1917年4月16日，格雷戈里限令敵僑不得遲于6月離開禁區，但他又指示他的執法官為那些不構成危險并且非常有必要留在這些地區的外僑頒發許可證。合眾國律師必須將他們認為根據總統文告應迅速逮捕的敵僑名單送與格雷戈里。并且格雷戈里警告說，在取得華府同意之前不得逮捕任何外僑，但特別危險分子除外。格雷戈里指示司法部說，他的計劃是單獨處理每個被捕敵僑案件，然后……根據國家和司法的利益做出決定……他命令外勤特工將有關申請許可證的情況轉給“華盛頓特區司法部‘許可證官員’”。甚至在此之前，司法部便已經在全力以赴處理敵僑工作。胡佛剛進戰時應急處工作時，他同許多其他官員一道，履行“許可證官員”之職。
在1917年胡佛進司法部工作的頭四個月沒有證明文件，他的名字頭一次出現是在約翰·洛德·奧布萊恩12月14日寫給司法部長格雷戈里的一封信中。奧布萊恩在信中描述了新的戰時應急處的組織情況。早在12月4日格雷戈里已正式同意奧布萊恩建議的內容，因此可以設想，早在12月4日之前的某段時間里，奧布萊恩便已批準胡佛在他處從事敵僑司工作了，有可能在奧布萊恩正式任命之前，胡佛已經干了幾個月的僑務工作了。
威爾遜還把“執行的任務”（凡年滿14周歲和14歲以上的男性在美國居住而實際上未取得美國國籍者，都可能被作為敵僑逮捕、限制、采取安全措施及遷居）交給了司法部長。很快，成千上萬份來自德國僑民的請求書如潮水般涌向格雷戈里，他們要求禁區規定能對他們例外，以保證他們的工作和保護他們的家庭，公文數量飛速增長，紅十字會要求所有被拘留的敵僑都進行登記，并為他們準備好申請假釋的表格，那些在禁區（包括外僑的主要集中區）居住或工作的僑民，必須向司法部登記并申請許可留在原地。對所有男性德僑，后來也包括女性德僑的登記（美國國內共有德僑48萬人，奧匈帝國僑民近400萬人），由于需要廣泛的準備，因此一開始就被拖延了。由于嚴重缺乏勞動力，因而雇主們不顧一切地設法讓他們那些被拘留的僑工被釋放出來，因此司法部幾乎是在拘留工作一開始便著手處理假釋申請工作，胡佛即被委以此任。
到12月，部內互通的信件表明，胡佛已是處理敵僑司日常事務的基本成員。他負責審查案件，將案件加以總結，然后呈交奧布萊恩，并提出處理意見。奧布萊恩的做法則是把那些被有權力的人懷疑為不可靠的外僑，在戰爭期間統統拘留起來。胡佛幾乎總是駁回要求寬大的抗辯，顯然其根據是法律要求對于即便是構成最輕微危險的外僑也應予以拘留。
司法部官場再上臺階
胡佛在大多數情況下只是給奧布萊恩轉達不加任何評論的美國律師的建議。在許多案件中，胡佛和他的頂頭上司——司法部長特別助理查爾斯·W.斯托里不主張實行無限度的拘留，但他們的意見通常都會被駁回。從這些案件中可以看出他當時的工作態度。1917年12月28日，胡佛就一位德國水手迪德里克斯的問題寫信給奧布萊恩，這位水手自有敵對情緒開始后便被拒絕在船上或濱水區工作，而這位德國人因簽了一份在一近海船只上當艙面水手的合同而違反了規定。胡佛記錄道：“據說這位敵僑愁眉不展，沉默寡言。主管的特工建議在戰爭期間應將迪德里克斯拘留。”胡佛仍然建議“鑒于此案的情形，可在滿30天時假釋，條件是這類限制僅限于鄉村地區”，但奧布萊恩簽署的是“戰時拘留”。
在另一案件中，一個德國人沙赫曼因“賣畫給穿著制服的士兵并唆使他們找淫蕩女人”而被逮捕。胡佛認為“此案中，人可予以假釋，條件為沙赫曼保證提供一個合格的監督人并交付一筆不得低于1000美元的保釋金”。而奧布萊恩的決定還是戰時拘留。
