南贛巡撫陸問禮疏奏：『流賊陳萬、鍾凌秀、全斌等東奔西突，四出標劫，滋蔓不已。臣曾具「三賊流突靡常」一疏，請三省大舉會剿；樞部以軍糈不繼，其議遂寢，但令臣等設法解御。臣凜遵廟謨，先后擒殺、解散雖已數千，而余孽未盡，迄今尚鷙伏于保昌、崇義之間——山路多歧，處處可犯；分防則兵力愈寡，會剿則東追西竄、南走北奔。臣名一鎮(zhèn)，實止南、贛二府；兵僅二萬，止足捍御一隅。況當屢次搜括之后，餉匱不繼，萬不能獨支此賊！兩廣總督王業(yè)浩挈提兩省之綱，固足調狼、土主客等兵，但亦庫藏如洗，難責其徒手剿賊。乞念東南重地，賊勢至此，非一勞不能永逸；特敕督臣從長酌議，量留何項錢糧以資兵餉，督發(fā)大兵移駐要地，相機協剿。再敕湖廣、福建撫臣各發(fā)銳兵良將與臣四面夾攻，以早收蕩平之效』。帝以其奏與梁天奇矛盾，敕部查核。

癸已，升熊文燦為兵部右侍郎兼右僉都御史，總督兩廣軍務、兼理糧餉、帶管鹽務，巡撫廣東地方。

（三月甲辰），升鄒維璉為右僉都御史，巡撫福建。

（夏四月）辛未，再敘福建殲除海賊功，熊文燦再加服、俸一級，賚銀二十兩、纻絲二表里；羅元賓準復原職，吳旸、蔡善繼各贈太仆寺卿，徐日久、陸卿任、王猷各贈官一級，申紹芳、朱大典、施邦曜各加俸一級，陳睿謨、桂紹龍、何萬化、陸之祺、潘曾纮并趙維鼎等九員各賚銀十兩，陶崇政等七員準與紀錄，董鳴瑋優(yōu)升一級，鄭芝龍準實授游擊，鄭芝虎加實授守備，朱國勛、張永產各紀錄，林察等四員各實授把總，黑大方恤銀八兩。

壬戌，給事中張承詔、傅朝佑、黃紹杰、御史蔡國用、祝徽、黃金貴、李右讜等以賊首鍾凌秀雖降，其余燼復叛，于三月乙丑竄入瑞、連諸處，風聞瑞金已破、會昌被圍；因合詞上言：『自庾嶺而下，一江直達會城；倘不早為備御，則自吉、臨以至南、瑞蕩然莫為制限，豫省之事有不可知者。乞敕南贛撫臣督率將士，或分旅進剿、或憑險堵截，速圖剪除，毋令滋蔓！又因此寇剽悍異常，一隅未能獨辦；更乞嚴敕兩廣、閩、楚督撫仍遵「會剿」明旨協力夾攻，蕩巢散黨，以必盡為期，勿因離境遽止：斯根株既拔，一勞乃可永逸矣』。

（五月）己亥，兩廣總督王業(yè)浩疏奏：『自二月九連渠賊陳萬授首、銅鼓渠賊鍾凌秀降服之后，積年渠魁雖除，而余孽未盡。監(jiān)軍副使洪云蒸同總兵鄧茂官等盡搜其巢，復斬三千余人，毀其窟穴；游擊鄭芝龍以福省海寇告急，撫、按掣回，而鍾凌秀愿率精銳報效自贖。但九連等處初平，正須防護。福建守備鄭芝虎屢立戰(zhàn)功，驍勇無敵；今芝龍既回閩海，應留芝虎暫駐平遠一路防鎮(zhèn)，俟平定班師：則兩省交得所賴矣』。章下所司查議。

（秋七月丙午），兵部尚書熊明遇等上言：『粵寇蹂躪江省，于今一年。昨六月初旬，賊由吉安屠富田鎮(zhèn)、入撫州，攻剽樂安，破劉田村、掠崇仁，占據華山，聚黨幾五千人。近且逼豐城境，望屋而食！所過焚燒，火起如虹蜺，距省僅兩日程耳。

