光緒二十八年（1902年）正月初一，皇帝前往太廟舉行祭祀儀式，緬懷先祖，祈求國家安寧。正月初二，向上帝祈求五谷豐登，表達對農業生產的重視。正月初四，四川提督宋慶去世，朝廷追晉他為三等男爵，以表彰其功績。正月初八，朝廷任命張翼全面負責路礦事宜，王文韶、瞿鴻禨擔任督理，監督工作進展；同時，讓呂海寰與盛宣懷共同商議商約，試圖在經濟領域與列強周旋。正月初九，朝廷裁撤河東河道總督一職，對河道管理體制進行調整。此外，還命令各省官員清查屯地，將屯餉改為丁糧，撤銷衛所官員，將其職能歸并到軍營，同時裁撤屯丁和運軍，這一系列舉措旨在優化地方管理，提高行政效率。同一天，朝廷諭令各省設立農工學堂，希望借此推動農業和工業的發展，培養相關人才。正月十九，詹事府、通政使司被裁撤，進一步精簡行政機構。
二月初一，朝廷任命張德彝為出使西班牙專使，前往西班牙祝賀其君主加冕，以維護邦交。二月初二，朝廷諭令各省迅速設立學堂和武備學堂，同時開設館所編纂新律，開啟教育和法律方面的改革。二月初三，廣西的游匪殺害了法國兵官，朝廷下令進行剿辦，這一事件引發了涉外糾紛，處理起來頗為棘手。二月初六，舉行祭祀先師孔子的儀式，彰顯對文化教育的重視。二月初七，祭祀大社、大稷，祈求土地五谷豐收。二月十九，劉坤一上書請求因病辭官，朝廷對他進行慰留，劉坤一在當時是朝廷的重要大臣，其去留備受關注。
三月初一，關于交收東三省的條約簽訂完成，這一事件關系到國家領土主權，引發各方關注。三月初四，皇帝在乾清宮接見意大利公使嘎釐納，進行外交會見。三月初五，皇帝祭祀先農，并親自參與耕耤田儀式，以表示對農業的重視。三月初六，皇帝侍奉皇太后前往東陵謁陵，為減輕百姓負擔，免除車駕所過州縣十分之三的額賦。三月初九至初十，皇帝和皇太后謁拜各座皇陵。三月十五，皇帝駕臨南苑，駐蹕團河行宮。三月二十三，皇帝一行從東陵返回。三月二十四，皇后舉行祭祀先蠶的儀式，體現對蠶桑生產的重視。
這個春天，朝廷免除了宣威、昆明以及齊齊哈爾、墨爾根等地旗屯因災應賑的物資；同時，免除榆林等地拖欠的賦稅，以及西安等廳縣十分之二的秋糧，緩解百姓的經濟壓力。
夏四月初一，皇帝在乾清宮接見俄國公使雷薩爾，進行外交溝通。四月初三，舉行常雩祀天儀式，祈求降雨。四月初五，朝廷任命沈家本、伍廷芳參與修訂現行法律，推進法律制度的改革。四月初七，李經羲因上奏陳詞不當，被免去云南巡撫一職，并交由相關部門議處。四月十一，朝廷任命許鎯為出使意大利大臣，吳德章為出使奧國大臣，楊兆鋆為出使比利時大臣，加強與歐洲各國的外交聯系。四月十二，皇后親自前往桑園采桑，象征著對蠶桑業的倡導。四月十三，朝廷裁撤銀庫、緞匹庫、顏料庫，并取消管庫大臣一職，對財政和物資管理進行調整。四月二十四，免除灤平受災地區的地課，幫助當地百姓渡過難關。
五月初二，袁世凱被授予直隸總督兼北洋大臣一職，他在當時的政治舞臺上地位愈發重要。朝廷免除雙城拖欠的賦稅，減輕百姓負擔。五月初四，皇帝在樂壽堂接見各國公使，進行外交交流。五月初六，廣西的匪患嚴重，攻陷廣南的皈朝，云南官軍奮力反擊，擊退匪軍，收復城池，維護地方穩定。五月十六，夏至時節，皇帝前往方澤祭祀地神。五月十八，皇帝在乾清宮接見美國公使康格，繼續開展外交活動。
六月初一，朝廷免除鶴慶、賓川受災地區的雜賦，緩解當地百姓的經濟壓力。六月初八，朝廷任命孫寶琦為出使法國大臣，胡惟德為出使俄國大臣，梁誠為出使美國、日本、秘魯大臣，進一步完善外交布局。六月二十二，皇帝在乾清宮接見美國公使康格及博覽會會長巴禮德，進行外交會見。六月二十三，朝廷任命張之洞為督辦商務大臣，期望他能推動商務發展。六月二十五，朝廷賑濟四川南充、簡陽等受災地區，幫助百姓渡過難關。
秋七月十二，朝廷頒布學堂章程，為新式教育的發展提供規范和指導，這是教育改革的重要舉措。
八月二十六，朝廷將云南迤西道的駐地遷移到騰越，并讓其兼任監督關務一職，加強對地方關務的管理。九月初十，袁世凱奏請裁撤陋規，增加官員公費，并建議其他省份效仿，這一舉措旨在整頓官場風氣，提高官員待遇。九月十六，黃河在利津、壽張等地決口，給當地百姓帶來巨大災難。九月二十二，皇帝在仁壽殿接見德國公使葛爾士，進行外交溝通。九月二十三，黃河又在惠民決口，水患形勢嚴峻。
九月初六，兩江總督劉坤一去世，朝廷追封他為一等男，贈太傅，以表彰其功績。隨后，朝廷任命張之洞暫署兩江總督兼南洋大臣，填補重要職位空缺。朝廷免除天津遭受兵災地區新舊額賦，減輕百姓負擔。九月初十，皇帝在仁壽殿接見法國公使賈斯那，開展外交活動。九月十七，皇帝在仁壽殿接見各國公使，進行外交交流。九月二十五，朝廷任命袁世凱為督辦商務大臣，伍廷芳為副大臣，讓他們負責與各國商議商約，試圖在商務領域爭取有利條件。
這個秋天，朝廷從國庫撥出三十萬兩白銀，后續又撥出義賑款十二萬兩，并在四川儲備物資以備賑災。同時，還對山東、廣東、云南、福建、貴州等地的水災進行賑濟，全力應對自然災害，保障百姓生活。
冬十月初一，中英商約簽訂完成，這一商約對兩國的經濟貿易關系產生重要影響。十月初二，湖南都司劉長儒因未能保護好教士，被處斬，這一事件反映出當時復雜的涉外關系以及清政府在處理此類問題時的無奈。這個月，朝廷賑濟山西、陜西受災地區。云南劍川、鶴慶州，新疆疏勒等廳縣發生地震，給當地帶來災難。
