與德川家康講和后，羽柴秀吉正式成為了繼織田信長之后的天下人。1583年，秀吉命黑田官兵衛(wèi)在石山本愿寺的基礎上修筑大坂城，經過一年半的時間本丸完工。九州島豐后國的大名大友宗麟前來拜訪，被其奢華程度驚得目瞪口呆，并稱其為“三國無雙之城”。1584年11月21日，秀吉被朝廷賜封從三位權大納言。1585年3月10日，獲封正二位內大臣。3月21日，羽柴秀吉命令各地對雜賀黨進行圍剿，同時命令羽柴秀長向紀伊國進軍。之前，雜賀眾偷襲大坂城，就是因為鈴木重秀站在了秀吉一方，而使得大坂城沒有被攻占。這次鈴木重秀也作為先鋒為討伐軍帶路。同時，命小早川隆景率領毛利水軍、九鬼嘉隆率領熊野水軍助戰(zhàn)，動員人數超過10萬，武將有：羽柴秀長、中村一氏、仙石秀久、小早川隆景、九鬼嘉隆、鈴木重秀、羽柴秀次、堀秀政、筒井順慶、長谷川秀一、田中吉政、細川藤孝、細川忠興、蒲生氏鄉(xiāng)、中川秀政、高山右近、大谷吉繼、池田輝政、藤堂高虎等人。

雜賀黨和根來眾欺負別的大名還行，對財力和兵力已經占到壓倒優(yōu)勢的羽柴軍來說，只有一敗再敗。加之羽柴秀吉與織田信長不同，盡量不趕盡殺絕，只要你投降，我們就來談條件。3月23日，根來寺一場大火燒了3天，根來眾就此滅亡。3月24日，與鈴木家對立的雜賀黨領導人土橋平丞，帶領部下坐船向四國島逃去，雜賀黨也隨之覆滅。之后，紀伊國南部的堀內氏善向藤堂高虎投降，紀伊國平定。

1585年4月，秀吉對常常威脅自己的四國島大名長宗我部元親展開交涉，但因為領土分配的問題沒能達成一致，最后準備開戰(zhàn)。1585年5月4日，秀吉命黑田官兵衛(wèi)為先鋒，進入淡路國。并下令和泉國和紀伊國眾人調集船只，集結待命。6月16日，羽柴秀長率兵出淡路、宇喜多秀家率兵出備前、毛利輝元率兵出安蕓，三路大軍攻向四國。羽柴秀吉本想親自出馬，但感覺身體不適，加上后方還有佐佐成政，就委托弟弟秀長為總大將，侄子秀次為副將。長宗我部元親也不含糊，調集了全四國島4萬的兵力準備迎敵，并親自坐鎮(zhèn)阿波國西端的白地城對整島的防務進行監(jiān)督。

7月四國的大戰(zhàn)一處即發(fā)，朝廷里關于“關白”一職的爭斗也迫在眉睫。近衛(wèi)家和二條家明爭暗斗，沖突有升級的狀況。為了穩(wěn)定宮內，菊亭晴季找到前田玄以商議推舉羽柴秀吉成為關白。羽柴秀吉畢竟是百姓出身，相比織田信長的三職推任，他美得簡直要上天了。由于關白不封外姓，所以羽柴秀吉拜近衛(wèi)前久為養(yǎng)父，于7月11日獲封關白。這樣，四國平定戰(zhàn)也更具有了政治色彩，只許勝不許敗。

宇喜多秀家率領備前、美作兩國的兵力，加上播磨國的蜂須賀正勝和黑田官兵衛(wèi)，以及仙石秀久總計2萬3千人在屋島上陸攻入讃岐國。大軍攻下喜岡、香西、牟禮三城后在戶波親武把守的植田城受阻。黑田官兵衛(wèi)建議道:“植田城城堅墻厚，短時內很難攻破。不如先去進攻阿波國與羽柴秀長合流攻打白地城。”贏得了其他諸將的認同。這一進軍路線的改變，導致元親的防衛(wèi)部署大大失效。

