十月初九日，郡中得總理各國事務衙門來書，稱倭事已定；立約之事，彼此畫押互易。其使大久保，旦日赴臺灣會其中將西鄉從道撤兵還；其所建修道路、房舍，均歸于我云云。次日，倭領事福島九成謁我星使，稱大久保已至瑯〈王喬〉，并呈現行事宜五：一則約星使面交割；一則請注銷前此文移為罷論；一則請彼國人民死葬于番者，以后許其祭掃；一則于交代訖，速以其情上總理衙門；一則請以后中外交涉之事，以時照會于彼駐廈新設領事。星使一如所請，以臺灣府周子玉大守（懋琦）往。以游擊鄭榮安撫軍自赤山拔隊會之；事竣，即以鎮守瑯〈王喬〉。而倭兵自初九以后，即載其輜重及諸用兵之具，陸續登舟。唐軍所部三起淮軍，亦自初四日以后盡去舟登岸。潘煒如方伯以倭事既定，請告就醫旋吳。周子玉之到瑯〈王喬〉也，倭將既還我前發照會五，我亦以其二還之；并與索前與居民交涉字據，隨出其租地合同七紙、風港租約呈詞十一紙；余以彼將中有物故者，約以后均為廢紙。出其風港營房三十七間、龜山老營草房百有二、板壁之為片者千二百有奇，當以安撫軍四哨填扎之。其舟師放洋，則至二十五日始盡。黎召民觀察亦以疾請告，于二十二日航海歸粵；替其營務處者，劉蘭洲觀察（璈）也。此次倭事之發，上海道沈仲復（秉成）首將彼族情偽，頗于大局有裨；至是，星使首以「堪勝藩臬之任」薦。勸諭生番，招徠歸化。總署書來，極以此事留意；大抵使已經歸化之番諭未經歸化之番，言語可通、譬曉易喻。又慮相近者挾其夙仇以相欺凌，則愈近又愈難相入；既須耐煩、又須持久，乘機以導，開誠相告：此總署意也。陳輝〔煌〕一旅自九月底進扎大濁水，夜間即有生番埋伏左近伺殺，晝則以數十人出沒深林密菁中放鳥槍為狙擊計；官軍分路擊，又鳥獸散去。大濁水，寬廣約數十里；自大南澳至彼，約三十里有奇。其溪寬三十丈許，深六、七尺；我軍之開路者，率曲踴而過。至跳踴地方，忽為石壁所阻；施工又靡易矣。內山人夫既眾，終苦糧食為難。現示諭遠近紳商：肯轉米入新城糶軍食，石百四十斤與餅銀二圓又十之四；官以五千石為率，滿則聽自增減其值。周維先告大濁水橋成，前去十余里，傍海皆石壁巉巖；因諭陳輝煌循土山曲折而上。至山顛，更因勢迤邐下三十余里，即大清水矣；然必穿番社而過。先至，見沿途布滿竹簽、地刺之屬。彼社通事為新城李阿隆、李振發等，與陳輝煌素不相能。蘭之紳士某，因以書給李阿隆等；謂陳輝煌一至新城，則新城田地盡為所有。李惑之，因嗾社番：如官軍過境，即出與拒云云。雖道路謠傳，不足深信；然亦不可不防。因諭前途：凡官軍所屆，俱設碉堡；令馮安國專董其事。陳輝煌之開路也，因阻于石壁，別無他徑可緣；不得已，遣人至新城約李阿隆等招徠大魯閣番社十余人，俾為向導，工程方有措手處。惟巑岏萬丈，下臨無際；開鑿之功，終恐難施。余得信，檄噶瑪蘭廳多召石工，擬由大石公嶺開達后山，僅三十余里。自此一往，一片平埔，易于為力；若晴多雨少，期月之功，計總可達奇萊。大抵大南澳、大濁水、大清水三處，必各駐一營，方足以資鎮壓。其間上下碉樓，以客勇，恐餉難為繼；守以班兵，又屢易不宜。蘇澳以下四碉，前此人僅給銀三兩；既資其防守，又郵遞公文，且責令按丈薙草伐木。伊等所以肯如此者，圖將來開墾耕種耳。今擬更募蘭、淡土豪百人，自第五座之楓樹嶺次跳踴、次石門嶺、次遍仁嶺、次九江坑，一如前法；縻費省，而得力為不少矣。
