六年正月，授湖廣總督。二月，賊由湖北竄擾河南，直趨山東。五月，渡運河，濟南戒嚴；淮、豫、東、皖各軍雖屢勝，而賊瞬息千里，不能制。鴻章以督辦軍務日久疲師，奉旨戴罪立功，迅赴山東會剿。始，曾國藩督師時，議于運河東岸沿堤筑墻杜賊竄越。鴻章守其策而注重運西，飭豫軍提督宋慶、張曜兩軍分守山東東平以上自靳口至黃河沈家口，周盛波分守開河至靳口，劉秉璋分守濟寧至開河，楊鼎勛分守趙村石佛至南陽湖，李昭慶分守灘上黃林莊至韓莊八閘，皖軍黃秉鈞等分守宿遷運河上下游，聲息相通，互為策應，使賊不得出運。六月，抵濟寧。賊竄過濰縣，欲趨登萊，鴻章謂偪賊入海隅聚殲為便，乃創(chuàng)膠萊河防之策，令劉銘傳、潘鼎新于膠萊河南北二百八十余里筑長墻，會合豫軍、東軍分汛設守。奏言：衡量利害之輕重，與其馳逐終年流毒江、皖、東、豫、楚各省，不如棄一隅以誘之；與其往返運東，濟、泰、兗、沂、青及蘇之淮、徐、海各屬均受其害，不如專棄登萊以扼之。膠萊河之防不密，則登萊無可扼；運河之守不密，則膠萊仍不足恃。賊蹤已向膠東，臣意俟運堤與膠萊河防均已布定，乃可抽兵進剿，庶滅一賊、少一賊，賊智自困而兵力不疲。時任、賴諸賊麇集萊陽、即墨間，恐膠萊河防斷其竄路，伺隙反撲堤墻，數(shù)敗；七月，潛由海神廟撲渡濰河，東軍御之不及，膠萊防潰。下部議處。鴻章亟飭淮、豫各軍嚴扼運防，而令劉銘傳、郭松林、楊鼎勛三軍往來躡擊。十月，迫至贛榆，降酋潘貴升槍斃任柱于陣，賴汶洸率眾竄山東。十一月，劉銘傳等迫追，連敗之諸城、濰縣、膠州；賊窮蹙，遁入海濱洋河、彌河之交。官軍圍擊，幾殲其眾，賴汶洸率騎數(shù)百走而南。十二月，復糾集千余騎突至沭陽，沖渡六塘河，竄揚州；道員吳毓蘭駐守運河，率隊擊擒之，余匪悉降。東捻平，賞加一騎都尉世職。

