林彪事件發生后，毛澤東在周恩來協助下，采取一系列措施，解決與這一事件有關的各種重要問題。黨中央責令黃永勝、吳法憲、李作鵬、邱會作離職反省，徹底交代。又決定撤銷軍委辦事組，成立軍委辦公會議。軍委辦公會議由葉劍英主持，負責軍委日常工作。黨中央將林彪事件自上而下在各級干部和黨員中進行傳達。從1971年12月起，黨中央陸續批發粉碎林彪集團反革命政變陰謀的斗爭的三批材料，在全國開展“批林整風”運動，揭發批判林彪集團的罪行，清查與林彪集團陰謀活動有關的人和事。這一系列措施，都取得相當的成效。這時，毛澤東雖然從林彪事件中吸取了某些教訓，在一定限度內調整了政策，但是，他并沒有認識到“文化大革命”的全局性錯誤，仍然讓江青一伙在黨和國家政治生活中起重要的作用，因此問題沒有從根本上得到解決，以后政治局勢又出現大的反復。

林彪事件后，毛澤東親自抓落實干部政策的工作。周恩來緊密配合，使這一工作很有進展。1971年11月14日，毛澤東在接見參加成都地區座談會的同志時，指著葉劍英對大家說：“你們再不要講他‘二月逆流’了。‘二月逆流’是什么性質？是他們對付林彪、陳伯達、王關戚。”這就為“二月逆流”的錯案平了反。1972年1月10日，毛澤東參加陳毅追悼會。在他的談話中和周恩來所作的悼詞中，肯定了陳毅一生對革命事業作出的重大貢獻，為陳毅恢復名譽。1972年4月間，根據周恩來的指示，《人民日報》發表社論，指出經過長期革命斗爭鍛煉的老干部是黨的寶貴財富，要正確執行黨的干部政策，要批判林彪錯誤的政治路線和組織路線，排除“左”和右的干擾。許多老干部或他們的家屬紛紛給黨中央和毛澤東寫信，要求弄清問題，落實政策。毛澤東對其中一些信件作了批示。根據這些批示，周恩來反復督促有關部門盡快結束一些專案審查工作，恢復一些擔任過重要領導職務的同志的名譽，并把一大批下放勞動或“靠邊站”的各級黨政軍負責干部重新安置到領導崗位。一批專家、學者、教授也得以重新回到工作崗位，盡管他們的處境仍然很不好，但是許多人都盡其所能，為促進社會主義事業在艱難中發展做出自己的努力。1973年3月10日，黨中央作出決定，恢復鄧小平的黨的組織生活和國務院副總理的職務。1973年12月，毛澤東在同參加軍委會議的同志談話時，提出要給賀龍、羅瑞卿、楊成武、余立金、傅崇碧平反，并坦率地作自我批評說：“我是聽了林彪一面之辭，所以我犯了錯誤。”這一系列行動，在黨內外產生了強烈的政治影響。

在這期間，周恩來把批判林彪反革命集團的罪行和批判極左思潮結合起來。這是1967年2月許多中央領導人要求糾正“文化大革命”錯誤這一正確主張的繼續。他在一些全國性的重要會議上和其他場合，多次提出批判極左思潮的問題。他指出，極左思潮不批透，人們就沒有勇氣貫徹黨的正確路線。針對當時干部在生產和業務工作上普遍存在的顧慮，他指出：“運動與業務不能對立”，政治掛帥“就是要掛在業務上”，鼓勵各級干部理直氣壯地抓生產、抓業務。根據他的意見，國務院有關經濟部門提出整頓企業和加強經濟管理的具體制度和措施。在農村工作方面，黨中央重申農村工作必須認真按照“農業六十條”的規定進行。黨中央還作出關于公社分配問題的指示，解決當時農村普遍存在的分配不兌現、勞動計酬上的平均主義等嚴重挫傷農民生產積極性的問題。在文化教育方面，北京大學教授周培源根據周恩來的提示，提出關于加強基礎理論教學和研究的三點意見，并在《光明日報》發表文章進行宣傳。《人民日報》也發表河北省懷來縣沙城中學的教學改革經驗，提出中學教育應“以課堂教學、學習書本知識為主”。這些宣傳報道，反映了廣大科研人員和教師學生的迫切愿望。

但是，由“文化大革命”和極左思潮起家的江青集團，決不肯就此善罷甘休，而是繼續追求最高權力，林彪的滅亡只是使他們認為在這種權力追求中減少了一個障礙。各個領域的干部為清除極左思潮影響、恢復生產秩序、工作秩序所作的努力和取得的成績，一方面得到廣大群眾的擁護，另一方面卻遭到江青等人的反對。江青等人對《人民日報》、《光明日報》發表的一些批判極左思潮的文章進行指責，指令在人民日報社內部開展批判“右傾回潮”的活動。他們還指使上海《文匯報》組織文章攻擊周培源關于重視基礎理論的正確意見。根據周恩來意見由國家計委起草的《關于堅持統一計劃，加強經濟管理的規定》提交1973年全國計劃會議討論的時候，28個省、市、自治區贊成，唯有張春橋、姚文元把持下的上海反對。張春橋公然說這是“拿多數壓我們，我堅決反對，我們是光榮的孤立”。1972和1973年兩次全國計劃會議的兩個文件草稿，由于張春橋的阻撓，沒有作為正式文件下發。

毛澤東也沒有從林彪事件中完全清醒過來。他仍然想像著“文化大革命”或者還能有一個比較接近他原來愿望的某種圓滿結束。當周恩來等一批領導干部同江青集團在批判極左思潮問題上發生尖銳對立的時候，毛澤東又錯誤地支持了江青、張春橋等的主張。“文化大革命”是“左”傾錯誤的產物，批判極左思潮發展下去，必然會導致否定“文化大革命”。這是毛澤東所不能容忍的，因而他做出林彪集團正是極右而決非極左，因而只許批極右、不許批極左的錯誤決斷，使周恩來等糾正“左”傾錯誤的努力被打斷。