十二日，至五里亭。涂遇福靖中營逃勇二人，訊無護照，自承不諱；因置之于法。蓋余先有示禁，亦以內山之苦非人所堪，思歸者眾；不從嚴治之，人皆效尤去矣。
次日，蘭紳胡廷弼來，建開奇萊米侖港之議。港雖闊，久為沙壅；能治而成河，則數百之船可以艤泊。余以沙為動物，隨潮進退；既開仍塞，奈何？胡曰：『不然！他處沙多，則隨挖隨淤；彼則泥多于沙，故易為力。行小船載挖泥機器，不費力也』。復論奇萊招墾事。余皆以異日許之。陳光華以石匠來，助陳輝煌開大石公嶺路。
二十日（？），夏筱濤來書，言東事已定，總署許以五十萬充恤賞，并給瑯〈王喬〉建造房屋費。數日來，天氣稍晴；余乃親詣海口，籌船運米。馮安國以起造碉樓至九江坑報，王進良亦以募齊碉勇分布為言；擬山路葺治稍平便于輿馬，當親詣丈量。
十三日，左右兩旗及王得凱大清水一哨、陳光華、陳輝煌各軍均移營新城河東。新城通事李阿隆等領大魯閣之符吻等八社番目八人、陳光華亦遣人招到奇萊之豆蘭等四社番目來歸化，飭營務處周副將分別賞賚有差。聞大濁水、大南澳生番百十成群，時犯戴芝亭營壘；連擊卻之，創其數人，我軍死者一、傷者二。因思自大南澳對山之半另辟一徑通大濁水，即可也；沿海履險之虞，于計為得。擬商前軍后，再定行止。
十八日，星使書來，亦諄諄以沿途擇要建碉為言。特內地新勇未至，兵力日進日單。幸新城以往俱屬平地，開辟甚易為力，以專待濟師；前途工程，故暫令從緩耳。自蘇澳至新城，或云百五、六十里，或云百三、四十里，紛紛莫定。余令陳輝煌分山路、平路，各與丈量；既便給與路工，亦可定其里數。然秋、冬之交，非行三日程，不能至也。「福星」輪船至，開花炮教習洪參將渭濤、秦游擊龍標均附之而來，滬尾關餉銀亦轉運至軍，為心慰久之。連接星使書，以倭奴既退，請余早竟開山事。余乃因「福星」輪船之便，盡所藏蘇澳之銅炮子藥、又備米數百石，檄巡捕何樹春載之至新城。是晚船回，言前軍之駐新城皆營于三棧地方，陳輝煌則回任修路之役，各軍盼望濟師綦切。余因遍諭陳光華、陳輝煌等：乘間修橋梁、通河道，路之寬廣總以可輿、可馬為率；生番之可撫者，亦趁此廣為招徠。新軍一到，即當乘破竹勢而進也。各軍之在新城者，言數日前各以其所部十之六前詣奇萊南四社相度地勢，以睹番情向背；番見其來者，皆羅拜歡迎入社，殺羊豕具飯以待，愿請歸化。周副將犒以銀牌等物，歡欣鼓舞而去。諭李阿隆：以新城民番雜處，一切物價必公平如向時乃可。
十一月初四日，馮安國稟：小南澳溪頭之麻達簡社生番七、八十人乞歸化；即飭馮安國務鑿通大南澳山半之路，并許以便宜行事，洎令分兩哨駐大濁水嶺下。