會城震動，全無一兵，僅得鄉(xiāng)兵三千為城守計，無分文之餉可以置械、犒軍。舊撫候代，九江按臣東巡未返；僅司道數人捐俸數百金以助軍興，直同杯水之救。而鄉(xiāng)市避難者爭舟，指幾可掬：則江以西之亂，豈下于山之東乎！合省糟糧，俱從撫、贛二江入省城水次會兌；今賊扼其中，不早撲滅，萬一梗朝廷一年惟正之供，為患尤非淺小也。此賊尚在九蓮，雖出沒無時，然環(huán)九蓮而居者猶習賊不畏，賊所擄獲亦不奢；今縱之流突四出，江西大家富室多居鄉(xiāng)鎮(zhèn)，轉掠千里，賊之資用益富，嘯聚益蕃。

是必操江兵乘風迅以遏其北逸，而閩撫鄒維璉調鄭芝龍兵一千五百由邵武入建昌、楚撫唐暉調鎮(zhèn)筸兵二千由長沙入袁州、贛州兵從水路直下出于賊前，逼其歸巢；而后廣東之兵殫穴以洗蕩之：庶幾一勞永逸，而「會剿」之明綸不虛。若賊至一處乃撥兵守一處，及兵至而賊又流掠他處；彈丸之城、千家之村任其漁食，非計之得也。至所需糧餉，昨臣馳訊計臣，欲留新餉四萬以紓目下，而計臣僅許三萬；合無于臣部四年分應解驛遞銀再留一萬，以足前數：庶三省會剿之兵到，犒勞有資；且可鼓勵鄉(xiāng)勇，不至以空拳當勁賊耳』。帝謂『流賊飄忽，往來會剿豈宜復緩！奏內留餉征兵諸事，俱依擬行。督、撫其務刻期驅剿，收蕩平之績。若再稽延寬縱，立罪不宥』！

戊申，南贛巡撫陸問禮請敕閩、廣協剿，以盡銅鼓余賊。先是，銅鼓障賊鍾凌秀既降復叛，為福建游擊鄭芝龍擒解兩廣總督王業(yè)浩軍前實時正法，妻子與二、三死黨皆就拘縶；余賊三千潰入長汀，轉入瑞金。三省官兵屢截其前，賊散而復聚，進入太和縣冠朝、東沔等處。四月十八日，芝龍同廣東游擊周一陽、南贛坐營邵勛、羊角堡把總金國柱更番殺賊七百余級，賊越山而遁；已又進興國縣綺岡地方，三省官兵夜半猝擊，賊始迸散。五月初三日，突出永豐縣；官兵堵之，遁入廬陵縣富田地方。

問禮遣坐營邵勛、把總朱國柱、營總朱家珍、廣東西山參將徐云龍、原任參將張一杰、游擊周一陽各統部兵從興國追至廬陵境上，又遣都司僉書管長寧營事董大勝領兵五百名、原任守備曾士英領兵五百名由水路順流至吉安府隨賊剿捕，檄委分巡嶺北道參議祁逢吉、贛州府同知鄧曰崇隨軍紀功。聞禮以聞，且謂『賊敗殘余孽，惟于無兵之處逃遁掠食，冀緩須臾之死。但近日芝龍以海警回閩，廣東將士又因兵食不繼，亦欲回廣；臣多方措餉，督令相繼進發(fā)。乞圣明嚴飭兩廣新督臣熊文燦、鎮(zhèn)臣鄧茂官益簡精銳、多備糗糧，飛馳協剿。芝龍兵將一心勇于赴斗，賊所深憚；并乞敕福建新撫臣鄒維璉多發(fā)勁兵，責成芝龍合力剿除，以信「會剿」之旨：庶賊燼無再燃之虞，而三省有寧謐之日矣』。帝謂『會剿已申諭再三，問禮控制上游，縱賊蹂躪；且奏報稽久，復多隱飾之詞：巡按御史何無一言？俱俟查明奏奪』。

乙丑，福建巡撫熊文燦疏報陳秀、鄭芝龍、胡美等諸將擊敗海寇鍾凌秀余黨于海澄、太和、興國諸處，獲其戰(zhàn)艦、器械、馬匹等物。章下所司。

（八月甲戌），福建巡按劉調羹以去年會剿鍾凌秀，九月二十日有新渡之捷，二十八日有丙村之捷；十月十五直抵賊巢，有黃溪沙等處之捷：特疏為福建巡撫熊文燦、巡按羅汝元、兵巡道顧元鏡、參將鄭芝龍等敘功。