十一月初一，朝廷下詔規定，從明年會試開始，凡是被授予編修、檢討以及改任庶吉士和被任用為部屬中書的人，都要在京師大學堂學習，獲得文憑后，才允許散館和奏請留任。分省知縣也都要進入課吏館學習，這一舉措旨在提高官員素質，推動教育與官員選拔相結合。十一月初二，朝廷任命有泰為駐藏大臣，負責處理西藏地區的事務。十一月初四，朝廷從內庫和戶部庫銀中各撥出五萬兩，送往山東以備賑災，緩解山東受災地區的困境。十一月初五，朝廷調魏光燾為兩江總督兼南洋大臣，完成重要人事調整。十一月初九，朝廷免除臨潼遭受水災地區五年的地課，幫助當地百姓恢復生產生活。十一月二十三，冬至時節，皇帝前往圜丘祭祀上天。這個月，皇帝在乾清宮接見法國公使呂班、美國公使康格，進行外交活動。
十二月十六，朝廷任命袁世凱為督辦電務大臣，負責推進電報事業的發展。十二月二十四，朝廷表彰在異國他鄉為父守孝的出使俄國大臣楊儒之子楊錫宸的孝行。這個月，朝廷免除江蘇、浙江各廳州縣衛的額賦，以及宜良遭受水災地區的租糧，減輕百姓負擔。
光緒二十九年（1903年）正月初一，因局勢及籌備來年皇太后七旬圣壽，停止新春筵宴活動。朝廷下詔，為慶賀皇太后壽辰開設慶榜，將本年定為癸卯恩科鄉試，來年為甲辰恩科會試，原本的正科鄉、會試則順延至下一屆舉行。這一安排既體現對皇太后壽辰的重視，也調整了科舉時間以適應局勢。正月初九，皇帝在乾清宮接見美國公使康格等人，開展外交交流。正月十一，朝廷命榮慶共同管理大學堂事務，旨在加強對新式教育機構的領導。正月十三，皇帝于養性殿接見各國公使，維持外交溝通。正月二十，朝廷免除鎮西、疏附受災地區的糧賦，減輕百姓負擔。
二月二十六，惠民縣此前決口的黃河河道成功合攏，緩解了水患威脅。
三月初一，發生日食現象。三月初五，皇帝在乾清宮接見德國親王亨利及公使葛爾士等人。鑒于皇帝謁陵將取道鐵路，朝廷下詔禁止地方攤派差徭，且扈從人員的供給也一并免除，意在減輕地方百姓負擔。三月初六，朝廷裁撤官學的滿、漢總裁及教習職位，對教育機構進行調整。三月初八，皇帝祭祀先農，并親耕耤田，彰顯對農業的重視。隨后，皇帝侍奉皇太后前往西陵謁陵。三月初十，皇帝駕臨保定府并駐蹕，為減輕百姓負擔，免除車駕所經州縣十分之三的額賦。三月十四，榮祿去世，朝廷追贈其太傅，晉封一等男。同時，朝廷宣布廢除印花稅及一切苛細雜捐，并規定對借科派之名侵吞財物的行為依法論處。三月十五，命奕劻擔任軍機大臣，以穩定中樞政務。三月十八，皇帝駕幸南苑；三月二十，駐蹕團河。三月二十六，朝廷命奕劻、瞿鴻禨會同戶部整理財政，于京師設立銀錢鑄造總廠；同時，命載振、袁世凱、伍廷芳參與修訂商律，推進經濟領域改革。三月二十七，皇帝自南苑返回。當月，朝廷免除陜西拖欠的庚子年賦稅。
夏季四月十四，皇帝在仁壽殿接見各國公使。四月二十四，云南匪患嚴重，匪軍攻陷臨安府城，局勢危急。四月二十五，朝廷免除皇帝車駕所經州縣的旗租，緩解百姓壓力。四月二十六，朝廷任命崇禮為東閣大學士，敬信為協辦大學士，調整中樞官員架構。
五月初八，朝廷命鐵良會同袁世凱訓練京旗兵，以增強京師軍事力量。五月十三，戶部發生火災，給財政事務帶來影響。五月十九，朝廷任命楊樞為出使日本大臣，負責對日外交事務。五月二十，云南倮夷之亂被平定。五月二十七，朝廷賜王壽彭等三百一十五人進士及第或出身，完成科舉選拔。
閏五月初一，朝廷命馮子材會同岑春煊辦理廣西軍務，以應對當地嚴峻的匪患局勢。閏五月初三，朝廷命張之洞會同張百熙、榮慶厘定大學堂章程，完善新式教育制度。閏五月初七，滇軍成功收復臨安府城，匪首周云祥被誅殺。閏五月初九，自四月以來久旱無雨，直至當日終于降雨，緩解了旱情。閏五月十三，廣西巡撫王之春、提督蘇元春被革職，朝廷任命柯逢時為廣西巡撫，劉光才為廣西提督，對廣西軍政進行人事調整。閏五月十六，皇帝在保和殿親自主持經濟特科人員的御試，選拔特殊人才。閏五月十九，朝廷命馬玉昆巡查緝捕近畿地區的盜賊，維護治安。閏五月二十一，中英續訂商約達成，這一商約對兩國經貿關系產生重要影響。
六月初十，朝廷對考取經濟特科的袁嘉谷等人給予不同程度的升遷，以鼓勵人才選拔。六月十一，朝廷將蘇元春逮捕入獄，進一步處理廣西相關事務。六月十五，世鐸等人奏請為皇太后加上徽號，皇太后以廣西戰事緊張、民生困苦為由拒絕，體現出對時局的考量。六月二十五，黃河在利津決口，引發水患。當月，皇帝在仁壽殿接見日本公使內田康哉等人、意大利公使嘎釐納，開展外交活動；同時，山東煙臺發生水災，朝廷進行賑濟，以緩解災情。
秋季七月初二，朝廷將廈門、鼓浪嶼開辟為各國公地，這一舉措深刻影響了當地的主權與發展。七月初八，朝廷賞賜鄭孝胥四品京堂，命其督辦廣西邊防，并賦予專奏權，加強廣西邊防事務管理。昆岡退休，離開官場。七月十五，朝廷首次設立商部，任命載振為尚書，旨在推動商業發展，適應近代化需求。
八月初一，王公百官提前請求在來年皇太后七旬萬壽時，以報效廉俸的方式表達祝福，皇太后下旨制止，展現其對時局的清醒認識。八月初二，朝廷免除靈州瀕臨黃河地區的地糧，減輕百姓負擔。八月十六，中日商約達成，影響兩國經濟往來。八月十七，皇帝在仁壽殿接見各國公使，保持外交溝通。八月二十一，朝廷任命敬信為體仁閣大學士，裕德為協辦大學士，繼續調整官員體系。八月二十六，皇帝在仁壽殿接見法國公使呂班、德國公使穆默，開展外交活動。
