上命軍機大臣傳諭常青、徐嗣曾曰：常青辦理此事，初時未免稍涉矜張，嗣據該督等節次奏到，調度進剿各事宜，辦理漸有主見。至所獲匪犯，朕意本欲令其解京，今該督于獲犯審明后，即請解京審辦，并鎮靜辦理各事宜，皆與朕意適合。不意常青竟能如此，甚屬可嘉！至嚴煙籍隸漳州，不難即時擒獲。并著常青于拿獲該犯后，一并妥速解京。前因該處善后事宜要緊，恐常青究系初任，因思李侍堯外任有年，較為諳練，是以降旨調任，令其前往辦理。此時，該督惟應督率弁兵于應行辦理之事，悉心調度，以期迅速蕆事。朕必加恩、加獎，更不必以調任縈心，稍存疑畏，轉于剿捕無益。現在，黃士簡、任承恩，自必已到臺灣，厚集兵勢，合力剿捕，賊匪自無難立就殲滅，一得捷音，迅速馳奏。
上又命軍機大臣傳諭孫士毅曰：臺灣逆匪倡立會名，戕官占城，實屬罪大惡極。至所供起會根由，系和尚洪二房，并姓朱的，俱是廣東人。朱姓年祗十五、六歲，何能糾眾匪徒？興起會名？輒敢有謀叛等事?？旨聪岛槎恳栏街煨彰浚瑥闹猩空T；又如從前朱一貴謀逆情事，皆未可定，不可不嚴行根究。著孫士毅查明后溪鳳花亭，究在何府州縣？即將和尚洪二房并朱姓嚴密跴緝，迅速查拿。一經緝獲到案，訊得確情，即一并派委妥干員役迅速解京，歸案審辦。并著飭令沿途地方，一體小心押送，毋得稍有疏虞。
同日，汀州鎮總兵普吉保奏言：前接撫臣來咨酌調汀州、邵武官兵，前赴汀州府屬之永定、上杭二縣駐扎，聽候進剿。即于汀標三營派撥兵丁五百名，自汀起行；一面飛調邵武都司定柱帶兵三百名，駐扎上杭。臣亦前抵永定彈壓。督臣調臣赴泉，密商機務，隨即日起身。途次復接督臣來文，鳳山縣亦被賊匪攻陷，望救孔急，飛調臣統領建寧、延平二處兵丁一千名、水師提標兵六百名，由廈門配船飛渡鹿耳門進剿。臣于正月初三日到泉。查延、建官兵尚未到，隨與督臣面商，臺郡現在危急，不可稍待，臣即于初四日由泉星馳赴廈，將水提標兵六百名，先行配船飛渡。其延、建官兵，飛催接續赴廈渡臺，統領合剿。奏入，報聞。
二十一日（庚寅），上命軍機大臣傳諭李侍堯曰：臺灣地方，自康熙年間始隸版圖，因遠隔海洋，該處府廳各縣，俱未建立城垣。后經朱一貴聚眾滋事，平定后，總督滿保曾議建城。惟時以地處海外，無城雖難于防守，然失之易、復之亦易，是以未經建立，以節煩費。但該處久成郡縣，與內地無異，而城圍尚相沿用竹、木編插，不足以垂久遠。且此次林爽文糾眾猝起，縣城遂被砍破，究由〈艸〈束刂〉〉竹不能防御所致。朕意，與其失之復取，既煩我兵力，又駭眾聽聞，何如有城可守而勿失，更為有備無虞乎！況方今國帑充盈，該處郡城廳縣不過五處，即建立城垣，動用不過百萬，何惜而不為？至建立城垣，該處可立窯座，或用外磚內土之法；如窯座不便，該處遍地皆山，即開采石料以代磚工，更為鞏固。著李侍堯于臺匪蕩平之后，詳細熟商歸入善后事宜案內，一并妥議；勘估繪圖具奏。
上又命軍機大臣傳諭劉長麟、閔鶚元、瑯玕、徐嗣曾曰：高文麟等，系臺匪案內領受偽職要犯，必須解京嚴行究訊，盡法懲治。著沿途各督撫于該犯等到境時，務須遴委妥員，多派兵役，小心防范，迅速解京，毋致中途稍有疏虞，致干咎戾。
