二十八日，后灣營設席邀請附近各莊頭人。其請單書云：爾等各莊，從來為本軍事竭力多勞，況聞兵丁二人常進莊內擾，討水討火，待之有余，甚為感激；茲于本月十日，即二十八日午時，設備寡酒，請賞，此致。
瑯〈王喬〉探稱：二十七日到輪船一只，內載倭兵四百余名，并米糧、布匹、洋氈、食鹽等件。聞將載病兵一百余名回國。
二十八日申刻，到美國輪船一只，內載倭兵二百余名。
二十八日，瑯〈王喬〉各莊頭人往后灣倭營赴席者，倭營各贈竹扇、白布、紅綾、洋氈一件。
欽差大臣沈葆楨等奏
為遵旨續陳防務，并將近日撫番開路報明仰祈圣鑒事。竊臣于六月十七日，業將臺灣防務情形奏明在案。二十一日，安瀾輪船自省至臺，奉到上月三十日上諭：日本占踞牡丹社一帶，刻下辦理情形若何？該國近日作何舉動？著沈葆楨、文煜、李鶴年、潘霨詳細奏聞，以慰廑系等因。同日飛云輪船自津至臺，奉到六月初五日上諭：臺灣近日情形，著沈葆楨相機妥辦，仍隨時奏聞等因。又奉到初八日上諭：沈葆楨等所奏洋槍隊令其克日起程，羅大春著即渡臺，彭楚漢著赴新任。日本情形，詳悉具奏。各社生番，妥為收撫。吳光亮、劉璈著往臺郡。滬局輪船，著吳大廷督帶駛往各等因。臣等伏讀之下，欽感靡涯。
查南路自王開俊兵扎枋寮之后，倭人戒備益嚴。十二日，倭兵由龜山分扎一棚于三家厝，別有十余人乘船自楓港沿岸至枋寮，測水淺深。十五日，復有輪船一只，載米糧接濟。而我之驛夫赍文赴瑯〈王喬〉者，行至平埔，該倭兵竟阻之，卒由間道旁達。現兵釁未開，臣等只得移書詰其中將西鄉，俾有顧忌。十六日，倭人水野遵入豬朥束、高士佛諸社，聲言索取前年琉球人被戕首級，實躬帶遠鏡，周覽各山。十九日，倭兵自后灣開道上達龜山上頂，楓港之營又欲分出平埔住扎。二十一日，倭通事彭城中平謁瑯〈王喬〉委員周有基，反叩以前日中國所議，柳原前光何以尚無回信？中國四處布兵何意？托為查示。臣等乘其心動，具文勸令回兵，未知其能有照覆否。
民團經張其光同曾元福親行激勵，漸有規模。十五日，委員袁聞柝復帶來番目買遠等五十六名，均加撫諭犒賞，派船送歸。該番目苦求派兵駐防其社，臣等憐其懇切，令袁聞柝招募土勇五百，無事以之開路，有事以之護番，名其軍曰「綏靖」。以連朝臺風猛雨，溪漲淹途，至二十四日始能馳赴招募。張其光之經淡水也，扶里煙六社番目，率百余人迎謁，諭以薙發開山，該番目等亦俱點頭遵照。目前番眾輸誠如此，開禁之事，冀可日起有功。
北路自蘇澳至南風澳山路，據臺灣道夏獻綸稟稱：兩日之內，即便開道。現已進辟岐萊之道。平路以橫寬一丈為準，山蹊以橫寬六尺為準，俾榛莽勿塞，車馬可行。論蘇澳至岐萊，水程只百十余里，而懸流逆浪，舟險異常。陸路二百余里，墜崖峭壁，叢雜盤行，其實在程途，非疏通后雖土人亦難臆度也。
倭人劉穆齋失銀之案，經稅務司好博遜帶當日之駁船戶墨西哥國人啤嚕面質，據述前此倭往岐萊，實為租地蓋屋，已付定銀百八十元，且寄有斧鋸諸物，并許日給引線者辛資十二元。彼族詭謀，數語畢露。該道立飭噶瑪蘭通判洪熙恬、委員張斯桂與好博遜乘船前往。十六日抵岐萊之新城。是處已有居民三百余，遂上岸駐扎。而臺風旋作，輪船不能守候，起椗疾歸。俟風定往迎，方知其實在情形，再行酌辦。
