二十年正月，慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻崇熙皇太后六旬萬壽，賞戴三眼花翎，子經(jīng)邁員外郎。五月，朝鮮以東學黨亂來乞師，飭提督葉志超助之；日本亦以重兵至，我軍屢戰(zhàn)不利，日本乘勝內(nèi)侵，連陷九連城、鳳凰城、金州、岫巖、海城、蓋平、營口、大連灣、旅順口，復據(jù)威海衛(wèi)劉公島，奪我兵艦。八月，拔三眼花翎，褫黃馬褂。十月，革職留任，摘去頂戴。
二十一年正月，賞還翎頂、黃馬褂，開復革留處分，授為全權大臣，往日本議和。三月，于馬關會訂條款十二，割臺灣以畀之，日本交還所侵地，乃成和。七月，留京入閣辦事。十二月，命充致賀俄國加冕頭等專使大臣，并往德、法、英、美諸國聘問。
二十二年正月，懿旨召見，準令扶掖。鴻章周歷各國考察政治七閱月，回京。九月，命在總理各國事務衙門行走。十二月，充經(jīng)筵講官。
二十三年，充武英殿總裁。
二十四年正月，特恩免帶領引見。五月，稽查欽奉上諭事件處。七月，奉旨毋庸在總理各國事務衙門行走。九月，命往山東查勘黃河工程。十月，賜西苑門內(nèi)乘坐二人肩輿。
二十五年二月，鴻章偕河道總督任道镕、山東巡撫張汝梅疏云：山東黃河自咸豐間銅瓦廂改道以來，光緒八年后潰溢屢見，遂普筑兩岸大堤，尺寸初不高寬。乃民間先就河涯筑有小埝，隨灣就曲，緊偪黃流；又因河灘淤高，埝自加增，官民相率守埝，大堤日久失修。每遇汛漲，埝決、堤亦隨決，此歷年失事病根也。古今言治河者，惟讓地于水，實為上策；其次，則惟有展寬河身。今兩岸大堤相距有五、六里至八、九里不等，應即就此兩堤加倍高厚，永為修守，似不失為中策。第兩岸之中，先有棄堤守埝之處，小民安土重遷，不肯遠去，非可旦夕議定，暫宜照舊守埝，徐圖更張。至下口入海尾閭，尤關全局。現(xiàn)在水行絲網(wǎng)口入海去路，偏向東南，形勢不順，不能筑堤；既無以束水攻沙，故不免下壅上潰。今勘得鐵門關故道，尚有八十余里可通海口，較絲網(wǎng)口、韓家垣兩路為順，工亦較省。然建攔河大壩一座，挑深引河三十余里，修筑兩岸大堤八十余里，所需工費頗巨。惟是下口不治，全河皆病；今欲大加整頓，不得不從長計議，核實勘估。其余如添修費以固根本，設減壩以泄異漲，以及設堡夫辦豁免設廳汛等事，雖有先后緩急之分，實為將來必不可少之舉。大約此項巨工，五、六年可期辦竣，略如從前南河規(guī)模。但需南河三、四年修費；則一切法制犁然畢具，而山東無蓄清敵黃之累，收效亦較為遠大。乃上所籌十策及比國工程師盧法爾擬具治河新法，以備采擇。又言遷民修堤之舉，繁瑣委曲，斷難克期告成；而頻年決溢，河底積淤，如再節(jié)次決口，不特一切工程種種棘手，兩岸災民何忍再罹昏墊。為今之計，惟有擇要加修兩岸堤埝，疏通海口尾閭；既為目前救急善策，亦即治標以待治本之要圖。下其奏，命軍機大臣等核議施行。十月，充商務大臣，前往南北洋各埠考核商務。十一月，署理兩廣總督。
