大天使號終于與地球聯合軍的第八艦隊匯合了，瑪琉就基拉為保護大天使號所做的一切而向其道謝。

第八艦隊的哈爾巴頓提督親自來到大天使號上與老部下瑪琉見面，然后命令大天使號前往位于阿拉斯加的地球聯合軍的本部。

其間，娜塔爾關于強行留下基拉的主張被哈爾巴頓駁回。

塞等人從娜塔爾那里收到了退伍許可證，然而此時芙蕾卻突然提出志愿參軍。

吃驚的塞等人撕掉了自己的退伍許可證，決心留在大天使號上盡一份力。

在脫出用艦船前，朋友們將基拉的退伍許可證給了他，并且告之自己決心留下來。

此時警報聲響起，總合了戰力的克魯澤隊再度全力襲來。

基拉的腦海中浮現起瑪琉、哈爾巴頓以及避難的小女孩的話，放棄了自己的退伍許可證，回到強襲高達上待機。

阿斯蘭說道:“基拉，沒想到你的伙伴們居然都不會放棄的?！?

基拉說道:“謝了，阿斯蘭?！?

位于地球軌道上的第八艦隊開始了與克魯澤隊壯烈的會戰。

在數量上占絕對優勢的聯合軍艦隊被擁有4架高達的克魯澤隊打得毫無還手之力。

大天使號緊急向地球降落，為了守護大天使號，基拉決定出擊。

在掩護大天使號的同時，哈爾巴頓提督所在的旗艦與ZAFT軍的卡莫夫艦同歸于盡。

戰斗中，一直以來所保護的難民們所乘坐的救生船就在基拉的眼前被擊毀。

以第八艦隊的重大犧牲為代價，大天使號終于降落到地球上。

伊扎克說道:“基拉，那個時候抱歉了?！?

基拉說道:“沒關系，伊扎克。”

在與第八艦隊決戰的前夜，拉烏在威薩利烏斯號自己的房間里回顧了自赫利奧波利斯遇襲以來的所有事情，并且提到了喬治·格雷恩——第一個調整者。

喬治·格雷恩是在受精卵階段接受了人為遺傳因子操作而誕生的人，因此無論是智力還是身體，他都比一般人更加優秀，所取得的成就也令普通人望塵莫及。

在乘坐自行設計的宇宙船執行木星探測任務的時候，喬治·格雷恩公布了自己出生的秘密。

隨著調整者的逐漸增多，其與自然人的沖突也愈演愈烈，喬治·格雷恩本人也死于自然人的暗殺。

基拉說道:“原來喬治·格雷恩是第一位調整者?！?

阿斯蘭說道:“難怪之前沒有聽說過他的事情?！?

為了救起在突入大氣圈時因與決戰高達戰斗而偏離了降落軌道的強襲高達，大天使號不得不修正了自己的航向，降落在位于ZAFT軍勢力范圍之內的非洲。

得救的基拉由于戰斗及突入大氣層時所受的傷害而發起了高熱。

芙蕾意外地承擔起了照顧基拉的責任。

受到嚴重刺激的基拉在芙蕾的安慰下，精神漸漸地平復下來，兩人的距離也慢慢地縮小了。

抵抗組織“光明沙漠”的成員卡嘉莉和紅凱發現了為了去阿拉斯加而在沙漠中前行的大天使號。

基拉說道:“卡嘉莉，沒想到你和紅凱在一起觀察我們的行動。”

卡嘉莉說道:“是的，還有列多尼亞上校一起?！?

真飛鳥說道:“原來如此?！?

非洲沙漠中，大天使號遭到有著“沙漠之虎”稱號的安迪·巴爾特菲爾德所率部隊的夜襲。

基拉駕駛強襲高達出擊，但由于不習慣在沙漠中進行戰斗而一度陷入了苦戰之中。

就在這時，抵抗組織“光明沙漠”向大天使號伸出了援助的手，將巴爾特菲爾德隊的MS引入了地雷陣，擊退了敵人。

安德魯說道:“卡嘉莉，你真聰明啊！”

卡嘉莉開心地說道:“沒什么了?！?

