二月十二日，水師提督吳鴻源接到諸路軍報。蓋諸軍次第攻破上樹頭莊、馬稠后莊，各殺賊數(shù)百級。戴逆自率悍賊圍攻嘉義已閱數(shù)月，其間互有勝敗；然賊存必得之心，故猛撲不休，外救依然不至。吳帥遂使洪金升分扎白沙墩，通判楊興邦、同知張啟煃進扎水堀頭街，自以吳志高為鄉(xiāng)導引兵下茄苳，先定鼎足之勢。自將游擊周逢時、守備蘇吉良等統(tǒng)鎮(zhèn)標諸軍攻破后寮仔莊，生獲偽元帥、將軍等十八人。賊渠王祿拔據(jù)守馬稠后莊，與官兵力戰(zhàn)。洪金升與楊興邦各分兵躡其左右，王三面受敵，始慌亂，請救于陳弄；弄令書記陳吉生覆書，囑拔堅守，約三更救兵決到。陳吉生本從林鎮(zhèn)隨營人員，林覆沒，陳被執(zhí)，陳弄惜其才，與認宗誼，勸之降，使掌文報書類之職。至是，吉生改其詞，謂「彰化三更已失，大眾四處逃散」等語；又陰令人詐報彰化已失之訊。王祿拔接書大驚，棄軍而走。陳弄聞拔敗，又聞彰化失守，亦狼狽退歸；所遺輜重器械無數(shù)，皆為官兵所有。官兵既得馬稠后莊之要隘，軍威大振；集合諸軍，自店仔口長驅抵嘉義。城中而九月被困至此，兵窮糧盡；雖紳富傾貲助餉，總不能濟。許山最好義，自以龍眼核杵粉和米麥混食，傾囊濟軍，民皆感泣。守將湯得升晝夜督戰(zhàn)，衣不解帶、目不交睫，勉勵軍士皆以至情至理之言，聞者無不感奮忘死，故得抗守不失。賊于城外筑土堡，高與城齊；日夜嬲戰(zhàn)，架云梯以登。官兵初運巨石碎之，登者盡死；后賊由土堡緣攀登城，官兵以利矛俟近刺之令墜。賊來林晟處召藤牌兵薄城址，城上以糖煮油潑之，燒者皆爛。數(shù)月之間，窮竭心力。比聞吳帥救至，如大旱得雨，軍聲歡呼，開城夾擊；陣獲逆叔戴老見，嘉義解圍。從前義首林義、總理林維銘、林大約、林榮貴等均以解圍陣亡，鄉(xiāng)勇死者四十四人；吳提督皆親祭奠拜，奏旨請獎，予建祠宇，春秋二祭。
海外散人曰：前次林鎮(zhèn)解圍，已備嘗辛苦；比聞林帥覆沒，斗六淪陷，人心徨駭，風聲鶴唳。況戴逆銳志而來，聲勢十倍；糧道既盡、外援又絕，而能堅守五閱月余者，則參府湯得升與士卒同甘苦、紳士許山等又復向義相勉勸，竟能轉敗圖功，皆緣君上無窮之仁恩淪肌浹髓，非一朝一夕之故也。非然者，則內地發(fā)逆方張之際、兵單餉竭之秋，縱有頗、牧，未必為功。倘嘉垣有失，則賊得長驅直進，郡城亦難保守；則不獨臺地未易收回，黎民不知若何涂炭矣！語云：『百姓足，君孰與不足』；信哉，斯言也。執(zhí)政者一隅亦知三反焉。