小早川隆景率領吉川元長（吉川元春之子，因元春厭惡秀吉，自己隱居派兒子出戰(zhàn)）、穴戶元孝、福原元俊等將，調集中國地區(qū)8國的4萬兵力在伊予國的今治浦登陸，毛利輝元在備后國坐鎮(zhèn)。毛利軍的主要敵人是東伊予的石川氏，其與長宗我部是同盟關系。石川氏的實質領導者是權臣金子元宅，他挾持8歲的主君石川虎竹丸獨攬大權。7月14日毛利軍攻破了黑川廣隆把守的丸山城，15日包圍了金子元宅鎮(zhèn)守的高尾城。盡管長宗我部元親派片岡光綱來救援，但高尾城還是在17日被攻破，金子元宅戰(zhàn)死。開戰(zhàn)不到3日，中心人物就戰(zhàn)死沙場，對將兵的打擊非常大，8歲的石川虎竹丸想逃往土佐國，被小早川隆景料中于半路截殺，全軍覆滅。之后伊予國的當地領主跑的跑降的降，加上25日長宗我部元親向秀吉投降，毛利軍又旋即于8月末攻下了河野通直的湯筑城。黑瀨城的西園寺公廣和大野直昌見大勢已去，親赴小早川的大營請降，伊予國平定。

羽柴秀長率領大和、和泉、紀伊三國兵力總計3萬人馬于6月16日從堺港出發(fā)，到達淡路國的洲本城。羽柴秀次率領攝津、近江、丹波三國兵力總計3萬人馬從明石港出發(fā)，在淡路與秀長匯合。共計800余艘戰(zhàn)船從淡路向土佐進發(fā)，聲勢浩大。長宗我部元親也展開布防，命東條官兵衛(wèi)防守木津城、香宗我部親泰防守牛岐城、谷忠澄、江村親俊防守一宮城、比江山親興防守巖倉城、長宗我部親吉防守脅城。秀長軍上陸后，先鋒蜂須賀正勝首先攻向了木津城。經過8晝夜的攻防，正勝順利切斷了木津城的水源，守將東條官兵衛(wèi)在叔父的勸說下開城投降，自己向土佐退去。長宗我部元親見到跑回來的官兵衛(wèi)大怒，責令其切腹。雙方的主力雖然都在阿波國，但對于不能分兵的長宗我部軍來說，已經呈現出明顯的劣勢。牛岐城的香宗我部親泰聽說木津城陷落，也棄城而逃。這時，羽柴秀吉病體康復想親自出陣，先鋒已于7月3日到達了淡路，但遭到了弟弟羽柴秀長的勸阻。之后，秀長命羽柴秀次攻打脅城和巖倉城，自己攻打一宮城。谷忠澄、江村親俊雖然善戰(zhàn)，但9000人馬始終難敵筒井定次、藤堂高虎、蜂須賀正勝、增田長盛的5萬大軍，期間斷糧、斷水、地道等奇策層出不窮，一宮城終于在7月中旬開城投降。羽柴秀長厚待敵將谷忠澄、江村親俊，谷忠澄更是愿意回去勸說長宗我部元親投降。之后，脅城和巖倉城也在羽柴秀次、黑田官兵衛(wèi)、蜂須賀正勝等人的攻擊下陷落。

7月19日秀長給小早川隆景寫信說明了這邊的戰(zhàn)況，并約定兩軍從東西夾擊白地城。返回白地城的谷忠澄向長宗我部元親諫言：“主公，不可再戰(zhàn)了。敵人不光陣容整齊，就連武器和鎧甲都在日光下閃閃發(fā)亮，而且個個人高馬大，槍猛刀急。另外，其兵糧補給源源不斷，實在難敵以抵擋。再看看我軍，10人之中只有7人騎著小小的土佐駒，連馬鞍和馬鐙還是木頭的，士兵的鎧甲，多是皮毛加麻布制的。更關鍵的是就算是固守，我軍的軍糧也難以維持長久。”“混賬東西！你戰(zhàn)敗而逃，本身已是大罪，還敢在此長他人志氣！”“主公，萬萬不可意氣用事，要以四國的百姓為重啊！”“你還有沒有作為武士的尊嚴，我知道秀吉國力數倍于我，但是沒有進行大規(guī)模的決戰(zhàn)就投降，乃是武士的恥辱。你簡直罪大惡極，命你蟄居，等我打敗秀吉后，切腹！”“主公！”“退下！”

即使是待罪之身，谷忠澄還沒有放棄說服長宗我部元親，開始做家中重臣的工作，漸漸的說服了香宗我部親泰、江村親俊支持自己。7月25日，長宗我部元親最終接受了羽柴秀長的停戰(zhàn)條件，向羽柴秀吉降服。蜂須賀正勝作為使者負責協(xié)商停戰(zhàn)事宜，最后長宗我部氏只能保留土佐一國之地，阿波國、伊予國、讃岐國全部割讓。同時上交元親的三子津野親忠為人質，并不許再與德川家康結成同盟。獲封四國領地的武將包括：蜂須賀家政、赤松則房、仙石秀久、小早川隆景、安國寺惠瓊、來島通總、得居通幸、脅坂安治、加藤嘉明。伊予國基本都分給了毛利家的武將。