在第三個案例中，胡佛建議假釋一名德國火車列車員，他曾說過“將合眾國最好的血液送到歐洲去打英戰，這是恥辱”的話，但這次胡佛又被駁回了。
在有些案件中，胡佛提出的處理方法要重于他的頂頭上司，盡管奧布萊恩對這些案件的最后決定還是戰時拘留。如一個名叫奧托·米勒的德國人稱威爾遜總統為“傻瓜和賊”。之后，當被問到對美國的看法時，他答道：“這該死的國家。”胡佛將其行為稱為是“對總統的各種粗俗、猥褻的評論”及“最明顯的親德表示”，并批注了合眾國律師的決定，“他建議將米勒進行戰時拘留，對此我表示同意。”他在處理另一件關于一個德國人的案件時寫道：“此人在與一黑人的交談中有親德言論并詆毀合眾國政府。他還向其他人散布不忠言論”。胡佛未加評論便批準了美方律師對此人實行終生監禁的請求。
在這些案件中隱約可看出一種模式，奧布萊恩做出拘留決定時一定要根據被告的具體行動或是與被告直接接觸過的人確認被告是危險人物，而胡佛的做法與此形成鮮明對照，他傾向于搞清僑民的觀點和態度，以此來決定處理的輕重。胡佛非常愿意為那些本意好而干了錯事的僑民開脫罪責，對于那些行為無害但思想不忠的人卻毫不留情。
直至1918年4月，胡佛一直做著被拘留僑民檔案的總結工作。在這期間，他還圓滿地答復了自1917年11月16日男性德僑登記工作以來產生的行政問題。1918年4月19日，司法部頒布了要求女性德僑登記注冊的規定。這似乎是胡佛首次專心一意地從事部里一項行動的實際計劃和管理工作，他也許還指揮了這一工作。1918年7月4日，他送給奧布萊恩一份《紐約太陽報》的社論，文章贊揚了司法部“卓有成效的女性外僑的登記工作”。如果說胡佛因這項行動的成功而引起了上司注意的話，那是因為他對此項工作是負責的。從1918年夏開始，案卷中的信上除了奧布萊恩的簽名外還有胡佛的“JEH”三個大寫字母，表示胡佛是起草此信的律師，此信的答復應送回到他那兒。這類文件多數是關于女性德僑登記問題的，這表明，胡佛已獲準享有相當的個人決定權了，這就他的年齡（1918年23歲）來說，已是大大地走在前面了。
有跡象表明，胡佛在司法部的工作如魚得水，他的上司開始認為他是一個可靠而辦事效率高的人，因為他們開始給他一些正式職責外的工作。當司法部為生活在靠近紐約港禁區的斯塔滕島上的德僑數量擔心的時候，胡佛根據搜集的數據對斯塔滕島上德國人的數量進行了估計，他還得知了管理這片德僑的警官的姓名和管區。
到1918年仲夏，胡佛已不再只是給案卷寫總結再附上他個人的試探性建議了。他負責從法律角度評估案件然后做出最后決定供上司簽名，他已不再只對查爾斯·斯托里負責，而且還為艾爾伯特·貝特曼工作，而后者是為奧布萊恩做負責戰爭時期之訴訟工作的。這表明，胡佛在司法部的官場上至少又上了一級臺階。
胡佛應對“敵僑”的經歷不僅幫助他在司法部站穩了腳跟，還使他習慣用行政立法代替不可靠的拖拉的法律程序。胡佛所監督的外僑屬于敵人身份，被剝奪了受憲法保護的權利，因此，他第一次嘗到了可以不受正常的憲法限制來行使政府權力的滋味。胡佛作為一名見習律師度過了令人興奮的一年半，他大筆一揮就可決定一個人的自由或監禁。戰爭時期的非常情況使他在確定敵僑是否忠誠時的個人決斷具有法律效力。擺在他面前的檔案中的那些人的命運只憑他的責任感和上司的審查來確定。
在爆炸聲中走向聯邦調查局
美國在參戰時拒絕加盟“協約國”，而是以“共同作戰國”身份加入對德作戰的行列。戰爭以“共同作戰國”的徹底勝利而告終。美國作為“共同作戰國”之一，還進行了另一場戰爭行動，那就是對俄國十月革命的武裝干涉。威爾遜不僅認可了日本在西伯利亞的登陸，還于1918年6月同意對英、法登陸俄國北部進行支援。但是，干涉行動遭到了失敗，到1919年1月，美國軍隊只好灰溜溜地撤了回去。
