三清山的第一次大海浸發生于14億年前的中元古界。那時三清山地區的地殼運動正處于“地槽”沉降階段，海水浸沒達4億年之久，沉積數千米厚的雙橋山群的復理式海相碎屑巖，并夾雜有海底火山噴發物。在“晉寧運動”后，才結束了地槽式沉降歷史，地殼開始逐漸回返上升，出水為陸，三清山地區進入相對穩定的“地臺”階段。10億年前，三清山地區成為華南洋中的一個島弧，9-8.5億年前后，洋盆消失、揚子古板塊與華夏古板塊碰撞，三清山地區恰處于古板塊結合帶。中生代以來，陸內A型俯沖與陸內伸展奠定了地質構造和地理格架，為三清山花崗巖地質地貌的形成、生物的繁衍以及人類的發展提供了優越的地質環境。約9億年前后，揚子古板塊與華夏古板塊碰撞對接，并成為Rodinia超大陸的組成部分，留下了珍貴的古洋殼殘跡即蛇綠混雜巖帶和蘭閃石片巖，是古板塊對接和晉寧造山運動的重要見證。8.3~8億年前進入裂谷期，Rodinia超大陸裂解，三清山位于揚子大陸板塊與華南裂谷海盆之間的過渡帶，形成了海相磨拉石—復理石和雙峰式火山巖建造。南華紀早期，區內處于濱海—陸表海的沉積環境中，以碎屑建造沉積為主；隨之“雪球事件”出現，留下了古冰川活動的遺跡—南沱組冰磧巖。震旦紀，陸殼基本固結，氣候轉暖，冰雪消融，到了震旦紀末期，發生第二次大海浸，海水浸沒達1.6億年之久，一直延續到奧陶紀末期，沉積4000多米厚的淺海相砂頁巖和碳酸鹽巖類，并含有三葉蟲、筆石和海綿等海相古生物化石，沉積了一套淺海相泥硅質和碳酸鹽建造。經奧陶紀末期的“加里東第一幕”造山運動，三清山從此完全脫離海水環境，不再接受沉積。在距今4.4億年前的志留紀早期，雖發生第三次大海浸，但海水僅到達三清山東南角的邊緣部分。2億多年前，三清山結束了長期的海洋歷史，開始進入內陸發展的新階段。1.8億年前，侏羅紀晚期與白堊紀，三清山區域內發生異常強烈的造山運動，即燕山期運動，并伴隨有大規模的酸性巖漿浸入活動，從而奠定三清山構景的地質基礎。中生代是三清山花崗巖成巖、成山的重要時期，也是花崗巖地質、花崗巖地貌、花崗巖生態的奠基時期。此后，又通過新生代的變化，才造就了現今的奇特的花崗巖景觀和獨特的生態系統。三疊世印支運動之后，三清山及其相鄰地區為陸內地勢相對較低的復式向斜。此后，才逐漸形成今日所見的盆嶺地貌格局。在中—晚侏羅世—早白堊世盆嶺雛形期，由于歐亞板塊與古太平洋板塊相互作用，區內發生了強烈的燕山期陸內造山動動，隨著贛東北深斷裂的陸內俯沖作用，形成了北東向三清花崗巖基，懷玉山脈開始呈擠壓型“坳中隆”式低緩隆起，并逐漸發生弱剝蝕，兩側出現陸相盆地。當時，包括三清山在內的古歐亞大陸與古北美古大陸曾是相連的。
