1587年元旦，諸大名來為豐臣秀吉祝賀，同時秀吉下達了進攻九州的軍事部署。之前雖然大友宗麟多次催促秀吉出馬，但由于軍隊人數眾多，糧草難以籌集，一直未動。經過一個多月的準備，小西隆佐、石田三成、大谷吉繼、長束正家四人籌集了足夠30萬人、2萬匹馬一年的吃用，輸送到了尼崎港。秀吉準備與弟弟秀長一起，分兵兩路攻向九州，總兵力20萬。當然，武將的陣容也十分豪華：

肥后方向出陣表：

一番隊毛利吉成、高橋元種、城井朝房

二番隊前野長康、赤松廣英、明石則實、別所重宗

三番隊中川秀政、福島正則、高山長房

四番隊細川忠興、岡本宗憲

五番隊丹羽長重、生駒親正

六番隊池田輝政、林為忠、稻葉貞通

七番隊長谷川秀一、木村重茲、太田一吉

八番隊堀秀政、村上義明

九番隊蒲生氏鄉

十番隊前田利家

十一番隊豐臣秀勝

（總大將豐臣秀吉）

日向方向出陣表：

一番隊黑田孝高(官兵衛)、蜂須賀家政

二番隊小早川隆景、吉川元長

三番隊毛利輝元

四番隊宇喜多秀家、宮部繼潤、龜井茲矩、木下重堅、垣屋光成、南條元續

五番隊小早川秀秋

（番外筒井定次、溝口秀勝、森忠政、大友義統、脅坂安治、加藤嘉明、九鬼嘉隆、長宗我部元親）

（總大將豐臣秀長）

島津義久得知豐臣秀吉出兵，急忙下令放棄之前占領的所有九州北部的城池，準備固守薩摩、日向、大隅三國。3月上旬豐臣秀長大軍沒有遇到什么抵抗就已經殺到了被島津奪取的府內城。這時，島津義弘已經來到府內與島津家久匯合。秀長派遣僧人木食應其作為使者前去和談，但遭到了島津義弘的拒絕。之后兩人開始向日向國撤退，并于3月18日在豐后和日向國境遭到了大友家臣志賀親次和佐伯惟定的追擊。19日島津義弘在高城擊退了敵軍，與家久一起撤到了日向國的都於郡城。3月20日島津義久來到城內，三兄弟商議對策，決定在日向與豐臣軍一戰。

豐臣秀長方面軍的先鋒毛利輝元、宇喜多秀家、宮部繼潤于3月29日攻下了日向國北部重鎮松尾城，但是在由勇將山田有信把守的高城面前受阻。4月6日秀長大軍將高城進行了二十重的包圍，采取斷糧的攻城戰略。同時，為了防止島津義久從都於郡城發來援軍，在根白坂修筑城塞阻擊援軍。4月17日，島津三兄弟果然率領2萬人前來營救高城，加上山田有信守城的1萬5千人，總計3萬5千人。而豐臣秀長旗下有10萬大軍，有著壓倒性的優勢。根白坂要塞守將宮部繼潤率領1萬士兵，修筑了非常堅固的防御工事，陷馬坑、絆馬索、柵欄、陷阱不計其數。島津三兄弟幾次沖鋒都無法突破，戰斗陷入了膠著狀態。豐臣秀長正想率本隊前去增援，但沒想到被監軍尾藤知宣勸阻說這是島津誘敵之計，恐有埋伏。一向慎重的秀長，決定不發援軍。藤堂高虎得知消息后，罵道：“什么狗屁監軍。島津已窮途末路，何詐之有。我領本部500人前去救援！”，剛出大門就遇到宇喜多秀家手下的大將戶川達安?！案呋⒌钕?，您這是？”“我想率兵前去營救宮部大人，不知道將軍愿否同去?！薄昂?，我與大人同去?！?

藤堂高虎與戶川達安不到1000人的軍馬從島津軍側翼殺出，島津軍頓時大亂。但島津三兄弟指揮有方，很快部隊就回復了狀態?？勺實u津義久萬萬沒想到的是，后方又殺出了黑田官兵衛和小早川隆景的人馬。本想包圍根白坂要塞，結果反被敵方包圍。幸虧島津忠鄰、猿渡信光舍命斷后，才讓三兄弟逃出重圍。監軍尾藤知宣后被秀吉斬首。