美國需要在國內恢復和締造和平了。然而，國內整肅“親俄分子”、共產主義思潮和工人運動正方興未艾。這樣，埃德加·胡佛就有了大顯身手的機會。生命像草，需要濕潤，使細胞充滿水分，所以只能生長在污泥之中。像胡佛這樣不甘居于人下的人，沒有世界大戰的戰爭狂熱、反共產主義的歇斯底里、深入骨髓的間諜臆想癥提供的肥沃土壤，終究是不會脫穎而出的。有道是“時勢造英雄”，胡佛這位“美國英雄”的誕生，正是由戰后一浪高于一浪的革命危機、愈演愈烈的犯罪活動造就的。
戰爭結束了，戰時行動處也完成了它的歷史使命。胡佛在司法部的工作暫告一段落，究竟何去何從，他也一時找不準方向。
就在胡佛彷徨無著的時候，報界宣稱，有一個國際激進組織陰謀暗殺各國領導人，而這些傳言似乎又為下列事實所證實：1919年4月28日，西雅圖市長奧利·漢森家收到一枚炸彈（后被發現并拆除了），第二天，另一枚炸彈使亞特蘭大美國前參議員托馬斯·哈德威克家中的一個女仆失去了雙手。在以后的幾天里，又相繼發現了34枚炸彈，但都在到達預定目的地之前被截獲。成為炸彈之目標的知名人士有弗雷德里克·C.豪（埃利斯島負責移民事務的官員）、參議員李·奧弗曼（他曾主持過轟動一時的關于布爾什維主義參議員聽證會）、最高法院副法官小奧利弗·溫德爾·赫爾姆斯、郵政部長艾爾伯特·伯森和法官凱納沙·蒙頓·蘭德斯（他曾對維克多·伯杰和大比爾·海伍德判刑）。其他炸彈被送往司法部部長A.米切爾·帕爾默、勞工部部長威廉·威爾遜、約翰·D.洛克菲勒和J.P.摩根處。
在胡佛戰時于司法部供職期間，那種認為激進分子、無政府主義者、共產黨人及社會黨人都不是美國人，都不愛國甚至叛國的觀點在自認為愛國的美國人中間流傳甚廣。戰爭剛一結束，保守派便要求激進黨人解釋他們在戰時的不忠行為。這一事件是由胡佛未來的司法部部長，當時的外僑財產管理人A.米切爾·帕爾默在無意中開始的。
1918年，帕爾默指控他的家鄉賓夕法尼亞州的一個政敵博伊斯·彭羅斯參議員曾接受過釀造業的政治捐款。帕爾默宣稱，由于釀造業是親德的、不忠的，而彭羅斯接受它的錢，因此彭羅斯也是不忠的。一個由參議員李·斯萊特·奧弗曼領導的法院委員會旗下的小組委員會被任命調查帕爾默的指控。奧弗曼的委員會不久便將調查擴大到了“親德主義”的普遍現象這一范圍。調查局長布魯斯·比拉斯基告知委員會，他的下屬已對該問題進行了廣泛研究，并根據任何反對威爾遜中立或戰爭政策的人都是德國的同情者這一假設，作出了親德主義正像傳染病一樣蔓延全美國的結論。
1918年8月，布爾什維克使俄國退出戰爭，使德國不必在兩線作戰，那時，許多美國人就堅信布爾什維克是德國人的同盟，即便本無此意，實際上也是如此。根據戰時愛國主義的原始邏輯，同情布爾什維克的就是同情德國。這對美國激進運動在公眾中的形象起了破壞作用，因為在1918年和1919年對布爾什維克革命的熱情幾乎曾使美國所有左派人物聯合起來。美國最杰出的社會主義者尤金·德布斯宣稱：“我是徹頭徹尾的布爾什維克，我為此感到自豪。”停戰后，政府繼續催促懲罰根據戰時法令被判刑的激進分子，甚至又發生了新的指控。1919年10月，維克多·伯杰，這位來自威斯康星州的前社會黨國會議員，根據間諜法被判罰。1919年8月10日根據同一法案被判決的尤金·德布斯，用盡了所有上訴手段，最終還是被最高法院駁回，于兩星期后入獄。這些案件加深了胡佛關于激進分子是罪犯、叛徒的想法。