長子阿爾通阿、三子札薩克圖立即回應。他們在明朝軍事重鎮——鐵嶺東南八十里遠的黑扯木伐木造房，擬為將來據點。因為黑扯木地近明朝邊關，東接烏拉，北鄰葉赫，不僅可得到明朝就近庇護，還可借助努爾哈赤之敵烏拉葉赫的聲勢，更可得到三次聯姻的烏拉的援助。正當舒爾哈齊秘密籌劃分裂自立的關鍵時刻，努爾哈赤突然命他以建州首領的身份入京朝貢。努爾哈赤這一決定，無疑是調虎離山。舒爾哈齊盡管心中一百個不愿意，但無法推托，遂率領一百四十人的朝貢隊伍第四次進京。這一次，明朝以他為建州右衛的代表。建州右衛首領的頭銜已經久違，此次再現，是明朝欲扶植舒爾哈齊、削弱努爾哈赤勢力的明顯暗示。這恰與舒爾哈齊欲在黑扯木自立的想法不謀而合。
萬歷三十七年初，舒爾哈齊回到建州。他有恃無恐，與三子密謀投靠明朝、葉赫，隨即移居黑扯木。二月，努爾哈赤得知消息，怒責舒爾哈齊，勸其歸來。舒爾哈齊不聽。
三月十三日，努爾哈赤斷然剝奪了舒爾哈齊全部家產，殺死舒爾哈齊兩個兒子阿爾通阿和札薩克圖，將與此事有關的舒爾哈齊部將武爾坤吊在樹上活活燒死。至此，仍余怒未息，欲加刃于舒爾哈齊二子、四大貝勒之一的阿敏。代善、皇太極等諸兄弟極力諫止，阿敏方免于一死，但也受到被剝奪所屬人口之半的懲戒。建州女真血濺蕭墻，明朝邊軍置若罔聞。
或許是憚懼努爾哈赤的精兵，或許是靜觀龍虎之斗、欲得鷸蚌相爭之利，總之，明朝邊軍沒有像舒爾哈齊所希望的那樣出手干涉。舒爾哈齊只有歸來，請安謝罪道：“兄汗優養恩深，弟卻妄想赴別處居住，實乃大謬大錯了。”努爾哈赤并不多言，大度地賜還沒收的舒爾哈齊全部家產。
在他人眼中，努爾哈赤是顧念手足之情的。但在舒爾哈齊看來，努爾哈赤卻是故作姿態，他不感恩。他認為自己沒有理由感恩，反而應該牢記哥哥對待親弟弟的刻薄寡恩。努爾哈赤何嘗感覺不到這些！
舒爾哈齊完了。他永遠不再是弟弟，而是敵人，一個無用、有害、又再無必要與之周旋的敵人。努爾哈赤佯稱新宅落成，邀舒爾哈齊赴宴，將其幽禁。又以舒爾哈齊之命召來他的兩名心腹驍將常書、納齊布，在二人步入房門之時，使潛伏甲士攔腰斬殺之。舒爾哈齊鐵索鋃鐺，被囚禁在暗無天日的禁所，囚室門窗皆被磚石密封，僅留“通飲食、出便溺”兩個洞口，生不如死。兩年后，亦即萬歷三十九年（1611年）八月十九日，舒爾哈齊憂憤而亡，時年四十八歲。
努爾哈赤大權在握，于明萬歷四十四年，順利登上了后金天命汗的寶座。五十八歲的努爾哈赤，以吞吐天地的雄才大略，橫掃千軍的赫赫戰功，統一女真的光輝業績，贏得了此時的殊榮。而他光輝燦爛的寶座，染有其胞弟——舒爾哈齊的鮮血。
努爾哈赤建國稱汗前后，在集權與反集權血腥斗爭中登場的角色和對手，除了弟弟，還有他的兒子和家人。歷史總是有著驚人的相似，權力的爭奪總是伴隨著殺戮和血腥，總是伴隨著骨肉相殘。
【3.建八旗，實行專權統治】
大權集中，小權下放，這樣既能保證權力不會被人竊走，也可以吸引更多的人來維護自己的利益。在家族統治的時代，集權是不二的選擇。
八旗制度起源于牛錄制——女真人原有行師出獵的牛錄組織。史載，女真傳統，凡遇行師出獵，人不論多少，照依族寨而行。滿洲人出獵開圍的時候，各出箭一枝，十人中立一總領，屬九人而行，各照方向，不許錯亂。此總領呼為“牛錄額（厄）真”（“牛錄額真”為滿語音譯，“牛錄”意為“大箭”；“額真”意為“主子”）。
萬歷二十九年（1601年），努爾哈赤以女真傳統的牛錄為基礎，按軍事編制創建了后金耕戰合一的社會軍事組織，初置四旗——黃旗、白旗、紅旗、藍旗。萬歷四十三年十一月，又增置鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍四旗，合為八旗，正式在女真傳統牛錄制的基礎上建立了八旗制度。
