康熙十八年五月乙巳，命調福建水師提督伯王之鼎為四川提督。時上以湖廣岳州水師總兵官萬正色諳習水性，令其進剿「海寇」，特授為福建水師提督；故以之鼎調補四川。
丁未，詔理事官麻勒吉赴廣西暫轄定南王所屬兵士。將軍穆占奏：廣西省城投誠偽將軍劉彥明、徐洪貞、線成仁等仍為都統、副都統，令其總轄藩下及綠旗之兵，頗于事有益。上諭劉彥明等所領投誠綠旗兵內有愿歸農者，皆令歸農；愿入伍者，撥入廣西經制兵內。其定南王下舊兵有老弱者裁去，不必足從前三千之額。數年以來，定南王官兵分散各處，收聚甚難；宜令督捕理事官麻勒吉前赴廣西暫行統轄。定南王下藩兵有分散者，令其察訪料理；一切調度軍務，會同將軍莽依圖等商議舉行。其廣西文武各官弁、定南王下各官職名，麻勒吉俱察明繕冊以聞。劉彥明等為都統、副都統之處，俟冊到日再議。
辛亥，遣副將徐升耀敕招撫王屏藩等。時升耀賷言愿往招撫王屏藩、吳之茂、譚洪、張起鳳等，上命加升耀都督僉事，賷敕招撫。諭王屏藩等敕曰：自吳逆煽亂以來，所在官民多被誘惑，陷身賊中，莫能自拔。朕已洞悉情形，屢頒敕諭廣示招徠，開以自新之路。念爾素受國恩，必非甘于從逆。或心存忠義，遲回有待；或勢被驅迫，歸化無由：朕甚憫焉！茲湖南、廣西俱經恢復，各路兵馬齊進滇、黔，爾所悉知。四川一隅，皆朕赤子；久罹兵燹，不得早見太平。每一念及，殊多惻然！特遣副將加都督僉事徐升耀前往宣布朕意，爾其翻然改悟，勿失機會；率先來歸，朕必赦其前愆，論功敘錄。爾無懷疑畏，勉圖后效，以副朕定亂安民至意。
癸丑，命遣官采購湖廣糧米運赴廣西。時因廣西官兵乏糧，議政王等議請令兩廣督、撫由廣東設策運糧。上諭不必自廣東挽運，令遣戶部賢能官二員采買湖廣米運至廣西軍前。其湖廣武岡諸處官兵，亦令料理備辦。
己未，命大將軍貝勒察尼治澧州以南軍事。大將軍順承郡王勒爾錦治荊岳彝襄諸處軍事。察尼奏：臣等前進荊、岳、彝、襄諸處，相隔漸遠，調遣防守事宜，必致有誤。上諭大將軍貝勒察尼等親統大兵往前進剿，自澧州以南軍務，聽大將軍貝勒察尼調度；荊州、岳州、彝陵、襄陽等處軍務，聽大將軍順承郡王調度。
辛酉，調大將軍簡親王喇布等兵赴桂林。將軍莽依圖奏：桂林相近之兵，請速調一支往駐桂林，以張聲勢。臣俟副都統額赫訥兵至貴縣，即前赴橫州以絕柳州、南寧之路。因遣人趣馬承蔭、郭義等速行薙發。上命簡親王及穆占等兵內撥每佐領三人或四人，遣一副都統率赴麻勒吉所，令麻勒吉等統轄鎮守桂林。
六月戊辰，詔云南提督桑額率湖廣官兵進云、貴。桑額奏：新任湖廣提督暫駐彝陵，請以彝陵官兵隸其標下，而湖廣提標官兵姑屬臣統領。上諭：提督桑額隨大兵進取云、貴，其湖廣提標官兵準入云南提督標下；俟底定之日，仍回楚中。彝陵鎮標官兵，準為湖廣提標。至于隨桑額前往官兵方事剿賊收疆，標下官員可各加銜一等、兵卒可動正項錢糧賞賚，以示鼓勵。
壬申，詔誅叛弁趙天元。尚之信奏：粵東之變，起自新會江門；江門水師之叛，由于天元一人。請以天元賜臣，使得明正其罪，立置典刑。上諭：趙天元不思圖報國恩，乘粵西逆賊侵犯粵東，首獻江門背叛，致粵東變亂；及粵東歸順后，又從逆賊數犯疆圉。今度不能免脫，窘困至極，方始來降，情罪重大。趙天元本系平南親王所屬之人，王其立誅之。
