（嘉靖二十六年三月乙卯），朝鮮國王李峘遣人解送福建下海通番奸民三百四十一人，咨稱：『福建人民，故無泛海至本國者。頃自李王乞等始，以往日本市易，為風所漂；今又獲馮淑等，前后共千人以上，皆夾帶軍器、貨物。前此倭奴未有火炮，今頗有之；蓋此輩闌出之故。恐啟兵端，貽患本國』。遼東都司具報，禮部議聞；詔：『頃年沿海奸民犯禁，福建尤甚；往往為外國所獲，有傷國體。海道官員，令巡按御史查參奏處。仍賜朝鮮國王銀、幣，以旌忠順』。
（六月）癸卯，巡按御史楊九澤言：『浙江寧、紹、臺、溫皆枕山瀕海，連延福建福、興、泉、漳諸郡，時有倭患。沿海雖設衛所城池、控制要害及巡海副使、備倭都司督兵捍御，但?？艹鰶]無常，兩省官僚不相統攝，制御之法終難畫一。往歲從言官請，特命重臣巡視，數年安堵。近因廢格，寇復滋蔓。抑且浙之處州與福之建寧連歲礦寇流毒，每征兵追捕，二府互委，事與?？苈酝?。臣謂巡視重臣，亟宜復設。然須轄福建、浙江，兼制廣東潮州，專駐漳州；南可防御廣東、北可控制浙江，庶幾威令易行，事權歸一』。事下兵部——集諸司會議，覆如其言；第廣東潮、惠二府仍隸兩廣提督，有事則協心議處。上曰：『浙江，天下首省，又當倭夷入貢之路；如議設巡撫，兼轄福建福、興、建寧、漳、泉等處，提督軍務。著為例』。
（七月）丁巳，改巡撫南、贛、汀、漳都御史朱紈巡撫浙江，兼管福建福、興、建寧、漳、泉等處海道。
（十一月癸巳），佛朗機國夷人入掠福建漳州，海道副使柯喬御之，遁去。巡按御史金城以聞，且劾浯嶼把總指揮丁桐及 去任海道副使姚翔鳳受金黷貨，縱之入境；請正其罪。詔以桐及翔鳳令巡按御史執來京究治；防禁事宜，兵部詳議以聞。
（丁酉），日本國王源義晴遣使周良等求貢。故事，倭夷十年一貢，舡不過三、人不過百。良等以四船、六百人先期而至，欲泊待明春貢期；守臣阻之，以風為解。至是，疏聞。上曰：『倭夷不守貢期，又挾帶人船越數；三司、巡海等官不遵例阻回，乃容潛住港外，引起事端。且往年宗設之叛，尚未正法；其令新巡撫官亟為處分——及宋素卿曾決否？一并查奏』。
（十二月辛亥），初，琉球國夷使陳賦與蔡廷會偕來。廷會者，其先閩人蔡璟；永樂中，撥往琉球國充梢水，而產籍在閩，與給事中黃宗概上世有親。至是，廷會來，宗概與交通賄謁。事覺，逮下詔獄。禮部請并罪賦等，革其賞。上曰：『陳賦無罪，給賞如例。蔡廷會交給朝臣，法當重治；念屬貢使，姑革賞示罰。蔡璟既永樂中從夷，何得于中國置產立籍？行撫、按官勘明處分具奏』。
（乙亥），?？芡环刚憬?、寧波、臺州，大肆殺掠，官軍莫有御者。巡按御史裴紳等以聞，并劾分守參議鄭世威、分巡副使沈翰、備倭都指揮梁鳳罪。上命撫、按官逮世威等，勘明奏處；且令嚴為禁備。
（嘉靖二十七年四月）癸酉，詔給巡撫浙江兼管福建海道都御史朱紈旗牌——以海寇方劇，從紈請也。
（五月）己卯，巡撫浙江兼管福建海道都御史朱紈、巡按福建御史金城會奏：『去年十一月，覆鼎山賊四百余人乘官軍無備，出劫同安、漳平、詔安等縣，參將吳鵬、僉事徐爌等督兵戰卻之；請錄鵬等功而治失事守臣之罪』。兵部覆：『紈、城功亦宜錄』。上曰：『朝廷設官，欲其除盜安民耳。各官平日禁戢未豫，以致流賊猖獗為地方害。今賊既獲，姑準贖罪。有功者 ，付撫臣量賞；而失事者，即令御史查明提問』。
（六月）戊申，日本國貢使周良等六百余人駕海舟百余艘入浙江界，求詣闕朝貢；巡撫朱紈以聞。禮部言：『倭夷入貢，舊例以十年為期，來者無得逾百人、舟無得逾三艘。乃良等先期求貢，舟人皆數倍于前；蟠結海濱，情實叵測。但其表詞恭順，且去貢期不遠；若概加拒絕，則航海重譯之勞可憫；若猥務含容，則宗設、宋素卿之事可鑒！宜令紈循十八年例，起送五十人赴京；余者留嘉賓館量加賞犒，省令回國。至于互市、防守事宜，俱聽斟酌處置；務期上遵國法、下得夷情，以永弭邊釁』。報可。