（丙戌），江西巡撫解學龍疏奏：『永豐、吉水、廬陵諸賊本系九蓮山余孽，今南贛撫臣雖檄嶺北道率所部赴援，福建新撫臣亦檄守備高元極、孫繼盛分兩路協剿，臣更同按臣檄饒、南等各府兵統以袁州知府田有年、佐以饒州通判巢之梁相率而往，然寇從粵起，粵兵剿之不盡，致有今日；乃往往檄之不來，來而即去。除芝龍等委賊擅回，已經贛撫題劾，而近日黃牛岡之捷若肯乘勝而往，不啻秋風之卷敗籜；乃賊潰于寧都、永豐之界，各兵去賊僅百余里，推諉延捱，絕無亂流徑進之勇。乞敕粵、閩諸臣遵「會剿」之旨，四面合攻，盡力促之；一了百當，方許敘功可也』。帝謂『「會剿」已屢有旨，如將士玩法不前，即行參處』。

（九月丁酉），福建海寇劉香老賊數千人、船一百七十艘乘風駕潮直犯閩安鎮(zhèn)，焚劫搶殺，比舍一空；鎮(zhèn)民逃散，省會震動。巡撫鄒維璉與福建兵備道沈萃禎、巡海道潘融春同心戮力，竭蹶撐持；當遣游擊王嘉勛帶領標兵馳御，又遣陳廷對領營兵守梅花所，丘應坤、劉儁防御長樂、連江兩縣；檄鄉(xiāng)紳董鳴瑋散家財、募死士、集漁船以防五虎門。適游擊鄭芝龍以調剿江西流寇未發(fā)，遂留之以破門廷之寇。更懸千金，以購賊香之首；嚴禁奸民運米下海，以斷賊餉。于是賊見有備，始撤營遁去。維璉上疏分別功罪，且引咎自責。帝謂『寇氛時逞，飭備宜嚴。維璉受事方新，當悉心整飭，以副簡任；不必引請。其失事情形、各官功罪，著巡按御史詳查確奏』。

（乙卯），工科右給事中王家彥上言：『閩海猾賊周三、李魁奇、鍾斌雖相繼殄滅，而劉香老猶肆陸梁；剿撲之謀，不可不預為規(guī)度。考國初之制，衛(wèi)所之軍即兵、指揮千百戶之官即將；以臣鄉(xiāng)言之，如烽火、小埕、南口、浯峙、銅山五水寨之舟師，無非軍也。至嘉靖四十二年，撫臣譚綸、總兵戚繼光題復舊制，每寨設福、哨、烏、槳等號船四十余只，于五寨中分二哨

屯大洋賊船必經之處；其余寨附近緊要港灣，則分哨以防內侵。又于道里適均海洋，定為兩寨會哨之地；北抵浙之金盤、南抵廣之柘林，聯絡呼吸，戈船相望。萬歷二十四年，撫臣金學曾委分守張鼎忠、都司鄧鍾相閱信地，復請?zhí)碓O侖山、海壇、湄州、浯峒、玄鍾、礵山、臺山、彭湖諸游哨，于一寨之中以一游哨翼之，錯綜迭出；雖支洋旁澳，無不搜焉。自升平久而額軍、額船漸失舊制，指揮千百戶等官足不逾城，會哨之法遂杳然矣。至因而而選民兵、募客兵、編鄉(xiāng)兵又聯漁兵，業(yè)與軍而伍矣。

昔之為軍者一而可以殺賊，今之為兵者五而籍愈虛、賊愈熾；談海事者所以太息也。按舊額而復之，依分哨、會哨法而核之，籍民兵、客兵而簡練之，鼓鄉(xiāng)兵而勿以官務擾之，復征沿海四十二澳兵之機警者厚其犒餉令偵賊所在而預制之，皆今日不俟再 計而決者也』。章下所司確議。

（冬十月丁亥），廣東巡按梁天奇疏報廣、惠、韶三府所屬龍門、從化、增城、長寧、翁源、英德各縣界中有白梅等峒，素稱賊藪；春夏間，惠、潮九蓮山余賊竄入其中，聚黨為害。嶺南守巡道布政使林贄、副使洪云蒸督令參將李相、蔡時春討平之：因列其功級以聞。章下所司。

