然而，事情終究還是辦成了，雖然無數人反對，無數人罵仗，鄭貴妃還是變成了鄭皇貴妃。
爭得天翻地覆，該辦的事還是辦了，萬歷十四年三月，鄭貴妃正式冊封。這件事情的成功解決給萬歷留下了這樣一個印象：自己想辦的事情，是能夠辦成的。
這是一個悲劇性的判斷。
然而此后，在冊立太子的問題上，萬歷確實消停了——整整消停了四年多，當然，不鬧事，不代表不挨罵。事實上，在這四年里，言官們非常盡責，他們找到了新的突破口——皇帝不上朝，并以此為契機，在雒于仁等模范先鋒的帶領下，繼續奮勇前進。
但總體而言，小事不斷，大事沒有，安定團結的局面依舊。直到這歷史性的一天：萬歷十八年（1590）正月初一。解決雒于仁事件后，申時行再次揭開了蓋子：“臣等更有一事奏請。”
“皇長子今年已經九歲，朝廷內外都認為應冊立為太子，希望陛下早日決定?！痹谌f歷看來，這件事比雒于仁的酒色財氣疏更頭疼，于是他接過了申時行剛剛用過的鐵鍬，接著和稀泥：
“這個我自然知道。我沒有嫡子（即皇后的兒子），長幼有序，其實鄭貴妃也多次讓我冊立長子，但現在長子年紀還小，身體也弱，等他身體強壯些后，我才放心啊?！?
這段話說得很有水平，按照語文學來分析，大致有三層意思。第一層先說自己沒有嫡子，是說我只能立長子，然后又講長幼有序，是說我不會插隊，但說來說去，就是不說要立誰。接著又把鄭貴妃扯出來，搞此地無銀三百兩。最后語氣一轉，得出結論：雖然我只能立長子、不會插隊，老婆也沒有干涉此事，但考慮到兒子太小，身體太差，暫時還是別立了吧。這招糊弄別人可能還行，對付申時行就有點兒滑稽了，和了幾十年稀泥，哪排得上你小子？
于是申先生將計就計，說了這樣一句話：“皇長子已經九歲，應該出閣讀書了，請陛下早日決定此事?！?
這似乎是一件完全不相干的事情，但事實絕非如此，因為在明代，皇子出閣讀書，就等于承認其為太子。申時行的用意非常明顯：既然你不愿意封他為太子，那讓他出去讀書總可以吧，形式不重要，內容才是關鍵。
萬歷倒也不笨，他也不說不讀書，只是強調人如果天資聰明，不讀書也行。申時行馬上反駁，說即使人再聰明，如果沒有人教導，也是不能成才的。
就這樣，兩位仁兄從繼承人問題到教育問題，你來我往，互不相讓，鬧到最后，萬歷煩了：
“我都知道了，先生你回去吧！”話說到這個份兒上，也只好回去了，申時行離開了宮殿，向自己家走去。然而，當他剛剛踏出宮門的時候，卻聽到了身后急促的腳步聲。申時行轉身，看見了一個太監，他帶來了皇帝的諭令：“先不要走，我已經叫皇長子來了，先生你見一見吧。”
十幾年后，當申時行在家撰寫回憶錄的時候，曾無數次提及這個不可思議的場景以及此后那奇特的一幕，終其一生，他也未能猜透萬歷的企圖。
申時行不敢怠慢，即刻回到了宮中，在那里，他看見了萬歷和他的兩個兒子，皇長子朱常洛，以及皇三子朱常洵。
但給他留下最深刻印象的，卻并非這兩個皇子，而是此時萬歷的表情。沒有憤怒，沒有狡黠，只有安詳與平和。
他指著皇長子，對申時行說：“皇長子已經長大了，只是身體還有些弱?！?
