1919年6月2日傍晚，又一聲爆炸摧毀了司法部部長帕爾默在華盛頓西北部居所的正面，擲彈者也在這場爆炸中喪生。在可怕的碎片中人們發觀了一張威脅要對“資產階級”施以暴力的傳單，署名為“無政府主義戰士”。帕爾默和他的家人均未受傷，但據帕爾默的鄰居海軍部部長助理富蘭克林·D.羅斯福說，司法部部長對這次爆炸驚恐萬狀。就是這一系列一直未被偵破的爆炸事件引起了司法部1919年的反激進分子運動，并開始了埃德加·胡佛在聯邦調查局的生涯。
爆炸的塵土還未完全落下，帕爾默便招募他在外僑財產局的老偵查長弗朗西斯·P.加文及前秘密情報局長兼著名私人偵探威廉·弗林，來協助司法部制訂對付爆炸的計劃。6月4日，他宣布任命加文為司法部副部長，專門處理激進分子的威脅，任命弗林為調查局長，并任命一直負責秘密情報局紐約分局及俄國處的弗蘭克·伯克為弗林的副局長，頭銜為“長官”（局里高級級別的稱號這時已規范化了。局里的頭腦在此之前時而被稱為“局長”或“長官”，而這時被定為“局長”，他的副手被稱為“副局長”或“長官”）。有這些人做顧問，帕爾默開始制訂計劃竭盡全力攻擊激進主義。他請求國會專門撥款以供調查激進分子之需，并宣稱，他已獲取某種情報，不久將有一個“一舉摧毀現政府的企圖”出現。
在6月17日的會議上，司法部決定：大舉圍捕并驅逐外僑激進分子。胡佛可能參加了6月17日的會議，也許是當時，也許是稍后，帕爾默及其顧問決定讓胡佛負責這一運動。7月10日，帕爾默將胡佛提升為司法部部長特別助理，直接向加文報告，隨著職位提高而來的是加薪，1800美元的薪水升為3000美元（比較起來，調查局長威廉·弗林年薪7500美元，伯克長官的年薪4000美元）。此后，胡佛的名字首次出現在調查局的編制表上。
雄心勃勃的司法部部長助理
在帕爾默提升胡佛時，胡佛實際上也正想憑借約翰·洛德·奧布萊恩向帕爾默的舉薦來保持他的工作。據奧布萊恩所言：“戰爭打完了，停戰時胡佛對我說，他愿意留在司法部做文職人員，我私下與新任司法部部長A.米切爾·帕爾默談了此事。”當爆炸事件發生后，帕爾默需要得到了解外僑事務的人幫助時，奧布萊恩的舉薦在他的心中尚記憶猶新。奧布萊恩的舉薦能留在帕爾默印象中可能是出于個人原因。盡管這兩個人有許多不同點（帕爾默在民主黨內享有權力，而奧布萊恩則是一個有影響的共和黨人），但他們卻有許多共同的朋友：帕爾默與哈里·戈文頓和愛德華·伯林關系很密切，而后兩者是影響很大的華盛頓戈文頓和伯林法律公司的創始人。而這兩個人又是胡佛的舅舅威廉·希茲法官的朋友。正是希茲在他的一次宇宙俱樂部午餐會上將朋友奧布萊恩介紹給戈文頓和伯林的，奧布萊恩后來在1944年加入了他們的公司，因此很可能奧布萊恩向帕爾默提起胡佛時，提到過胡佛是戈文頓的朋友希茲法官的親戚。
胡佛戰時與不受歡迎的外僑打交道的經歷，成了他肩負新任的最寶貴的證書。格雷戈里和奧布萊恩離開后，胡佛便成了司法部內唯一的外僑專家，盡管他當時很年輕。在司法部里只有他曾在勞工部移民局工作過，并利用驅逐法令在法律以外高效率地處理了外僑事務（勞工部移民局及司法部敵僑司在華盛頓的職責實際上在戰爭期間已經合并），當事態的發展需要與勞工部重建關系以便對外僑進行大規模行動時，胡佛是必然的，也的確是唯一可行的人選。胡佛由于青年時期形成的對外僑的懷疑，更激發了他對追查外國人的狂熱情緒，他的這份熱情在司法部內盡人皆知。