二十二日（辛卯），徐嗣曾奏言：準督臣咨商，將臣預調之延、建兵一千名，及督臣續調福寧各鎮營兵一千名，俱令由陸路赴廈，徑進鹿耳門，為提臣黃仕簡一路接應。俱經陸續到廈?？偙聣验嘤谑露辗叛?。副將徐鼎士等于十二月二十二日自南臺下船至閩安，屢次放洋，俱被風阻。臣于初八日親赴督催，該副將等已先于初七日放洋。臣親至五虎門了望一帶洋面，并無船只停擱。閩安等處，地方緊要，臣即順道將沿海各口岸逐一履看。其汛兵單少之處，先經臣于省標內派兵二百名，前赴增駐，以資截拿?，F在巡防甚為嚴密。昨據興泉道萬鐘杰稟報：『差探，賊分南北二路攻犯臺灣郡城，適澎湖游擊蔡攀龍領兵到臺，自十八、九至二十二，連日打仗得勝。二十五日夜，賊自北路來攻。柴大紀督同護安平協林光玉等，施放大炮，賊俱退避』等語。茲提臣黃仕簡、任承恩各路官兵，先后抵臺，烏合之眾，自必立就撲滅。特剿捕之時，若逃入臺地內山，官兵長圍攻逼，搜拿不患不凈。惟海洋瞬息千里，倘賊匪竄逸內渡，或恐漏網。現已飛咨水陸提臣及領兵鎮將，一面剿殺賊匪，一面即于沿?！淬吡x〉港搜拿賊船，先行燒沉凈盡，預絕其遠揚之路。而漳州一屬，系賊匪原籍，誠慮有勾串連結情事。臣密札該道朱元會知府黃彬，不動聲色，妥為防范。復會同督臣出示曉諭，以賊匪雖系漳人，其在臺滋事，與原籍親屬毫無干涉。惟藏頓隱匿，例應同罪；將來賊匪潛逃回籍，即捕獲首報！并懸賞格，剴切曉諭。至渡臺官兵，配坐戰船之外，需用商船，皆系原價雇備。應給兵糧，亦皆動碾倉谷。惟漳、泉一帶民食，素資臺米，今商販不繼，恐致糧價稍昂，現在設法招商運赴下游糶濟。其過兵處所，俱飭令大員妥為經理，并無絲毫擾累民間。體訪輿情，各俱安貼。奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、常青、徐嗣曾曰：地方偶有聚眾滋事之處，總督既經前往，巡撫自當在省鎮靜，不應輕離會城，以致人心疑駭。昨孫士毅奏，親赴潮州彈壓；今徐嗣曾復有前往閩安之奏。惟知出力急公，而不權事體之輕重緩急，朕并不嘉其不辭勞苦，轉為朕所鄙矣。此時各路官兵，自早已分頭會剿，賊匪無難立就殲滅。惟竄匿賊黨，恐有逃至內地者，當于各?？诓粍勇暽瑖佬蟹婪督啬?。此則徐嗣曾應辦之事，該撫務督飭所屬嚴行妥辦，不可張皇疏忽。如得有剿賊情形信息，仍著由驛迅速具奏。
二十三日（壬辰），南澳鎮總兵陸廷柱奏言：前準福建提臣黃仕簡札，酌派南澳左營兵丁，預備調用。隨即就每營飭挑備戰兵丁各三百名，預備調遣應援。嗣又準兩廣總督札，將先派水師一千名帶領，竟由陸路直抵廈門，聽候閩浙總督調遣等因。隨即檄調署澄海協就近抵澳，彈壓地方。并飛飭各官兵星夜兼程赴廈。臣即于初六日戌時，登舟渡海，前往廈門聽候調遣。奏入，報聞。
二十四日（癸巳），孫士毅奏言：途次接準閩省咨會，令粵省派兵二、三千名，于本省交界處所駐扎，預備征調。臣思水師一項，若待征調始行就道，恐海洋風信靡常，守候稽延。是以，擬將派定附近潮州之水師兵一千名，先委將弁統領，徑由閩省詔安縣陸路，前抵廈門，聽候閩浙督臣常青調遣。此外，水師五百名、陸路一千五百名，照依閩省來咨，調集交界地方，俟有征調，再行起程。至碣石鎮標水師五百名、南澳右營及澄海、海門水師五百名，分起接續前進。署提臣彭承堯、護惠潮道顧聲雷，已于正月初八日，先赴黃岡地方稽查彈壓。臣即于正月初九日，親赴閩粵交界處，督率照料，點送出境。按照兵數，每名令其裹帶一月口糧，以備緩急應用。其水師一千名，應得出兵分例，臣于藩庫內支項酌給，統俟蕆事后，照例核實報銷。