除了菌蓋和菌環之外，菌褶和菌管也是蘑菇的重要組成部分。蘑菇的子實層體指的就是長在蘑菇的菌蓋下面可以產生子實層的部分。蘑菇的子實層體有不同的形狀，有的像葉片狀的薄膜整齊地排列著，有的則像一條一條細細的小圓管一樣整齊地分布著。像葉片狀的子實層體就是菌褶，而呈現管狀的子實層體就是菌管。菌褶的中間是菌髓細胞，兩邊則是子實層。菌褶的排列非常整齊，從菌柄中心向外延伸，一直長到菌蓋的邊緣，整體的排列就像傘的支架一樣呈現放射狀。有的蘑菇，菌褶彼此之間被窄小的橫脈連接起來，而像雞油菌這樣的蘑菇，它的菌褶則縱橫交織著形成一張網狀。菌管的排列也相當整齊，菌管是管狀的組織，有的菌管彼此之間很容易分開，有的則不能分開。不同的蘑菇，其菌管也不盡相同，有的菌管很細很長，有的菌管則又粗又短。菌管也大多呈輻射狀排列。

生物學家往往根據菌褶、菌管與菌柄的著生關系來區分蘑菇的類屬。不過，正如蘑菇的形狀會隨著子實體的生長而發生變化一樣，菌褶、菌管和菌柄之間的位置關系也不是一成不變的。

菌褶 菌管