然后他又指著皇三子，說道：“皇三子已經五歲了?！苯酉聛淼?，是一片沉默。
萬歷平靜地看著申時行，一言不發，此時的他，不是一個酒色財氣的昏庸之輩，不是一個暴跳如雷的使氣之徒。
他是一個父親，一個看著子女不斷成長，無比欣慰的父親。申時行知道機會來了，于是他打破了沉默：“皇長子年紀已經大了，應該出閣讀書。”萬歷的心意似乎仍未改變：
“我已經指派內侍教他讀書。”事到如今，只好豁出去了：
“皇上您在東宮的時候，才六歲，就已經讀書了?；书L子此刻讀書，已經晚了！”
萬歷的回答并不憤怒，卻讓人哭笑不得：“我五歲就已能讀書！”
申時行知道，在他的一生中，可能再也找不到一個更好的機會，去勸服萬歷，于是他做出了一個驚人的舉動。
他上前幾步，未經許可，便徑自走到了皇長子的面前，端詳片刻，對萬歷由衷地說道：
“皇長子儀表非凡，必成大器，這是皇上的福分啊，希望陛下能夠早定大計，朝廷幸甚！國家幸甚！”
萬歷十八年正月初一日，在憤怒、溝通、爭執后，萬歷終于第一次露出了笑容。
萬歷微笑地點點頭，對申時行說道：“這個我自然知道。其實鄭貴妃也勸過我早立長子，以免外人猜疑，我沒有嫡子，冊立長子是遲早的事情啊?！边@句和緩的話，讓申時行感到了溫暖，兒子出來了，好話也說了，雖然也講幾句什么鄭貴妃支持，沒有嫡子之類的屁話，但終究是表了態。形勢大好，然而接下來，申時行卻一言不發，行禮之后便退出了大殿。這正是他的絕頂聰明之處，點到即止，見好就收，今天先定調，后面再來。但他無論如何也想不到，這次和諧的對話，不但史無前例，而且后無來者。
“爭國本”事件的嚴重性，將遠遠超出他的預料，因為決定此事最終走向的，既不是萬歷，也不會是他。
談話結束后，申時行回到了家中，開始滿懷希望地等待萬歷的圣諭，安排皇長子出閣讀書。
可是一天天過去了，希望變成了失望，到了月底，他坐不住了，隨即上疏，詢問皇長子出閣讀書的日期。這意思是說，當初咱倆談好的事，你得守信用，給個準信。
但是萬歷似乎突然失憶，啥反應都沒有，申時行等了幾天，一句話都沒有等到。既然如此，那就另出新招。幾天后，內閣大學士王錫爵上疏：“陛下，其實我們不求您立刻冊立太子，只是現在皇長子九歲，皇三子已五歲，應該出閣讀書?！辈徽f立太子，只說要讀書，而且還把皇三子一起拉上，由此而見，王錫爵也是個老狐貍。
萬歷那邊卻似乎是人死絕了，一點兒消息也沒有，王錫爵等了兩個月，石沉大海。
到了四月，包括申時行在內，大家都忍無可忍了，內閣四名大學士聯名上疏，要求冊立太子。
嘗到甜頭的萬歷故伎重演：無論你們說什么，我都不理，我是皇帝，你們能把我怎么樣？
但他實在低估了手下的這幫老油條，對付油鹽不進的人，他們一向都是有辦法的。
幾天后，萬歷同時收到了四份奏疏，分別是申時行、王錫爵、許國、王家屏四位內閣大學士的辭職報告，理由多種多樣，有說身體不好，有說事務繁忙、難以繼任的，反正一句話：不干了。
自萬歷退居二線以來，國家事務基本全靠內閣，內閣一共就四個人，要是都走了，萬歷就得累死。
沒辦法，皇帝大人只好現身，找內閣的幾位同志談判，好說歹說，就差求饒了，并且當場表態，會在近期解決這一問題。
內閣的幾位大人總算給了點兒面子，一番交頭接耳之后，上報皇帝：病的還是病，忙的還是忙，但考慮到工作需要，王家屏大學士愿意顧全大局，繼續干活。
萬歷竊喜。