九月初十，朝廷命榮慶在軍機大臣上學習行走，逐步培養其政務能力。調任那桐為外務部尚書兼會辦大臣，加強外交事務管理。九月十一，朝廷命那桐與奕劻、瞿鴻禨共同整理戶部財政，榮慶充任政務處大臣，進一步推進財政改革與政務處理。九月十二，朝廷命孫家鼐、張百熙一并充任政務處大臣，完善政務決策體系。
這個秋天，多地遭受自然災害，朝廷積極開展賑災工作，對湖北、陜西等地的水災，懷柔的雹災，云南各地的水旱災、雹災，以及鎮西、綏來的蝗災、凍災進行賑濟，盡力保障受災百姓生活。
十月初一，皇帝在乾清宮接見荷蘭公使希特斯，開展外交交流。十月初八，因英秀在接收阿勒臺借地時，提議展緩相關事宜，朝廷命瑞洵前往調查處理。十月十六，朝廷設立練兵處，任命奕劻為總理，袁世凱、鐵良為副總理，推進軍事改革。十月二十四，朝廷任命岑春煊統領廣西諸軍，全力解決廣西匪患問題。十月二十五，朝廷賞賜楊晟四品卿銜，任命其為出使奧國大臣，拓展外交關系。十月二十六，袁世凱彈劾張翼擅自將開平煤礦及秦王島口岸售予外國人，朝廷下詔革除張翼職務，并責令其收回相關權益。十一月二十五，朝廷發布諭旨，強調興學育才的重要性，決定從丙午科開始，逐步遞減鄉試、會試的中額及各省學額。待各省學堂興辦有成效后，停止科舉學額，將人才選拔均納入學堂考試體系，這是教育制度的重大變革。十一月二十六，朝廷將管學大臣改為學務大臣，任命孫家鼐擔任，進一步明確教育管理職責。
十二月初七，廣西匪首覃志發等人被誅殺，一定程度上緩解了廣西匪患。十二月初九，朝廷下詔，要求內務府再次削減宮廷用費，停止一切非緊急的工程建設，以節省開支。十二月二十，朝廷設置翰林學士撰文一職，并增加員額、更改品級，對翰林制度進行調整。十二月二十七，因日俄兩國發生戰爭，中國宣布遵守局外中立的原則，并向臣民宣諭相關規定，試圖在列強沖突中維護自身利益。十二月三十，朝廷授予榮慶軍機大臣一職。當月，朝廷免除安州遭受水澇、昆明遭受旱災地區的田畝租糧，減輕百姓負擔。
這一年冬天，朝廷繼續開展賑災工作，對甘肅、云南各州縣的水災，南州、新化的蛟災，瀘州的火災進行賑濟，盡力幫助受災地區恢復生產生活。
光緒三十年（1904年）正月初一，清政府將廣西鹽道衙門遷至梧州，同時兼任關監督，意圖加強對當地鹽務和關稅的管理。就在這一天，黃河在利津王莊決口，給沿岸百姓帶來嚴重災難。正月初二，光緒皇帝在乾清宮接見美、英、法、德、日、意、比、荷、葡等國的公使康格等人，進行外交交流。正月初七，云南提督張春發因犯有罪責，被革職并流放至軍臺。正月十二，正值皇太后七十歲壽辰，光緒皇帝親臨太和殿，向天下頒布詔書，對各類人員進行不同程度的施恩獎賞。正月十七，云南普洱鎮總兵高德元因玩忽職守、禍害百姓，被判處斬首。正月二十七日，朝廷下詔暫停本年秋季的死刑執行，或許是出于特殊時期穩定人心的考慮。
二月初一，出現日食現象。二月初十，光緒皇帝在乾清宮接見葡萄牙公使白朗谷。二月十七，利津的黃河決口成功合攏，在一定程度上緩解了水患危機。
三月初一，光緒皇帝在乾清宮接見德國公使穆默等人。三月初四，御史蔣式瑆因上疏彈劾奕劻但言語缺乏事實依據，被責令回到本官任上。三月初九，王照被投入監獄。三月十一，朝廷免除榆林等州縣拖欠的賦稅。三月二十八，張德彝與英國簽訂保工條約，這一舉措與當時的勞務輸出等事務相關。
夏季四月初二，光緒皇帝在乾清宮接見德國親王阿拉拜爾、公使穆默。四月二十六，蘇元春被流放至新疆。這個月，朝廷還免除了鄧川去年受災應繳納的糧食，以及新化因遭受蛟災、呼蘭和綏化等地因兵禍拖欠的賦稅，以減輕這些地區百姓的負擔。
五月初二，朝廷任命道員袁大化負責辦理安徽的礦務，期望推動當地礦業發展。五月初六，熱河行宮發生火災，行宮建筑和相關財物遭受損失。五月初七，皇太后下懿旨，特赦戊戌年間的黨籍人員，但康有為、梁啟超、孫文除外。被革職的人員恢復原銜，被通緝、監禁、編管的人員也予以釋放。五月二十，廣西叛變的勇丁攻陷柳城，統領祖繩武因作戰不力，在軍前被斬首。五月二十一，朝廷表彰邢臺貢生范鳳儀九世同堂的事跡，弘揚傳統美德。五月二十五，朝廷賜劉春霖等二百七十三人進士及第或出身，完成科舉選拔。五月二十七，皇太后下懿旨，鑒于時局艱難，本年七旬壽節停止舉行筵宴，同時禁止將軍、督撫等官員來京祝壽，并且免除他們的進獻。此外，還裁撤了粵海、淮安關監督以及江寧織造等職務，旨在精簡機構、節省開支。
六月初一，朝廷發布諭旨，指出當前時勢艱難、百姓困苦，而官吏卻蒙蔽實情，導致下情無法上達。尤其州縣在錢糧征收方面存在諸多弊端，如浮收中飽、以完作欠等。朝廷要求各督撫迅速將糧額、實際征收數額、正耗收米或折色情況等詳細列出簡明表冊，此外若有其他規費，也需一一登記說明，如實奏報，不得掩飾遺漏，以整頓錢糧征收秩序。六月初四，朝廷任命鐵良前往江南考察制造局廠，籌劃適宜的發展方案，同時調查其收支款項，以及各司庫局所存在的利弊，以加強對工業制造和財政收支的管理。六月初十，朝廷催促岑春煊前往桂、柳地區督師，全力平定廣西的叛亂。六月十五，青海住牧盟長車琳端多布等人請求借著年班的機會攜帶貢物赴京為皇太后祝壽，皇太后下懿旨嘉獎他們的心意，但仍婉言拒絕了貢物，展現出對時局的考量。六月二十五，永定河發生決口。六月二十八，黃河在利津薄莊再次決口，水患形勢愈發嚴峻。
