明治五年七月二十八日，鹿兒島縣參事大上綱良上言：『琉球自古為我臣屬，朝聘惟謹。厥邦遠在南海，聲教未遍；近者遣使諭以恩威，國王、民人等恭體圣旨，日向德化。頃有國人屬宮古島者，以去歲冬漂到臺灣六十人，多為番兇所虐殺，生還者十二人；番兇殘暴，罪在必誅，豈容寬恕！伏愿借臣綱良以兵艦數只，憑仗天威，殄滅暴虜，耀武于海外、雪冤于屬邦，不堪懇款』。先是四年十月，宮古八重山二船發琉球那霸港；十一月，遇颶于南洋相失。越六日，漂到臺灣，棄船上陸。遇一辮發者，問路徑；其人指曰：『公等宜南往，不宜西去，大耳人斬汝頭矣』！六十六人者皆大懼，乃請其人為導；南行數里天暮，導者指石窟曰：『公等宿此，待明而行』。窟狹不可容，乃辭，導者怒而去；皆曰渠言難信，遂轉西行。明日，見茅舍于南方；至則大耳人也，炊芋飯客，盡褫其所帶物。夜半，有人排戶入，狀貌猙獰；手執刃三尺許，喝曰：『脫衣』！盡褫去。天明，又有五、六人，猛如虎狼，并執火槍；曰：『莫去！且待吾獵歸，將饗公等也』。皆恐懼股栗，爭逃去。番人追之急，六十六人走入一舍，請哀。有老翁——七十余及其子，問姓名；乃執筆將下，忽追者至，執刃大呼叱。六十六人皆裸，取其頭簪、衣服，馳出門外；留者二十二人。俄而，有一人被發馳歸，舌喘不能聲，呼曰：『皆死矣！死矣』！留者倉皇出，見流血殷地，番人揮刃斬首；膽落魂飛，四散奔走。獨仲本島袋等九人匿而不出；居兩日，翁有婿來曰：『公等在此危甚』！乃攜至其家。有三人逃歸，曰：『五十四人駢死山中矣』！婿名曰楊友旺，地曰保力莊；蓋清國人也。友旺與鄰人楊阿和等議，遂報之鳳山縣；縣護送臺灣府，以明年正月至福州。無幾，歸本國。又，八重山船遇颶后，見島嶼于海中；及近岸，俄有番人群聚，狀頗惡。會鳳山縣人李成忠來，曰：『渠為生番，兇暴無比。公等速去，莫遭毒手』！皆大懼，急請偕；搭載至打狗港，達臺灣府。其上岸者二人，殆為所殺；有清國人郭潛、尤魁者救之，得以脫走達府，遂歸本國。至是，事聞，朝議以為臺灣地屬清國，難遽動兵，宜先發使問之。
六年二月，以副島種臣為總理外務大臣，發遣清國；詔曰：『朕聞臺灣生番數殘害我民，釋而不問，后患曷極！今委爾種臣以使命之重，其往伸雪之，以副朕保愛斯民意』。乃敕「龍驤」、「筑波」兩軍艦送之。種臣進入北京，見其親王大臣等，先議通好盟約。成例：應謁清主。清人欲我使臣循其俗，行三跪九叩禮；種臣不肯，曰：『國俗不同，禮數各異。我不能用貴國禮，猶貴國不能循我國俗也』！清人不能屈，從之。于是，種臣與大臣議欲懲治生番以遏后患；清人乃言：『琉球我藩屬，被害與否，何煩貴國』！因論琉球非日本部屬，不復及生番事。種臣乃使外務大丞柳原前光謂：『不復多言，且問貴國能轄生番否』？清人答曰：『是化外民耳』。前光曰：『番人殘暴，毒害我民，天地不容，理當懲罰。若貴國置而不治，吾邦欲特派一軍治之，庶莫退而有后言』！種臣還奏曰：『臺灣，可伐也』。朝議久而不決。十一月，發遣「春日」艦以察其動靜。
