案照日本兵船，有事生番，前據貴道函稱，傳聞有美國前駐廈門領事李讓禮在內主謀，又日本兵船內有美國人四名等語，即經照會美國戴領事查辦。茲于四月十六日接據覆稱，訪聞其中有美國人名克些耳在日軍中，而李讓禮同日本軍旅駕抵長崎，經本國駐日本欽差大臣飛札調回，已遵札回京矣。其克些耳一人，自當留心查探實在有無與日本交接情形。昨據廈門馬報，云及日本師眾已經開仗，傷死生番三十人，日本兵丁傷死八名等由。據此，查戴領事遵守和約，悉心查辦，實屬深明大義。除照覆并稟請外，合就移覆。
摘抄另紙探報
十七、十八兩日日兵二千余人，分三路進兵攻打生番。先攻中社、竹社、爾奈、高士佛等社，均被攻破燒毀。后攻至牡丹大社。生番與日本接仗，被炮傷六人，擒去番婦一人。日兵亦被生番銃斃六名，受傷者十余名，隨即收兵。大社并未攻破。日兵于牡丹社下大埔角一帶扎營，所有雇倩民人挑運軍火等件，進山二日，艱苦之甚，多有同逃者。
枋寮文武探報
十八日，派兵至楓港、石門等處扎營，其勢兩下夾攻牡丹社生番。
摘錄委員華廷錫探報
日本于十八日進去攻生番，分作三路：一路由楓港，一路由石門，一路由四重溪，約每路有五、六百人。在地民人，有利其估值為之挑運軍火一同進去者。
摘抄委員周有基探報
十七日，日官水野遵帶兵分扎楓港。
十八日，由石門、竹社、楓港三路進兵，夾攻牡丹社。其爾奈、竹社、八徭社、不射力社、加之來社五社之番先行走去。是日與日本接仗，系牡丹、中社、高士佛三社生番，因眾寡不敵，番子走去。只有爾奈社番女一人，年十二、三歲為日人所獲。而日兵當日斃命者四人。所有番子茅屋，被日兵燒毀者十去其八、九。
摘抄另紙探報
十九日，日營分兵二、三百人赴楓港屯扎。是日，有官輪一只到瑯〈王喬〉。聞是委員華廷錫查探軍情，實時回歸。
枋寮文武探報
十九、二十等日，該日兵忽然兩路同時出隊進剿生番。其竹社、牡丹、爾奈、拔瑤、高士佛等五社生番，共計五、六百名亦出，在附近石門一帶迎敵，隨時接仗。因日兵炮火齊全，人數眾多，生番迭次戰敗，俱各逃入牡丹社以后大山之上，林密箐深，暫可埋伏。此山最為險峻。所有五處番社以內，僅存番婦人等，未能固守，即被日兵破入。其社番巢，盡行焚毀。又豬朥束、小貓里二社，聞風喪膽，送日營水牛三只。日人當收，轉擲洋銃數支，并許以后不至他社扎營。
委員華廷錫探報
十九日八點鐘展輪，在途遇見日本輪船一只去廈門。至三點鐘到瑯〈王喬〉停泊，該日本兵船名孟春，管駕官名原田中尉，駛三板，戎服到船會晤，諭以奉憲到地查問情形。隨詢一切，言語不甚明晰，以紙筆各書問答。問其西鄉中將在何處，答云帶兵進內攻擊生番，不在營盤。問攻生番近日勝負，答云進去兩日，尚無消息。問日前兩營盤無礙乎，答云有一分移一枝在龜山屯扎，岸山營盤不多，數百人而已。問其福島領事在營否，答云在陸營。卑職即差人持名片答拜，隨即與楊管駕上山，穿日本營盤過，徑至柴城，喚集在地頭人，探訊一切。據云日本于十八日云云（見前）。至一同進去者，正在查探間，適值挑運民人紛紛逃歸，據云初起不過雇其挑至石門，雖至石門，押令前進，否則要殺，不已，爬山越巖而上，饑渴欲死。刻下四散逃歸。至生番一見即逃，毫無阻當。本日，該日本已將牡丹社、高士佛社、加之來社、竹仔社四社生番居處，一火而焚。刻下日本兵眾駐扎牡丹社，尚未出來。此十九日事也。