此外，現在交界處等候之水陸兵二千名，尚未赴閩，每日給以口糧；其應得出兵分例，暫緩給領。再，臣風聞有福建興化、泉州及廣東潮州之在臺貿易客民，聚眾數千人，隨同官兵奮力拒賊，彼此互有殺傷等因。臣既乘機出示剴切曉諭潮民，俾知感動。仍暗加密訪，如有潮屬民人在臺入伙從逆，究出姓名，即與叛逆奸匪一律從嚴辦理。緣潮郡民人，在臺貿易者頗多，如此分別良歹，明示勸懲，庶幾將來知所趨向。并俟兵事略蕆，臣即咨會閩省督撫分晰查明，移知粵省辦理。再，臣派撥南澳各營水師兵一千名，先赴廈門，聽候調遣。署提臣彭承堯咨商，請以南澳鎮總兵陸廷柱統領前往；臣以南澳緊接臺灣，地方緊要，該鎮未便遠離，是以飛調左翼鎮李化龍領兵，仍令陸廷柱留營督率防范。茲接該鎮陸廷柱呈報，先已稟知閩浙督臣，自愿赴臺剿賊；復準署提臣彭承堯咨調領兵之文，即于正月初六日馳赴廈門聽調等語。是該鎮未接改委文行，一聞調派，星速起程，尚屬勇往。且該鎮曾任臺灣，彼處情形熟悉，軍營多一得力之人，更為有益。南澳營務，現有署澄海協廖光宇前往代理。臣與署提臣往來潮州、黃岡、澄海等處，距南澳不遠，足資彈壓。奏入。
上命軍機大臣傳諭孫士毅、常青、李侍堯、李世杰、徐嗣曾、瑯玕曰：閱孫士毅摺內，接準閩省咨會，原不過令其預備，何嘗有征調之語。乃該督不揆事理輕重，率行派委將弁，紛紛帶兵即赴廈門。實屬非是。辦一烏魯匪犯，遽行令廣東、浙江、江南等省，紛紛征調，成何事體！外省習氣，非失之懈弛，即過于矜張。偶遇地方此等事件，率奏請親往，以見其急公勉力，為站腳地步。全不計事體之緩急輕重，及騷動地方，甚無謂也。試思粵省巡撫現未回任，該督又遠赴潮州，海疆重地，關系緊要，茭塘沙灣附近省垣，該督如此辦理張皇，萬一有一、二奸匪乘勢鼓動，又將何以應之乎！孫士毅接奉前旨，即星速回駐省城。其所派水師一千名、既已起身，聽閩省督提調遣；若事已定，即令撤回。其續派之兵，俱著撤回本營?？傄枣傡o地方，安戢人心為要。
臣等謹按奸民倡亂之初，若地方大吏稍涉張皇，百姓易生疑懼，或恐別滋事端?；噬险佌伕嬲]，屢諭督撫提鎮等，不動聲色，處以鎮靜，俾良善自安。所由軍行之際，闔境安堵無驚，洵緩戢之至計也。
二十五日（甲午），常青奏言：官兵出口，屢被風阻收泊各澳。茲據報：黃仕簡于十二月二十八日放洋，由鹿耳門前進。任承恩于正月初四日放洋，由鹿仔港前進。其由閩安出口之總兵郝壯猷及副將徐鼎士等，亦因風汛不順，迄今并無抵淡水信息。現在福寧延建各兵，亦俱接踵繼進。臣并令調來之汀州鎮總兵普吉保，添帶水師兵六百名，由廈門出口。并準兩廣督臣孫士毅派撥粵兵一千名到廈，協同進剿，兵力已屬厚集。計此時，兩督臣亦自必到臺，分路攻剿。至臺郡情形，接據探差稟報，自十二月十八、十九至二十日等日，賊人往犯郡城，經柴大紀同澎湖游擊蔡攀龍等，帶兵打仗，屢加殲戮。城內聚集義民鄉勇，協同抵敵；義民并不受值，鄉勇日給錢文，人心甚固，可保無虞。其鹿仔港一路，已據署守備陳邦光率同泉、粵義民殺退賊人，協力固守。又淡水、新莊之艋舺一帶，亦經署都司易連召募義民，共相保護。官兵到日，義民響應，自必倍加奮勇，即可剪除凈盡。至內地各境，俱皆寧謐。其余沿?？诎叮瑖里單奈鋯T弁實力巡查；已據漳浦縣羅澤坤稟報，盤獲匪犯陳樵一名，現在飭提確究。再查彰化縣俞峻，系上年十月甫經抵任，實因緝拿賊匪，致被狀害，并無別項劣蹟。奏入，報聞。