初六日，聞報大南澳不戒于火，焚米、鹽數十石垂完，汛房亦被毀；既嚴檄責之。
前令陳輝煌丈量已開之路，茲據報：自蘇澳至新城，計山路二萬七千丈；又新城之南至花蓮港北，平路九千丈。仿周制以六尺為一步、三百步——計一百八十丈為一里，蘇澳至東澳，二十里；東澳至大南澳，三十里；大南澳至大濁水溪，三十里；大濁溪至大清水溪，二十五里；大清水溪至新城，四十五里；新城至蓮花港北岸，五十里：通二百里。既以具由通報，并勒石蘇澳道左，紀其實、亦志其始也。
星使于十一月之望疏陳「臺灣善后事宜」，即有移駐巡撫之議；是又臺事一大關鍵。南路一帶，自袁聞柝九月間率綏靖一軍越昆侖坳而東，張奎垣派李光領隊繼之；李營至坳東，袁軍乃得拔而前進。自昆侖坳至諸也葛，計程不過數十里；而荒險異常，上崖懸升、下壑眢墜。山皆北向，日光不到；古木慘碧，陰風怒號。勇丁相顧失色，只得中止。當袁營駐諸也葛之始日，正張奎垣在內埔辦番之時。內社地有老鴉石者，昆侖坳之西境也；一日，張部左營有五勇暮過其地，草間突起數番，截殺其一、槍傷其一。經都司張欣等派隊尾之，巳鳥獸散矣。詰諸內社頭人，知系七家蜑社兇番。迨二十四日，周參將善初哨至雙溪，路見無元勇丁橫臥，血肉狼籍；方疑駭間，旋見多番械向山坡狂竄，急揮勇追之。適周守備恩培亦出哨至，要坡前，槍斃其一、生擒其三；余悉散走。訊供：死者曰拉立，擒者曰亞利目、曰蘇拉、曰白牛，俱為陳阿修社番，即割路旁勇丁首者。并承左營兩勇之死，亦其所為不諱；當經置之于法。既而都司張朝光、張天德分率營哨至大石巖、諸也葛，袁軍乃得前進卑南。諸也葛以下地略平坦，但榛蕪未剪，焚萊伐木頗費人工；而袁丞累夜露宿空山，感受瘴癘，亦抱恙甚重。星使當以候補通判鮑復康暫領其軍，俾歸郡就醫；前至，而袁丞已輿疾率旅徑抵卑南。張天德一軍亦趨大貓貍，與之犄角。昆侖左近兇番懲儆之后雖無敢生心，惟山道險遠，糧運艱難；而卑南海口當東北風司令，波濤拍岸，倒卷如壁，船難近岸。幸派營分布，聲勢尚屬聯絡耳。至瑯〈王喬〉一帶，自倭兵退后，星使即派淮軍兩營扎統領埔、王開俊一營扎風港。十月三十日，忽到倭船一只泊龜山下，有五人登岸周覽舊營，時許始歸。十一月十一日，復有輪船一只泊清港口，西洋五人登岸；經曾輯五鎮軍阻詰，云系簪文國人。其實西洋向無此國，詢諸日意格云：迨「日耳曼」轉音之誤也。伊等求至新營一觀，淮軍管帶官李常孚、胡國恒整隊而出，洋人旋即下船而去。此時倭事雖息，彼族之眈眈于臺灣者，尚自未已；非于瑯〈王喬〉建城置吏，無以為永久計。至旗后海口，峭壁洪流，亦臺南一大險。前經夏筱濤履勘，商淮軍唐俊侯統領鑿山壘土，建炮臺六座以固海防；唐以候補府田勤生往，十一月之初已興工矣。彰化之集集街，有著匪陳新婦仔者，平昔借報讎為名，嘯聚死黨；殺人、扎厝，控案鱗迭——「扎厝」者，乘人無備，糾眾擄人、毀宅之謂也。倭事方急，該匪乘間蠕動；官軍破圍捕之，逃入內山，不能獲也。至是，彰化令朱干隆、副將唐守贊擒之于葫蘆墩之南坑；亦一快也。