七年正月，西捻張總愚由山西吉州踹冰北竄，迭諭鴻章迅飭劉銘傳各軍入援；未至，賊已分竄直隸東北平鄉(xiāng)、雞澤、南和諸縣，下部嚴議，兼命鴻章親督所部自臨清、德州克日入直，相機剿辦。又以賊縱闌入衡水、定州，拔雙眼花翎，褫黃馬褂，革騎都尉世職。鴻章奏言：辦流寇以堅壁清野為上策，嘉慶間川、楚教匪賴此收功；即東捻流竄豫東、淮北，所至民筑圩寨，深溝高壘以御之，賊往往不得一飽，故其畏圩寨甚于畏兵。河北平原千里，無險可守，民又不知筑寨自保；張總愚本極狡猾，遂得肆意蹂躪，無處不流。且自渡黃入晉，沿途擄獲騾馬甚多，步賊多改為騎，趨避既捷，肆擾尤易。自古辦賊，必以彼此強弱饑飽為定；衡賊未必強于官軍，但彼騎多而我騎少，自有不相及之勢。彼可隨地擄糧，我須隨地購糧，賊常飽而我常饑，又有不能及之理。今欲絕賊糧、斷賊騎，惟有勸諭直隸、山西、河北紳民堅筑圩寨，如果十里一寨，賊至無所掠食，兵至轉得買食，賊雖流而其技漸窮。二月，鴻章督軍進德州，敗賊安平、饒陽。三月，賊竄晉州，渡滹沱河，南入豫，折竄直隸，撲山東東昌。四月，趨茌平、德平，由德州西奔吳橋、東光，偪天津，下部議處；命總統(tǒng)北路軍務，限一月殄滅。鴻章以捻騎飄忽，久成流寇，非就地圈圍，終不足制賊之命；是時三口通商大臣崇厚及左宗棠皆以為言。而直隸地平曠，無可圈圍，欲就東海南河形勢，必須先扼西北運河，尤以東北至津沽、西南至東昌張秋為鎖鑰；乃飭援津之郭松林、潘鼎新兩軍掘開滄州迤南捷地壩，泄運水入減河，于河東筑長墻斷賊竄津之路；東昌運防，則淮軍自城南守至張秋，東皖諸軍自城北守至臨清，并集民團協(xié)守。賊自鹽山南竄，撲東昌運河，無可乘，復散走。閏四月，以剿賊逾限，予嚴議。時賊以官軍嚴逼，奔突不常，北謀越減河，南謀越運河；以北路軍勢重，銳意南行，盤旋陵縣、臨邑間，旁擾茌平、德平，犯臨清運防。鴻章慮久晴河涸，民團不可恃，且晝夜迫奔疲士卒，議乘黃河伏汛，縮地圈扎，以運河為外圈，以恩縣、夏津、高唐之馬頰河截長補短為里圈。號召民團，即馬頰河南聯(lián)墻筑卡，第余臨邑南至濟陽濱河百里，冀就西南一隅以制賊。其時官軍大敗賊于德州揚丁莊，又追敗之商河，張總愚率悍黨遁濟陽，沿河北出德州，犯運防上竄，鹽山、滄州皆為官軍扼截，乃轉向博平、清平。是時黃、運暨徒駭交漲，東昌、臨清、張秋閘河水深不可越，馬頰河亦經(jīng)黃水漫入，河西北岸長墻綿亙，賊竄地迫狹，勢益困。鴻章增調劉銘傳軍期會前敵將士分屯茌平之桃橋南鎮(zhèn)至博平、東昌，圈賊徒駭、黃、運之內，而令馬隊于中兜逐，賊無一生者，張總愚投水死。西捻平。先行賞還雙眼花翎、黃馬褂、騎都尉世職，開復迭次剿捻不力各降革處分。七月，賞加太子太保銜，以湖廣總督協(xié)辦大學士。八月，入覲，賜紫禁城騎馬。十一月，乞歸省；予假一月。

八年二月，兼署湖北巡撫。八月，命馳赴四川查辦總督吳棠參款；復陳所劾不實，道員鍾峻、彭汝琮分別革休。十二月，命赴貴州督辦剿苗軍務，川、楚各軍統(tǒng)歸節(jié)制。

九年二月，甘肅逆回糾合土匪四擾，陜甘總軍總督左宗棠駐軍平?jīng)觯患凹骖櫍幻櫿聲壕徣肭雀瓣兾鞫睫k軍務。七月，剿平北山土匪。值天津民人因匪徒迷拐幼孩案，牽涉教堂，毆斃法國領事官，焚教堂，法國使臣羅淑亞索犯急，且以兵艦集津沽為恫喝計；廷議促鴻章移師天津，密籌防衛(wèi)。八月，調直隸總督，諭偕前任總督曾國藩速定讞。尋奏上，羅淑亞無異辭。十月，撤三口通商大臣，以總督兼任，改為北洋通商事務大臣。