秋季七月初一，光緒皇帝在乾清宮接見比利時公使葛飛業。朝廷裁撤福建水師提督一職，將其歸并到陸路提督，同時將陸路提督駐地遷至廈門，對福建地區的軍事布局進行調整。七月初七，永定河北下汛再次決口。七月十一，朝廷從內庫撥出十萬兩白銀賑濟四川的水旱災，緩解當地災情。七月十五，英國軍隊進入西藏境內，達賴喇嘛出逃，朝廷革除達賴的名號，命令班禪額爾德尼代理其事務。七月十七，甘肅黃河決口，皋蘭地區受災，朝廷命令崧蕃負責賑濟工作。七月十八，朝廷停止九江進貢瓷器，以減少不必要的開支。七月十九，朝廷任命李興銳暫署兩江總督兼南洋大臣，負責兩江地區的政務和外交事務。這個月，朝廷賞賜湯壽潛四品卿銜，命他督辦浙江鐵路，推動地方交通建設。
八月初一，朝廷裁撤合并內務府的司員，精簡宮廷機構人員。八月十七，朝廷賞賜唐紹儀副都統銜，派他前往西藏查辦相關事件，以應對英國入侵西藏帶來的復雜局面。八月二十五，光緒皇帝在仁壽殿接見意大利公使嘎尼納。八月二十七，光緒皇帝在乾清宮接見墨西哥公使酈華，持續開展外交活動。
九月初一，光緒皇帝在乾清宮接見英國公使薩道義。九月初八，敬信因患病被免職。九月二十四，李興銳去世，朝廷任命周馥暫署兩江總督兼南洋大臣。由于英國軍隊進入西藏，達賴喇嘛求救，朝廷命令德麟進行安撫。不久后，英國軍隊撤退，朝廷又敕令唐紹儀為議約全權大臣，負責與英國就西藏問題進行談判。九月二十八，朝廷將湖北糧道改為施鶴兵備道，對地方官職進行調整。
這個秋天，朝廷免除了吉林因兵禍、云南因水旱和兵災拖欠的賦稅，以及武威、金州的部分額賦，以減輕受災地區百姓的經濟負擔。同時，朝廷對云南、順天、福建、甘肅、江西等地的水災，以及山西、浙江、廣東等地的其他災害進行賑濟，盡力幫助受災民眾渡過難關。
冬季十月初一，呂海寰續訂中葡商約達成，這對中葡之間的貿易關系產生重要影響。朝廷任命裕德為體仁閣大學士，世續為協辦大學士，調整中樞官員架構。十月初五，光緒皇帝在皇極殿接見奧、美、德、俄、比等國的公使齊幹等人。永定河的決口成功合攏，水患治理取得階段性成果。十月初七，光緒皇帝侍奉皇太后駕臨仁壽殿，賜宴給近支宗藩等人，王、貝勒、貝子、公等還在宴會上進舞，展現皇家的團聚與慶祝氛圍。十月初九，皇太后壽辰，光緒皇帝前往排云殿進表祝賀。十月十六，光緒皇帝在皇極殿接見英、日、法、韓等國的公使薩道義等人。十月二十一，皇太后下懿旨，禁止各省借著推行新政的名義巧立名目，征收苛細私捐。對于一切與百姓教養相關的學堂、工藝等事務，官府應進行勸導，由紳民自行籌集資金，不得滋生苛擾。此外，還廢除了浙江墮民的戶籍限制，允許他們進入學堂學習，畢業者給予相應的出身，這是在社會階層方面的一次重要變革。
十一月初一，朝廷任命蔭昌繼續擔任出使德國大臣，曾廣銓擔任出使韓國大臣，負責相關外交事務。四川打箭爐發生地震，給當地帶來災害。十一月初三，光緒皇帝在乾清宮接見意大利公使巴樂禮。十一月初八，廣西匪首陸亞發被誅殺，一定程度上緩解了廣西的匪患問題。十一月十四，朝廷確定新的軍官制度，推進軍事改革。十一月三十，朝廷諭令增祺賑撫東三省的難民，保障難民的基本生活。
十二月初五，光緒皇帝在皇極殿接見意大利公使巴樂禮、荷蘭公使希特斯、葡萄牙公使阿梅達等人。十二月十一，朝廷裁撤江安糧道，將江南鹽道改為鹽糧道，對地方糧鹽管理機構進行調整。十二月十四，朝廷從內庫撥出三十萬兩白銀賑濟奉天的難民。十二月十九，直隸地區開始推行公債票，以籌集資金。十二月二十三，朝廷裁撤漕運總督一職，設置江淮巡撫，對漕運和地方行政進行重大調整。十二月二十四，朝廷設立貴胄學堂，旨在培養皇家貴族子弟。十二月二十五，朝廷設置黑龍江巡道并兼任按察使銜，以及蘭綏海兵備道，還有呼蘭、綏化二府，加強對黑龍江地區的管理。十二月二十八，朝廷下令修建四川都江堰，改善當地水利設施。
這一年冬天，朝廷還裁撤了湖北、云南巡撫以及湖南、陜西糧道等職務，進一步精簡機構。同時，免除了石屏、趙州的秋糧，陳留等州縣拖欠的賦稅，以及朝邑遭受水災地區的部分額賦，以減輕百姓負擔，穩定社會秩序。
光緒三十一年（1905年）正月初一，光緒皇帝在乾清宮接見德、英、日、法等十三個國家的公使，展現外交活動的頻繁。同日，達賴喇嘛請求在庫倫建廟誦經，朝廷以不合規矩等緣由未予批準，并命其仍回西藏，妥善安撫民眾。正月十七，鐵良奏報考察各省營伍情況，稱湖北陸軍表現最為優異，光緒帝下詔予以嘉獎，同時對江南各軍統領進行了不同程度的獎懲。同日，任命唐紹儀為出使英國大臣，負責對英外交事務。
二月初一，皇太后下懿旨，從內庫撥出三十萬兩白銀撫恤東三省難民，緩解當地民眾的苦難。二月初六，命長庚、徐世昌對改編的三鎮新軍進行考驗，加強軍事管理與訓練。二月二十二，景陵隆恩殿發生火災，這一皇家陵寢建筑的損毀引發重視。二月二十六，光緒皇帝在海晏堂接見美國公使康格。二月二十八，對阿拉善游牧地區進行賑濟，保障當地百姓生活。二月二十九，免除陜西前年拖欠的糧食賦稅，減輕百姓負擔。