帕爾默挑選胡佛來指揮反共運動的另一個理由可能是因為胡佛年輕（1919年春他正好24歲）。帕爾默本人信教，公開形象又是個道貌岸然的道德家，但政治上卻是腐敗不堪。他很欣賞年輕精干的下屬的殘忍和魯莽，終生對外國人和激進分子疑心重重。他貪得無厭，熱衷于政治投機。到1919年，帕爾默已無所顧忌，亦無確定的政治信仰。他極想獲得1920年民主黨總統候選人提名，對此自認為十拿九穩。為達此目的，他不惜一切，或許他已看到胡佛是一個敢作敢為的自信的年輕特工，能夠給他提供當選總統所需要的戰績。胡佛極端拘謹的道德觀，他的精力、聰明及他的自信，使他成為中產階級年輕斗士的楷模。他為下層社會的犯罪與缺點所困擾，對姑息它們的上層社會又疑心重重。這種年輕、智慧和精力在一個人身上的高度體現對帕爾默極富有吸引力，因為帕爾默本人艱苦工作的能力和集中考慮的能力都很有限（他緊張時易精神崩潰）。
胡佛不僅精力充沛，雄心勃勃，并且由于他在敵僑司的經驗和早年在中區高中的成功，使他對自己的組織能力和領導才干信心十足，他身上還帶有一種當地名流的自信感，同時，也許還伴有對低賤的下層社會和飽食終日無所用心的上層社會的忿恨，正是由于后者對下層社會的姑息使得中產階級的志氣和體面喪失殆盡。胡佛進政府機構謀職時，恰逢部里有才干的律師都急于離職，重操和平時期的法律事務，因此胡佛在部里便沒有了競爭對手，而那些自謀職業的人無論如何都不會使自己成為行業中的佼佼者。或許不管怎樣，胡佛都會成功。
但是，公眾輿論的落潮起伏，激進運動的勝利須臾可待的那種難以控制的和不受控制的感覺，以及發生在司法部長和其他重要官員居所的爆炸事件，給胡佛創造了一個對他的背景、閱歷與個性來說完全合適的大好時機。也許每個偉大的生涯都要仰仗于千載難逢的好運氣，而在這人生的緊要關頭，胡佛很走運，碰到了合適的時機、合適的地點，并具有合適的才干、委任狀和信心。
帕爾默上任伊始，面對禁酒法案的令而不行、三K黨人的橫行不法、罷工事件的風起云涌、各種社會思潮的相互激蕩，對如何選擇樹立虎威的突破口，不免大費躊躇。寓所的炸彈事件讓帕爾默膽戰心驚了。形形色色的“革命”風潮如火如荼，火舌已經伸到了教堂的祭壇，已經伸到了司法部部長家的庭院，如果不斷然加以遏止，保守的美國上層統治在這種強勁的沖擊面前能維持多久！帕爾默斷然決定：以這一赤裸裸的挑釁案件為契機，向國人證明自己不是一只病貓。于是，他炮制了有某些團體陰謀推翻聯邦政府的超級“發現”，從國會爭取到一大筆預算，下令對全國各種無政府主義者、布爾什維主義者、激進團體進行大規模清查。這就是歷史上著名的“帕爾默襲擊（搜捕）”行動。
帕爾默襲擊猶如一場大地震一樣迅速席卷全美國，而埃德加·胡佛在國會圖書館整理卡片的拿手好戲再次派上了大用場。為了對激進分子進行大清查，帕爾默任命了威廉·弗林、弗蘭克·伯克分別擔任調查局正、副局長。同時，他授命特工處對胡佛進行了可靠性審查，發現他除了需要負擔父親在精神病院治療的費用外，沒有任何有別于常人之處。于是，胡佛留任司法部，并成了帕爾默的特別助理。胡佛所擔負的任務是，在助理部長弗朗西斯·加文的具體領導下，搜集和匯編“帶有革命和激進主義色彩的社會團體”的檔案材料。
年方24歲就能在非常時期的非常機構里獨當一面，成為左右全國成千上萬人命運的司法部部長特別助理，胡佛似乎已看到更大的權力在不遠處向自己召喚。他決心干出一番事業，給帕爾默一個漂亮的報答。于是，加班加點、夜以繼日又成了他每天生活的寫照。埃德加·胡佛是一個工作狂，為了報答帕爾默的知遇之恩，他在幾個月的時間里就帶同一幫助手，手工編纂了50萬人的索引卡片、6萬余人的簡歷材料，用姓名字母和思想傾向類型的雙重方法查找，都只需用幾分鐘即可找到。1919年11月7日，帕爾默下達了清洗“革命嫌疑人”和“激進分子”的命令。根據胡佛擬就的多達6萬人的“黑名單”，司法部“按圖索驥”，短短的幾天內，就相繼逮捕了數百人，并對他們進行了嚴刑逼供。清洗行動中的逮捕環節是由調查局和各州、縣城市警察局聯袂實施的，而對一干人犯的“處理”，則交由胡佛全權辦理。正如調查局副局長弗蘭克·伯克在指示中所說：“在逮捕過程中，凡遇到重要問題，務必立刻與胡佛先生取得聯系。”
