走到最后一步，篡奪漢朝的江山。雖然說全靠曹操，漢朝的那張皮才又勉強的掛了將近三十年，但很多曹操手下的大臣，卻仍然對漢朝念念不忘，當然，也可能確實是有感情，也可能是利用支持漢朝的名義來反對曹操。在這個時候，司馬懿卻明確的支持曹操稱帝，雖然曹操因為各種原因一笑而過，但他已經在心里把司馬懿劃入親信的陣營里了。而且最重要的是，曹操把司馬懿介紹給了他事業的繼承人曹丕，正是借助曹操的恩惠，司馬懿才有機會成為曹丕的親信，成為了誰都不敢小看的、一顆耀眼的政治新星。
關羽事件，耗盡了曹操最后一絲精力，在關羽死后不到兩個月的公元220年1月23日，這位左右中國形勢長達三十年的絕世英雄，就在洛陽與世長辭了。曹操時代結束不久，他的繼承人曹丕就把漢獻帝趕下了臺，自己當上了皇帝，之后，劉備、孫權先后稱帝稱王，司馬家族也隨著他的鐵上司曹丕，正式步入了三國時代。