甲戌，削都統覺羅巴爾布職。大將軍貝勒察尼等取巴爾布供辭以聞，上命議政王、貝勒大臣集議。議政王等奏言：都統覺羅巴爾布自率大兵往湖廣以來，并未前進效力；因其怯懦，削去參贊，令其贖罪圖功。乃身率大兵，坐駐彝陵；大兵既復岳州，不乘賊中震駭之時探其虛實，力行剿滅，以贖前愆。鎮荊山對壘之賊，迄于逃遁，竟未之知；乃誑云分布官兵進攻，巧為飾辨。又不親身追殺逸寇，止遣夸蘭大二人前往。其后令巴爾布率領官兵攻取辰州，又遲回瞻顧、遷延時日，竟不速進；致賊復踞辰龍關，得為守備。巴爾布怯懦退縮，一步不能前進；貽誤大事，失機甚多。今奉旨取供，巴爾布又不即行認罪、據實供招，反為巧飾；殊失大臣之體！宜將巴爾布都統、阿達哈哈番佐領及所加之級，盡行削去，羇系荊州。彼所襲其父拜他喇布勒哈番，與應襲之人承襲。上報可。
乙亥，大將軍順承郡王勒爾錦奏請增兵，上責之。勒爾錦奏：前者渡江，已簡兵士有馬者攜往；所留守彝陵諸處兵并屬頂補，多系無馬。今平定疆土，兵力單弱，請悉以所有前鋒護軍調益臣軍。上諭：前令順承郡王等固守荊、襄諸處，而順承郡王遣貝子準達、都統根特等率兵前守荊、彝。今撤還順承郡王至荊、彝，令平定歸州、巴東；乃復請益前鋒護軍，惟于身之所在必欲厚其兵力，所奏殊屬不合！念見在進兵平定疆土，除將軍噶爾漢等所統進剿兵外，其荊、彝諸處所在之兵，許酌量調往。
戊寅，尚之信奏偽將軍馬承蔭等來降。承蔭于五月二十六日率偽將軍郭義、偽總兵齊人龍及偽文武官繳敕印來降，之信以聞。
壬午，將軍噶爾漢奏暫撤還大兵，上責之。噶爾漢奏：臣等率領官兵逼臨賊境，見山高路狹，小溪甚多，草木叢塞；今值六月、時多霪雨，若山水暴下，則魚貫之兵必至斷絕、不能相顧矣。且挽運亦難，是以暫撤兵眾；俟木落水涸，更率官兵先滅山寇，續取興安。上諭：噶爾漢自任將軍以來，初無勞績，惟閑住襄、均諸處。今當逆賊震動之時，遣噶爾漢會同提督等剿滅山寇，或有克取興安之機，酌便而行；乃不率兵破賊以圖報效，反稱草木叢塞，竟以兵還。若此當草木未盛之先，亦曾效力前進否？噶爾漢不行努力以贖前愆，反規避退兵，殊屬不合！即行嚴察議處。但見在統兵進剿，俟大兵旋日察議。又近日陜西大將軍圖海奏稱四川逆賊出寶雞立營，則興安之地已空；噶爾漢其統兵而前，擊破賊寇、規復興安諸處，毋失機宜。
甲甲，詔大將軍簡親王喇布等罷發桂林兵，仍與安親王岳樂約兵剿賊。先因馬承蔭、郭義等尚未投誠，上命喇布及將軍穆占等撥每佐領兵或三人或四人，遣一副都統率往桂林。至是，喇布奏稱：分兵發往桂林、鎮守永州，則臣等所部進剿之兵力殊單弱。上諭：今馬承蔭、郭義等俱已投誠，則平南親王及將軍莽依圖等兵皆可達桂林；簡親王等不必分兵發往，仍與安親王約剿殺賊寇。
戊子，敕大將軍公圖海等速取漢中、興安，平定四川。先是，提督趙良棟奏稱：湖南已經平定，應復漢中、興安；臣愿獨當一路，展竭愚忠，以圖自效。上命圖海等確議。至是，圖海等奏稱：棧道驛門鎮各口逆賊率眾來犯，據險為營；今令提督趙良棟進臨武寨，相機而行。俟臣等擊破驛門鎮諸處賊壘，如有進取之機，酌量分道而行。上諭：湖南逆賊大敗，困蹙遁走；大將軍安親王、簡親王等三路進發，平定武岡、新寧諸處，剿殺賊寇。貝勒察尼等進取辰州，順承郡王及將軍噶爾漢等亦從鄖陽、彝陵規定蜀賊。