在晚白堊世盆嶺伸展成型期，進入喜馬拉雅期，地殼于造山后，強烈伸展，發生大規模斷塊作用。懷玉山脈急劇隆升，強烈剝蝕，花崗巖體暴露地表，估算剝蝕厚度約4000~5000m。山脈兩側作不均衡斷陷，形成紅色碎屑巖斷陷盆地，北側盆地規模較小，南側信江斷陷盆地規模大，堆積紅色碎屑巖厚度2000~3000m。山體與盆地存在巨大反差。是懷玉山脈主要的形成期。歐亞古大陸與北美古大陸開始分離。在古近紀至新近紀盆嶺緩變期，為地殼強烈伸展后的相對休眠期，山體剝蝕微弱，盆地萎縮，缺失沉積。在第四紀盆嶺改造期，地殼作波浪狀緩慢抬升，在懷玉山脈上部和近山麓地帶的三清湖喀期特峰林都保留有3級夷平面，信江河谷形成3級階地。從懷玉山山脈、山麓至信江盆地，地殼隆升幅度依次降低。同時沿部分斷裂，發生差異升降作用。三清山受周邊所圍繞的3條正斷裂控制，再次緩慢抬升，在懷玉山脈隆起的背景下，形成“隆上隆”，成為懷玉山山脈的最高峰，也是三清山峰林景觀的造景時期。
“知道三清山的傳說么？”
“不知道。”
“傳說當年大鬧天官的孫大圣，奉觀音法旨，保護唐僧西天取經，歷經九九八十一難，終于功德園滿。師徒四人到西天佛國，參見如來佛祖，聽候佛祖嘉封，以成正果。唐玄奘率領悟空、悟能、悟凈參拜佛祖畢，侍立一旁，聽候佛祖賜封佛號。當時孫悟空被封為斗戰勝佛。不料孫悟空突然向佛祖如來叩首說道：“謝佛祖賜號封佛，悟空理應知足常樂。怎奈那東土神州，大千世界，妖魔并未盡除，黎民深受其害，悟空怎能安心禮佛，靜坐旁觀，豈不有負佛祖賜封斗戰勝佛的本意！”佛祖笑問悟空：“如此說來，爾意欲何為呢？”梧空答道：“悟空欲往東土神州選一清靜圣地，繼續修煉降魔大法，妖魔一天不除盡，斗戰一天不能止，這樣才能不負封賜佛號之意。”佛祖聽后笑道：“想吾西天凈上，乃極樂世界，黃金鋪地，白玉為池，地涌蓮花，瓔珞垂地，七寶菩提，萬劫不滅。大千世界，哪里還有比這更好的清靜圣地呢？”悟空回道：“東土神州，有座三清山，是天地生成的瑤臺仙境。那里奇峰參天，彩霞鋪地，白云生幽谷，飛瀑掛山間；怪石奇松忘色相，不老須巖萬古蒼。悟空欲去修煉降魔大法，又恐老君教祖不能容我。因為當年大鬧兜率宮，蹬翻了老君八卦爐。”佛祖聽完。便問兩旁侍立的門人弟子：“誰愿代我東去三清，帶領悟空向老君教祖說情，讓他留下悟空，以成全他齊天宏愿。”觀音菩薩閃出班來，雙手合十道：“弟子愿領悟空東去三清，向老君教祖傳達佛祖法旨。”佛祖點頭大喜，眾門人口誦佛號：“南無阿彌陀佛”。悟空當殿辭別師父師弟子，跟隨觀音駕彩云，直向三清山飛來。觀音菩薩身穿紫繹色法衣，腳踏著金蓮，頂放七寶光輪，一路香氣彩云護擁。悟空駕起云頭，緊緊相隨，不多時，便飛抵三清仙境，來到玉京峰前，參見教祖太上老君，傳達佛祖如來的旨意。教祖聽觀音說明來意后，笑對悟空道：“好一個美猴王啊，過去便讓他過去吧。人法地、地法天、天法道，道法目然。難得你有如此齊天宏愿，我豈能耿耿前嫌呢？我賜你九天錦屏洞唐一座，三才多寶靈珠一顆，此珠在手，天地人三界纖毫畢現，哪里出現妖魔為害，立即看得分明，你就直接去除妖降魔捉怪，用不著再翻那跟斗云去巡查了。”老君一席話說得眾神仙都大笑起來，觀音便拜辭老君教祖，駕彩云回西天復旨。悟空也叩謝教祖，自去九天錦屏洞唐收拾新居。洞府前，古松環繞，恰有一光坦坦大石塊，悟空很喜歡坐在這石塊上，久而久之，竟成悟空修煉觀寶的妙高臺。”