二十二日，提臣羅大春帶印至臺，與臣等熟商，日內即遵旨出鎮臺北。擬撥揚武輪船前往泉州，裝其原部營勇六百人，往赴蘇澳。臺北人心，當更安固。前臺灣道黎兆棠同日自粵至。擬令專司營務，贊勷戎機。臣霨擬即日前往鳳山督練新軍，催集民團，撫綏番社，并飭地方官豫籌客兵薪米，俾免臨時周章。
臣等伏思臺地六、七月間，臺颶時作，瑯〈王喬〉浪涌，難泊輪船，龜山倭營，又當風沖，站腳不穩。儻我陸兵業已厚集，乘此烈風暴雨，一鼓作氣，并力合剿，彼雖有鐵甲船，不得近岸，孤軍援絕，不難盡殲之海隅。此等情形，想亦倭奴所深悉，所以日來情狀，倍見張皇。迨八、九月風浪漸平，彼之輪船必麇集海岸，互為攻援。我之防水較防陸更亟，此時非多備戰船不為功。現在柳原至都，款服與否，尚未可知。臣等夙夜深籌，陸既望淮軍之速至，水又盼鐵甲之遄來，蓋為此耳。茲謹將近日防務及撫番開路情形，合詞輪船遞津，由驛六百里馳奏。
正繕折間，接夏獻綸二十二日稟稱：淡、蘭鄉團業經舉辦。添招練勇亦已成軍。惟新開岐萊山道，須設寮駐勇，后路方無他虞。現復增勇三百人，料匠二百人，隨同入山伐木。自六月十六日起，至二十一日止，已開路九百七十余丈矣。查辦倭人劉穆齋失銀一案，通判洪熙恬、委員張斯桂、李彤恩及稅務司好博遜等，十六日船至花蓮港勘視，以浪大難泊，折回新城，用舢板登岸。是日天氣晴明，風亦不惡，而浪擊沙岸，倒卷而去，小舸幾為所沉，幸土人拖之上岸。晚駐古廟，傳集居人，訊供與啤嚕所述相符。惟倭旗一桿，尚留番社，情愿查明與前給租地定銀一并繳出。其失銀千圓，據啤嚕供稱：聞諸倭人傳述，而土人謂絕無影響，眾口一詞。十七、十八等日，附近社番聞有官至，俱陸續前來。十九日，別有加冬社番目帶子四人叩謁。該員均加慰諭，各欣躍而歸。似招撫一事，尚不棘手。委員張斯桂同藝童將該處地圖連日畫畢，遂于二十一日同好博遜、李彤恩先歸蘇澳，洪熙恬仍留駐新城，候繳收銀旗等因。理合附片陳明，伏乞皇上圣鑒訓示。謹奏。
營官王開俊稟報
據哨弁張謨稟稱：倭人自初三將已故及病丁載回后，刻又故倭副都統一名、部卒七人；現病亦復不少。
委員鄭秉機稟報
初六日，后灣營有琉球人四、五十名，往楓港起蓋兵房。續查初一日所到倭人輪船，內載琉球人一百余名。
瑯〈王喬〉探報：后灣倭營，初六日張貼告示地圖，準初七日在該處操放大炮，通知附近莊民，無須驚恐。
楓港探報：初八日，傀儡社社主不易等到楓港與倭人約和，領旗一面，倭人犒以酒肉布帛。
后灣倭營于六、七、八等日病故倭兵十余名，病故倭官鄭橫田一名。
營官王開俊稟報
初一日，據分駐嘉鹿桐哨弁稟稱：據該圍陳首探報，日人不日要來嘉鹿地方駐營。
初一日午未時，來火輪船三只，至晚仍泊海中，離嘉鹿岸邊約二十余里。百姓均有驚惶之狀。