是歲一月，我備中國柏崎民利八等四人亦漂到臺灣，為番人所虜，具極困辱；半歲余，得脫還。當是時，我海陸軍將士多薩人，以琉球舊為其屬部，怒甚，屢請興師。七年四月，朝議遂決，以陸軍中將西鄉從道為臺灣蠻地事務總督，以陸軍少將谷干城、海軍少將赤松則良并為參軍，率「日進」、「孟春」、「大有」等兵艦至長崎，征壯兵、儲糧食，刻日將發。俄而朝議欲緩期，將士憤怒，勢不可止。從道乃決意進討，命陸軍少佐福島九成駕「有功」艦先發圣清國廈門，投書其兵部尚書、閩浙總督李鶴年曰：『臺灣土番，自古嗜殺行劫，不奉貴國政教。邇年我國人民遭風漂到彼地，多被殘害；幸逃脫者經貴國救護，送回本土，感謝奚似！獨怪土番幸人之災，肆厥劫殺；若置不問，安所底止！是以我皇上委某以重任，深入番地，諭彼酋長，殛其兇首，薄示懲戒，以安良民。今將由水路直進番地，若船過貴國，固無他意，應毋阻拒。但慮內外商民在彼口岸竊與生番互通交易，資助軍需；豈得不備兵緝捕！望貴國遍行曉諭：沿邊口岸中外商民勿得毫犯。又懇請倘有生番走入臺灣府、縣潛匿者，煩貴地方捕交我，是望』。乃去。直至臺灣，建營瑯〈王喬〉；使米國人哥塞兒傳譯熟番：『我兵來此，欲問罪生番，非害汝等』。蓋臺地番人有生、熟之稱：其熟番馴服清國，歲時納貢；生番跳梁山谷，出沒不測，殘害良民。所謂牡丹社者，其一也。居三月，參軍谷干城、赤松則良率兵至，筑壘設帳，嚴守備、置斥堠，以防夜襲；搬輜重，以圖久屯。復使哥塞兒進入南部探動靜；哥塞兒還報：『南部熟番酋長等畏我兵，不敢出；不若諸公自往，說以利害，不與生番合，是我利也』。干城乃與則良議；明日，則良從數騎以哥塞兒為導，至綱砂，見小麻里酋長伊查，使譯言：『參軍篤信伊查，欲結友誼，固非欲戰者。聞清國人流言，我兵欲殲大耳人，誤矣！伊查若為不信，請留我為質，身抵日本軍問之。吾欲問罪者，牡丹社耳。且聞伊查立約專救遭難人民，仁慈可嘉！若欲得「避兵符」，參軍必喜授之。吾又將測量海路，建浮標以避暗礁。汝宜諭部下，悉知此意。吾與伊查相見，殆同熟識；請共飲一杯酒』！伊查大喜，手加額曰：『大日本大爺，好人也！謹如其約』。五月十八日，大雨；溪水暴漲，幾沒營。乃移陣龜山，發斥堠視虜地；至四重溪，有生番發銃于深莽中，殺伍長北川直征，傷卒一人。我兵怒甚；明日，遣兵士十余人以熟番為導，賊二十余人萆林發銑，我兵擊斃其一，皆駭走；眾欲尾擊之，熟番曰：『虜狡，或有伏』！乃止。諸將議曰：『生番寇我，情理難容；且恐熟番陽服陰叛，宜勢禁而威服之』。乃貼示熟番曰：『日本人難分生、熟，若有攜帶兵器幫助兇惡及與生番交利器者，悉照軍律處治。即生番人改悔來降，我不敢行殺；又斬兇惡來營，厚行重賞』。二十二日，分二百余人為三，自竹社、風口、石門進。石門距龜山三里，巉巖削立，勢如劍戟；賊據險為壁，彈丸雨注，我兵大阻。乃分兵繞出其背，俯瞰賊壘，亂射之；賊駭走。我兵揮刀逼之，斬三十余人，流血被道；熟番視其二尸，鞭之曰：『爾跋扈虐人，今果何如』！蓋牡丹社酋長阿祿父子也。
先是，從道率兵士三千五百人，駕「高尾」艦發長崎；是日，至瑯〈王喬〉，軍威大振。事聞清國，李鶴年向得書，未信；至是，大驚，乃使其僚屬來致書曰：『臺灣久隸我版圖，已二百年。其土番有生、熟之別，猶粵、楚、云、貴邊界猺獞苗黎，獉狉成性，文教未通；然居我疆土，屬我管理。按萬國公法云：凡疆內動植物、居民，皆當歸地方管理。又云：各國自主其事，自任其責。臺灣以我律法管轄，不得聽貴國越俎代謀：請速收兵，莫以啟二國之釁』。從道延見使者，曰：『從道奉圣詔以蕩滅番賊；非有詔，寸步難移。若本島屬貴邦與否，非戎臣所知也。請問諸我公使在北京者』！使者莫以難，揚帆去。
