適高杰兵擾揚州，士民奔避江南，奸民乘機剽敓；廷議以先生嘗按吳、有威望，遂推往宣諭。初八日，命下；次日，行。抵句容，聞吳城晝閉；先生露布郡邑，言「國已有長君，今奉命安撫」。吳人聞先生復臨，皆驚喜相告。時天久不雨，先生至，即步禱赤日中，雨大沛；人呼為「軍門雨」。抵京口，即設先帝后位，集紳士哭臨；并以「江北固守，中原無寇」播告所屬，出見難民，多方安輯。次日，大集郡人，遍詢地方疾苦，釋獄囚之可矜者數十人。至丹陽，宣詔，首舉忠孝大義；且榜于途曰：『叛逆不可名，忠義不可矜；有借鋤逆以逞私怨、借勤王以聚匪徒者，法必誅，毋赦』！時械亂民至，立斬三人。抵宜興，士民焚香迎數十里，先生停車慰勞之。入縣，梟逆奴數人以徇。所至宣布赦文，甄別有司賢否；于是諸邑倡亂者皆斂跡。

王既稱號后，遷先生大理寺丞，擢右僉都御史，轉蘇松督。疏辭，請終安撫事；遂巡撫江南。及抵蘇州，合屬迎謁；首以「忘身乃保身、忘家乃保家」二語諭之。蘇州諸生以其鄉少詹事項煜等從賊，作檄致討；奸民和之，焚劫煜與大理寺正錢位坤、通政司參議宋學禮、禮部員外郎湯有慶四家，蕩洗無遺。先生置首亂者于法。常熟亂民亦以時敏從賊，焚毀其三代四棺之未葬者；先生斬三人、鞭死數人，亂始定。因上言請將從逆諸臣議罪，使士庶無所藉口，則焚掠之徒可加等治；王允其請。嘉定令恃虛名狂恣，遽斥之；松江別駕朱某貪縱，庭褫其冠，禁之獄：人大快。嘉定華生拷奴酷，遂激變；各大姓奴同時起，縛主杖之，踞坐索身券，或殺、或辱。所至數萬人，百里內如沸。先生密發標兵，授蘇道方略，悉擒之，斬兇首數十人，磔尸；令曰：『故主乞哀者貸死』！于是諸奴親屬皆膝行搏顙主庭，愿納券，服役如初。

六月二十三日，抵蘇松巡撫任。疏言：『國難方張，賊仇未復；皇上為乾坤再造之主，微臣有股肱三輔之任。以地形，則負海枕江；以民力，則三空四盡；以習俗，則士囂民頑；以吏治，則文恬武嬉：整頓最難，補苴無策。臣于此不敢自有其身家，惟與士民共身家；不敢自有其性命，惟與將吏共性命。夫身家尚不自有，又何有貨賄！性命尚不自有，又何有情面！此臣剖心瀝血之誠，可矢諸天日者也。惟是賦才既庸，具識復闇；軍旅未習，學問未深。共濟必藉夫賢才，固圉必資其勁旅；凡請補將吏、調濟軍需，自當勉圖其所急，要非舊貫之可拘。倘不稍寬文法，恐難轉布微誠；如掣肘之未除，縱鞠躬而無補。伏乞言無微而不收，事有呼而必應；庶涓埃可效，而駑力可勉也』。疏入，識者以為切中當時情事。

有吳遵者，謀不軌，禁之縣獄；每言愿見先生，有所陳而死；為先生所拒，不得見，則以吳昌時往來密札，令其子獻之朝。先生命縣令索毀之，曰：『吾不為已甚也』。

二十八日，出誓師，以上下名分激勵將帥；每一出語，涕淚橫流，將士呼聲動地。召募兵勇，中上格者為沖鋒兵，得百人；次為選鋒標兵，得五百人；有絕力而知兵法者拔為親將，得二十人：一時壁壘為南兵之冠。

詔設廠衛緝事官，先生上言：『洪武初，官民有犯，或收系錦衣衛，當事者因非法凌虐；高皇帝乃于二十年焚其刑具，送囚刑部：是祖制原無詔獄也。后乃以羅織為事，雖朝廷爪牙，實權奸鷹狗；舉朝盡知其枉，而法司無敢雪。慘酷等來、周，平反無徐、杜：此詔獄之弊也。洪武十五年，改儀鑾司為錦衣衛，專掌直駕等事，未嘗令緝事也。永樂間，詔立東廠，始開告密門。無籍兇徒，投為廝役。赤手鉅萬，飛誣遍及；善良招承，出于私拷：怨憤滿乎京畿。欲絕苞苴，而苞苴彌盛；欲清奸宄，而奸宄益多：此緝事之弊也。若夫刑不上大夫，祖宗忠厚立國之本。及逆瑾用事，始去衣受杖；刑章不歸司敗，撲責多及直臣。本無可殺之罪，乃蒙必死之刑；血濺玉堦、肉飛金陛，班行削色，氣短神搖。即恤錄隨頒，已魂驚骨散矣！朝廷徒受愎諫之名，天下反歸忠直之譽：此廷杖之弊也』。疏奏，大學士姜曰廣擬俞旨，群奄共撓之；曰廣抗疏力爭曰：『緝事不除，宗社且不可知，何廠衛之有』！乃命改歸五城御史隨時體訪。