二十六年正月，京察；鴻章自同治三年始，十三次京察，并蒙優(yōu)敘。二月，以上三旬萬壽，賞穿方龍補服。四月，補兩廣總督。六月，調(diào)補直隸總督兼北洋通商大臣。時值拳匪肇亂，八國聯(lián)軍攻奪大沽炮臺，陷天津。七月，入京師，上奉慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻崇熙皇太后西幸，命偕慶親王奕劻為全權大臣，便宜行事。迭奉電旨，以鴻章公忠素著，威望信服，此行為安危存亡所系，勉為其難。鴻章聞警，兼程進。先飭提督梅東益等搜剿直隸各屬拳匪，與兩江總督劉坤一、湖廣總督張之洞、山東巡撫袁世凱奏請懲治首禍王大臣。各國公使持十二款要挾，鴻章處以鎮(zhèn)靜，力與辯論，卒定和約。大亂之后，公私蕩然；奏辦善后諸務，畿輔以安。
二十七年七月，和議成，聯(lián)軍退，鴻章力請回鑾，奉俞旨。詔行新政，設政務處，充督辦政務大臣，旋署總理外務部事務。九月，卒。諭曰：朕欽奉慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻崇熙皇太后懿旨：大學士一等肅毅伯、直隸總督李鴻章，器識淵深，才猷宏遠；由翰林倡率淮軍，戡平發(fā)、捻諸匪，厥功甚偉。朝廷特沛殊恩，晉封伯爵，翊贊綸扉。復命總督直隸兼充北洋大臣，匡濟艱難，輯和中外，老成謀國，具有深衷。去年京師之變，特派該大學士為全權大臣，與各國使臣妥立和約，悉合機宜。方冀大局全定，榮膺懋賞；遽聞溘逝，震悼良深！李鴻章著先行加恩，照大學士例賜恤，賞給陀羅經(jīng)被，派恭親王溥偉帶領侍衛(wèi)十員，前往奠醊；予謚文忠，追贈太傅，晉封一等侯爵，入祀賢良祠，以示篤念藎臣至意。其余飾終之典，再行降旨。十月，諭曰：朕欽奉慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻崇熙皇太后懿旨：周馥奏督臣因病出缺，代遞遺疏一折，大學士直隸總督李鴻章，以儒臣起家軍旅，早膺疆寄，晉贊綸扉，輔佐中興，削平大難；嗣在北洋三十余年，辦理交涉悉協(xié)機宜。上年京師之變，事機萬緊，該大學士忠誠堅忍，力任其難，宗社復安，朝野攸賴。本年七月間，因病迭經(jīng)降旨慰問。該大學士仍力疾從公，未克休息，忠靖之忱，老而彌篤。方冀調(diào)理就痊，長資倚任；乃驟患咯血，遽致不起。當茲時局艱難，失此柱石重臣，曷勝愴慟！前已加恩賞恤，予謚文忠、追贈太傅、晉封一等侯爵、入祀賢良祠；著再賞銀五千兩治喪，由戶部給發(fā)；原籍及立功省分，著建立專祠；并將生平戰(zhàn)功、政績，宣付國史館立傳；靈柩回籍時，沿途地方官妥為照料；任內(nèi)一切處分，悉予開復；應得恤典，該衙門察例具奏。伊子刑部員外郎李經(jīng)述，著賞給四品京堂，承襲一等侯爵，毋庸帶領引見；工部員外郎李經(jīng)邁，以四五品京堂用；記名道李經(jīng)方，著俟服闋后以道員遇缺簡放。伊孫戶部員外郎李國杰，著以郎中即補；李國燕、李國煦，均著以員外郎分部行走；李國熊、李國燾均著賞給舉人，準其一體會試：用示篤念藎臣有加無已之至意。又因時局漸定，回京有期，加恩議和王大臣及東南各督撫；追獎鴻章成績，特再賜祭一壇，子經(jīng)邁以三四品京堂候補。