九一三事件后，毛澤東、周恩來領(lǐng)導(dǎo)全黨盡可能穩(wěn)妥地處理事件遺留的一些緊迫的重大問題。

林彪事件后最初的一段時間里，干部群眾不明原委，議論紛紛，社會上小道消息沸沸揚揚。根據(jù)毛澤東的指示，中央陸續(xù)將揭發(fā)林彪集團反革命政變陰謀活動的一系列重要文件逐級傳達至基層。隨著傳達范圍的逐步擴大，群眾對事件本身的猜測逐漸平息，但對“文化大革命”的懷疑和議論卻明顯增多。

1971年9月18日，中共中央向黨內(nèi)高級干部發(fā)出《關(guān)于林彪叛國出逃的通知》。《通知》宣布：林彪于9月13日倉皇出逃，狼狽投敵，叛黨叛國，自取滅亡。9月29日，中央宣布，鑒于黃永勝、吳法憲、李作鵬、邱會作參加林彪、陳伯達反黨集團的宗派活動，陷得很深，實難繼續(xù)現(xiàn)任工作，已令他們離職反省，徹底交代。9月下旬至10月初，中央相繼決定成立由葉劍英主持的中央軍委辦公會議，在中央軍委領(lǐng)導(dǎo)下負責軍委日常工作；為徹底審查林、陳反黨集團的問題，成立以周恩來為首的中央專案組，集中處理有關(guān)問題。10月6日，中共中央發(fā)出通知，擴大傳達林彪叛黨叛國事件。通知要求各級黨委將傳達、討論和揭發(fā)批判林陳反黨集團的罪行，當作當前頭一位的大事來抓，并準備在10月下旬擴大傳達到全體共產(chǎn)黨員、解放軍指戰(zhàn)員和廣大工人、貧下中農(nóng)。

9月26日至10月15日，在李富春主持下，黨中央召集部分老同志舉行9次座談會。陳毅、聶榮臻、徐向前、蔡暢、鄧穎超、鄧子恢、張云逸、張鼎丞、曾山、王震等老同志在會上發(fā)言。他們憤怒譴責林彪集團炮制《“571”工程紀要》、策動反革命武裝政變等罪行，揭發(fā)、批判林彪在歷史上的錯誤和他篡改歷史的行徑，批判林彪反革命集團散播的種種謬論。在這段時間里，包括鄧小平在內(nèi)的許多老同志給黨中央、毛澤東寫信，表示堅決擁護中央處理林彪反革命集團的正確決策。

中央還采取措施，慎重、妥善地對那些在林彪反革命集團活動中卷入很深的人或單位進行審理、清查，組織專人對一些重要事件進行調(diào)查，并對空軍、海軍、總參謀部、總后勤部等單位的領(lǐng)導(dǎo)班子進行了適當調(diào)整。

在揭發(fā)、清查林彪反革命集團的過程中，一些原造反派組織的少數(shù)人趁機渾水摸魚，積極串聯(lián)，準備拉山頭，算舊賬；一些領(lǐng)導(dǎo)干部又受到批判和沖擊；一些單位領(lǐng)導(dǎo)班子中軍隊干部與地方干部以及新老干部之間的矛盾加劇；一些工廠停工停產(chǎn)；一些地區(qū)一度又出現(xiàn)混亂局面。為解決這些問題，1971年11月至1973年上半年間，黨中央在北京分別召集武漢、成都、陜西、新疆、浙江、四川、貴州、江西、湖南、河南、山東、甘肅、寧夏、青海等省、市、自治區(qū)負責人，以及蘭州軍區(qū)、廣州軍區(qū)、海軍等大軍區(qū)、軍兵種負責人舉行座談會、匯報會，或在各地區(qū)召開當?shù)氐墓ぷ鲿h，統(tǒng)一干部認識，調(diào)整領(lǐng)導(dǎo)班子，逐步穩(wěn)定了這些地方的局勢。