依靠抵抗組織“光明沙漠”的幫助，大天使號艱難地打退了巴爾特菲爾德隊的猛攻。

在與大天使號合流的“光明沙漠”的成員之中，基拉意外地發現了曾在赫利奧波利斯有過一面之緣的少女卡嘉莉。

從“光明沙漠”的領導人塞布那里，瑪琉等人得知了聯合軍的維多利亞基地已經陷落的消息。

目前唯一的方案，便是從紅海經印度洋、太平洋到達阿拉斯加。

然而前進道路上最大的障礙，便是由“沙漠之虎”所率領的ZAFT軍。

巴爾特菲爾德隊計劃對“光明沙漠”實施報復性攻擊。

另一方面，大天使號上的眾人迎來了短暫的休息。

正準備對強襲高達進行調整的基拉被卷入了塞和芙蕾的爭吵之中，芙蕾并且公然宣布了自己與基拉的關系。

面對塞的詰問，基拉爆發了。

這時，巴爾特菲爾德隊正式對“光明沙漠”所居住的村莊發動了攻擊。

在事先進行過通告之后，巴爾特菲爾德隊以彈藥和糧食為目標對“光明沙漠”所居住的村莊發動了攻擊。

在得知消息趕過去救援的穆及“光明沙漠”成員到達村莊的時候，巴爾特菲爾德隊早已揚長而去。

憤怒的“光明沙漠”的成員對巴爾特菲爾德隊實行了追擊，但由于實力過于懸殊，反使自己陷入了危機之中。

基拉駕駛強襲高達趕到，擊退了巴爾特菲爾德隊。

為了補充匱乏的物資，基拉和卡嘉莉等人潛入了ZAFT軍基地所在的巴拉迪亞的市場。

兩人偶然與“沙漠之虎”安迪·巴爾特菲爾德相見，并卷入激進組織“藍色波斯菊”對“沙漠之虎”的暗殺行動之中。

由于基拉和卡嘉莉遲遲不歸，大天使號被籠罩在不安的氣氛當中。

格納庫內，塞試圖強行啟動強襲高達，但他的努力卻終告失敗。

奧特之父嘆息地說道:“賽伊這個少年擅自啟動強襲高達?！?

按照事先的約定，阿斯蘭來到拉克絲的家中作客。

兩人談到了基拉，阿斯蘭得知基拉依舊保留著自己送給他的小鳥，心情郁郁不樂。

在PLANT最高評議會上，穩健派和強硬派對采用繼續戰爭還是共存的不同手段展開了激烈的爭吵。

另一方面，大天使號擬定了強行突破“沙漠之虎”部隊的作戰計劃。

伊扎克與迪亞克在直布羅陀基地與“沙漠之虎”部隊合流。

大天使號與巴爾特菲爾德隊開始決戰，駕駛強襲高達的基拉也與安迪·巴爾特菲爾德交上了手。

為了扭轉不利的局面，卡嘉莉駕駛空中霸王出擊。

一番激戰過后，安德魯·巴爾特菲爾德重傷，他的戀人愛莎·特萊茵死亡。

巴爾特菲爾德說道:“少年，干的漂亮?！?

基拉說道:“哪里了，剛才的事情，真的抱歉了?！?

巴爾特菲爾德說道：“沒關系，我原諒你了?！?

大天使號離開了光明沙漠，駛入海面上，基拉擊退了ZAFT古恩的進攻。

大天使號艱苦地打退了莫拉希姆隊的進攻，然而莫拉希姆隊依舊鍥而不舍地對大天使號實行追擊。

卡嘉莉再度駕駛空中霸王出擊。

與此同時，和尼高爾一起降落到直布羅陀基地的阿斯蘭被任命為薩拉隊的隊長，承擔起指揮對大天使號作戰的重任。

阿斯蘭乘坐輸送機到卡奔塔利亞基地領取MS母艦，正巧被因機體中彈而偏離作戰區域的卡嘉莉發現。

小戰過后，兩人同時落到一個無人島上。

阿斯蘭說道:“卡嘉莉，沒想到我們這樣見面??！”

卡嘉莉紅著臉說道:“哪里了，阿斯蘭”

紅凱說道:“臉紅的像一個蘋果。”

卡嘉莉說道:“別說我啊，父親。”