努爾哈赤之子皇太極即位后，將降附的蒙古、漢人分編八旗蒙古與八旗漢軍，以原八旗為滿洲八旗。入關后八旗依防地分為京師八旗與駐防八旗。順治年間多爾袞被治罪后，他所轄的正白旗收歸皇帝自領，加上皇帝原所自領的正黃、鑲黃兩旗，合稱“上三旗”，其他為“下五旗”。努爾哈赤創建了滿洲八旗，皇太極又發展了蒙古八旗和漢軍八旗，一共有二十四旗。以后又將達斡爾、鄂倫春等少數民族，編入“布特哈八旗”，也就是打勝八旗。但是，這些都通稱“八旗”。
努爾哈赤創建的八旗制度實行牛錄（漢名佐領）、甲喇（漢名參領）、固山（漢名旗）三級管理體制。以三百人為一牛錄，每牛錄設牛錄額真（漢名佐領）一人為統率官員；五牛錄為一甲喇，每甲喇設甲喇額真（漢名參領）一人為統率官員；五甲喇為一固山，每固山即每旗設固山額真（漢名都統）一人、副職梅勒額真二人為統率官員。每旗七千五百人，八旗共六萬人。后金人的奴仆亦編入八旗包衣（滿語音譯，意為“奴仆”），每旗設五甲喇（參領），下轄有牛錄（佐領）、渾托和（漢名管領）若干，分隸于內務府（上三旗包衣）和各王府（下五旗包衣）。
八旗制度下，以地緣為主、血緣為輔組成的牛錄，是基層單位。牛錄額真下，設二名帶子為副職，再置四名章京、四名撥什庫，并把三百人組成的牛錄分編成四個塔坦（村或部落），由一章京、一撥什庫管理一個塔坦的各種事務。八旗制度是“以旗統人，以旗統兵”“出則備戰，入則務農”，兵民一體的社會組織形式，是將后金“一國之眾”，即女真族全體成員及少數蒙古人、漢人和大量奴隸盡行編入，予以嚴格控制、管理，政治、經濟、軍事合一的社會組織形式，是后金統治的基礎。
努爾哈赤作為后金國汗，是八旗的最高統帥，擁有八旗的一切。旗主的權力、爵位、財產、屬人均為努爾哈赤所賜，隨時可被努爾哈赤剝奪或重新分配。他將八旗作為私產，賜予子侄，使之充任和碩貝勒、旗主貝勒（滿語“和碩”為“一方”之意。相當長的時間里，和碩貝勒是旗主貝勒、固山貝勒的同義語，絕大多數和碩貝勒充任一旗之主的旗主貝勒），即八和碩貝勒。各旗旗主是后金國汗努爾哈赤之下最為顯赫的人物，掌握著本旗軍政大權及旗下全體旗人（全體旗人均為本旗旗主屬人，雙方是主奴關系）。而且努爾哈赤還親領兩黃旗，次子代善領兩紅旗，五子莽古爾泰領正藍旗，八子皇太極領鑲白旗，長孫杜度領正白旗，侄阿敏領正藍旗。從某種意義上說，八旗軍正是一支愛新覺羅家族的武裝力量。努爾哈赤對八旗軍的絕對控制，是其得以掌握后金最高權力，實行專權統治的重要前提。
八旗軍不僅出兵作戰、負責贍養旗下屬人，還承擔著后金的各種勞役以及各項財政支出。后金國各種收入及一切俘獲（包括人、畜）都按八旗統一分配。八旗實力基本相當，承擔國家部分職能，具有相對的獨立性，這是八和碩貝勒據以參與政務并擁有發言權的主要資本。
努爾哈赤之子、侄、孫中大部分人不是旗主，只是一般的貝勒。他們分別隸屬于其父兄所掌旗，受制于父兄，僅領有少量的牛錄。時間久了，他們與其父兄旗主之間不可避免地產生矛盾。可是，這些貝勒參與議政，并時常率軍出征，具有一定實力，因而又成為牽制本旗旗主的力量。
八旗制度的建立，將分散的幾十萬人嚴密地編制起來。分則弱，合則強，宋朝便有女真“兵若滿萬，則不可敵”的說法。現在，一二十萬女真統一編制，每牛錄僉甲一百或一百五十，可挑選精兵數萬，加上糧草充足，器械精良，戰馬十萬，這支武裝力量就成為具有極大威力的強大軍隊。努爾哈赤率領八旗勁旅，用兵三十余年，戰必勝，攻必克，連下明朝重鎮，大破明軍于薩爾滸，俘獲人畜數百萬，轄地數千里，極大地增加了汗、貝勒的財富，增強了汗、貝勒的勢力，擴大了統治范圍，對后金國的鞏固和發展，起了重要作用。同時，強化了女真族人彼此之間的聯系，改變了以前女真族人漁獵為生的傳統習俗，八旗人員大體上達到了“耕田食谷為生”的水平。
整個女真社會如同一座大兵營，是努爾哈赤時代的一大特點。他以八旗作為紐帶，把渙散的女真各部落聯合起來，形成了一個組織嚴密、生機勃勃的社會整體，從而加速了滿族共同體的形成。