此次淮軍之來，重洋涉險，水土不服。文武〔員〕弁物故不少：教諭田晉階、萬嗣伯、參將侯汝志、邵鑒清、游擊王維新、都司劉登惠、守備徐宜和、吳維隆、千總田德瀛、衛承元、把總徐萬華，凡十有一人；均為請于朝，照「軍營立功后病故」例議恤。勇丁故者二百六十余人，請于葬所建祠，春秋官祭：亦褒忠勸士意也。閩廠第十六號輪船成，定名「元愷」——百五十匹馬力兵船也。船工現已接辦，亟應購備者尚有三端：一則極大挖土機船計半時可挖土五十方尺，當人工一千余擔之多；此則船廠江濱浚深淤泥積沙具也。一則西洋鐵制船脅，近以西洋、暹邏、仰光等處曲木日少，羅致為難；易之以鐵，所以濟曲木之窮。一則舊式輪機，用煤過費。西洋于兵船，則創為臥機，平水面以避炮；于商船，則創為立機，展艙位以取容。合計三項，費在二、三十萬金。鐵脅則取諸法國，緣閩廠各船皆取法于法；新機必購諸英國，以英船向稱堅致，其制度亦較無弊也。北路于十一、十三等日正在開路，突有兇番千余，分段埋伏放槍；我軍竭力抵敵，經守備黃朋厚擊斃四人，始退。是日，我軍陣亡者四人、受傷者十有八人。十五日，至一崇山之麓，眾方在峽中開鑿，忽槍聲四合；抵御兩時之久，番乃愈多。黃朋厚、馮安國料眾傾社而出，中必空虛；分隊搗其巢穴，果有草寮數百闃無其人，見新舊髑髏每寮多或百余、少有數十，穢臭熏人。乘風縱火，焚其社寮十余；陣番始散。是日，兵勇死者四人，負重創者二十余人；而哨長祝榮山胸受槍傷頗重。其駐濁水溪一旅，由小南澳運糧而歸；路過石壁，兇番蜂擁包抄，陣亡者三人、負重傷者一人、墜海死者四人。幸守備朱仁彪率隊馳援，始各駭散。蘇澳五里亭，亦報有兇番狙殺二人之事。余以番族四出云擾，山場遼闊，營勇不敷分布；星使聞，以宣義左、右兩營來，未卜何日可到。艋舺制竣哨船五號方抵蘇澳，為暴風擊沈其一于卯鼻、龜山洋面；幸港船馳救，余均無恙。
十七日，擬以右旗及陳輝煌兩軍進扎三棧城，節節建碉；仍飭李阿隆募守碉之勇。
二十一日，周維先來稟，謂前途各軍營壘既立，專盼濟師；而宣義兩營又急切未到，焦灼萬狀。吳標南在大石硿建碉，生番至者二百余人；歷已至酉，抵戰不退。幸石硿三面死地，祇一面應敵；至夜，伐木代火坐守。至曙，通大南澳，來生力八十余人；番見之，乃遁去。是役陣亡一人、受傷者三人，亦岌岌矣；余立飭馮安國多分隊護之。艋舺運到洋槍四百桿，是余浼李彤恩購自香港者。陸提印務，計余蒞臺已半年，難保無關要事；鞭長莫及，則兼顧為難。不得已，以其情上諸制府，請覓人替其任。艋舺運來犒番嗶吱三十端。日來以周樹人所募新軍乏船莫能東渡，郡中許撥宣義營勇又姍姍來遲。不得已，致書星使；遣都司古春榮赴淡水募粵產為練勇右營，一面籌款濟周樹人在泉候船之眾。是時李制軍方駐師泉州，既請就糧臺借二千金以資口食，既又由周潤齋（中衡）籌措數千金。彼則嗷嗷待哺，度日如年；此則日待濟師，急如星火：重洋遠隔，亦徒喚奈何而已。
二十八日，以黃朋厚暫領福靖前營之眾。