卡嘉莉駕駛的空中霸王與阿斯蘭所乘坐輸送機同時被擊落，兩人降落在同一個無人島上。

在沙灘上遇到阿斯蘭的卡嘉莉被阿斯蘭以武力制服。

由于電波障礙嚴重，兩人都無法與各自的部隊取得聯系，只得在小島上度過了一夜。

另一方面，基拉也在不停地尋找著卡嘉莉，天明的時候，兩人分別被各自的部隊救起。

大天使號與追擊的薩拉隊展開了激戰，由于作戰地點十分靠近中立國奧布的近海領域，因此雙方同時受到奧布軍的警告。

卡嘉莉表明了自己是奧布公主的身份，幾乎被打破的大天使號進入了奧布的基地，薩拉隊被迫撤退。

奧布的領導人烏茲米·納拉·阿斯哈向瑪琉等人表明了愿意向大天使號提供協助的態度；但作為交換條件，奧布必須得到強襲高達的戰斗數據，以及基拉必須到曙光社進行技術支持。

阿斯蘭說道:“原來烏茲米需要基拉他們的幫助?！?

薩拉隊一行四人借著奧布內部親PLANT派的幫助秘密潛入了奧布。

基拉說道:“阿斯蘭，沒想到你這樣方式進入奧布?！?

阿斯蘭說道：“是的。”

與奧布達成協議的大天使號開始在奧布的基地中進行修理工作；另一方面，曙光社的技術主任艾莉卡開始解析強襲高達的戰斗數據。

基拉來到曙光社，不但見到了曙光社正為奧布開發的M1異端，還遇上了卡嘉莉。

艾莉卡要求基拉協助曙光社開發M1異端的操作系統。

伽古拉說道：“這就是奧布開發出來的M1異端，數據資料簡直和強襲高達很相似。”

瑪琉向塞、多爾等人宣布了可以在軍隊本部與家人會面的消息。

除了芙蕾之外，眾人都十分興奮。

在基拉調試M1Astray系統的閑暇里，卡嘉莉向基拉談起了自己加入抵抗組織的原因。

塞等人和父母見了面。

不愿意見到父母的基拉在大天使號內等待著芙蕾，此舉卻被芙蕾認為基拉是在同情她，失態的芙蕾撕開了基拉心底的傷痕。

基拉的父母單獨與烏茲米·納拉·阿斯哈會面，言談之中竟然牽涉著基拉出生的秘密。

伽古拉說道:“原來，基拉和卡嘉莉果然有身世。”

遙輝說道:“是啊，紅凱前輩，基拉和卡嘉莉的真正的名字叫什么?。俊?

紅凱說道:“基拉·大和真正的名字叫基拉·響，而卡嘉莉真正的名字叫卡嘉莉·響，這是他們真正的名字?！?

大古說道:“這么說的話，卡嘉莉就由烏茲米·納拉·阿斯哈收養，基拉是由大和夫婦收養的。”

紅凱說道:“是的，前輩?！?

基拉成功地完成了改良M1Astray系統的任務；之后，在調整強襲高達時，阿斯蘭送給基拉的機械鳥突然飛走。

追尋著機械鳥來到基地操場上的基拉意外地發現了秘密潛入的阿斯蘭。

修理完畢的大天使號即將從奧布的基地中出發。

原本想與大天使號一起行動的卡嘉莉被父親的話所觸動，留在了奧布。

在烏茲米、基拉的父母以及卡嘉莉等人的送別下，大天使號終于出發。

阿斯蘭判斷出大天使號的行進路線，并在大天使號的必經之路上設伏。

雙方在公海展開了激戰，依靠強襲高達的三種裝備，基拉在與薩拉隊四機的戰斗中占了上風。

他們不知道紅凱躲在暗處觀察他們的戰斗。

阿斯蘭說道:“原來我們的戰斗都被紅凱看到了。”

基拉說道:“難怪，就連我都沒有看到他?！?

為了掩護阿斯蘭，迅雷高達被使用劍裝備的強襲高達攔腰砍中，尼高爾戰死。

基拉說道:“阿斯蘭，抱歉了”

阿斯蘭說道“沒關系，基拉，尼高爾雖然已經死了，他依然活在我的心里。”