因果關系分為事實因果關系和法律因果關系，法醫學鑒定意見給出的是醫學上事實的因果關系(直接因果關系、間接因果關系等)，委托方綜合其他事實(如病歷篡改等)及醫學事實給出的因果關系是法律因果關系。

在醫療損害侵權鑒定中，往往存在多因一果情況。原因為多個過錯行為，結果為受害人的損害后果。因而存在需要明確每個過錯行為作用力大小的情況，在司法鑒定實踐中，多以原因力或參與度的形式表述。

在訴訟過程中，對鑒定程序進行審核是確保鑒定意見能夠采信的前提。審核內容主要包括：鑒定機構是否具有相應的鑒定資質，鑒定人員是否有相應的鑒定資格；申請鑒定過程是否符合法律規定，鑒定意見是否存在明顯瑕疵。

司法鑒定意見作為證據之一，必須經過法庭公開質證后才能被作為法庭證據使用，鑒定意見的最后采信權在法庭。當事人對醫療損害司法鑒定意見不服申請重新鑒定的，人民法院應當依據《最高人民法院關于民事訴訟證據的若干規定》第二十七條的規定，審查決定是否予以準許重新鑒定。

出庭作證是指司法鑒定人依據人民法院的出庭通知，鑒定機構至少一名鑒定專家出庭接受當事人及法官質詢，在法庭上就司法鑒定有關事項進行說明并接受質詢的活動。主要的法律依據為：《司法鑒定程序通則》第四十三條規定，“經人民法院依法通知，司法鑒定人應當出庭作證，回答與鑒定事項有關的問題。”鑒定人出庭作證是司法鑒定人的義務。《全國人民代表大會常務委員會關于司法鑒定管理問題的決定》第十一條的規定，“在訴訟中，當事人對鑒定意見有異議的，經人民法院依法通知，鑒定人應當出庭作證”。按照現代訴訟理念，雙方當事人(包括控辯雙方)的訴訟地位是平等的，因此鑒定人應與其他訴訟參與人一樣出庭作證并接受雙方當事人、律師以及法官、檢察官的詢問。其作用一方面通過對鑒定人進行詢問，幫助法官解決專門性問題；另一方面也可以使當事人明白鑒定意見的形成過程，從而使訴訟雙方對鑒定意見產生信任感。鑒定人出庭接受訴訟雙方對其所作醫療損害司法鑒定意見的質證是實現司法公正，確保醫療損害司法鑒定意見準確的有效措施。而且，司法鑒定意見必須經過當庭詢問、質證并查實后，才能作為定案的根據。

在鑒定實踐中，鑒定人確因特殊原因無法出庭的，經人民法院準許，可以書面答復當事人的質詢。鑒定人無正當理由拒不出庭的，而且拒絕書面答復的，或者結合質詢，答復仍不能排除對醫療損害司法鑒定意見的合理懷疑的，人民法院對醫療損害司法鑒定意見應當不予采信。對醫療損害司法鑒定意見，當事人可以申請具有專門知識的人員(專家輔助人)進行輔助質證，包括對鑒定專家進行詢問等。