1582年6月12日，羽柴軍和明智軍在圓明寺川隔河相對(duì)，山崎地區(qū)由于連日的陰雨，形成了大片的沼地。大軍能通過(guò)的地方只有天王山和沼地之間的空地。本來(lái)人數(shù)占優(yōu)勢(shì)的羽柴軍，無(wú)法展開(kāi)有效的攻勢(shì)，只跟明智軍有一些小的摩擦。黑田官兵衛(wèi)建議與羽柴秀長(zhǎng)一起占領(lǐng)天王山。秀吉提醒道：“光秀的部隊(duì)以前就以擅長(zhǎng)使用鐵炮聞名，天王寺山又易守難攻，此去千萬(wàn)要小心啊。”“大人放心，我夜觀天象，明日必有大雨。鐵炮在雨天無(wú)法發(fā)揮應(yīng)有的戰(zhàn)力?！薄扒f(wàn)小心。”“是?！?

果如官兵衛(wèi)所言，6月13日下了一天的大雨，直到下午4點(diǎn)，雨勢(shì)才緩緩變小。在山崎的明智軍先鋒伊勢(shì)貞興、齋藤利三率先發(fā)起進(jìn)攻，殺向了中川清秀和高山右近隊(duì)。兩人不敵連退數(shù)里，直到羽柴秀吉本隊(duì)的堀秀政率兵增援，才維持住戰(zhàn)線。分兵襲擊天王山的黑田官兵衛(wèi)、羽柴秀長(zhǎng)以及神子田正治也與天王上守將松田政近和并河易家展開(kāi)了戰(zhàn)斗。由于上午的大雨，許多鐵炮和火藥都沾滿(mǎn)了水漬，讓明智軍鐵炮的殺傷力大大下降，羽柴軍占據(jù)優(yōu)勢(shì)。整個(gè)戰(zhàn)場(chǎng)呈現(xiàn)了一進(jìn)一退的態(tài)勢(shì)。

改變戰(zhàn)局的關(guān)鍵，是羽柴軍的池田恒興、元助父子和加藤光泰三人。三人沿淀川北上，悄悄的渡過(guò)了圓明寺川奇襲了明智軍的津田信春隊(duì)。津田隊(duì)被三面包圍，瞬間混亂，士兵慌亂逃跑。見(jiàn)池田軍渡河成功，丹羽長(zhǎng)秀和織田信孝也緊跟開(kāi)始渡河，大有從右翼直取光秀本陣的意思。中川、高山兩隊(duì)見(jiàn)明智軍右側(cè)大亂，趁勢(shì)反殺了回來(lái)。明智軍最后全軍動(dòng)搖，導(dǎo)致總崩。伊勢(shì)貞興派人給光秀傳話，“我自舍命殿后，請(qǐng)您快跑！”之后殺入亂軍之中戰(zhàn)死。明智軍主力齋藤利三隊(duì)最后也無(wú)力回天，只能率軍逃跑。和黑田官兵衛(wèi)交戰(zhàn)的松田政近也是死戰(zhàn)到底，最后寡不敵眾。明智光秀率領(lǐng)余部逃往騰龍寺城，羽柴軍由于前線的高山、中川兩隊(duì)傷亡慘重也沒(méi)能馬上展開(kāi)追擊。

明智軍士氣大大受損，由于縢龍寺城不大，無(wú)法收容大軍，士兵們相繼逃走，最后只剩下700余人。明智光秀舍棄士兵，僅帶貼身侍衛(wèi)4，5人，向坂本城逃去。在行至小栗棲村樹(shù)林時(shí)，被專(zhuān)門(mén)靠襲擊逃跑武士為生的農(nóng)民用竹槍刺死，享年54歲。日本成語(yǔ)“三日天下”講述的就是明智光秀，比喻短命的政權(quán)。其實(shí)從信長(zhǎng)死亡到光秀死亡已經(jīng)過(guò)了13天。6月14日，羽柴方的堀秀政隊(duì)率先展開(kāi)追擊，追到縢龍寺城與明智秀滿(mǎn)展開(kāi)激戰(zhàn)，殺死敵兵300余人。明智秀滿(mǎn)敗逃回坂本城，在獻(xiàn)出明智家的家寶后，將明智光秀的妻子殺害，并與溝尾茂朝、明智光忠自殺。同時(shí)，中川清秀、高山右近二人向丹波龜山城進(jìn)軍，光秀之子明智光慶自殺。至此，明智家基本全滅。6月16日，進(jìn)入京都的羽柴秀吉對(duì)南、北近江的領(lǐng)主發(fā)出招降的書(shū)信，逃往長(zhǎng)濱城、佐和山城的阿閉貞征父子、山崎片家望風(fēng)而降。6月17日，明智軍第一猛將齋藤利三在堅(jiān)田被捕，被押送到六條河原施以磔刑。之后，羽柴秀吉向其他沒(méi)能趕上討伐明智光秀的織田家眾將發(fā)去信函，約定于6月27日，在尾張國(guó)清州城召開(kāi)會(huì)議商議織田家的繼承人。