三月初二，奉天發生饑荒，局勢嚴峻；俄國軍隊進入長春并占據此地，嚴重侵犯中國主權。三月初三，巴塘番人焚毀法國教堂，駐藏幫辦鳳全前往剿捕時遭遇埋伏身亡，朝廷隨即飭令四川提督馬維騏前往進剿，并命柯逢時負責管理八省土膏統捐事宜，以籌集資金。三月初四，光緒皇帝在乾清宮接見德國親王福禮留伯和公使穆默。三月初六，下詔要求各督撫舉薦能夠勝任提督、總兵官職的人才。三月十六，云南省城開辟為商埠，試圖通過通商促進經濟發展。三月十七，廢除新設置的江淮巡撫一職，將淮揚總兵改為江北提督，調整地方行政與軍事架構。三月二十，諭令更改制定法律，規定死罪最重僅到斬決為止，廢除凌遲、梟首、戮尸等酷刑，斬、絞、監候等刑罰依次遞減，緣坐各條除知情者外其余全部寬免，同時廢除刺字等條例。三月二十一，鑒于禁止刑訊，對笞、杖刑罰進行變通，要求清查監獄和羈留場所，諭令各督撫切實執行。三月二十二，犍為匪徒發動叛亂，被官軍迅速剿平。三月二十三，命周馥前往江北籌劃吏治、海防、河工、捕務等事務，加強對江北地區的管理。
四月初一，因俄國軍艦抵達南洋，朝廷諭令相關地區做好預防，并禁止商人向其運送煤炭。同時更改制定竊盜條款，將應擬笞、杖刑罰者改為罰做工作。四月初二，諭令各省府州縣設立罪犯習藝所，旨在改造罪犯。四月初三，賞劉永慶侍郎銜，命其署理江北提督，賦予其節制鎮、道以下官員的權力。四月初四，裁撤廣東糧道，設置廉欽兵備道，調整地方官職。四月初六，命程德全署理黑龍江將軍，負責當地軍政事務。四月初九，德國兵艦突然抵達海州進行測量，朝廷飭令嚴加責問，維護領土主權。
五月十四，光緒皇帝在乾清宮接見日本公使賈思理、美國公使柔克義。五月二十，在皇極殿接見墨西哥公使胡爾達。五月二十七，王文韶被免去軍機大臣職務，命徐世昌在軍機大臣上學習行走，兼任政務處大臣；同時，鐵良、徐世昌共同負責練兵事務，調整中樞權力與軍事管理架構。
六月初三，光緒皇帝在仁壽殿接見俄國公使璞科第。免除中牟等州縣拖欠的賦稅。六月十一，給予考試合格的留學生金邦平等人進士、舉人出身。命載澤、戴鴻慈、徐世昌、端方前往東西洋各國考察政治，尋求變革之道。六月十五，下詔設置盛京三陵守護大臣，裁撤盛京戶、禮、兵、刑、工五部侍郎，對盛京地區官職進行調整。六月十六，任命世續為體仁閣大學士，那桐為協辦大學士。六月二十，裁撤廣東巡撫一職，精簡行政機構。六月二十七，貴州匪徒攻陷都勻的四寨，后被官軍收復。
七月初三，廢除御史巡視五城及街道廳制度，將練勇改編為巡捕，改革地方治安管理模式。七月十二，續派紹英為出洋考察政治大臣，加強考察隊伍。七月十六，鑒于巴塘戰事，開放實官捐納一年，以籌集軍費等資金。七月二十三，賞廷杰侍郎銜，命其前往奉天辦理墾荒事務。常德、湘潭開辟為商埠。七月二十四，命鐵良在軍機大臣上學習行走，不久后兼任政務處大臣，進一步充實中樞力量。
八月初一，朝廷發布諭令，指出各省工商抵制美約的行為既妨礙邦交，又損害商務，要求各地疆吏進行勸誡引導，并及時稽查。八月初三，下詔廢除科舉制度，這是中國教育史上的重大變革，對人才選拔和社會發展產生深遠影響。八月初五，裁撤奉天府尹、府丞，改設東三省學政，調整教育管理機構。命劉式訓為出使法日大臣，黃誥為出使義國大臣，周榮曜為出使比國大臣，后因周榮曜問題改任李盛鐸。八月初六，免除奉天北路遭受兵災地區的額賦。八月初十，從內庫撥出三萬兩白銀，用于江蘇的應急賑災。八月十二，下詔規定各省學政專門負責考核學堂事務，此后學政事宜歸學務大臣考核。八月十七，新疆巡撫潘效蘇因侵吞款項被革職，流放至軍臺。八月十八，命袁世凱、鐵良校閱新軍秋操，加強軍事訓練與檢閱。八月二十一，命汪大燮為出使英國大臣，楊晟為出使德國大臣，李經邁為出使奧國大臣。八月二十三，開辟海州為商埠。八月二十四，改命李經方為商約大臣。八月二十六，載澤等人啟程出洋考察政治，剛登上火車，就有人投擲炸彈，朝廷得知后下詔嚴厲追捕并從重懲處相關人員。八月二十八，巴塘叛亂被平定，匪首喇嘛阿澤、隆本郎吉等人被誅殺。
九月初五，因三品京堂周榮曜曾充任關書，侵吞巨額公款，朝廷將其革職逮捕治罪，并沒收其財產。九月初九，首次設置巡警部，任命徐世昌為尚書，推進近代警察制度建設。九月十九，北新倉發生火災，影響糧食存儲與供應。九月二十，論及肅清廣西的功績，晉升岑春煊為太子少保銜，對李經羲予以優厚獎勵。九月二十五，光緒皇帝在勤政殿接見德國公使穆默。九月二十七，命尚其亨、李盛鐸會同載澤等人前往各國考察政治，擴大考察團隊。
這年秋天，朝廷對貴州、云南等地的水災，太康的風災，鎮番及巴燕戎格的雹災和風災進行賑濟，盡力幫助受災民眾渡過難關。
十月初一，光緒皇帝在勤政殿接見日本公使內田康哉等人。設置吉林哈爾濱道，加強對當地的管理。十月十四，蘆漢鐵路建成通車，這是重要的交通基礎設施建設成果。英國軍隊入侵西藏后，索賠款一百二十余萬兩，朝廷諭令由國家代為支付，以體恤西藏民眾的艱難處境。十月二十，制定鑄造銀幣及行用章程，規范貨幣制度。十月二十三，任命陸徵祥為出使荷國大臣，兼理海牙和平會事務。十月二十六，設置考察政治館，選取各國適合中國治理體系的政法制度，進行斟酌損益，編纂成書后請旨裁定。同時下詔指出，近期有不法之徒宣揚革命排滿言論，假借黨派名義暗中進行叛逆活動，要求各地疆臣嚴厲禁止并秘密緝拿，對首從各犯按照謀逆罪論處，以維護統治秩序。
十一月初一，陜、洛地區的會匪被平定。十一月初二，裕德去世。十一月初七，廢除駐韓使臣，改設總領事，調整外交機構設置。十一月初十，下詔設置學部，將國子監歸并其中，調任榮慶為尚書，推動教育管理的近代化。十一月二十六，中日簽訂新約。