摘錄委員袁聞柝探報
其兵船據云二十日開去一只，裝生番首級及傷亡日兵回國。
摘錄委員周有基探報
十九日，分兵扎守雙溪口，斷番歸路。自此之后，連日招降各社生番。
四月二十一日上諭
軍機大臣密寄，同治十三年四月二十一奉上諭：李鶴年奏，日本兵船已抵臺灣番境，密籌防范，并詳陳臺灣地利，日本詭謀各折片。日本兵船不候照覆，即行駛赴臺灣，登岸扎營，顯系心懷叵測。李鶴年已派水、陸各營，分住鳳山、澎湖等處屯扎，并調集莊團、水師防范臺境，藉壯聲威，以期有備無患。番地雖居荒服，究隸中國版圖，其戕害日本難民，當聽中國持平辦理，日本何得遽爾興兵，侵軼入境？若謂該國僅與生番尋仇，未擾腹地，遂聽其蠻觸相爭，必為外國所輕視，更生覬覦。釁端固不可開，體制更不可失，該督惟當按約理論，阻令回兵以敦和好，不得以番地異于腹地，聽其肆意妄為
也。派往瑯〈王喬〉之員，與日本如何辯論？能否就我范圍？著該督據實奏聞。仍隨時會同文煜悉心布置，務臻周密。沈葆楨計當啟程，著凜遵迭次諭旨，與潘霨慎密籌劃，會商文煜、李鶴年妥為辦理，毋稍大意。近日臺灣番境情形若何？著隨時詳細具奏。將此由五百里密諭沈葆楨、李鶴年，并傳諭潘霨知之，欽此。遵旨守信前來。
摘抄枋寮文武探報
二十一日，各日兵分路搜山，欲擒生番，盡滅其余各社。
摘錄另紙探報
二十一日，有旗后李再來到柴城坐轎一頂，隨帶二人，備辦禮物，送入日營。
日本柳原公使致潘幫辦函
昨獲良晤，多聆大教，不啻紉佩。承示將我朝派員處分土番一事，的系作何了結之處，詳為筆記送覽，故本大臣摘錄其繇如左：
明治四年十一月間，八重三島人民，遇風漂流到生番牡丹社鄉內，被該土人掠奪衣服，五十四名死之。又于六年三月，小田縣民四名，漂至生番卑南之地，亦被剝衣奪財，酷虐已甚，幸脫一死，救養于熟番陳安生家。然自土人作踐，欲自經者再三。后送至鳳山縣，得蒙貴國官長救恤，送還本國。我朝感德奚窮。當時經由駐滬領事贈物，酬勞陳、李兩人。及難民到滬日，并具不腆之物，稱謝護送員役。所恨者，蠢彼番人，殺難民如麋鹿，盜財物為生業，而脫然于化外，凡數百年于茲。
夫殺人償命，盜物受罰，萬國通典，為君主者不可一日忽諸。況我國境與該番一葦可航，方今東西海航旁午，該地蓄此蠻種，嗜殺行劫，深堪憂慮。若不即事下手懲辦，后患何及？此我朝之所以斷然舉行，而英、美兩國亦有此舉，非創見也。故我欽差頭等全權大臣，去年在天津換約后進京議察覲之際，派本大臣至總署告明，遣使問罪之意。今于發遣陸軍中將西鄉之時，特送公文知照閩浙制臺，然后經由水路直至番地，慎防兵丁滋生事端。凡此俱出保存兩國和好之衷，并非有他意也。
茲聞陽歷五月十八日，即貴國四月初三日，我兵已與生番交戰，至十九、二十等日，互有殺傷等語。此事經于月前收到西鄉來信，已知生番伏于菁間狙擊我兵之入牡丹社為斥候者而起，理所當然。