初三日二更四點，據分駐嘉鹿桐哨弁飛報：現在日人前攻擊嘉鹿桐竹圍，連開數排洋炮，黑夜未知來兵多少。卑職當傳諭各哨弁，飭令各勇丁預備聽候，并密派中哨護勇三十名，躬自督帶前往。而日人業已退回。據哨弁李長興等面稟：二更初，忽聞數聲炮響，哨探之人回營，稱有洋人前來，微見人影行動，不知多少；并海面上亦見小船一只，將次近岸，即飭各勇不許聲張，憑竹圍四面外望，各執器械槍炮以待。日人僅遠放洋炮數排。以我營并無聲息，逾數刻，聽伊類吹胡哨漸次漸遠，知彼已去。
據瑯〈王喬〉哨弁張鴻謨稟稱：初二日，來倭輪船一號，載來兵丁約三、四百人，洋槍六百余桿。聞楓港之扎，非該倭本謀，實土棍王媽守圖利引誘，即驚嘉鹿，亦皆出自彼心。
該倭懸示于十八日開操，即我國之初七日也。并勒令牡丹社交出向殺五十四人骸骨。又欲于沽寮添扎營壘。
前南澳鎮吳移臺灣道
本鎮奉募軍勇，已于七月初四日足數，初七日點驗。即將所募一千名，分為兩營，稱飛虎營左翼、右翼。
七月初五日上諭
軍機大臣密寄，同治十三年七月初五日奉上諭：沈葆楨等奏臺灣南北路防守情形，請飭淮軍迅速來臺一折。日本兵營，麇聚龜山、楓港等處，不時游弋各莊，且有脅迫大鳥萬、千仔帛二社到營說和及在茄鹿塘哨探情事，沈葆楨現飭王開俊由東港進扎枋寮，戴德祥由鳳山填扎東港。潘霨與曾元福等馳赴鳳山招募土勇，激勵鄉團，并于海口要隘催建兵棚，以備淮軍分扎。臺北諸路以夏獻綸所部一營駐扎蘇澳，擬就淡、蘭添募土勇兩營，以厚兵力，并開通山路，即可分移岐萊各屬墾荒。布置尚屬周妥。即著沈葆楨飭令派出各軍認真防守，毋稍疏虞。并令潘霨將生番各社，設法招徠，俾為我用。
倭人雇墨西哥國船只被搶傷一案，并著沈葆楨、文煜、李鶴年、王凱泰飭令夏獻綸速行辦結；仍一面招撫岐萊各處生番，剴切曉諭，毋為倭人利誘，墮其術中。
省城各路海防，文煜等當嚴密布置。現在濟安等輪船次第駛回，臺灣南北防務，略有端倪，沈葆楨等惟當慎密防維，固不可掉以輕心，亦不宜冒昧從事，總期審度機宜，悉心籌劃，以副委任。
唐定奎所部徐州洋槍隊十三營，現在曾否起程？著李鴻章、李宗羲、張樹聲飭令該提督迅速赴臺，以資得力。將此由六百里密諭沈葆楨、李鴻章、文煜、李宗羲、李鶴年、張樹聲、王凱泰，并傳諭潘霨知之，欽此。遵旨寄信前來。
委員鄭秉機稟報
據楓港莊民林發報稱：倭人前經著人往大龜文社招和領旗，該番等不從。十二日，刺桐腳莊民陳文進等到楓港倭營，慫恿攻打大龜文各社。倭人許以五日內帶兵由刺桐腳取路前往攻擊。
十二、三等日，倭兵于龜山腳添蓋兵房十余間。又后灣營連日采買竹茅甚多。
近日倭兵死者甚眾。每日死者數人。十三日，病故倭官林宗正一名。十六日未刻，楓港營撥兵四十余名，乘船到刺桐腳。十七日卯刻，又撥二十余名，由路到刺桐腳。現在散處該莊民房，聲言要進內山攻擊大龜文社。
十五日，到輪船一號，于十七日酉刻載患病倭兵一百余名回國。
十七夜，瑯〈王喬〉到輪船一只，內載倭兵二百余名。
鳳山縣孫繼祖稟
據瑯〈王喬〉通事張占先稟稱：飭查追琉球人首級四十四顆，已于本月十六日使土民賴加禮、陳阿三、楊阿二等到加之來社向社主朱雷取討。該社主已如數照繳賴加禮送交日營。
臺灣道夏稟省憲