相對于豐臣秀長，秀吉在筑前和肥后的戰斗輕松很多。秀吉于3月29日向島津方秋月種實鎮守的巖石城發動進行。豐臣秀勝、蒲生氏鄉、前田利長僅僅用了1天就將城池攻下，城兵死傷4000余人。秋月種實退守居城古初山城，秀吉命細川忠興、中川秀政、堀秀政率5萬人馬進攻。細川忠興先是包圍城池，之后于半夜讓士兵向城內投擲火把進行恐嚇。同時，花了一夜時間，將之前因戰亂破損的益富城修繕完畢。當秋月種實第二天看到遠處修好的益富城時，深感財力和物力的不足，頓時戰意全失。4月3日秋月種實剃發出家，和兒子秋月種長一起向秀吉降服。1日攻陷巖石城，3日讓秋月種實降服。這么卓越的戰績，讓秀吉大做文章，展開了強大的宣傳攻勢。不久島津方面的諸將都不戰而降，紛紛向秀吉表示臣從。4月19日秀吉大軍到達了肥后國的八代城，早就向秀吉示好的鍋島直茂帶領龍造寺政家前來拜見秀吉。同時，島原方面有馬晴信也對秀吉表示降服。在肥后高田地區駐守的島津忠辰，面對秀吉的大軍選擇了向薩摩國撤退。

島津義久原本推測豐臣軍戰線拉的過長，補給會有問題，所以不會急忙向薩摩本國進軍，但是再次失算。秀吉的部隊于4月27日就向島津家的本國薩摩國發起了進攻，出水城城主島津忠辰、宮之城城主島津忠長紛紛降服。同時，秀吉還特意請來了退出本愿寺的法主——本愿寺顯如前來，動員當地凈土真宗的勢力，攻下了獅子島城。4月28日，豐臣方先鋒小西行長、脅坂安治、九鬼嘉隆、加藤嘉明在平佐城遭到了最后的抵抗。城主桂忠詮率領武士80人、雜兵300人與豐臣軍7000人展開了殊死奮戰。經過8個小時的攻防，城池也沒有陷落，城兵死亡20余人，豐臣軍戰死300余人。

豐臣秀吉在九州征討的路上接見了受毛利家庇護的足利義昭，兩人談起往事都十分感慨。豐臣秀吉遂安排足利義昭隨軍，在秀長帳下擔任外交工作，并允許其在戰后回歸京都生活。將近50歲的足利義昭，也不再幻想重振足利家的雄風，同意辭去將軍一職，并出家。4月21日，島津義久通過足利義昭，將手下伊集院忠棟和平田增宗作為人質向豐臣秀長提出和睦申請。4月29日繼續在高城抵抗的山田有信得知主君義久已經降服，也放棄了抵抗。同日，平佐城城主桂忠詮也接到了主君義久的書信，向秀吉請降。5月1日，秀吉將本陣移到泰平寺，接受桂忠詮的請降，因為其武勇賞賜名刀寶壽。5月6日島津義久在前往泰平寺途中的雪窗院剃發出家，改名島津龍伯。5月8日，島津龍伯以一身黑衣來見秀吉，請求以自己一命赦免其他眾人。秀吉說道：“既然龍伯殿下已經出家脫離俗世，我豈敢再行加害。”之后便在寺中處理戰后事宜，直到5月18日才起身返回筑前國。

義久投降之后，還在飯野城據守的島津義弘和島津歲久依然持續抵抗。5月22日，經過義久親自陳述利害，島津義弘也交出兒子島津久保為人質向秀吉投降。6月7日，秀吉本隊到達了筑前國的筥崎八幡宮，在那里頒布了九州島領地的分封命令。島津氏之前打下來的大部分土地被沒收，只剩下兩國一郡之地。薩摩國由島津龍伯掌管、大隅國和日向國的諸縣郡由島津義弘和其子久保掌管。島津家久在交出佐土原城后，與豐臣秀長一起前去拜見秀吉，但在路上猝死，有人說是毒殺。之后，由其嫡子島津豐久繼承佐土原城和都於郡。秀吉原本給秀長下達命令本想將日向一國封給大友宗麟和伊東祐兵，大隅國的一郡封給伊集院忠棟、其他全部分給喪子的長宗我部元親。但遭到了兩人的推辭，大友宗麟更是在5月23日去世。

肥后國大半封給了佐佐成政，其他國人勢力和家臣團舊領不變。入吉城在相良家臣深水長智的交涉下，封給了相良賴房。小早川隆景獲得了筑前、筑后、肥前1郡約37萬石的領地，黑田孝高獲得了豐前國6郡12.5萬石的領地，森吉成獲得豐前國2郡約6萬石領地，立花宗茂獲得筑后柳川城13.2萬石的領地，毛利勝信獲得豐前國小倉城約6萬石領地。之后，小早川隆景將自己的筑前3郡轉讓給了自己的養子毛利秀包（其實也是弟弟，毛利元就的第9子）。宗麟之子大友義統獲得了豐后一國和豐前宇佐半郡之地。龍造寺政家、大村純忠之子大村喜前、松浦鎮信以及對馬國的宗義智所領安堵。秋月種實和伊東祐兵被轉封到了日向國。

在九州的這段時間，秀吉發現了基督教神父強制當地居民改變信仰，并到處迫害神道教和佛教教徒的行為。同時還接到了葡萄牙商人將日本人作為奴隸賣到國外的報告。秀吉大怒，于6月19日發布“神父追放令”，限日本國內的傳教士于20天全部回國，但是不限制外國商人。