陳吉生之依陳弄也，本非誠意；初思逃走，后見陳弄頗見信，遂思乘機圖賊立功。及陳弄困嘉義日久未拔，檄召賊眾，吉生司文檄，一依陳弄所命，照數(shù)檄召；而于科派糧食，則暗中減少。群賊見糧食不充，逐漸散歸。吉生又作箭書射入城中，細告減糧散眾之故，囑城中務必堅守；及王祿拔討救，又故改軍報，且云彰垣已失，賊心離渙。陳弄敗歸小埔心，查知吉生所為，召而詰之；吉生面不改色，大言曰：『吾世受國恩，肯從汝作賊耶！所以暫棲止者，蓋欲尋機會為林鎮(zhèn)報仇也。事之不成，天也！縱死，亦為忠義之鬼。汝等草木腐鼠，何足以知哉』！陳弄大怒，以銅鐵燒烙之；弄妻亦以女鞋擊其頭。吉生始終自承，不供一人，竟以殉節(jié)；哀哉！時六（？）月二十日事也。
同月，朝命以曾玉明署臺灣掛印總兵。時曾扎秀水，與賊對壘數(shù)月。賊首黃阿起踞后港仔莊，所處賊巢岸高如墻，竹圍密箐編排如城；且遍埋竹簽，掘陷坑。圍內再筑高墻，四方各架筑銃樓，曉夜瞭望。莿竹之堅硬如鐵，刀斫不斷、火燒不透，比城尤堅固；是以不能猝攻。官兵以草把卷立竹簽，肉薄過之；賊于銃樓發(fā)射，旋以大釘補釘之。玉明造孔明車，上蒙濕水綿績于車上，壯士伏其下，迫攻之；賊用銅銃子以油炒之，且制如兩頭尖，射透綿績及孔明車兵士死三十余人。玉明又造土堡高四丈余，以安大煩擊之，奈準頭不能中的；賊又挖土坑以避之。是以蕞爾之地，致攻三年之久。當?shù)烙兄^曾之擁兵不進，蓋未知其中事實耳。惟葉虎鞭、黃炳榮克烏瓦厝以攻湳尾莊。
按陳吉生之事實，或有傳是海帆者；殊未知孰是？抑同時有王、陳兩人共謀者？惜無確知可考。姑兩存之，以志忠義之士姓名可以長存也。
同年四月孟夏，鹿港海防分府興廉（字宜泉，滿洲人），以曾玉明累攻不克，詳請閩浙總督耆齡，請?zhí)肀６轿螕羰捜鸱肌⑹貍潢悊⑾榻膺\大炮十余尊，由沖西抵鹿；再命記名副將北路協(xié)曾元福（泉州晉江人）帶兵千人由鹿港登岸。旋進兵白沙坑，駐扎觀音山前敵，距城只四里許；賊扎大岸頭及湳尾以拒。元福分二路進兵，一令五品藍翎梁征辰率把總林逢照、林清輝與賊酣戰(zhàn)，一由虎山巖后壙底以攻待人坑，一由烏瓦厝以攻大岸頭；又約曾玉明進攻后港仔及湳尾，以分其勢。時軍中主兵者兩曾姓，故人以玉明為「大曾」、元福為「小曾」以相分別。二十四莊紳士陳捷魁、李華文、陳宗文等各引莊兵助戰(zhàn)，計十余陣不能取勝。大曾令陳大戇、葉虎鞭進扎水返橋，令蕭瑞芳、游紹芳、胡松齡攻湳尾；賊堅守，瑞芳以大煩轟之。奈竹圍甚密，雖彈丸所中，祗折其半；而竹尾蒙葺，仍倒垂覆敵，轉以護銃樓之墻壁，僉為障護難倒。故猛攻數(shù)陣，亦不可拔。
四月二十八日，彰化舉人陳肇興（字伯康）、邱位南（字石莊）、沙連舉人林鳳池（字文翰）、生員陳上治（字熙朝）、永春生員廖秉均、南投堡義首陳云龍、吳聯(lián)輝、牛牯嶺義首陳捷三（字月三）、北投堡舉人簡成化、義首林錫爵、沙仔侖廩生陳貞元等皆會同聯(lián)盟，約六莊同日樹白旗以應官兵。集集義首陳再裕招屯番力戰(zhàn)，家眷在城內，賊目陳永明、陳輝、黃丁目殺入其家，再裕之妾吳信娘、子陳番、陳天成、陳祥、婢菊花及莊丁計二十八人，俱被殺。再裕聞訊，痛切心髓，急欲報仇；孤軍深入，被困不脫。