陸路提督羅于十三日馳抵蘇澳，其所部六百人，亦已到防。職道當將撫番開路等事，逐一交代，即率所部參將李學祥一營，于十八日乘坐輪船，順由雞籠、滬尾回郡。
臺灣府詳報
淮軍初起，于七月十四日齊由澎湖開抵旗后。
七月十六日上諭
軍機大臣密寄，同治十三年七月十六日奉上諭：沈葆楨等奏，續陳防務暨撫番開路情形，并查辦倭人失銀案各折片。日本兵船，仍在龜山等處相持，日久尚未退兵。現在羅大春、黎兆棠均已到臺。沈葆楨已飭張其光等開通山路。潘霨亦前往鳳山督練新軍，催集民團，撫綏番社，并飭地方官豫籌客兵薪米。各省輪船，陸續馳回。唐定奎一軍，不日亦可趕到。刻下臺颶時作，瑯〈王喬〉難泊輪船，龜山倭營又當風沖，彼族正在進退維谷之際，著沈葆楨、文煜、李鶴年、王凱泰、潘霨酌度情形，審慎籌劃，能使倭船迅離臺境，則諸務皆易為力。柳原前光在都，經總理各國事務衙門王大臣與之剴切辯論，該使臣語意支吾，尚未就緒。沈葆楨等務宜乘此兵釁未開，速為布置，一面撫馭番眾，一面厚集兵力，俾壯聲威。所有商購船械等事，是否已有端緒？著即迅速籌辦，毋失機宜。倭人劉穆齋失銀一案，并著飭令夏獻綸迅行辦結，毋令彼族狡展，借故耽延。將此由六百里密諭沈葆楨、文煜、李鶴年、王凱泰，并傳諭潘霨知之，欽此。遵旨寄信前來。
欽差大臣沈葆楨等會奏
為倭備日增，倭情漸怯，亟宜迸力防務，以伐戒心，謹將近日情形，恭折續陳，仰祈圣鑒事。竊臣等十六日、二十八日將撫番開路情形奏明在案。七月初一日，振威輪船自省至，奉到六月十二日上諭：唐定奎所部步隊六千五百人，由徐拔赴瓜州口，分起航海渡臺，聽候沈葆楨調遣，所需月餉、軍裝、火藥等項，仍著源源籌撥，毋任稍有缺乏。日本近日情形如何？著沈葆楨等隨時確探，并將應行豫備事宜妥畫，即行奏聞等因。同日萬年清輪船自津回，奉到六月二十日上諭：日本意存覬覦，悍不旋師，亟應厚集兵力，益嚴儆備。澎湖守備空虛，現添募勇丁一營，是否足資捍御？務當布置嚴密。日本遣人往勾卑南社番，沈葆楨等應如何聯絡番眾，俾不為彼族所煽惑，務宜設法妥辦等因。仰見宸算周詳，莫名欽服。
倭營之在后灣、楓港者，日以蓋兵房、掘濠溝、豎竹圍為事。其士卒則令之練習洋槍、洋炮。六月二十八日，營中設席邀請近村民人，好言撫慰，且分給綾、布、氈、扇等物。連日到輪船三號，裝倭兵六百余及米糧、槍炮、洋氈、杉板等物。另有琉球人百余，則皆工役，非兵也。其死者剖腹實以鹽與樟腦，殮以木桶，并病兵百余，上船陸續馳駛歸。雖巧飭增灶之形，實僅補死亡之額。偽示整暇，勉強支持。據游擊王開俊稟稱：初三夜二更四點，有倭兵到茄鹿塘，向竹圍遙開空槍數排，且有小船載兵，將次近岸。哨弁李長興密飭兵勇潛伏圍內，遵令無嘩，俟其近圍，方準施放槍炮。彼見我寂然久之，知哄嚇不動，遂斂隊而退。初九日，有在倭營之美國人日格塞爾者，帶倭人六、七名到郡，來訪我之洋將斯恭塞格，反叩以柳原到京，所議若何？中國調兵何意？斯恭塞格據公法答之。且告以李讓禮被廈門恒領事拿解往滬。日格塞爾微覺神沮而去。然臣等聞李讓禮為廈領事所擒，又為滬領事所釋，雖信否未可知，究一李讓禮之去來，何關大局？我若可以自信，彼亦無所能為。