十年，日本初請通商，授全權大臣與定約。

十一年正月，偕兩江總督曾國藩奏選幼童赴美國肄業(yè)，又遴游擊卞長勝等赴德國學習軍械技藝。五月，授大學士，仍留總督任。六月，授武英殿大學士。

十二年閏六月，河道總督喬松年、山東巡撫丁寶楨籌治黃、運兩河以通漕，下鴻章議。鴻章覆陳，大旨謂：淮徐故道，勢難挽復，借黃濟運與借衛(wèi)濟運及堵合霍橋決口、筑堤束水諸策，流弊亦多。河在東，雖不亟治，而后患稍輕；河回南，即能大治，而后患甚重。近世治河兼言利運，遂致兩難，卒無善法。不知黃水既不能入運，斷難一治而兩全。為今之計，似不得不出于河自河、漕自漕。治河之策，不外古人「因水所在，增立堤防」一語，應令河道總督、山東巡撫察酌形勢，量筑堤埝，俾資周防，而期順軌。議漕政者，皆不以規(guī)復河運為望；然自道光六年即創(chuàng)辦海運，咸豐以后無年不由海運，無年不由釆買。今日海道暢行，輪舶駢集，轉輸既捷，費用大省；復此難恃且費之河運胡為？蘇、浙漕糧現(xiàn)既統(tǒng)行海運，江、廣等省本改漕折，宜由各督撫酌提本色若干石運滬解津；不然，指撥漕折由南省釆買運津、或由天津招商釆辦亦可。若慮緩急之間京儲匱乏，應于無事時多籌釆運，使數(shù)年中得有一年之蓄，則內顧可以無虞。上嘉其所奏詳盡，下部議行；兼諭喬松年、丁寶楨勘筑堤埝，以資捍御。十二月，以明年慈禧端佑康頤皇太后四旬萬壽及上親政后初屆元日令辰，下部優(yōu)敘。

十三年三月，授全權大臣，與秘魯國議招工事，因定和約專條。十月，慈禧端佑康頤皇太后四旬萬壽，加恩中外大臣有老親年八十以上者；鴻章母未及八十，特賞御書匾額、玉如意、大卷江綢、八絲緞袍褂料。十二月，調文華殿大學士。

光緒元年，日本與臺灣生番爭，船政大臣沈葆楨治臺事，鴻章飭提督唐定奎率淮軍渡海助之剿撫。總理各國事務王大臣奏籌善后海防六策，命詳議以聞。鴻章覆奏如原議，略謂：所陳練兵、簡器、造船、籌餉、用人、持久六條，均救時要務。所未易猝辦者，人才之難得、經(jīng)費之難籌、畛域之難化、故習之難除。今日所急，惟在力破成見，以求實際而已；舍變法與用人，別無下手之方。伏愿皇上顧念時勢艱危，節(jié)省冗費，講求軍實，造就人才，皆不必拘執(zhí)常例。而尤以人才為急，要使天下有志之士無不明于洋務，庶練兵各事，可期逐漸精強。積誠致行，尤需歲月，遲久乃能有濟。目前固宜力保和局，即將來器精防固，亦不宜自我開釁。

二年，英國使臣威妥瑪因云南戕殺教士馬嘉理，要求不遂，下旗將歸國，鴻章以全權大臣赴煙臺邀威妥瑪商辦。威妥瑪堅求嚴辦，適俄、德、法、美、日、奧六國公使及兵艦齊集煙臺，鴻章故示整暇，往來談燕，并召諸使、水師將領大會樂飲；六國協(xié)力阻英之請，乃與威妥瑪定優(yōu)待往來通商事宜，復尋舊盟。

三年，議覆穆宗毅皇帝、孝哲毅皇后升祔位次，奏言：禮親王等請仿照奉先殿成案增修龕座，為折中之論。惟太廟規(guī)制有定，國家統(tǒng)緒無窮；醇親王請明降諭旨，曉示天下，自今以往，親盡則祧，并請以后殿東西二梢間永藏祧主，此則導皇上以大讓、酌廟制以從宜。禮貴因時，讓為美德，非天子不議禮；應否允行，應秉圣裁。詔并如議。八月，晉豫亢旱，鴻章籌巨款賑濟。時直隸亦患水，永定河居五大河之一，累年漫決，害尤甚；鴻章修復金門閘及南上北三灰壩、盧溝橋以下二百余里改河筑堤，緩其溜勢，別浚大清河、滹沱河、北運河、減河以資宣泄。自是水患少紓。

五年，恭題穆宗毅皇帝、孝哲毅皇后神主，賞加太子太傅銜。

六年七月，始創(chuàng)海軍，訂造鐵甲諸船于外洋；以管駕需才，奏立北洋水師學堂。電報之設也，鴻章初行于大沽北塘海口炮臺，以通天津，傳達號令；八月，遂設南北洋電線，自天津循運河逾江抵鎮(zhèn)江而達上海，亙三千里。未幾，各國請于上海建萬國電報公司暨南北洋海線，于是接辦沿海陸線，過浙、閩至粵，道里以倍。后十余年間，電線布滿各省。巴西通商，以全權大臣定約。十二月，福建巡撫劉銘傳疏請開行鐵路，鴻章議有九便，事下所司。