十二月初七，授予那桐體仁閣大學士，榮慶為協辦大學士。十二月十九，設置京師內外城巡警總廳，撤銷工巡局，進一步完善京師治安管理體系。任命徐世昌、鐵良為軍機大臣，鞏固中樞決策力量。當月，免除盛京各旗、陜西各屬遭受兵災地區拖欠的賦稅，以及安州因長期積水、韓城因水災沖毀土地應繳納的地租。
這年冬天，朝廷對會澤的潦災，荊州的水災，英吉沙爾的水災和雹災進行賑濟，緩解災情帶來的影響。
光緒三十二年（1906年），清政府在國內外復雜局勢的沖擊下，為尋求變革與穩定，于外交、教育、政治等多領域積極施策，同時應對自然災害與社會動蕩，在艱難探索中試圖維系統治根基。
正月初三，朝廷宣布暫緩布特哈進貢貂皮，一定程度上減輕當地民眾負擔。正月初四，光緒皇帝在乾清宮接見德、英、法等十二國公使穆默等人，維持外交溝通。正月十四，漳浦匪首張嬰被官府誅殺，地方治安得到一定恢復。正月十九，徐郙因考核政績未達標被罷官。正月二十一，朝廷任命瞿鴻禨為協辦大學士，調整中樞官員架構。
二月，朝廷下詔要求各省保護教堂及外國人的人身和財產安全，以緩和中外矛盾。當月，光緒皇帝在勤政殿接見德國公使穆默等人；同時，清政府拿出十萬兩庫銀，援助日本賑災，展現外交互動與國際援助。
三月初一，朝廷以“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚實”五大綱領作為教育宗旨，并向全國宣告，旨在規范教育方向。三月初三，朝廷廢除八旗秀女選拔制度，這是滿族宮廷制度的一項變革。三月初九，朝廷派遣汪大燮前往日本祝賀天皇婚禮，加強兩國友好往來。三月十九，江蘇通州開辟為商埠，試圖通過通商促進經濟發展。三月三十，美國舊金山發生地震，清政府撥付十萬兩庫銀賑濟當地華民，體現對海外僑民的關懷。當月，奧匈帝國公使顧新斯基、意大利公使巴樂禮、德國公使穆默、法國公使呂班等先后受到皇帝接見，外交活動頻繁。
這年春天，朝廷免除浙江仁和等鹽場及各州縣，杭、嚴、衢三所的灶課，還有荒地山塘雜課；同時，免除云南、湖南、新疆受災地區的糧食賦稅，以及陜西拖欠的賦稅，減輕多地百姓經濟壓力。
夏四月初一，朝廷派遣陸徵祥前往瑞士商議紅十字會公約相關事宜，推動國際事務合作。四月初二，朝廷裁撤各省學政，改設提學使，改革地方教育管理體制。四月初三，光緒皇帝在勤政殿接見日本公使內田康哉。四月十六，朝廷任命鐵良為督辦稅務大臣，唐紹儀為副大臣，加強稅務管理。四月二十，朝廷從湖南庫銀中撥出十萬兩賑濟當地水災。
閏四月十四，因天氣異常，災害頻發，皇太后下懿旨告誡君臣上下要相互警醒，共同應對危機。閏四月十六，唐炯因年老體衰，被解除云南礦務職務。
五月初一，朝廷從國庫撥出五萬兩白銀賑濟廣東水澇災害。五月初六，河南沁河河水泛濫，朝廷及時開展災民賑濟工作。當月，光緒皇帝在乾清宮接見法國公使巴思德、意大利親王費爾迪安德等人，持續推進外交交流。
六月初一，德國減少在直隸的駐軍，并歸還廊坊、楊村、北戴河、秦王島、山海關等地，一定程度上緩解了地區緊張局勢。六月十四，沅陵匪首覃加位被誅殺，維護地方治安。
這個夏天，朝廷免除浪穹過去拖欠的賦稅、莎車因災荒廢土地的額賦，以及甘肅、云南受災地區拖欠的賦稅；同時，賑濟武陟水災、朝陽火災，盡力救助受災民眾。
秋七月初一，朝廷設置川滇邊務大臣，任命趙爾豐擔任此職，并賞賜侍郎銜，加強對川滇邊境地區的管理與開發。同日，沁河決口成功合攏。七月初三，江蘇將水陸各營旗防軍改編為巡防隊，進行軍事制度調整。七月初四，出國考察政治的大臣載澤等人返回京城，并呈上密奏。朝廷命醇親王、軍機政務處大臣、大學士、北洋大臣共同審閱，以決定是否采納。七月初八，奉天的大東溝開辟為商埠，并設立海關，由東邊道兼任海關監督，促進對外貿易。七月十一，朝廷發布諭旨稱，載澤等人奏陳國家衰弱源于上下隔閡，而各國富強在于實行憲法、聽從公論，因此決定仿行憲政，將大權統歸朝廷，同時讓民眾參與部分政務討論，著手預備立憲基礎，要求內外臣工切實振興。次日，朝廷再次諭令，預備立憲需先厘定官制，命大臣編纂相關方案，由奕劻、孫家鼐、瞿鴻禨總負責核定，最后請旨施行。同時，調任端方為兩江總督兼南洋大臣。七月二十六，朝廷從江蘇庫銀中撥出十萬兩賑濟徐、海、淮西等地的水災。
八月十九，朝廷免除臨川被水沖毀土地的額賦。八月二十二，光緒皇帝在仁壽殿接見日本王爵博恭、公使林權助。當月，朝廷賑濟安徽水災、廣東風災、湖州澇災，積極應對多地自然災害。
九月初六，光緒皇帝在仁壽殿接見各國公使。九月初九，朝廷賜予游學畢業的陳錦濤等人各科進士、舉人出身，鼓勵留學教育。九月十七，朝廷下詔更改官制，內閣、軍機處、外務部等部分機構保持不變；將巡警部改為民政部，戶部改為度支部，兵部改為陸軍部，刑部改為法部，工部與商部合并為農工商部，理藩院改為理藩部，各部門設尚書一人、侍郎二人，且不分滿漢；都察院設都御史一人、副都御史二人；將六科給事中改為給事中，大理寺改為大理院；增設郵傳部、海軍部、軍諮府、資政院、審計院；將財政處并入度支部，太常寺、光祿寺、鴻臚寺并入禮部，太仆寺、練兵處并入陸軍部；各部尚書均兼任參預政務處大臣。同時，任命世續為軍機大臣，林紹年在軍機大臣上學習行走，鹿傳霖、榮慶、徐世昌、鐵良不再擔任軍機大臣，轉而專門管理部務。九月十八，朝廷從廣東庫銀中撥出十萬兩，賑濟香港及潮、高、雷、欽、廉等地的風災。九月二十，朝廷將政務處改為會議政務處。九月二十一，朝廷任命曾廣銓以三品京堂身份擔任出使德國大臣。