（十一月）己亥，浙江巡按蕭奕輔疏報『劇賊劉香老糾眾近萬、聯〈舟宗〉二百余入犯寧、臺、溫一帶，近海地方同時告警；溫區(qū)內港被賊蹂躪，賴道臣杜喬林親冒矢石、竭力堵御，地方得以稍安。參將——今升江南副總兵袁大寧任賊長驅，已勒令赴功贖罪。近復將撫臣羅汝元出鎮(zhèn)臺州，居中調度；庶指授有人，而蕩平可冀也』。帝謂『海賊連艘入犯，汝元何無先事綢繆？著戴罪速督道將殫力殲除』。

戊申，蘇松巡按林棟隆上言：『閩寇劉香老百艘萬眾乘風突犯寧波，沿海一帶殘毀甚慘；且直入內地攻犯昌國、石浦二城，總哨被戕，戰(zhàn)艦蕩為灰爐，海濱無復居民。所幸北風大作，鹵掠以去。而溫州復受辛螫，得禍尤甚于寧；甌城岌岌，弁將束手：慘毒有不忍言者。夫寧波固兩浙之門戶，而蘇、松與浙又信宿可通。臣今奉命按吳，唇齒之邦，隱憂均切；為今之計，協剿宜先。臣聞閩之鄭芝龍擁水軍北向，賊即揚帆直走金盤；奈何浙兵素強而甘出芝龍下哉！是在兩省諸臣悉力鼓銳，集船會剿耳。況浙之金盤、松海、昌國、石浦、舟山等處賊船可入者，無慮數十所。宜于要害之地高筑銃臺以備沖擊，則賊自不敢狂突；或即以貼駕之軍優(yōu)以從征之餉，使之防守，可無登岸攻掠之憂矣。至通番之禁未嚴，或多漏網；定海關稅苛刻，使商民交病，生計日蹙：則禁奸恤民，又不可不加之意也。若普陀叢林，每為賊窟；嘉靖間，嘗火其廬，徙像于招寶。今日久禁弛，大盜仍往來其中；召寇兵而赍盜糧，莫此為甚！即勢或不能盡毀，當如嘉靖故事，復加禁約，不許徑達普陀，庶奸宄無所藏匿；豈非防患至計哉！又有沙船往來于蘇松、兩浙之間，有貨則裝載、無貨則剽劫，名曰「沙賊」；浙之臨山、觀海，每受其害。臣謂巡鹽之兼轄兩浙者，控制最易；當移檄兩地守巡將領嚴為防探、并力擒捕，使南北之寇聲息不通。是防越亦以防吳，尤當亟為嚴飭也』。章下所司。

（甲寅），浙江巡撫羅汝元疏奏：『浙省寧、臺、溫三府皆海寇出沒之區(qū)，而近日劉香老突犯臺之健跳，復攻溫之黃華、盤石，直逼府城；臣酌量形勢，南可顧溫、北可顧寧者，莫如臺州為便，遂以九月十五親督標兵一千五百、精勇三百馳鎮(zhèn)臺州。然窺賊狡謀，若將以溫為安樂國，徘徊不去；是非合三區(qū)兵一大創(chuàng)之，寧靜無日。臣即調集各處戰(zhàn)艦、分布諸將，于十月初三日誓師開帆，以圖一鼓殲除。而沙埕一帶，非閩帥協堵，難保兔脫；乞敕兵部嚴諭福建撫臣督令鄭芝龍協力并剿，勿以鄰國為壑！至師行糧從，而鼓舞兵士尤需犒賞。臣調發(fā)標兵三千五百、精勇三百、衛(wèi)兵五百，例用行糧，在額餉之外；藩司那借湊處，點金無術。請將每年扣解京餉一萬兩暫準留用，俟事平仍解可耳』。帝謂『海寇未靖，已屢旨命剿；汝元當速行殲滅。其福建巡撫鄒維璉，亦令發(fā)兵會剿。所請留餉，一并酌覆』。

（十二月辛未），福建巡按劉調羹以賊首鍾凌秀余黨奔突汀州，百戶賴其勛力戰(zhàn)而死，賊亦即退；其勛之功不小，請加優(yōu)恤。章下所司看議。