賊擄之到斗六獻功，不屈，仰藥死。許厝寮義首陳耀及生員廖秉均，本在沙連辦局；賊致之，廖、陳戰(zhàn)敗，皆被執(zhí)。戴逆欲使之跪拜，皆不屈，大罵；遇害。武東堡背約，賊渠蕭金泉率眾攻許厝寮。義首陳耀山拒之，連戰(zhàn)數(shù)日；救不至，賊乘風縱火，耀山兵潰被執(zhí)，賊刮面爬背而寸磔之，死狀最慘（陳耀、陳耀山是一是二？俟再考之）。陳貞元兵敗；在沙仔侖之家宅樓閣連云，亦被賊所毀。時民軍迭敗，賊鋒愈熾，所到人心惶駭；沙連陳上治把守不住，孤身逃脫，家產一無所有。林克柳驚悸而死。北投堡水道被賊堵斷，五谷無收；林錫爵以忠義撫循鄉(xiāng)兵，僅足自守，然家資已罄于軍火矣。陳云龍（后至斗六都司）、陳捷三（后至鹿港水師游擊）引兵惡戰(zhàn)經旬，賊始稍戢其鋒，而武東山頂及沙仔侖、沙連、南北投等處方能支持，引領日望官軍之來矣。陳肇興、邱石莊因避亂逃居南北投堡，該莊人頗尊崇之；軍事提調，大都二人指揮。賊恨之次骨，數(shù)命刺客殺之，每不能遂意。一日，邱議事夕歸，傍路有大樹，忽見樹杪火光閃閃；邱疑之，以詢從者，僉云不見。命搜之，發(fā)見二怪漢，各有利刃短銃；訊所欲為，不答。縛而遍示村中人，竟無識者；知為刺客，遂活埋于溪洲之荒坪。
吳鴻源既解嘉義之圍，遣蘇吉良、徐榮生進攻劉厝莊、小定厝、上涂溝、下涂溝等處。賊渠呂仔梓、羅彭胡拒戰(zhàn)，官兵小卻；藍翎都司陳康泰陷陣戰(zhàn)歿。忽曾元福救兵到，蘇、徐之兵回頭力戰(zhàn)。呂仔梓之妻素親臨陣鏖戰(zhàn)，勇悍過男子；見陣勢小挫，欲率親兵略陣。忽一炮飛來，碎其頭而死；賊大震。官兵乘勢奮進，連戰(zhàn)二晝夜，陣捉偽元帥葉新婦、偽大將軍何錢鼠。嚴辨見勢急，逃匿新港；呂仔梓投降，導引官兵攻破大侖莊。時吳帥諸部將惟蘇吉良、徐榮生功績最多，前后三百余戰(zhàn)，生獲賊酋二十余名。乃清莊通道，嘉義一帶之路途始通行無阻。
吳帥懲林鎮(zhèn)之敗，欲先清道，搜剿余匪，然后出師；乃洪道輕信蜚語，迫令出軍。吳往返辯論不已，洪道愈忌，竟責以「擁兵滯逗」之罪；謂二重溪呂仔梓一竹圍之地，何以連攻兩月之久尚不能下？吳帥接到公（？），即日班師而回。時曾元福扎白沙坑，軍士多染時疫；忽接到督憲檄文令代統(tǒng)吳鴻源之眾，乃紆海道至麥寮港登岸，接篆軍事。
洪道自戴逆亂起，以知府坐升兵備道，即以平賊為己任；每日集群僚、紳士討論剿賊之計，至深宵乃罷。時內地發(fā)逆未平，財政困難，巡撫徐宗干許洪就地籌餉；計捐有十余萬元，不足需用。乃盡出其玩器、首飾珍品，售以贍軍；再不足，權用鈔票：牽蘿補屋，日坐愁城。每論時政痛切，輒泣下沾襟。坐是抱疾不起，六月卒于任；彌留之際，手書示群僚，皆剿賊事宜。臺郡進士施瓊芳、福州贊善趙新，僉聯(lián)名疏請「洪毓琛毀家紓難，保障全臺；請于郡治建專祠，在官事跡宣示史館」。巡撫徐宗干亦奏請從優(yōu)議恤。后旨贈太常寺正卿，蔭一子入監(jiān)讀書；并飭地方官將靈柩妥為照料，運回原籍安葬。