（七月甲戌朔），初，浙江既設巡撫都御史兼管福建海道提督軍務，以朱紈為之；乃御史周亮、給事中葉鏜先后后俱言「不便」。亮謂：『紈原系浙江巡撫，所兼轄者止于福建海防；今每事遙制，諸司往來奔命，大為民擾』。鏜謂：『紈以一人兼轄二省，非獨閩中供應不便，即如近日倭夷入貢、艤舟浙江?？冢w方在福建督捕惠安等縣流賊，彼此交急；簡書狎至，紈一身奔命已不能及矣。今閩、浙既設有海道專官，茍得其人，自不必用都御史；若不得已，不如兩省各設一員』。吏部覆言：『浙江舊無巡撫，或遇有警，遣重臣巡視，事寧即止。今宜裁革巡撫，而復巡視舊制』。上曰：『浙江巡撫，去歲無故添設；一時諸臣依違議覆，以致政體紛更。今依擬，朱紈仍改巡視，事寧回京。凡一切政務，巡按御史如舊規行』。
（九月己亥），先是，六月二十七日，海賊嘯聚福寧州流江等澳，拒傷官軍。七月二十八日，仍流劫黃崎等澳；署印副使張謙率兵擊敗之。至是，都御史朱紈以聞，因追論兵備僉事翁學淵、把總指揮孫敖失事。得旨：『學淵調用，敖逮問；謙賚以銀、幣』。
辛丑，賞巡視海道都御史朱紈銀、幣。初，海賊久據雙嶼島，招引番寇剽掠。二月中，紈密檄福建都司都指揮盧鏜等以輕舟直趨溫州海門衛伺；賊至，與浙兵夾擊，敗之，賊遁入島。捷聞，兵部謂：『紈功宜先錄；其余功罪，令御史再勘以聞』。從之。
（十二月戊辰），福建海賊林成等流劫至南直隸界，蘇松兵備副使魏良貴檄太倉州署印同知唐鳳岐等集兵捕之，擒斬三十余人。事聞，詔賚良貴銀、幣；鳳岐等，操江撫臣犒賞。
（嘉靖二十八年三月壬申），巡視浙、福右副都御史朱紈奏：『二十七年三月，日本使臣周良等至寧波賓館，有為匿名 書投館中，稱天子命都御史起兵誅使臣，可先發夜殺都御史。署府事推官張德熹知之，不以告臣。臣嘗斬賊張珠——珠，德熹叔也；凡執福賊死者，德熹皆與殮之。御史周亮奏革臣巡撫浙、福之命者，又德熹鄉人；疑德熹構其事。且臣整頓海防，稍有次第；而周亮乃欲侵削臣權，謂一御史按之有余，以致屬吏遂不用命。愿陛下察臣先后奏詞，非有私挾追究。德熹等窩賊倡亂、背公黨私，廢壞紀綱；詐傳說旨，扇惑夷情，謀殺撫臣事，請明正其罪』。奏入，詔下巡按御史合同三司驗實奏聞。
（四月戊申），巡按福建御史楊九澤以詔安擒獲海賊奏捷。上以巡撫朱紈見司巡視，巡按不宜違例奏捷，下都察院參奏；已乃降九澤二級，調外任。
（庚戊），巡視浙、福都御史朱紈疏報詔安之捷，因言『閩賊蟠結已深，成擒之后，奸宄切齒，變且不測。臣訊得所俘偽千總李光頭等九十六人交通內應，即以便宜檄都指揮盧鏜、海道副使柯喬斬之』。部臣請下巡按勘核——已御史陳九澤劾紈不俟奏覆，擅專刑僇；請治其罪，并坐鏜及喬等。詔兵部會三法司雜議；言『紈原奉敕許以便宜行事，顧賊擒于二月、奏發于三月，似非臨陣者比，宜俟得旨行刑；鏜、喬皆不得為無過。然事難遙度，請遣風力憲臣往驗其事』。得旨：『令給事中一員會同巡按御史覆實具報。沿海居民，亟令所司安輯，毋致殃及無辜。紈罷職待勘，鏜、喬等下所遣官訊之』。已乃遣兵科給事中杜汝禎往勘。