本大臣以不肖忝蒙簡拔，此來無非我朝保存兩國和好為重，于十日前到滬，得晤沈道臺即悉貴國總署特發公文寄我國外務省。又經閩浙制臺給西鄉以回文云，生番亦屬清國之民，即有殺人之罪，應憑中國查辦，不必日本代謀，故須西鄉退兵回國等語。本大臣因思我師既出交鋒，況西鄉奉君命，豈肯輕退？我朝經已布告通國，誓其保民之意義，何可中止？恐貴國未熟悉我情，故有是言。旋據西鄉信云，五月二十三日，有中國兵船到瑯〈王喬〉，其兵官傅以禮、周振邦、吳本杰三名來索李制臺前送回文之照覆，本中將答云，我奉軍權行事而已，如其交涉兩國和好辯論事宜，請與全權公使柳原協議可也等語。本大臣亦聞沈船政大臣已奉欽差查辦臺灣生番事務，應與西鄉談論一切，忽遇閣下奉旨回閩幫辦沈欽差大臣，因過滬續枉顧本大臣，承下問曰：貴國此次臺灣之行，今已如此，惟此生番原有三十六社，未知西鄉欲向何社生番問罪？究竟作何結局？故本大臣陳以我民被害情由。并據西鄉奉敕限辦三事答云：第一，捕前殺害我民者誅之；第二，抵抗我兵為敵者殺之；第三，番俗反復難制，須立嚴約，定使永遠誓不剽殺難民之策。此本大臣專請閣下到閩會同沈欽差大臣辦理，言歸兩國和好，是所切望。本大臣亦獲剖心吐赤，惟閣下宏度容納焉。如有渠教，敢效駑力，和衷酌辦，以為兩國愈敦和睦之地。謹啟。陽歷六月七日。
噶瑪蘭廳稟報
四月二十三日，有日本人成富清風者，往頭圍縣丞衙門呈驗執照。據稱：同幫四人，坐美國必多船只，欲往蘇澳，于初六日遭風飄至奇萊，船破，被該處生番搶去銀錢。伊坐漁船至此，欲回雞籠，托鄒縣函達，雇夫轎而去。
四月二十五日上諭
軍機大臣密寄，同治十三年四月二十五日奉上諭：李鶴年奏，日本師船已與生番接仗，現籌防范一折。日本并不遵約回兵，已與生番接仗，并擬即日移營進剿，其蓄謀尋隙、意圖占踞，已可概見。該國現到輪船七只，尚有鐵甲船及堅固兵船未到。此時釁端已開，自應先事布置，嚴密設防，以期有備無患。江蘇、廣東沿海各口輪船，前已有旨準歸沈葆楨調遣。李鶴年亦擬添調直隸、江蘇輪船赴閩防范，應需輪船若干只，即著李鴻章、李宗羲、張樹聲、瑞麟、張兆棟如數撥往，以壯聲勢。日本被傷者是否只系數人？至生番有無被殺被傷之人，未據該督奏及。生番既居中國土地，即當一視同仁，不得謂為化外游民，恝置不顧，任其慘遭荼毒。事關海疆安危大計，未可稍涉疏虞，致生后患。著沈葆楨凜遵迭次諭旨，隨時與潘霨籌劃，會同文煜、李鶴年辦理。總當消弭邊釁、預遏詭謀，方為不負委任。李鶴年所籌自強之策，有無把握，是否辦有端倪，不得以空言塞責，致誤事機。將此由六百里密諭沈葆楨、瑞麟、李鴻章、文煜、李宗羲、李鶴年，張樹聲、張兆棟，并傳諭潘霨知之。欽此。遵旨寄信前來。
摘錄枋寮文武探報
二十五日，遣就地土人迅馳來剿各社，安撫各番。一股頭人，即大番目朱雷，隨時邀同二、三股社長，約于二十六日親至日營晤商和約。該日營各給旗式一枝，令其以后不必驚慌，照常進出。番目朱雷等當即領旗回社。
