畫面再次轉換，是九年前的悲劇。

紅凱加入扎夫特陣營并賜予了扎夫特不同的攻擊戰術。

扎夫特將戰艦密涅瓦號和自由高達以及正義高達送給紅凱，也將阿瑟副艦長以下的士兵編入紅凱的部隊，也包括威諾·杜普雷和尤蘭·肯特以及艾比·文瑟也編入紅凱的麾下。

這是扎夫特對紅凱的回報之恩，紅凱成了扎夫特的守護神。

伽古拉驚訝地說道：“紅凱居然成了扎夫特的守護神。”

阿斯蘭驚訝地說道：“沒想到紅凱也成了智慧女神號的艦長。”

基拉驚訝地說道：“扎夫特居然將正義高達和自由高達送給了紅凱。”

真飛鳥驚訝地說道：“就連阿瑟副艦長以下的士兵和威諾·杜普雷和尤蘭·肯特以及艾比·文瑟也編入了紅凱的麾下。”

過了幾個月，聯合軍開始侵犯扎夫特，紅凱和扎夫特聯手消滅他們。

在交戰時，有一只漏網之魚拿著核彈要炸殖民地衛星，紅凱要消滅他時。

結果晚了一步，核彈已經發射了，紅凱將MA消滅，核彈炸毀了尤尼烏斯7號，紅凱也被爆炸余波沖撞到了一顆隕石上。

紅凱恢復視力后，看到尤尼烏斯7號已經被炸成了只剩下碎片，也看到那些死去的無辜生命，內心十分難過。

紅凱將自己所在的部隊傳送到光之國那里，而自己前往并隱居在奧布七年，等待復仇。

奧布中，紅凱在休養期間，與年幼的卡嘉莉成了朋友，原來烏茲米·尤拉·阿斯哈的工作很忙著呢，無法陪伴她的身邊，就讓休養生息的紅凱幫助照顧并陪伴她。

阿斯蘭說道：“卡嘉莉，沒想到你居然陪伴紅凱的身邊一起生活。”

卡嘉莉說道：“是的，阿斯蘭，多虧了紅凱給我親情了，不過紅凱的長相讓我想起了我的親生父親尤連·響。”

基拉說道：“我的和卡嘉莉一樣，紅凱的長相也讓我想起了我的親生父親尤連·響。”

真飛鳥說道：“原來如此，我也是和基拉、卡嘉莉兩人的情況差不多。”

在紅凱的房間里，紅凱看著手里的歐布圓環，責怪自己的能力不夠，就連尼爾·狄蘭迪和克里斯蒂娜·雪拉以及里希丁達爾·杰利，還有尤尼烏斯7都保護不了。

紅凱傷心地說道：“我。。不配做守護神，伙伴尼爾·狄蘭迪和克里斯蒂娜·雪拉以及里希丁達爾·杰利都保護不了。

就連殖民地衛星尤尼烏斯7號都保護不了，我什么都保護不了，我做什么守護神。

這一切都是我的錯，我是不會原諒你們的，聯合軍，自然人。”

紅凱的眼睛再次流下了眼淚，決定向聯合軍復仇的，報殖民地衛星尤尼烏斯七號的仇，這是紅凱流出了第二次眼淚。

洋子悲痛欲絕地感慨道：“紅凱前輩實在太可憐了！他的伙伴尼爾·狄蘭迪和克里斯蒂娜·雪拉以及里希丁達爾·杰利竟然都無法保護周全。

甚至連他所珍視的殖民地衛星尤尼烏斯七號也守護不了！這樣的他，又怎么配得上被稱為‘守護神’的稱號呢？”

一旁的結花同樣面露哀傷之色，她贊同地點點頭，語氣充滿同情與難過：“是啊，紅凱前輩真是太可憐了……”

畫面一轉，在宇宙的殖民地衛星里，基拉大和在工作。

某一天，在前往研究室的時候，基拉被卷入了ZAFT軍奪取高達的作戰之中。

利用突襲所產生的混亂，ZAFT軍很快奪取了5架高達中的3架。

此時，正在尋找避難場所的基拉偶然發現了剩下的兩架高達，而前來奪取高達的ZAFT軍人之一，竟是他幼時的好友阿斯蘭·薩拉。

基拉說道：“阿斯蘭，沒想到我們用這種方式見面”