冬十月初七，正值皇太后壽辰，因局勢未穩，朝廷取消筵宴慶祝活動。十月十七，光緒皇帝在乾清宮接見英國公使朱邇典、比利時公使柯霓雅。十月十九，朝廷裁撤并合并廣東陸路、水路提督，改為廣東提督，精簡地方軍事官職。十月二十一，光緒皇帝在勤政殿接見日本公使林權助。十月二十二，瀏陽、醴陵的匪首巫王永求、陳顯龍發動叛亂，被官軍迅速擒獲斬殺。十月二十四，朝廷調撥三十萬漕折銀，用于賑濟江蘇地區。十月二十六，朝廷在京師設立官報局，加強輿論宣傳與信息傳播。
十一月初五，朝廷留下廣東應上繳的十萬兩京餉，用于當地賑災。十一月初八，朝廷免除廣西銻礦的出井稅，促進礦業發展。十一月初十，朝廷從陜西官銀中撥出八萬兩，援助江蘇賑災。十一月十四，朝廷下詔將孔子祭祀規格提升為大祀，并命相關部門商議具體典禮細節。十一月十九，朝廷下詔讓各省商議幣制改革事宜。十一月二十三，朝廷在曲阜修建學堂，并從內庫撥出十萬兩白銀資助工程建設。當月，光緒皇帝在勤政殿接見墨西哥公使胡爾達，在乾清宮接見德國公使雷克司、法國公使巴思德、英國公使朱邇典，持續開展外交活動。
十二月初一，出現日食現象。十二月初五，朝廷增加京官的養廉銀，試圖改善官員待遇。十二月十二，朝廷將駐各國公使的官階改為二品實官，調整外交官員職級。
這年冬天，朝廷賑濟普寧、趙州、羅平、師宗等地的災害，以及江寧、揚州的水災；同時，免除灤平、安州因澇災應繳納的糧賦，永城的額賦，陜西咸寧等地拖欠的賦稅，永平、太和、昆明受災地區拖欠的糧食，全力減輕受災地區民眾負擔。
光緒三十三年（1907年）正月初三，光緒皇帝在乾清宮接見各國公使，維持外交溝通。正月初九，朝廷裁撤各部小京官，開啟精簡機構的舉措，旨在優化行政體系、節省開支。
二月初四，駐藏大臣有泰因在處理西藏事務中存在失誤，被革職并流放至軍臺，這反映出朝廷對邊疆事務管理的重視與對失職官員的懲處。二月十二，朝廷截留江蘇漕糧十五萬石，用于儲備救災物資，以應對可能出現的災情。
三月初七，光緒皇帝在勤政殿接見日本公使林權助等人，繼續開展外交活動。三月初九，長春、哈爾濱被開辟為商埠，這是清政府試圖通過開放通商口岸，促進經濟發展、加強與外部聯系的舉措。三月初十，朝廷對東北地區官職進行重大調整，將盛京將軍改為東三省總督，裁撤吉林、黑龍江將軍，改設奉天、吉林、黑龍江三位巡撫，并任命徐世昌為欽差大臣、東三省總督，以加強對東北地區的管理與開發。三月十三，朝廷任命順天府尹孫寶琦為出使德國大臣，負責對德外交事務。三月二十三，任命天津道梁敦彥為出使美墨秘古大臣；同日，任命陸徵祥為保和會專使大臣，李經方為出使英國大臣，錢恂為出使荷國大臣，進一步完善外交布局。三月二十八，昆岡去世，中樞官員體系出現變動。
這個春天，朝廷免除中衛遭受水災以及榆林等地拖欠的賦稅，同時免除云南因旱災等受災州縣拖欠的糧食賦稅及額賦，以減輕民眾負擔、緩解社會矛盾。
四月初五，朝廷裁撤各省民壯捕役，改設巡警，推動地方治安體系向近代化轉型。綏來發生地震，給當地帶來災害。四月初六，御史趙啟霖因污蔑親貴被革職，這一事件引發朝堂震動。四月十二，朝廷進一步更定東三省官制，在奉天、吉林、黑龍江分別設立行省公署，以總督為長官、巡撫為次官，并設置左右參贊，分領承宣、諮議兩廳，同時分設交涉、旗務等七個職能司，以及提法使、督練處等官職，使東三省行政體系更加規范化、專業化。四月二十，因天氣干旱，朝廷舉行祈雨儀式。四月二十二，鑒于江北發生水災，朝廷嚴格禁止米糧出口，以保障災區糧食供應、穩定糧價。四月二十八，朝廷確定陸海軍官制，陸軍部設兩廳十司，軍諮處五司，海軍部六司，推進軍事制度的近代化改革。四月二十九，朝廷命衍圣公孔令貽負責稽查山東學務，借助其影響力推動地方教育發展。
五月初五，巴塘等地喇嘛脅迫河西蠻發動叛亂，官軍迅速出兵將其平定，維護了地方穩定。五月初七，朝廷任命王士珍以侍郎銜署理江北提督，加強對江北地區的軍事管理。五月初八，西陵禁山發生火災，引發對皇家陵寢安全的關注。五月初九，瞿鴻禨被罷官，中樞權力格局發生變化。五月十一，朝廷任命鹿傳霖為軍機大臣，同時命醇親王載灃進入軍機處，進一步充實中樞決策力量。五月十三，王文韶被罷官，朝廷任命張之洞為協辦大學士，調整高層官員職務。五月十五，崇禮去世。五月二十九，朝廷將按察使改為提法使，設置巡警道、勸業道，裁撤分守、分巡各道，酌情保留兵備道，并分設審判廳，為司法獨立做準備，同時增加輔助治理官員，為地方自治創造條件，計劃在十五年內全面推行。五月三十，朝廷下詔，稱憲法之下官民均有責任，鼓勵大家建言獻策，提出預備立憲的方法和施行步驟，朝廷將進行甄別采納。此外，安徽候補道徐錫麟刺殺巡撫恩銘，徐錫麟被捕后被處死，這一事件震驚朝野，凸顯社會矛盾的尖銳。
六月初三，朝廷任命李家駒為出使日本大臣，負責對日外交。六月初八，恢復御史趙啟霖的官職，這一反復引發諸多議論。六月十四，自四月以來久旱無雨，直至當日才降下雨水，緩解了旱情。朝廷授予張之洞體仁閣大學士，鹿傳霖協辦大學士，進一步明確官員職銜。六月二十七，朝廷取消皇帝萬壽節的筵宴活動。永定河發生決口，引發水患危機。