督輔史公可法部將陳可立、劉肇基、張應夢、于永綬駐京口，浙江入衛都司黃之奎亦部水陸兵三、四千戍其地。之奎馭軍嚴；四將兵恣橫，刃傷民，浙兵縛而投之江，遂有隙。已而守備李大開統浙兵斫鎮兵馬，鎮兵遂與相擊，射殺大開；亂兵大焚掠，死者四百人，民財罄盡。先生疾至，而永綬等已遁去。先生劾治四將罪，有旨命四將赴可法軍前聽核；不能罪也。先生行視被難家，賙恤備至；民咸悅。四鎮欲寄家江南、開藩江北，以地富饒，且可避北騎。先生至京口，調諸路防兵，撫臺浙潰卒；每撤輿從，雜諸將中閱地方要害，沿口百里周設營寨，旬日軍聲大振。四鎮憚先生威，以書通問。先生報書，感以大義；自是，無一卒渡江內擾者。

初，興平兵攫丹陽市錢，浙兵勤王者不平，斗而傷，軍民大噪，城閉。先生率所募軍馳至，斬興平兵。興平伯高杰方據瓜洲，最號跋扈；夙憚先生威。至是，忌之；揚言且移兵丹陽以哃先生。先生卻以牒，復約會杰于大觀樓；樓在瓜步，杰謂先生必不至。至期，風雨大作，杰笑曰：『祁撫不至有辭矣』！頃之，先生從隔江揚帆破浪，頃刻達岸，撾鼓入。杰聞之，大駭；衷甲出迎。及門，見先生角巾單衣，攜胥、隸各一人；又大喜，遽揮衛士去，勞且拜，坐語久之。先生披肝膈，勉以忠義，共獎王室；杰嘆曰：『公鉅人也！杰閱人多矣；如公，杰甘為死！公一日在吳，杰一日遵公約』。因指江誓曰：『敢越尺寸以溷公者，有如此江』！亟呼置酒；先生以國變辭，遂共飯而別。初，先生將行，或謀伏兵金山、或謀以勇士充胥吏為備；先生并笑謝焉。

嘗設笥于轅門，書曰：『直言規本院者，投左笥；悉心議利弊者，投右笥』。日收數十通，摘可采者匯為書。尤喜招禮賢士，于署左設館；客至，起居、服膳悉以官董之。疏言：『三吳財賦甲天下，紛絲縷結。自先臣周忱創立平米法，歸并雜項名目，百姓便之。此后再造「經賦冊」、「賦役全書」皆因其法，而酌斟捐益，最為詳明。近則舞文去籍，侵侔萬端。其弊在稅徭增減，官民不相聞、上下不相曉；奸胥恣其侵欺，頑戶因而拖欠。況今西北陷沒，財賦皆取給東南，供輸非舊貫可守。如一起解也，有改北為南者、改本為折者；一存留也，有改設取為額派者、改東府為西府者。且或蠲、或減、或加、或裁，種種多緒。舊兵、新兵額餉，尤須早計。其要在定「經賦冊」、編「易知單」，然非專官開局，不能清整。臣請委官設局，取四府賦役、會計等冊，為綱為目、為經為緯，一切責成裁定，刊刻成書；再請本地賢臣共相講求，必圖至當。臣非不樂因循、好為多事，誠以琴瑟不調，必解弦而更張；則此地此時，有必不容已者也』。王覽疏，遽報可。

十二月，先生引疾歸。撫吳半載，軍務倥傯；日則延見將吏、夜則批閱公牘，漏下三十刻方就寢，未明即起。每不暇食，食亦不時。當監國時，先生嘗薦用吳公甡；后吳撫晉，發巡方張孫振貪墨，坐辟。及寇變，張逃至南都，夤入臺班，憾吳并及先生。阮大鉞，閹黨也；諸生顧杲嘗為文斥之走。先生聘杲入禮賢館，阮亦銜之。劉公念臺嘗疏參馬士英，馬以先生為劉同里，交契且久，寓丹陽，因疑先生實與聞；撫吳又無所遺賂，嗾其私人朱統〈金奧〉疏糾先生。而丹徒張捷居里時，恨先生接待之疏；時方為吏部，與孫振并希指誣劾先生阻登極議、貳于潞藩。適先生疏革廠衛，諸奸又慫恿宗室無賴疏斥先生謀蔽耳目。先生皆不與辨，引疾愈力，且疏辭定策功所陞都察院右副都御史；得旨：『回籍調理』——實十二月十五日也。行李蕭然，將士號泣攀挽，幾不得行。二十一日，至浙，過家門不入；拏小舟，見兄季超于云門山舍。除夕，始還。