六月一日，從道與參軍等議，欲大舉討牡丹、高士猾諸番；分軍三道并進，向四重溪。時霖雨始霽，日光如毀；一水橫前，奔流疾箭。諸軍提挈亂流而渡，有溺死者。已深入山谷，榛莽塞徑，泥淖沒踝。賊伐木隘路，出沒放銃；我兵吶喊而前，射殺數十人。賊涉險奔逸，矯捷如飛，我兵不可追獲；遂進，火其廬舍。二路軍亦如之。三日，會于牡丹社；賊遁匿山谷，不復見一人。從道與諸將胥議：『賊慣險阻，出沒難測。我怒擊之，則禽奔獸遁；欲狝殲之，則功勞不償。為今之計者，莫若斷饟道、塞走路；彼情見形屈，必悔非乞哀』！眾皆曰：『如都督言』。乃要戍要沖，嚴修守備；還軍龜山，建兵營、繕道路、儲糧仗、造病院，為持久計。因使統領埔頭人林阿九、九猴洞頭人陳阿三等深入番地，探賊情；賊迎問，知我兵恩威并行，秋毫無犯，喜懼交集，乃就請降。
七月一日，牡丹社新酋長姑柳、高士猾酋長符也冷煙、周朥束朱雷土結及爾乃、蚊蟀、傀仔角、小麻里諸酋統下生番七十余人皆頓首來降。從道乃使參謀作間召牡丹社姑柳，膝行而進，面如土；作間徐問其意，姑柳曰：『奴等素與清國為仇，向不知琉客為大國屬，誤為清人，殺之。不測冒犯天威，以蒙斧鉞。自今以后，悔過移善；投降麾下，永為隸屬。若遭難民漂到本島，厚給衣糧，備加救護。伏愿將軍大爺宥無知番民，以許自新』。作間乃詰責：『五月十八日，我兵至四重溪，爾番民敢縱兇虐！是何故』？姑柳謝曰：『前酋長阿祿聞大國興師剿滅我社，欲出辨疏；遽為大兵所擊，不得已拒之，非敢抗王師也。石門之戰，阿祿父子死矣。奴為眾所推，代之。聞將軍罰有罪，不及無辜；敢來投降，豈有他意』！作間復問：『六月一日，我師復至四重溪，爾等猶抗之，果何故』？姑柳戰栗曰：『是阿祿所為；奴獵山中，不與知也。阿祿兇悍無道，為王師屠戮，天也』！作間又召高士猾、爾乃兩酋讓之，皆頓首乞哀如姑柳言。乃諭以恩威，釋之；酋長等歡呼拜舞去。于是生、熟兩番皆降，都督之威振遠邇矣。
臺灣彰化縣人廖仕強上書都督曰：『清官貪虐，誅求無已。加以客歲用讒言，謂臣侄有富窩藏賊匪，舉兵襲擊。今年三月，復侵我；事逼危急，會日本二大人辱臨，慰藉甚殷。不幸清兵猖獗，燒毀有富家，并收奪二十余鄉熟禾。臣等痛憤切骨，誓欲報仇。近聞都督率兵南伐，天賜機會；伏望愛憐，臣等首尾相應，以除貪官污吏，以活我小民』。所謂二大人者，我海軍士樺山資紀、水野遵也。先是，征番師未發，使二子探偵番情往。至彰化縣廖有富家，有富大喜，饗待甚恭；欲推二子為將，拒清兵。二子諭以『我與清同盟，不得相仇』；乃辭去。至是，從道亦斥其書，不納。
既而清國訛言日本欲取臺灣，清廷大驚；使福建巡撫沈葆楨駕火船率兵數千至瑯〈王喬〉港，見從道曰：『貴國出師，盍豫告我！敝邦將以賦從之；誅暴弭亂，不敢讓人。今提兵蒞疆，貴國業已奏功，不使我及事，可恨也』！從道曰：『客歲我使臣報之貴國文，案具在此』。葆楨知不可屈，乃曰：『如聞遺種潛匿山谷，仆將出偏師為誅鋤之』。從道不肯，曰：『戎事，吾職也。蠢爾小番，何煩大援』！葆楨又請申明約束，納質表信。從道正色曰：『大邦之信，難恃也。向者答我使臣曰：「生番化外民」；今以為所轄，其亡信者一。敝邦之師，先告后發；今曰不知，其亡信者二。我民遭害，既經二年；今乃借口討伐，其亡信者三。大邦約束，我知其不可保矣』。葆楨退曰：『日本人崛強乃爾』！遂去。
