三十七年正月，倭仍連艘環泊梅花、定海等處，戕殺男女，備極慘毒。所掠富家兒，揭名于路，令以數百金行贖則放還。沿海廬舍，焚燎一空，春燕歸，巢于林木。
三月，詔錦衣衛官校逮系巡撫福建右副都御史阮鶚赴京，以言官劾其刮民間金帛賂賊故也。阮自浙參政超拜其地巡撫，尋移鎮閩，實意不在兵，未一年所費閩庫銀六十余萬。
夏四月，閩各縣李樹上生桃，福清縣有豬蛻彀色如丹。
四月，倭蹂連江，逾北嶺，復逼會城，轉攻福清縣，陷之。執知縣葉宗文，劫庫獄，殺虜男女無算，焚官民廨舍一空，訓導郭中涵、舉人陳見死焉。
三十八年，倭由福寧寇福州，城門晝閉，遂掠近郊，陷永福而遁，義士謝介夫戰死。介夫，長樂人，故吏也，好勇喜俠，前歲倭屯城南門外，日暮酒酣，皆投戈熟寢。介夫結死士欲夜襲其營，阮巡撫意在和倭，乃痛箠之。介夫既挫，村野居民雖得賊首級，無敢報矣。阮巡撫逮去，有司復遣介夫追賊，竟為所殺。時有福清夏叔慎亦戰死。
五月，倭攻福清，巡按御史樊獻科劾巡撫都御史王詢、參將黎鵬舉失律，奪俸抵罪有差。
三十九年，倭舟尚屯沿海，劉巡撫燾下令大開城門，往來不禁，親率兵追賊于閩安鎮。劉精騎射，家蓄健兒數十輩，俱習戰。賊素懾其威名，遁去。
四十年，倭寇泉州，分其黨圍福清。廣兵王鳳等作亂，自江西渡關，欲乘虛窺福州，至茶洋，聞有備，不敢下，劉巡撫單騎諭之，還所虜男女七百余人。
四十一年正月朔，地震有聲。三月，三衛軍郭天養等作亂。先時，巡撫囗震得遣兵往古田山寇，通判彭登瀛與指揮王毫爭禮不相得，師旋無功。彭通判委罪于指揮，巡撫怒，斬隊長四人。三衛軍因閱校場，大嘩，侮辱監軍副使汪道昆，圍之，自旦至暮。馬侍郎森、陳參政元珂出諭乃定。
八月，倭攻福清，圍未解，游巡撫告急于浙江，總督胡宗憲遣戚參將繼光率戴都司沖霄、把總胡守仁等兵萬人，由間道趨閩。戚御兵有律，所過秋毫無犯。福清民大悅，家具簟食餉兵，人屯于城，夜半出擊賊，斬首千余級。賊退屯牛田，泥涂數里，以官軍不能至。繼光忽下命人負草一束，將領不知所為，明晨疾馳賊營，以草填地。賊愕，奔遁，赴逕江，死者萬計。
十月，衛軍郭天養等再作亂。以藩司勾算月糧，眾噪聚鼓樓前，公署皆閉。天養等益驕，突入龔祭酒用卿家，斧其柱。莆田黃侍郎太用新構將軍山居，毀之。馬侍郎森復出諭，乃散。
四十二年，大將戚繼光大破賊于興化。既解其圍，遂分別將趨福州，合擊長樂賊，破之，斬首二百余級。倭屯海上者盡遁，殘寇五百，由北嶺窺會城，千總胡世兵驅之，多赴海死。先時，倭為閩患累年，華亭徐相公憂之，薦劉巡撫，又不合于嚴相，病免，閩亂益滋。山寇起，衛兵驕，人情洶洶，莫保其生。至是徐相得專政柄，適倭陷莆，乃與兵部楊尚書博，謀超拜譚參政綸為御史大夫，又以巡按福建御史李邦珍屢薦戚繼光戰功，用為總兵，發南京庫帑二十二萬兩助餉。譚巡撫至，以戚麾下千人自衛，始申法令。時糧儲為戚囗囗召亂軍郭天養囗之，三衛股栗。山海諸寇，遣諸將以次討平。由是流亡復業，閩人始甘食其土矣。故議者謂勘定禍亂，雖諸將戮力，若非仰賴世皇帝之知人善任，其成功未必若是之速也。蓋真所謂：“其備不在邊疆，而在囗朝廷”云。
四十五年正月朔日，地震。
隆慶元年，詔蠲福州府逋稅。
萬歷二年八月，晝暝，空中有聲如雷，地大震，方山巨石墜于田。
五年，巡撫龐尚鵬奏蠲福州府軍餉未輸者數萬兩。
六年五月，大水，侯官、懷安稼損十之八。是秋大旱。
七年正月，丈量官民田畝。先是升平日久，田畝沖崩及里胥飛灑，各縣浮糧難以數計。巡撫劉思問奏請丈量，報可，乃沿丘履畝，逐一清丈。然奸猾舞文，其害尤甚。不過取足原額而已，閻閭之病未廖也。
三月，裁懷安縣，并入侯官縣。
六月，新作貢院成。六年，給事中蕭崇業冊封琉球，暫為使館，家人弗戒，毀于火。至是重建東西號舍，始改砌以磚。
十八年正月，不雨至八月。
十九年夏，大旱。
二十年三月二十五日，有星隕于閩縣東南者三。
二十一年，閩縣知縣王仰為家奴毒死，仰子廷試手殺家奴三人于城隍廟。