時賊渠楊目丁引賊黨各處蹂躪鄉(xiāng)村，兇無人理。陳捷三合義民數(shù)千扎沙仔侖，與賊大戰(zhàn)。六月十六日，戰(zhàn)于濁水溪，炮彈沖天。陳貞元引莊兵出助，未勝；幸水沙連陳上治引兵由南面包抄夾擊，賊始不支。捷三乘勝沖鋒，遇楊目丁于陣，舉刀劈之，生擒以歸；斬首摘心，以祭其兄。陳再裕斬賊首四十余級。余賊敗歸，猶蟠踞南投，攻打諸義莊；陳捷三與陳云龍率義兵數(shù)千人進剿，南投紳士吳聯(lián)輝內應；南投收復，殺賊八十五人。捷三等遂進攻北投，林錫爵亦自北投助攻，吳聯(lián)輝又引兵來會，軍聲大震；賊連日出戰(zhàn)皆敗，遂退屯施厝坪。其地與牛牯嶺相去僅數(shù)里之遠，陳捷三人地熟識，夜遣人放火攻之；賊駭潰，遂克施厝坪，與陳云龍分兵徇收附近鄉(xiāng)村。七月二十二日，陳云龍攻克集集，斬賊百余級。時埔里社諸賊聞六堡之民樹白旗，大駭；麇聚集集，圖大舉。陳云龍知之，與陳捷三率義民五千余人進攻之，咸死戰(zhàn)不退；忽水沙連舉人林鳳池引兵來助，賊大敗，退扎水社。
八月，群賊再圍集集街，以圖與斗六通消息。林、陳諸將各出兵與戰(zhàn)，賊拚死而來，勢頗銳；陳捷三之兄陳捷元（后任水師游擊）引六堡之眾來助。牛牯嶺本高山，以高臨下，勢如驟雨。且捷元兄弟素得士心，器械精良、糧米充足，故守則無缺、戰(zhàn)則有功；自軍興以來，大小數(shù)十戰(zhàn)，少有敗衄。是役殺賊三百六十余人，溪水盡赤。
九月，偽鎮(zhèn)北大將軍林大用詣曾玉明軍營投降。因大用本居中寮，族大丁多，平昔與嘉寶潭陳耀有隙，常相攻殺；奈陳耀雄于財，恒為所侮。故紅旗事起，轉投賊，冀伸夙憤；諸賊甚重之，倚為北門筦鑰。及是，陳耀已故，賊勢又漸衰；知不能久持，始向曾軍反正。群賊偵知，駭且憤，相率圍攻之；大用逃匿于柑仔井。賊躡至，大用與親隨二百人竭力拒戰(zhàn)；曾軍旋救至捒，賊方退。城中巨賊陳梓生、陳鮄、王萬等知中寮歸官，距城不滿三里，知難久守；爰將酷斂財物潛運歸四塊厝，林晟亦潛守老巢，思所以抗拒官兵之計，只留江有仁、林貓等守彰城。江有仁于賊中亦狡黠異常，蓋亦識朝不保暮；惟族微眾寡，難逞其欲，故欲乘此機一伸其貪壑，然后別籌生路耳。
羅冠英、廖廷鳳攻東大墩，守賊廖安然竭力死守；連日惡戰(zhàn)，不克。張世英乃分兵進攻棋盤厝，適風大作，官兵縱火焚之；賊不支，敗走。十九日，官兵乘勝攻破東大墩，通阿罩霧，廖安然猶作困獸之斗；忽后甲心中炮，遂死于陣中。附近之莊如石崗仔、枋寮、土牛，以次恢復。職員林文鳳（字儀卿）、副將林文明率親丁分頭迎殺，新莊仔至鳥銃頭、番仔寮等處之賊皆肅清。