摘錄另紙探報
二十五日，又到輪船一只，聞是花旗國兵船。有日本文武官員、軍兵二、三百人載來。是日，日兵同花旗官十余人往豬朥束探看地勢。時豬朥束社番目，轉邀貓仔社、紹貓貍社、龍灣社、賓仔來社、蚊卒社、猴洞社、加諸來社、莿林隔社、共八社頭人，到日營投降。即賞各頭人紅綾二匹、花巾五條、紅氈二床、耳鉤四對。又給紅旗八面，令每社各豎一技為憑，日兵出入，不赴騷擾。并限各番頭人，每四日到營一次，有無事體，均要通報。又傳各莊頭人到營，選擇辦事四人。車城董煥瓊、新街張光清、統領埔林阿九、保力莊楊阿古。惟田中莊林明國自去投效，日營亦即收用。每人每日工銀一元。各人賞給紅綾二匹、手巾六條，即令代議定雇工辛銀，凡搬運軍火，近則日給銀四角，遠則六角。后林明國定無論近遠，每日三角。
二十六日，雇去土人二、三百人，在龜山搭造兵房。均系木板六柱，上蓋茅草，約六十余所，（每所）五間。其營盤橫直約寬百余丈，以竹圍插。惟沿海一路，并無竹圍。
是夜，扎牡丹社之日兵，被生番銃傷五名，斃命二人。
摘錄委員周有基探報
二十五日，所有姑仔律、龍鑾珠、力索、四林角、快仔社、八之慝、八姑律、小麻里、網卒、麻仔社、加之來等十一社生番頭目，俱到日營投降，并送雞、牛等物；而日營亦給與布疋、刀槍、旗號。尚未降者：牡丹社、中社、爾奈、高士佛、八徭、竹社、射不力社等七處之番。
二十六日，生番莊雙溪林內銃殺日兵二人，受傷者三人。
水師提督李咨臺灣道
四月二十五日，據美國恒領事照會：本領事擋住美國人，不準跟日本人前往臺灣；會同管轄東海提督出示通飭。此公文內有告示數張，請察閱火速寄至臺灣日本營內，俾美國人等知悉。
委員袁聞柝探報
二十七日午刻，駛至〈王喬〉瑯地方，見該處泊有日本國商船一只，運載木料，用本地漁船搬運上岸。又有英國兵船一只到來。實時盤問到此何事，回答查看情形。
卑職旋即邀同周委員、呂管駕乘坐（杉）板上埠。近岸時，日兵數十人將船圍住，見無軍器，亦不問答，立即上岸，直穿日營之東，走過里許，地名新街，有店鋪二十余家。有興隆店主人，系該處頭人，當探情形。問其兵船何往？據云：二十日開去一只，裝生番首級及傷亡日兵回國；二十二日又去二只，開往廈門；今早又去一只，開往后山。問日兵實有多少？據云：約有二千余，現刻分扎三處；在大埔角者二百余人，在瑯〈王喬〉者六百余人，在龜山后者千余人。并載有鐵瓦、鐵柱、木料，欲起蓋兵房。裝來牛、羊、豬、雞牲口甚多。并聞近有加濟犁牡社生番頭人，引帶日兵往八猺社后山扎營。據云該處最關緊要。正詳詢間，見有客民三人奔往該店后房，問是何人，店主即不肯說。以好言誘之，即云系代生番說降而來。瑯〈王喬〉十八社，已降數社，惟龜仔角生番不降日本，愿降紅毛之說。忽然日營來年輕一人，約二十余歲，身穿廣東衣服，口說土音，吩咐店家帶去領旗領令。卑職即問，此人答話，回稱：伊系浙江金華府東陽縣人，姓黃名慶，自幼逃入東洋，現在日營傳教土音。問其營中主將在否？云有先鋒福島在營，余在龜山。即持名片，托其引進拜會。