十一月，諭曰：朕欽奉慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻崇熙皇太后懿旨：奕劻等奏，據(jù)呈請為已故大學士功德在民、懇建專祠一折，已故大學士李鴻章服官中外四十余年，懋建殊勛，安定疆宇，前經(jīng)迭降恩旨，優(yōu)予飾終，已準于原籍及立功省分建立專祠，以彰勞勚；茲據(jù)奏請各節(jié)，京師建立專祠，漢大臣向無此曠典，惟該大學士功績邁常，自宜逾格，以示優(yōu)異。李鴻章著準于京師建立專祠，列入祀典，由地方官春秋致祭，以順輿情，而隆報享。
二十八年四月，諭曰：朕欽奉慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻崇熙皇太后懿旨：原任大學士李鴻章，忠勛久著，飾終之典，前已迭霈恩施；現(xiàn)在靈柩回籍有期，惓念前勞，倍增悼惜。著派醇親王載澧先期前往致祭，伊子李經(jīng)方加恩著以四品京堂候補，用示篤念藎臣有加無已之至意。尋賜祭葬。護理直隸總督周馥奏陳鴻章歷年勛績，略云：鴻章初起上海，時曾國藩謂：自古東南用兵，鎮(zhèn)江為必爭之地，上海孤軍難立，戒令駐軍鎮(zhèn)江；詔旨亦屢以為言。鴻章則謂：上海餉源所出，己軍又上海士夫所請，不可背棄，以孤眾望。軍固有遙為聲援、置之死地而后生者。卒從上海逆入。及剿捻、防運至主客異議，終持不變，以有成功。曾國藩陳奏平捻之功推鴻章之定謀，以此。曾國藩平日最稱鴻章有大才，然猶以未遇逆境為疑；及見其剿辦西捻，迭奉嚴旨，而夷然順受，果毅不撓，于是又嘆其進德之猛。自中原罷兵，移督直隸，坐鎮(zhèn)天津，辦理內(nèi)治外交，以一身系天下安危者垂三十年。二十六年之變，召入京師，行至上海，道路阻兵不能前進，北禍益急，聯(lián)軍大集，天下望鴻章如大旱望雨，朝廷亦有旋乾轉(zhuǎn)坤之諭。逮鴻章既入敵軍，通國隱然有恃，由是千磨百折，卒定和議。遠方聞者，或未盡滿意，而鴻章實已心力俱竭，遂至一疾不起。各國公使及其水陸兵官來唁者四十余人，同聲致詞，皆言數(shù)月前相與議約，鴻章所為皆他人不能為之事；足見外國具有公論。伏查鴻章與曾國藩謀國忠誠，決策英斷，不搖浮議，不顧毀譽，略相倫等。其任事勇銳、赴機捷速，不為小廉曲讓，則鴻章有獨至孤詣；自壯至老，歷常變、夷險，未嘗一日言退，嬰疾病不輕乞假。嘗言曾國藩晚年求退，為無益之請；受國大任，死而后已，朝廷豈肯放歸。馬關定和而還，論者未已，所親勸令乞歸；答言于國實有不能恝置之誼，今事敗求退，欲安歸咎！人知鴻章之忠勤愛國，非淺見所能窺測；其英風壯釆，邁往不屑，同時輩流無足當意。而宅心仁恕，遇故舊，曲有恩紀。平吳所得賊糧、平捻所余軍米，悉以散之居民。其事君小心，得一語之褎，矜寵見于詞色；奉嚴旨，絕無怨尤：其天性也。后山東巡撫袁世凱、江蘇巡撫恩壽、浙江巡撫任道镕相繼疏陳鴻章勛績，請于山東、江蘇、浙江各建專祠；詔如所請。子經(jīng)述，襲侯爵，候補四品京堂，以毀卒；別有傳。子經(jīng)方，現(xiàn)官候補四品京堂。經(jīng)邁，現(xiàn)官候補三四品京堂。孫國杰，襲侯爵，現(xiàn)官委散秩大臣。