因為這位兄弟的策略，叫拖一天是一天，拖到這幫老家伙都退了，皇三子也大了，到時木已成舟，不同意也得同意。這次內閣算是上當了。然而上當的人，是他。因為他從未想過這樣一個問題：為什么留下來的，偏偏是王家屏呢？
王家屏，山西大同人，隆慶二年（1568）進士。簡單地說，這是個不上道的人。王家屏的科舉成績很好，被選為庶吉士，還編過《世宗實錄》，應該說是很有前途的，可一直以來，他都沒啥進步。原因很簡單，高拱當政的時候，他曾上疏彈劾高拱的親戚，高首輔派人找他談話，讓他給點兒面子，他說，不行。張居正當政的時候，他搞非暴力不合作，照常上班，就是不靠攏上級。張居正剛病倒的時候，許多人都去祈福，表示忠心，有人拉他一起去，他說，不去。張居正死了，萬歷十二年（1584），他進入內閣，成為大學士，此時的內閣，已經有了申時行、王錫爵、許國三個人，他排第四。按規矩，這位甩尾巴的新人應該老實點兒，可他偏偏是個異類，每次內閣討論問題，即使大家都同意，他覺得不對，就反對；即使大家都反對，他覺得對，就同意。
他就這么在內閣里硬挺了六年，誰見了都怕，申時行拿他也沒辦法。更有甚者，寫辭職信時，別人的理由都是身體有病，工作太忙，他卻別出一格，說是天下大旱，作為內閣成員，負有責任，應該辭職（久旱乞罷）。
把他留下來，就是折騰萬歷的。
幾天后，禮部尚書于慎行上疏，催促皇帝冊立太子，語言比較激烈。萬歷也比較生氣，罰了他三個月工資。
事情的發生，應該還算正常，不正常的，是事情的結局。換在以往，申時行已經開始揮舞鐵鍬和稀泥了，先安慰皇帝，再安撫大臣，最后你好我好大家好，收工。相比而言，王家屏要輕松得多，因為他只有一個意見——支持于慎行。
工資還沒扣，他就即刻上疏，為于慎行辯解，說了一大通道理，把萬歷同志的脾氣活活頂了回去。但更讓人驚訝的是，這一次，萬歷沒有發火。
因為他發不了火，事情很清楚，內閣四個人，走了三個，留下來的這個，還是個二桿子，明擺著是要為難自己。而且這位堅持戰斗的王大人還說不得，再鬧騰一次，沒準兒就走人了，到時誰來收拾這個爛攤子？
可是光忍還不夠，言官大臣赤膊上陣，內閣打黑槍，明里暗里都來，比逼宮還狠，不給個說法，是熬不過去了。
幾天后，一個太監找到了王家屏，向他傳達了皇帝的諭令：
“冊立太子的事情，我準備明年辦，不要再煩（擾）我了?！蓖跫移令D時喜出望外，然而，這句話還沒有講完：“如果還有人敢就此事上疏，就到十五歲再說！”
朱常洛是萬歷十年（1582）出生的，萬歷發出諭令的時間是萬歷十八年（1590），所以這句話的意思是說，如果你們再敢鬧騰，這事就六年后再辦！雖然不是無條件投降，但終究還是有了個說法，經過長達五年的斗爭，大臣們勝利了——至少他們自己這樣認為。事情解決了，王家屏興奮了，興奮之余，就干了一件事。他把皇帝的這道諭令告訴了禮部，而第一個獲知消息的人，正是禮部尚書于慎行。
于慎行欣喜若狂，當即上疏告訴皇帝：“此事我剛剛知道，已經通報給朝廷眾官員，要求他們耐心等候?！比f歷氣得差點兒吐了白沫。因為萬歷給王家屏的，并不是正規的圣旨，而是托太監傳達的口諭，看上去似乎沒區別，但事實上，這是一個有深刻政治用意的舉動。其實在古代，君無戲言這句話基本是胡扯，皇帝也是人，時不時編個瞎話，吹吹牛，也很正常，真正說了就要辦的，只有圣旨。白紙黑字寫在上面，糊弄不過去。所以萬歷才派太監給王家屏傳話，而他的用意很簡單：這件事情我心里有譜，但現在還不能辦，先跟你通個氣，以后遇事別跟我對著干，咱們慢慢來。