這個夏天，朝廷免除新化遭受水災地區的額賦、伊通因賊患拖欠的賦稅，以及云南因旱災等受災州縣的銀米賦稅；同時，賑濟云南饑荒及直隸水災，全力救助受災民眾、穩定社會秩序。
秋七月初三，朝廷下詔，要求中外臣工商議如何消除滿漢之間的隔閡，促進民族融合，這是清政府在民族政策上的一次重要調整。七月初六，朝廷將考查政治館改為憲政編查館，規定軍機大臣、大學士、參預政務大臣的議事活動在閣內進行，推進憲政籌備工作。七月十四，皇太后下懿旨，派遣楊士琦前往南洋各埠考察，并鼓勵華僑回國投資興業，以促進經濟發展。朝廷免除趙州、祿豐受災地區的額賦，同時賑濟順天等地的災民，以及瀏陽、邵陽的蛟災。七月十六，朝廷下詔指出，匪徒常以革命為名進行煽動，要求各督撫設法解散相關組織，對抓獲的罪犯按叛逆、盜匪等不同罪名論處，避免株連被脅迫者及不知情家屬。朝廷任命張蔭棠為全權大臣，與英國商議西藏相關條約。敬信去世。七月二十一，朝廷確定限期編練陸軍三十六鎮，加強軍事力量建設。七月二十八，朝廷任命張之洞、袁世凱為軍機大臣，同時任命袁世凱為外務部尚書，進一步調整中樞與外交的權力配置。七月二十九，朝廷任命楊士驤署理直隸總督兼北洋大臣，負責重要地區的軍政事務。七月三十，李經邁因母親生病辭去職務，朝廷任命雷補同充任出使奧國大臣。八月初一，黃河在孟縣決口，加劇了水患災害。
八月初三，光緒皇帝身體不適，朝廷下詔要求各省舉薦精通醫理的人才。朝廷任命汪大燮出使英國，達壽出使日本，于式枚出使德國，均擔任考察憲政大臣，進一步推進憲政考察工作。八月初四，朝廷在京師設置高等審判廳，推動司法體系的近代化。八月十一，設置總檢察廳，完善司法機構設置。八月二十八，朝廷設立資政院，任命貝子溥倫、孫家鼐為總裁，為立憲政治做制度準備。八月二十九，朝廷任命伍廷芳為出使美國大臣，薩蔭圖為出使俄國大臣。九月初三，朝廷下詔要求各省駐防人員改變游手好閑的習氣，命各將軍等分配田地督促耕種，歸農后相關事務由地方官府治理，試圖解決旗人生計問題。九月初五，朝廷裁撤奉天驛站，設立文報局，改進信息傳遞方式。九月初七，朝廷下詔要求中外臣工深入研究君主立憲政體，并諭令制定自治章程，加快憲政籌備步伐。九月初十，光緒皇帝在仁壽殿接見德國公使雷克司、日本公使阿部守太郎，同時諭令神機營衛隊及官兵歸陸軍部管轄，加強軍事統一管理。
九月二十，朝廷下詔議定滿漢禮制、刑律，考定度量權衡統一制度章程，推動制度規范化。同日，因吸食鴉片惡習未改，莊親王載功、睿親王魁斌、都御史陸寶忠、副都御史陳名侃被責令解職，要求迅速戒除煙癮，并諭令內外文武官員在三個月內戒除，否則將嚴懲，以整頓官場風氣、提高官員身體素質。九月二十二，朝廷任命沈家本、俞廉三、英瑞為修訂法律大臣，推進法律改革。九月二十八，朝廷命令各省設立諮議局，公開選舉議員，并籌備設立州、縣議事會，推動地方民主政治發展。十月初一，日本因水災前來請求購買糧食，清政府從江、皖、浙、鄂等省調撥六十萬石米糧予以援助，展現外交互動與國際互助。十月初三，朝廷命令各省設立調查局，各部、院設立統計處，加強信息收集與管理。朝廷賜予游學畢業生章宗元等人進士、舉人出身，鼓勵留學教育。十月初七，湖北按察使梁鼎芬上書彈劾奕劻、袁世凱等人相互勾結、貪私誤國，認為禁止賄賂、杜絕請托是挽回時局的關鍵，然而朝廷以其有意沽名釣譽，對其進行斥責，這一事件反映出朝廷內部的矛盾與斗爭。當月，朝廷免除云南因旱災受損等州縣的稅糧，賑濟懷寧等縣水災。
冬十月初七，朝廷任命孫家鼐、榮慶等人為經筵講官，負責為皇帝講解經史及本朝掌故，以提升皇帝的治國理政能力。永定河決口成功合攏，緩解水患危機。十月初十，正值皇太后壽辰，朝廷取消筵宴活動。十月十四，光緒皇帝在勤政殿接見日本公使林權助等人。十月二十八，哲布尊巴丹胡圖克圖向朝廷進獻地方特產，體現邊疆與中央的聯系。
十一月初三，廣西匪徒占據南關炮臺，朝廷責令張鳴岐督率軍隊進剿，不久后成功收復炮臺，維護了邊疆安全。十一月二十一，朝廷嚴格禁止聚眾開會演說，以加強社會管控。朝廷諭令各省整頓學堂，增訂考核勸誡辦法，推動教育發展。十一月二十五，光緒皇帝在乾清宮接見俄國公使璞科第等人。鑒于內外臣工對幣制改革中采用兩用元存在不同意見，朝廷諭令各督撫結合地方實際情況進行考察商議并奏報。朝廷撥出五十萬兩庫銀，接濟廣西軍隊，保障軍事行動順利開展。
十二月初一，朝廷重新分設廣東陸路提督、水師提督，調整地方軍事布局。十二月初六，朝廷裁撤吉林副都統，設置交涉、民政、度支三司使以及提法使、勸業道，完善地方行政體系。朝廷對進士館游學畢業學員楊兆麟等人給予晉升獎勵。十二月十五，朝廷裁撤山東糧道，設置巡警道、勸業道，推動地方治理改革。十二月十七，朝廷諭令熱河圍場開展屯墾活動，裁撤駐防官兵，優化邊疆地區管理。十二月十八，朝廷任命呂海寰為督辦津浦鐵路大臣，負責重要鐵路建設事務。十二月十九，那桐兼任督辦稅務大臣，加強稅務管理。十二月二十四，朝廷賞賜總稅務司赫德尚書銜，以表彰其在稅務工作中的貢獻。十二月二十九，朝廷再次下令暫緩布特哈進貢貂皮一年，減輕地方負擔。
這年冬天，朝廷免除云南因旱災、直隸因水澇以及陜西拖欠的賦稅；同時，賑濟云南等地的蛟災、四川水災、廣東風災水災，積極應對自然災害，緩解災情對民眾生活的影響，維持社會穩定。