《摩云手》的故事，發生在前清初年。武當派少年劍客田春禾，幼失怙恃，身世悲涼。他的父親田兆豐，字伯年，本是史閣部手下的一員武將。史閣部揚州兵敗，田伯年率領孤軍，轉戰失蹤；他妻就在大兵進城時，閉門殉節。唯有田春禾，自幼便被姑夫葉金洪收養過去。葉金洪是武當派的有名武師，兵火以后，夫妻倆遠涉異鄉，隱居務農，把田春禾改姓為葉，撫同己子；并命他隨著表兄葉春林、表姐葉春英，一同習武讀書，如此一恍，十有余年。

到田春禾二十一歲，將要議婚時，他的姑母方才屏人揮淚，把實情告訴他。說道：“孩子，我不是你的母親，我是你的姑母啊。”葉金洪也對他說：“你的大哥、二姐才是我葉家的骨肉；你實在是姓田，你的父親名叫田伯年。你父親把你過繼到我夫妻膝下，本來有托孤存嗣的用意。現在我夫妻居然把你扶養成人，我總算對得住你。孩子，你該認祖歸宗了。你父母有些金珠細軟，我這里都給你留著，登下賬簿?！彼鞂⑻锊甑倪z書、遺物拿了出來，一一點交給田春禾。

田春禾初過繼到姑母家中，年才三四歲。起初他只當自己是葉金洪的幼子，早把親生父母忘了。姑父、姑母又過分疼愛他，每逢大哥、二姐和他吵架，必然重責大哥、二姐，他就以膝下寵兒自居，恃寵撒嬌，已非一日?，F在，忽然曉得了自己的身世，原來自己并不姓葉；好比晴天霹靂，驟發耳畔，驚得他瞠目張口，駭不能言。詳叩之后，繼以悲感，給姑父、姑母叩頭不止。姑父把他挽起，慨加安慰道：“你就不必過分難過了，你的母親墓木已拱，空流慟淚，也是徒然。只你的父親，聽江湖上傳言，他還在人間。據說他當日負傷遇救，已經脫出險難，更姓改名，削發為僧了。他的舊部有在西南看見過他的，只可惜他的法名，傳言的人忘了打聽，掛單的地方也沒有訪明；只曉得本廟名叫伏魔寺罷了?！?

田春禾生有至性，既知此事，雪涕不止。過了數月，便要拜別姑父、姑母，往尋生父。葉金洪雖在武林卓有聲名，但韜光匿跡有年，于當時后起的英雄，也多疏隔；欲替春禾代訪，苦無熟人。又見春禾咄咄書空，孝思不匱，也不忍十分攔阻。但其時三藩初定，萑苻不靖，西南伏莽更多，葉金洪實不肯放他一人獨出。夫妻通宵秘議，終遣自己的一個兒子葉春林、一個門徒謝春雨，和田春禾結伴南游；名為鬻拳賣藥，訪藝游學，實在是千里尋親。葉金洪把藥箱子、兵刃、暗器，撿出三份，分給三人。告訴三人：“你們假裝賣藝游學，可以結識武林中人，就便尋訪田舅父的蹤跡；萬不要得罪綠林，也不要招惹鷹爪?！庇纸o三人帶了充裕的路費，寫了幾封薦書；臨行時囑咐了許多的話，遂克日打發三人上道。

三個少年都是初生牛犢兒不怕虎的，一路上很勇敢地尋訪下去。每逢寺院，必往隨喜，遇到武林名輩，便投謁探問；南行多日，僥幸未生事故。忽一日，偕行荒郊，秋風雨至，三少年拼命一跑，趕到贛州附近一個小地方，名叫桃山埠的，卻是通驛的要站。三人避雨宿店，在鎮上遇見幾輛鏢車、數名驍勇的鏢客，也跟蹤投店來了。一入暮，便見鏢客們汲汲惶惶，多方戒備，如臨大敵。田春禾、葉春林、謝春雨深為訝怪，年輕多事，正要探究；那邊鏢客中的一人，已迎頭突來叩門求見，向三人大說江湖黑話，敘武林交道。謝春雨暗笑鏢師眼拙，必是認錯了人，有心惡作劇，自承是綠林人物。葉春林不欲多事，將自己的出處，告訴鏢客：“我們弟兄三人，乃是游學訪藝的，在此地乃是過路。實在不曉得附近綠林的。”鏢客聽了，疑惑略退，對三人仍在暗加提防。

旋到夜半，有人影登房窺店。雙方交手，賊人一攻而退。兩個鏢客窮追逃賊，竟被誘失蹤；其余鏢師大怒，忙結伴勘尋。三個少年不覺躍然，推誠相見，自道師承，愿助鏢客一臂。遂于荒村古剎、酒肆茶寮，分頭密訪。從土民口中，得知附近有彌勒院古剎，方丈因諦上人，就是江湖上所稱的九指山僧，身懷異術，擅會捉妖療疾，廟中香火很盛。鏢客等細察真相，覺得這個因諦方丈，簡直是草莽的雄杰，借神道設教，愚弄俗眼。他那筑壇捉妖，實在是運用武功絕技；他那焚符治病，也全靠良藥，用幻術妝點，使人驚奇罷了。兩鏢客的失蹤，就是被他所擒。

兩鏢客追賊時，正值九指山僧受當地巨室的聘請，代捉天狐。據說天狐魅力高強，正蠱惑著巨室的愛女。九指上人遂遣大弟子在巨室中庭，高筑蘆棚，結法壇，設符錄，召法官，乘夜行法除妖。鏢客馮天來、何光裕，以夜行術登高追賊，誤入法壇棚頂，竟被首座僧識破，用法器一指，突發暗器，二鏢客墜地被擒；拿穢物塞住二人的嘴，用皮囊蒙住二人的頭，說兩人是妖狐的同伴，天魔的化身，把二人押入廟中。鏢頭侯金朋等費了很大的事，訪出九指上人的形跡，皆大駭怒；邀助手，結伴侶，深夜探廟救友。不意九指山僧很不好惹，探廟之人幾乎全數入網。幸虧三少年被僧人誘供，說出身世，始知這九指山僧實在是三點會盟江南西路的領袖。而田春禾的父親田伯年和九指山僧聲氣相通，乃是同道。結果，廟中人遂以同道之子的情誼，把田春禾三個少年釋放出來，被囚的鏢客也同時解免了。田伯年的駐錫處，也因此訪著。

至于九指山僧，本是晚明的一位高門公子，學兼文武，慷慨好友；偶因多事，與鄰結仇；兵燹之后，身遭陷害，竟致全家覆滅。但他曾于無意中，救了一個風塵豪客；這個豪客竟聯絡群俠把他劫救出來。他已落得孑然一身，無家可歸；乃矢志報仇，將仇家刺死。他亡命異鄉，舉目無親，撫膺長慟，欲橫劍自戕，乃又為女俠所救，引領他會見三點會盟的群豪。他們共推戴黑面少年，亡明后裔摩云手為魁，在蠻煙瘴霧中，負隅踞險，稱雄多年。