阿斯蘭說道：“哪里，我沒有注意你就在那里的。”

基拉與地球聯合軍的軍官瑪琉一起乘上唯一未被奪走的強襲高達，離開了陷入爆炸之中的工場。

但是，ZAFT軍的MS正守候在工場外面。

負傷的瑪琉無法操作強襲高達，危急時刻，基拉代替瑪琉開始駕駛強襲高達，并修正了高達的操作系統。

潛在能力被解放出來的強襲高達輕而易舉地擊破了ZAFT軍的MS。

然而，危機解除后，基拉和他的朋友們卻被瑪琉以涉及軍事機密而“挾持”。

同一時刻，前來接收高達的大天使號的殘余人員在娜塔爾少尉的帶領下，啟動了大天使號；得知消息的穆也回到了赫利奧波利斯的內部對大天使號進行援護。

大天使號與ZAFT軍就在殖民地衛星的內部展開了激戰。

在與ZAFT軍的拉烏激戰的時候，基拉駕駛強襲高達將赫利奧波利斯的壁轟開了一個大洞。

驚訝于強襲高達的威力的拉烏選擇了撤退。

基拉等人登上了大天使號。

正當眾人驚詫于駕駛強襲高達的基拉只是個孩子的時候，穆看出了基拉是調整者。

感覺到高達的威脅的拉烏選擇了再度攻擊大天使號，阿斯蘭也駕駛著剛強奪來的圣盾高達隨隊一同出擊。

由于操作系統被基拉修改過，其他人根本無法駕駛強襲高達。

隨著敵人的臨近，已決定不再駕駛高達的基拉不得不再度出擊。

基拉與阿斯蘭，曾經的朋友在戰場上再次相逢，激烈的戰斗中，早已傷痕累累的赫利奧波利斯開始解體。

基拉說道：“阿斯蘭，抱歉，我不應該殺掉米基爾。”

阿斯蘭說道：“沒關系，基拉，米基爾雖然犧牲了，我一直在想念他呢？”

帶著赫利奧波利斯解體時逃出的一艘救生艙，基拉回到了大天使號上，基拉等人的同學芙蕾也在這艘救生艙里。

大天使號選擇前往友軍的軍事衛星阿爾特彌斯要塞；但這個行動被拉烏識破，并針對大天使號的路線立下了行動方案。

作為友人，阿斯蘭一心希望基拉能回到調整者這邊來，因此對于拉烏的質問，他的回答是將說服基拉。

被識破計劃的大天使號遭到拉烏隊的夾擊。為了減輕基拉的負擔，多爾等人自愿來到艦橋協助瑪琉等人工作。

被朋友們的行動及穆的言語所觸動的基拉，決定繼續駕駛強襲高達作戰。

阿斯蘭說道：“基拉，沒想到你的伙伴們居然那么信任你呢？”

基拉說道：“謝謝，阿斯蘭。”

在強襲高達面前出現的是被奪走的四架高達。

中島說道：“沒想到，這些高達居然有這么高的機動性。”

伊扎克說道：“沒錯，前輩，我所駕駛的是決斗高達，迪亞卡所駕駛的是暴風高達，尼高爾所駕駛的是迅雷高達，阿斯蘭所駕駛的是神盾高達。”

中島說道：“你是”

伊扎克說道：“我的名字叫伊扎克·玖爾”

混戰中，先行出擊的穆出其不意地襲擊了ZAFT軍的威薩利烏斯號，但伊扎克和迪亞克無視撤退命令，繼續攻擊基拉。

能量消耗嚴重的強襲高達解除了相轉移裝甲，危急中，圣盾高達變形為MA形態強行將強襲高達帶走。

在穆的援護下，強襲高達利用換裝補充了能量，艱苦地將伊扎克等人擊退。

艱難地擺脫了ZAFT軍的追擊的大天使號逃入阿爾特彌斯要塞，然而在這里等待著他們的是友軍士兵的槍口。

雖然同在地球聯盟內，但瑪琉等人所屬的是大西洋聯邦，而阿爾特彌斯要塞則是歐亞聯邦的勢力范圍。

想要獲取高達機密的阿爾特彌斯要塞司令加爾西亞軟禁了大天使號上的成員。

克魯澤隊的尼科爾利用自己駕駛的迅雷高達特有的“海市蜃樓系統”破壞了阿爾特彌斯要塞的全周圍光波防御帶發射系統，基拉趁隙去駕駛高達出來迎戰。

良說道:“沒想到尼高爾簡直是一個天才，迅雷高達居然有這種能力。”