辛亥，先是，朱紈疏陳六事。一、明國是。言『國初，海禁甚嚴，地方寧謐。邇年豪民藉勢通夷，當事者莫敢詰難，動為掣肘。惟廟堂燭其奸欺，不為動搖，然后法禁可立』。一、明憲體。言『都御史，職在總憲。比御史周亮奏言：「池城、倉庫、錢谷、甲兵、刑名、獄訟及官吏臧否、利病興革皆不得與」；則所謂「憲職」者安在！請申明之』。一、定法守。言『浙、福守巡諸臣既有專官，繼又設糧儲、屯田、巡海等道；職守參差，互相推諉。今宜檄分巡各道按地分駐，兼綜諸務。專事者，惟理其緒而稽成焉；茍一道不治專事者，乃躬督之』。一、定要害。言『閩之要害，若月港，首宜創邑。安海原屬晉江、同安二縣，離縣太遠。南安迫近府郊，地偏民寡，宜移治安海；割其地近晉江、同安者附之二縣，而以安海割入南安，似為兩利。桐山、梅嶺，閩之盡境，行部罕至。宜增置漳州通判一員，專駐梅嶺；置福寧州同知一員，專駐桐山』。一、除惡本。言『通盜勢家，往往竊發文移，預泄事機；及有捕獲，又巧眩真贗：此惡本之難除也。請自今地方失事，即重創守土所司，俾知懲戒』。一、重決斷。言『規畫多方，奉行者鮮甚，或持異論以阻撓之。宜令各守臣持議堅確，凡事果行，或論兩可』。疏下兵部——復議：『紈所陳，多忠憤激切。其言「定法守」，欲以專事者受成，似非分職之意。至于海濱立縣、增官，亦嫌更擾。然其議守巡分駐要害、禁詰海濱，實有益也；宜下按臣計之』。因言紈今罷去，其巡視員缺，更請上裁。詔巡按御史熟計「巡視廢置」以聞。
（六月甲寅），日本國王源義晴差正使周良等來朝貢方物，賜宴賚有差，以白金、錦幣報賜其王及妃。初，日本入貢，率以十年為期，載在「會典」。嘉靖二年，宋素卿、宗設爭貢相仇殺，因閉不與通。十八年，復來求貢，納之；因與約：以后入貢舟無過三艘、夷使無過百人，送五十人（入）京師。至是，良等不及貢期，以六百人來，凡駕四艘。部議：非正額者皆罷遣之；而浙江巡撫朱紈力陳不便狀。禮部欲賞其百人如例，非正額者皆罷勿賞。良因自陳：『貢舟高大，勢須五百人。中國商舶入夷中，往往歲匿海島為寇；故增一艘者，護貢舟也，非敢故違明制』。禮部不得已，請百人之外，各量加賞犒；百人之制，彼國勢難遵行，請相其貢舟斟酌之。又，日本故有弘治、正德入貢勘合，幾二百道；夷使前入貢時奏乞嘉靖勘合，朝廷令以故勘合納還，始予新者。至是，良等持弘治勘合十五道，言其余七十五道為宋素卿子宋一所盜，捕之不得；正德勘合留五十道為 信以待新者，而以四十道來還。禮部覆：『其簿籍脫落，故勘合多未繳，請勿予新者。令異時入貢，持所留正德勘合四十道——但存十道為信，始以新者予之；而宋一所盜，責令捕索以獻』。報可。
（七月壬申），初，巡視浙、福右副都御史朱紈既報浯嶼擒獲夷王之捷，隨奏『夷患，率中國并海居民為之。前后勾引，則有若長嶼喇噠林恭等；往來接濟，則有若大擔嶼奸民姚光瑞等：無慮百十余人。今欲遏止將來之患，必須引繩批根，永絕禍本。乞下法司議所以正典憲、威奸慝者』。紈尋去任，都察院議：『下巡按福建御史轉行巡視海道都司等官緝捕前項奸徒并土豪為淵藪者，悉正以法。至于見獲佛朗機國王三人，亦宜審其情犯，大彰國法。仍移檄各處，有能告捕魁惡者，重賞；首改自新者，聽免本罪。且浙、福海患相沿，出此入彼；宜令兩省諸臣一體會議施行』。報可。按海上之事，初起于內地奸商。王直、徐海等常闌出中國財物與番客市易，皆主于余姚謝氏。久之，謝氏頗抑勒其值；諸奸索之急，謝氏度負多不能償，則以言恐之曰：『吾將首汝于官』！諸奸既恨且懼，乃糾合徒黨、番客夜劫謝氏，火其居，殺男女數人，大掠而去?？h官倉惶，申聞上司，云「倭賊入寇」！巡撫紈下令捕贓甚急，又令并海居民有素與番人通者皆得自首及相告言。于是人心洶洶，轉相告引，或誣良善。而諸奸畏官兵搜捕，亦遂勾引島夷及海中巨盜，所在劫掠；乘汛登岸，動以「倭寇」為名，其實真倭無幾。是時海上承平日久，人不知兵；一聞賊至，即各為鳥獸竄，室擄為空。官兵御之，望風奔潰，蔓延及于閩海、浙、直之間；調兵增餉，海內騷動，朝廷為之旰食。如此者六、七年，至于竭東南之力，僅乃勝之；蓋患之所從起者微矣。