一代政治新星冉冉升起
胡佛確實不滿足于編寫和整理索引卡片這種純粹事務性的工作，他還為如何處理上了“黑名單”的人獻計獻策：與其揚湯止沸，不如釜底抽薪，為了有效、徹底地消除革命危機，對激進分子采取掃地出門、驅逐出境的辦法，肯定能取得事半功倍的奇效。于是，他走進了鎂光燈照耀下的政治前臺，在法院里以公訴人的身份，運用自己在喬治·華盛頓大學法學院學到的知識，成功地促使法院作出了對埃瑪·戈德曼驅逐出境的判決。戈德曼是一位在年輕人中有很高知名度的無政府主義者，通過電影等形式，散布“杯水主義”的性自由（性就像人渴了需要喝一杯水一樣，是一種無可厚非的生理要求）和對宗教的批判。
按照胡佛的“發現”，1901年威廉·麥金利總統的遇刺身亡，兇手就是受了戈德曼的蠱惑宣傳。幾天后，胡佛會同調查局局長弗林，親自前往埃利斯島（歐洲大陸移民進入新大陸的門戶），目睹戈德曼及其情人伯克曼等首批247名“激進分子”被押上軍艦，遞解至俄國。第二天，陶醉在初戰告捷的喜悅中的胡佛就向新聞界談起了自己的思路：“一旦必要，就應該把危險的激進分子和布爾什維主義分子從美國清除出去，把他們統統送到歐洲。”
清洗工作猶如滾雪團一樣，動作越來越大。在1920年元旦那一天，“帕爾默襲擊”中規模最大的一輪行動在23個城市同時上演了，被拘留審查的人數達萬人之多，盡管大部分人在審訊后被釋放了，但需要“統統送到歐洲”的仍大大超過上一輪的戈德曼一行。隨著“帕爾默襲擊”的步步深入，帕爾默已得到了作為未來總統候選人所需要的廣泛的知名度，而埃德加·胡佛也很快成了舉國皆知的名人。為了表彰他沒有周末、沒有“八小時以外”的勤奮工作，帕爾默于1920年初任命他擔任了調查局總情報處的主任。
美國一向標榜“言論自由”，由于“帕爾默襲擊”對美國社會造成的危害和沖擊遠遠大于所謂激進分子，從而招致哥倫比亞大學法律系主任哈蘭·斯通等社會名流的嚴厲抨擊。因此，盡管帕爾默和胡佛逮捕了成千上萬的人，但真正流放到歐洲的也只有數百人。同時也因為帕爾默的清洗行動對美國社會構成的沖擊已經超過了所謂激進分子本身，從而導致了來自國會山的質問和批評。為了“舍車保帥”，帕爾默在國會作證時聲稱，一切細節、一切指控都是埃德加·胡佛先生的職權行為。這位司法部部長對他一手導演的全國性丑聞的解釋，頗能反映出胡佛在司法部里地位和作用的上升。
不論是埃德加·胡佛，還是司法部部長帕爾默和他的工作人員，都沒有因對共產黨的襲擊而受到懲罰。國會的調查拖了很長時間，結果是新總統上臺，換了司法部部長，當事人不了了之。胡佛取得了難以忘懷的經驗教訓。首先，他知道了進行全國性鎮壓在美國是行得通的。盡管輿論大嘩，對赤色分子的鎮壓畢竟使美國共產黨受到了摧毀性的打擊，它的黨員人數從襲擊以前的8萬人下降到1920年底的6000人。其次，胡佛還發現，可以不根據罪行，而根據政治信仰對人們進行偵察和迫害。為了不被抓住，必須至少在法律上遵守“適當的程序”。一定不要讓公眾知道調查者的寶貴財富——秘密檔案。在關于襲擊赤色分子的聽證會上，暴露了許多文件，造成被動局面。他當聯邦調查局局長以后，完善了檔案制度，局外人是無法看到這些檔案的，只有在對埃德加有利的情況下，才會拿出檔案。
對于帕爾默這種把功勞盡數攬為己有、把過錯盡數委于部下的政治把戲，未來數十年里的胡佛將“青出于藍而勝于藍”。在“帕爾默襲擊”中，胡佛顯示了他過人的精力和才干。因此，盡管帕爾默因為這件事在政治上名聲掃地，具體操辦此事的胡佛卻是聲名大噪，更被下一屆政府所器重。