二十二年二月，不雨至夏五月，谷涌貴，饑民大噪，掠劫城中，越三月乃定。先是歲比不登，至三四月間，斗米百錢。倉有備賑谷數萬石，知府何繼高執以先經報部，不肯發，而巡撫許孚遠又下令抑民短價和糴。東門李章以賣米為活，有陳七者向李求糴，勒從短價，李與爭，遂至相毆，觀者塞道。李家素饒，饑民乘機盡掠之。巡撫遣坐營古應科往諭，不聽。是夜，無賴嘯聚群集，首攻仙塔許家，去軍門僅數武，喧聲如雷。巡撫驚縮，莫敢問也。一夕遂連掠十數家。明日，布政使管大勛、兵備僉事張喬松出道上，見眾洶洶，相顧倉皇，力求撫院寬其討。于是眾益肆，而鄧三、吳和尚等跳梁無忌，通國之戶晝閉矣。越三日，亂未已，始部浙江巡城中，縛行劫者馘以徇，仍發倉廩，眾乃安戢。后巡撫金學曾至，奉旨斬鄧三等于市。
二十七年，督礦稅太監高宷至。
二十九年八月，九仙山新臺毀。初，內使建臺于九仙山之巔及烏石山之麓，形家以為非宜，后諸生以關路毀其亭，尋復建。三十九年，撫院丁囗言之內使，遂撤去。
三十年七月，颶風作，長樂渡舟覆，溺死三十余人。
八月二十五日夜，長星亙天，頭大紅色，尾尖白色。
三十二年十一月初九日，地大震，有聲。時方夜，動搖不止，屋若將傾，人爭驚避，墻垣多頹塌，江浙之震皆然。
三十四年八月初七日，大風，陽岐江五舟并覆，溺死千余人。是時，興、泉、漳三郡生儒就試，不得入，急欲發舟，舟人止之，不從，中流起風，五舟俱覆，乃訛以為峽江，誤也。
三十六年夏五月，大饑。時連年荒旱，巡撫徐公學聚給引招商，聽其興販。于是商賈轉運，鱗集江干。谷價雖騰，民鮮饑色。故江淮蘇松之米浮海入閩，自徐公始也。民受其賜大矣。
秋九月，閩縣鼓山石崩，有聲如雷。
冬十一月二十二日，東門守門軍蘇九郎妻鄭氏一產二男二女。
十二月十七日已時，布政司火藥庫火。庫四旁皆隙地，鎖扃甚嚴，中有佛狼機大銃數門，忽火自內出，奔突沖擊，人皆驚仆，滿城屋瓦盡震。
三十七年五月二十六日，大水入城。本年五月二十四日，建寧蛟水發，沖壞城郭，漂流廬舍，壓溺男女以數萬計。是日，延平之將樂、順昌等縣蛟水亦發，所蕩村落悉為丘墟。二十六日，澎湃而下，勢若奔馬，倏忽間，會城中平地水深數尺，郭外則丈余矣。一望氵彌漫，浮尸敗椽，蔽江塞野，五晝夜不絕。故老相傳以為二百年來未睹也。水皆鹵濁色，人不敢飲于江者浹月。當事以異災聞奏，請囗蠲賑。然是時水旱遍宇內，朝廷亦不能每人濟矣。
八月，大雨。初六日，烏石山崩。山南有新立阮公祠近仁王寺，是日雨暴山崩，祠盡毀，壓死者數人。
是月，風雨彌旬。初六日，貢院內水深數尺，文場垣舍傾壞，巡按御史陸夢祖改初場試期，至初十日始入試。
三十九年，改大田驛官路由扈嶼至仙岐渡江抵陽岐入省。尋又改從吳航過江。
四十年二月十一日，大風，馬江渡覆，死者百余人。
論曰：《春秋》，魯國史耳。然上下二百四十年間，災異必書，垂鑒戒也。其所謂礻幾祥而大有年而已，非若后世之芝房興歌，寶鼎紀瑞也。余記閩事，竊以前車戒焉。夫禹湯水旱，郅治之世不能免也。顧早圖豫計，即九年水七年旱，不為憂矣。閩省僻在南服，地狹民稠，水耨火耕，僅足糊口，一逢旱澇，將朝夕之不給是虞，安所望卒歲哉？曩在甲午，饑饉相仍，士大夫有廑桑梓憂者，告于大中丞敬庵許公，曰：“救荒無奇，其備在豫。”中丞公以為迂也，笑而不答。居無何，而民變告矣。余言父老言“甲午之饑，不甚于嘉靖甲辰也”。甲辰之按閩者，為東粵古林何公，高價招商，興販云集，糶漸以平，是歲饑而不害民，至今德之。若甲午，則官靳于發，棠民抑其減糴，是所令非所好，直教之亂耳。昔宋范文正公浙西救荒，價聽其翔涌，俾四方商賈逐利競趨，谷漸增則價漸短矣。若減價以救荒，猶抱石而拯溺也，亡其何日之有？蓋中丞公夙以道學鳴，迨建節也，日談性命，民務鮮關其衷，故一遇變生，莫知所應。嗚呼！時值臥鼓息烽，尚可哆口高論，假令戎馬生郊，其去佛門誦經有幾哉？今故不諱言之，愿后之秉詮者，勿以唇吻性命之倫，輕莞海國封疆之寄也。