但決戰高達及暴風高達此時已開始對要塞展開攻擊。

在大天使號逃離之后，曾經夸稱“難攻不破”的阿爾特彌斯要塞開始崩壞。

利用ZAFT軍攻擊阿爾特彌斯要塞的間隙，大天使號暫時逃離了克魯澤隊的攻擊。

然而艦內卻出現了物資嚴重不足的新情況，為了解決這一問題，穆提出了利用位于碎石帶上的廢棄艦船上的物資的方案。

另一方面，返回PLANT述職的拉烏和阿斯蘭，在國防委員長帕特利克·薩拉的指使下片面陳述了赫利奧波利斯事件。

PLANT最高評議會內，強硬派勢力開始抬頭。

喜比隊長說道：“沒想到，阿斯蘭你會介紹高達機體。”

阿斯蘭說道：“謝謝你，前輩”

為從“尤尼烏斯7”的殘骸中搬運物資的多爾等人擔當哨戒任務的基拉遭遇了一架偵察型吉恩。

為了保護多爾等人，基拉將偵察型金擊毀。

在現場還發現了一艘救生艙，基拉將其帶回到大天使號上。

在救生艙里的人是PLANT最高評議會議長西格爾·克萊恩的女兒、阿斯蘭的未婚妻拉克絲·克萊恩。

拉克絲說道：“基拉，謝謝你那時救了我”

基拉說道：“不客氣，拉克絲。”

天真爛漫的拉克絲即使在敵對方的大天使號上也沒有絲毫的不安感，而對拉克絲抱有敵意的也僅有芙蕾一人。

作為拉克絲的未婚夫，在威薩利烏斯號的維修期間進行短暫休整的阿斯蘭因拉克絲失蹤一事被緊急隨隊派往碎石帶進行搜索。

而此時的大天使號，也與第八艦隊的先遣隊聯系上了。

盼望已久的救援即將到來的消息使大天使號艦內一片輕松。

芙蕾的父親，地球聯合外務次官喬治·阿爾斯塔也隨先遣隊一同前來。

但就在兩方匯合之際，克魯澤隊對先遣隊和大天使號發動了攻擊。

芙蕾劫持了處于被軟禁狀態的拉克絲來到艦橋上，希望以拉克絲為質換得父親的安全，但就在此時喬治·阿爾斯塔所乘坐的“蒙哥馬利”號被擊沉。

在先遣隊全滅、大天使號也岌岌可危的情況下，娜塔爾以拉克絲為人質，對克魯澤隊通訊，要求停火。

禮堂光說道：“芙蕾這個女孩，簡直太瘋狂了。”

翔說道：“是啊，芙蕾這個女孩就像我一樣。”

因顧忌到拉克絲的人身安全，克魯澤隊停止了對大天使號的攻擊。

芙蕾將父親的死歸咎于基拉不肯全力作戰。

基拉與被軟禁的拉克絲相遇，言談之中自然而然地回憶起了阿斯蘭。

得知兩人關系的基拉決意將拉克絲送回PLANT。

通過塞等人的幫助，基拉駕駛著強襲高達將拉克絲還給了阿斯蘭。

真正的訣別之后，被命運捉弄的兩人走上了截然不同的道路。

拉克絲說道：“基拉，那個時候謝謝你，把我送回去。”

基拉說道：“不客氣，拉克絲。”

大地說道：“沒想到，拉克絲小姐居然是扎夫特的歌姬。”

為了完成和朋友們的約定，基拉回到了大天使號上，并就私自放走拉克絲一事而受審。

因其并非正式軍人，所以僅僅被要求反省便算完事。

芙蕾聽到奪走父親生命的圣盾高達的駕駛員竟是基拉的好朋友，但她一反常態，為自己先前的表現向基拉道了歉，并開始主動接近基拉。

奧特之父說道：“芙蕾被仇恨蒙蔽，居然利用基拉。”