七年六月，因慈禧端佑康頤昭豫莊誠皇太后前歲春圣體違和，特諭各直省延訪良醫(yī)，鴻章疏薦道員薛福辰；至是大安，予優(yōu)敘。九月，恭題孝貞顯皇后神主，賞穿帶膆貂褂。昔年鴻章于江寧、上海有機器制造局之設，于上海有輪船招商局之設，天津舊有機器局集資拓充，并開釆磁州煤鐵礦、開平煤井，又設上海紡織局，近筑津榆鐵路，遠開漠河金礦，以浚中國之利源，杜外人之侵占；先后得旨允行。

八年三月，母病，予假一月，赴鄂省視，賞人。旋丁母憂，賜祭一壇；靈柩回籍時，著地方官妥為照料。諭俟百日后，以大學士署理直隸總督。鴻章累疏固辭，允開缺；仍駐天津督練各軍，并署通商大臣。六月，朝鮮內亂；鴻章時在籍，趣赴天津，署總督張樹聲先飭提督吳長慶率淮軍援朝鮮，定其亂。鴻章因為朝鮮酌定善后之策。

九年正月，奏請回籍營葬，予假兩月，假滿即回署任。六月，命署理直隸總督兼通商大臣；累疏乞終制，不允。

十年八月，服闋，授大學士、直隸總督兼通商大臣。十月，慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭皇太后五旬萬壽，賜御書「揆元經(jīng)體」匾額，仍授文華殿大學士。時法、越構兵，越之山西、北寧皆陷。云貴總督岑毓英督師行邊為越南援，法乃自請講解。鴻章與法總兵福祿諾議訂簡明條款既竣，而法人伺隙陷越之諒山，薄鎮(zhèn)南關，兵艦駛入南洋，分擾閩、浙、臺灣，邊事大棘。北洋口岸南始煙臺、北迄山海關，延袤幾三千里，而奉、直接壤之旅順口為首沖，飭提督宋慶等率軍守之，水師統(tǒng)領提督丁汝昌以蚊快船表里依護；副將羅榮光守大沽，提督唐仁廉守北塘，提督曹克忠、總兵葉志超守山海關內外，總兵全祖凱守煙臺，重兵聯(lián)絡，海疆屹然。

十一年正月，朝鮮亂黨突入王宮，戕其執(zhí)政大臣六人，日本陰助之；駐防提督吳兆有等以兵入護，剿除亂黨，傷及日本兵。日本藉以為辭，鴻章奉命為全權大臣，允其撤兵，而所索議處統(tǒng)將、撫恤難民，則嚴拒不許。法大敗于諒山，又不獲逞志于閩、浙、臺灣，復尋成。四月，授全權大臣，與法使巴德納增減前約，法事乃弭。五月，以籌濟滇、粵前敵餉需、軍火無缺，下部議敘。西法水陸將士皆出學堂，鴻章奏仿行之，挑選各防營弁勇入武備學堂肆業(yè)。九月，設海軍衙門，醇親王總其事，命鴻章會同辦理。

十二年，以全權大臣定法國通商滇粵邊界章程。

十三年，會訂葡萄通商之約。

十四年，海軍成，為船二十有八艦；檄飭海軍提督丁汝昌統(tǒng)率全隊，周歷南北、印度各海面練習風濤陣技，歲率為常。

十五年，慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻皇太后歸政，懿旨賞用紫韁。

十七年二月，命偕山東巡撫張曜校閱海軍。十一月，熱河教匪滋事，蔓延平泉、朝陽、建昌、赤峰四州縣，分擾蒙古翁牛特諸旗；遣直隸提督葉志超往剿，旬日平其亂，下部議敘。

十九年正月，鴻章七十壽辰，慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻皇太后御書「調鼎凝厘」匾額、「棟梁華夏資良輔，帶礪河山錫大年」對聯(lián)、福壽益壽字，御筆蟠桃圖、無量佛帶膆貂褂諸珍物，上御書「鈞衡篤祜」匾額、「圭卣恩榮方召望，鼎鐘勛勚富文年」對聯(lián)、福壽字、無量佛諸珍物賜之。