八月，周朥束大酋長抵我都督，請曰：『奴等既為大日本國人民，瞻望都督風采，欲一請旌節辱臨穹廬』！從道許之。番俗無輿馬，代以祭神轎子，番奴十余人舁之；行山谷間數里，至小麻里社，酋長伊厝迎饗之。饗畢，進入周朥束社；是為南部生番十八社，大酋長盛服伺候門外，拜跪甚恭。從道一揖而登，番奴數十人捧煙草、檳榔擺排桌上，次供火酒、腌豕。酒系薯制，冽而不甘；豕則飼以番薯肉，咸而臭甚。酋長與其部下刲豕，飲酒立盡數石；我將士亦醉飽，然飲量不及，乃笑曰：『武則贏，酒則輸』！酋長唱番歌一曲，曰：『祝都督也。請和之』！兵士跳躍而歌，番人大喜。時山間月出，光照筵席，番人起舞；從道笑曰：『昨為仇敵，今則一家』！亦起舞。既而曰：『予醉矣』！因倚床睡，鼾聲如雷；番人駭服。明日歸營，命水野遵等與醫師巡視番境，撫循小民。見其患病者，為施藥，立愈；番人驚以為神，遇遵等甚厚，曰：『吾輩永為大日本民矣』！
先是，朝廷聞清國有違言，乃以內務卿大久保利通為辦理大臣，委以重事。九月一日，達天津。清人以為我兵至，驟嚴守備；已知為使者，發人迎之。十日，入北京，見軍機大臣和碩恭親王、大學士文祥等于總理各國衙門，首論番地事；文祥等枝梧抵賴，久而不決。至十月，利通謂文祥曰：『往復論辨盡矣，仆不復與公等言；我當從吾意耳』！拂衣而起。于是物議沸騰，變且不測。英國公使威達聞之，為居間和解；遂立約三條，納修道建房費銀五十萬兩于我。十一月，利通駕兵艦馳至臺灣，見從道，告和成；天皇特命東久世通禧敕從道班師。于是從道召車城頭人林德勝、董成明、田中央頭人林明國等，賜酒食，諭以與清國和；且曰：『汝人民等自今以降，視清國官吏猶視我官吏，謹奉其政教』。又召牡丹、周朥束酋長土結文腳、蚊蟀酋長加禮帶及諸社酋長，賜酒與衣物；諭曰：『從道奉命來此，汝番民悔過遷善，稽顙歸誠；從道奉戴圣旨，皆釋其罪，欲使汝輩長浴皇澤。頃者清人講和，徹師有日；汝輩安堵如故，亦圣恩也』。番民等感激淚下，頓首謝恩。初，王師之入番境也，有番女年可十二，為軍士所獲；以軍中不可置女子，送之東京，教以「國字」、導以禮容。居數月，稍解邦語，頗革番俗。至是，還付之，番民大喜；其父兄額手曰：『恨吾輩不為俘虜，以浴大朝之化矣』！
既而清國使其官吏率兵至臺灣，從道乃簿錄所有營造屋廬及修治道路交付之。又修琉球人墓于統領埔，祭之；書其表，略曰：『明治四年，我琉球藩民遇颶漂到臺灣番境，為牡丹番所殺者五十四人。藩王以聞，天皇震怒，敕臣從道問其罪。今茲四月，候騎先發，諸軍嗣之；番人簞壺相迎，獨牡丹、高士猾等不下。五月，擊之于石門，斃渠阿祿父子以下三十余人。六月，我兵三道并進，屠其巢窟。九月，牡丹、高士猾等余黨請罪轅門，事平。初，琉人遭害，廣東流氓鄧天保拾收遺骸，葬之雙溪口——后移統領埔。茲重修舊墳以表之』。十二月，振旅而歸。
是役也，自夏涉冬，瘴氣發疫。全軍四千五百余人，其死于戰者，十二人；死于病者，五百五十余人。天皇賞其功而憫其死，敕葬之肥前彼杵郡小島鄉梅崎，命史官建碑，錄其顛末。
百川曰：征番役，吾友人水野遵從焉。所著有「征番日記」，文字質實，記載極備。世多記是役者，然動失夸張，不得其實；余乃據「日記」并征遵言，錄其大略。遵字大路，愛知縣人。好學，通西洋文字，兼善詩。今為參事院議官補，敘正七位。