又馬承蔭、郭義等并皆薙發，廣西已平，平南親王、將軍莽依圖等亦統兵進剿；今逆賊震懾，正當剿撫并用之時，大將軍圖海與將軍、總督、提督等共議亟殲侵犯寶雞之賊，恢復漢興，以平蜀地。
臣謹按：蜀中山峻谷深，道里阻陿，地實至險；從來不逞之徒多據為窟穴，不易削平。是時湖南逆賊潰遁，諸路進兵；皇上料蜀寇聞風必皆震懾，若不應機疾進，使賊得屯聚一隅、據守要害，恐蕩平之績，非旦夕可致。爰命圖海等率師迅邁，收復蜀疆。迨圖海等奏稱賊毀偏橋、道途有梗，將軍張勇、提督孫思克等又請姑止進兵，皇上概弗之許，仍下詔嚴趣。于是諸將帥始部勒士馬，分路并發；果奪其關隘、殲厥渠豪，蜀境悉平，直抵云、貴。皇上洞察賊形，深悉機勢；以萬全之慮，為必勝之謀：睿略淵謨，誠諸將帥所不能仰窺萬一者矣。
己丑，詔撤福建內府佐領官兵。大將軍康親王杰書等奏：閩中濱海要汛及墩臺營寨，俱綠旗官兵防守；滿洲大兵惟駐形勢之地，相為聲援。滿洲兵數頗多，宜酌量撤還。上諭：滿兵既云宜撤，當如奏撤回。但海氛未靖，止先撤內府佐領官兵一千；俟此兵到日，再議發往更代。
庚寅，詔大將軍安親王岳樂等分路進兵。時侍郎宜昌阿等至湖廣傳諭諸大將軍等酌議撤兵，大將軍貝勒察尼奏言：臣察見在進征常德、桃源護軍每佐領各五人有余、驍騎兵每佐領各七人有余，漢軍共一千二百余人、綠旗兵共二萬七千余人，其兵足以前進。
所有在常德者外藩蒙古兵四百余人、在澧州者外藩蒙古兵二千三百余人，應行撤還。松滋、宜都驍騎兵五百人、漢軍一百人、綠旗兵四百余人，足以鎮守疆圉；二處所有外藩蒙古兵五百人，亦應撤還。其在岳州滿兵每佐領各三人有余、漢軍共三百余人，俱撤還荊州并入荊州兵內，共成每佐領五人之數，俾之鎮守。其余滿兵每佐領各二人有余鎮守荊州、外藩蒙古兵二千余人鎮守岳州，外藩蒙古兵六百人，亦俱應撤還。大將軍簡親王喇布奏稱：烏拉寧古塔之兵，宜遵旨撤還。但新寧諸處見有賊寇，請暫留烏拉寧古塔兵一千二百余人。臣等二支之兵合而為一，每佐領兵各十一人有余；于其中選每佐領八人及綠旗官兵一萬二千余人，率之前往與安親王相期進剿新寧賊寇。俟破賊之后，烏拉寧古塔兵即行撤道。其永州宜撥滿兵無馬者每佐領三人、綠旗兵二千人鎮守，令總兵官蔡元等率綠旗官兵二千五百人鎮守全州。其兩支外藩蒙古兵一千七百余人，應行撤還。大將軍安親王岳樂奏稱：臣所統護軍驍騎兵每佐領共十五人，蒙古兵一百余人，簡親王等既進取新寧，臣當率每佐領兵各十一人、綠旗官兵一萬人與簡親王相期進剿武岡東口之賊。其衡州宜留每佐領滿兵各一人、綠旗兵一千二百人、總兵官張中標兵二千人防守，寶慶宜留每佐領滿兵各一人、綠旗兵一千人防守，岳州宜撥每佐領滿兵各二人前往，與鎮守岳州綠旗官兵協同防守。其外藩蒙古兵，應行撤還。簡親王等倘不進取新寧，其前欲攜往進剿綠旗官兵一萬二千人及得勝等炮，祈發臣軍前，以便攻剿武岡、東口新寧賊寇。上諭：安親王兵可兩路進取武岡東口、簡親王等兵與安親王兵約期進取新寧；破新寧賊后，烏拉寧古塔兵聽令發還。貝勒察尼等兵攻取辰州等處，蕩滅寇賊。衡、永、荊、岳諸地，俱如所奏留兵鎮守。其諸處撤還滿洲蒙古兵，俱令大臣官員沿途嚴加鈐束。
詔送馬至武昌。上諭兵部：爾部見飼馬匹及營驛之馬可選擇二千如例送至武昌，令善加芻秣備用。