再說(shuō)被困在關(guān)東的瀧川一益。6月16日北條氏直向倉(cāng)賀野方面進(jìn)軍。瀧川一益先下手為強(qiáng)，于6月18日連續(xù)攻占了北條氏邦支配下的川井城和金洼城，并在金洼平原設(shè)好埋伏打得北條氏邦和北條氏直抱頭鼠竄。6月19日，北條氏直率2萬(wàn)兵卷土重來(lái)，在神流川附近與瀧川一益交鋒，但沒(méi)過(guò)多久又被瀧川一益的3000人馬打得連退數(shù)里。北條氏政見(jiàn)狀，下令北條氏規(guī)率領(lǐng)1萬(wàn)人馬從背后包圍瀧川軍。瀧川一益見(jiàn)本來(lái)約定前來(lái)支援北條高廣遲遲沒(méi)有出兵，便知大勢(shì)已去，放聲喊道：“生死有命，富貴在天，大家跟我沖??！”最后，瀧川一益只剩30余騎，但終于突破了北條氏規(guī)的包圍，而北條方已戰(zhàn)死300多人。之后，瀧川一益逃往廄橋城，在經(jīng)過(guò)城下的長(zhǎng)昌寺時(shí)，祭奠了在神流川一戰(zhàn)死亡的將士。20日，一益退至箕輪城，設(shè)宴與上州的領(lǐng)主們告別，并釋放了作為人質(zhì)的北條高廣的次男。酒席上，一益親自打鼓助興，并感謝上州眾人對(duì)自己的支持。最后，一益將自己珍藏的寶刀、金銀和茶具等送給大家，以示友情，并在深夜離城而去。

6月21日，瀧川一益來(lái)到松枝城見(jiàn)到了女婿津田秀政，兩人合兵一處總計(jì)2000人一同向西退去。之后，來(lái)到由手下道家正榮把守的小諸城。為了順利通過(guò)木曾義昌把守的木曾谷，瀧川一益將之前收納的人質(zhì)都送給了木曾義昌，其中包括依田康國(guó)和真田昌幸的母親等人。木曾義昌大喜，答應(yīng)一益可平安通過(guò)。6月27日，瀧川一益留下命令給道家正榮，將小諸城托付給投降德川家康的依田信藩，之后啟程往美濃國(guó)行進(jìn)。

6月28日深夜，經(jīng)過(guò)一天急行的瀧川一益，終于趕到了尾張國(guó)清州城，但還是沒(méi)能趕上重要的“清州會(huì)議”，同時(shí)也因?yàn)楸槐睏l軍打敗，沒(méi)有獲得任何領(lǐng)地與賞賜。瀧川一益一進(jìn)城就首先來(lái)拜訪筆頭家老柴田勝家，“一益，你終于回來(lái)了，沒(méi)事吧！”柴田勝家急忙迎出門(mén)外?！巴胁裉锎笕说母＃偹闶瞧桨不貋?lái)了。會(huì)議怎么樣？信孝大人繼位了沒(méi)？”柴田搖了搖頭，苦嘆了一聲：“唉，你要早回來(lái)一步，豈容那個(gè)猴子張狂啊。繼位的是一個(gè)只有2歲的小孩?！薄鞍。。俊薄?

原來(lái)在6月27日舉行的清州會(huì)議上，羽柴秀吉以討伐明智光秀的功勞占盡了主動(dòng)，并早已與丹羽長(zhǎng)秀、池田恒興交好。柴田勝家孤立無(wú)援，又處于被動(dòng)，只能在領(lǐng)地方面多爭(zhēng)取了一些。首先在會(huì)上，柴田勝家指出應(yīng)立信長(zhǎng)三子織田信孝為繼承人，而羽柴秀吉?jiǎng)t找來(lái)了織田信忠的兒子，只有2歲的三法師（之后的織田秀信）。丹羽和池田表示，由于織田信孝曾經(jīng)作過(guò)神戶(hù)氏的養(yǎng)子，所以三法師從血統(tǒng)的正統(tǒng)性上勝出，但由于三法師年幼，信孝作為輔導(dǎo)人。柴田勝家只能默認(rèn)。在織田領(lǐng)土的再分配問(wèn)題上，織田信雄繼承了尾張國(guó)，織田信孝繼承了美濃國(guó)，信長(zhǎng)四子織田秀勝成為羽柴秀吉的養(yǎng)子改名羽柴秀勝繼承了丹波國(guó)。柴田勝家除了原有的越前國(guó)外，還獲得了長(zhǎng)濱城和北近江國(guó)的3郡。丹羽長(zhǎng)秀除了原有的若狹國(guó)外，還獲得了近江國(guó)2郡。池田恒興獲得了攝津國(guó)的3郡。三法師獲得近江國(guó)坂田郡的領(lǐng)土，并常駐安土城。羽柴秀吉除原有領(lǐng)土外，獲得了山城國(guó)之地。

清州會(huì)議后，織田家分成了支持織田信雄、織田信孝、三法師的三大勢(shì)力。而在清州會(huì)議丟盡了面子的柴田勝家，也正在醞釀如何向羽柴秀吉報(bào)仇。