盡管探索隊與未知文明構建的星際聯盟在新秩序下取得了顯著的發展，但隨著時間的推移，一些潛在危機逐漸浮出水面。

在資源分配方面，盡管制定了公平合理的機制，但隨著聯盟項目的增多和規模的擴大，資源競爭問題開始顯現。一些對聯盟發展至關重要的稀有資源，如用于制造先進能量裝置的特殊晶體，其產量有限，難以滿足各方日益增長的需求。這導致部分文明為了獲取更多資源，開始私下采取一些不恰當的手段，甚至引發了小規模的資源搶奪沖突，嚴重影響了聯盟內部的和諧穩定。

在技術交流過程中，也出現了技術泄露和濫用的風險。隨著雙方共享的技術越來越多，一些別有用心的個體或組織試圖竊取這些先進技術，用于不正當的目的。例如，有報告稱一些非法勢力利用竊取的空間扭曲技術，進行秘密的軍事武器研發，這不僅違背了聯盟技術共享的初衷，還對聯盟的安全構成了潛在威脅。

文化融合雖然在一定程度上促進了雙方的相互理解，但也引發了一些文化認同的困惑。部分成員在接觸對方文化的過程中，對自身的文化產生了懷疑和動搖，導致文化傳承出現斷層的跡象。一些傳統的文化習俗和價值觀受到沖擊，年輕一代對本土文化的認同感逐漸降低，這對文明的多樣性和聯盟的文化根基造成了負面影響。

此外，隨著聯盟的影響力不斷擴大，引起了周邊一些其他文明的關注和擔憂。這些文明對聯盟的意圖和發展方向存在誤解，擔心聯盟會對他們的利益構成威脅，從而采取了一些敵對或防范的態度。這使得聯盟在拓展合作范圍和探索新領域時面臨外部壓力，增加了發展的不確定性。“人機和諧發展聯盟”意識到這些潛在危機的嚴重性，迅速組織各方代表召開緊急會議，商討應對之策，以確保星際聯盟能夠穩定、持續地發展。