第101章 生信工具開發進度【求追讀】
- 重生成學霸,我只想專心搞科研
- 老夫很白
- 2146字
- 2024-06-03 17:01:00
聽到施文瑤這么說,顏吳迪卻毫不在意。
她以為施文瑤在謙虛,于是接著說道。
“文瑤,你也別謙虛了,你和李楓師弟認識,那以后你們可以相互配合,拿下這個課題不在話下!”
施文瑤一驚,顏吳迪老師竟然對李楓的評價這么高?!
在她眼里生信技術很是厲害的顏吳迪老師,面對這幾天的建模時也有點抓瞎。
沒想到現在顏老師竟然這么說,這是對李楓有著充分的信任啊。
而施文瑤之所以最近沒去請教李楓,就是在她看來,李楓也做不出來這個建模。
在她眼里,顏吳迪肯定是比李楓要強的。
但現在顏吳迪這么說,好像李楓能輕易解決最近遇到的問題。
“顏師姐你說笑了,就我和文瑤兩人可拿不下這個課題。”
李楓趕緊轉移話題:“你們是遇到什么問題了?”
顏吳迪說道:“是遇到點問題,這些程序一直運行不出該有的結果,就很詭異,你看……”
李楓坐下后,仔細地開始一行行查看起來。
他心里一喜,這個方面的建模,正好前世的時候用到過。
“我們想利用ConsensusCluster對腫瘤樣本進行分型,結果一直這樣……”
顏吳迪在一旁無奈地嘆了口氣。
“嗯,我寫一個吧,用R語言,你們看,先安裝需要的R包,然后加載需要的R包,包括這些……”
李楓問清楚數據的儲存位置后,手指飛快地在鍵盤上敲打著。
一行行代碼出現在電腦屏幕上。
“進行ConsensusCluster一致性聚類分析,應該這么寫……”
李楓邊說邊寫,隨著他手指的舞動,屏幕上的代碼越來越多。
【expr1<- read.table(file =“expr_cluster.txt“,#工作目錄下的文件名
header = T,#設置有列名sep =““,#分隔符
row.names = 1,#設置行名
check.names=F)#不檢查行名
dir.create('ConsensusCluster/')#構建文件夾
#ConsensusCluster一致性聚類
results =……】
李楓的手速極快,將近二十分鐘后,記憶里的模型,被他完整地敲了出來,還寫上了詳細的注釋。
“李楓師弟,你有點太出乎我的預料了,真不知道該怎么形容你了。”
看完李楓的表演,顏吳迪驚訝地說道。
看著李楓速度極快地邊說邊敲代碼,她極為震驚。
甚至李楓都沒停下來思考一下。
在顏吳迪看來,李楓肯定是在敲前一行代碼的時候,就已經想好了后一行代碼該怎么寫。
施文瑤也是全程一臉震驚地看著李楓。
她已經研究這個程序兩三天了,但還是毫無頭緒。
而李楓只是看了幾眼,就立馬想到解決辦法,
并且還給他們一邊講一邊碼代碼。
一般的程序員,誰不是安安靜靜地專心碼代碼。
而李楓可好,竟然一心三用!
一方面,這么復雜的問題,他得思考怎么解決吧。
另一方面,要想著怎么碼代碼。
最后,還要給他們講解一些設計細節。
這樣的操作,在施文瑤看來,簡直就逆天啊!
“文瑤,你看懂了吧?”
李楓寫完程序后,轉頭問向施文瑤。
施文瑤頓時一個頭兩個大。
又是這句該死的靈魂拷問!
就這么看一遍,誰能會啊?!
“厲害啊,李楓師弟,你這個解法很新奇!”
就在施文瑤這么想的時候,顏吳迪在一旁驚嘆一聲。
施文瑤卻蚌埠住了,還真有人會的!
李楓卻在心里樂了。
這能不新奇嗎,這可是十幾年后的構建方案,放在現在那簡直就是秒殺一切的存在。
程序簡練到極致,能用一行代碼解決的事情,就絕對不用兩行。
“就很巧的事情,正好我之前有類似的經驗,所以能很快想到解決辦法。”
李楓笑著解釋說道:“顏師姐,文瑤,為了你們看著方便,這些代碼我都加了注釋,你們別嫌看著麻煩。”
聽到這話,施文瑤忍不住心里一暖。
李楓加注釋,還不就是為了照顧她,不然以她的水平,還真不一定看得懂。
顏吳迪倒是沒想那么多。
她看著運行出來的結果,心里極為高興。
也不負這些天以來,一直辛辛苦苦處理的數據了。
“太感謝了,李楓師弟,要不是你幫我們寫出這個程序,我們這些天的數據處理工作就白干了。”
“顏師姐,你太客氣了。”
李楓說道:“你和王師姐關系這么好,大家都是自己人嘛。”
“真沒想到,你不僅學術厲害,說話還這么好聽。”
聽到李楓這么說,顏吳迪忍不住掩嘴笑道。
王景茹說道:“李楓師弟說的沒錯,憑兩位老師的關系,咱們兩個課題組,沒必要分得那么清楚。”
李興業和陳國梁本來就是幾十年的朋友,他倆關系好到整個學術圈都知道。
顏吳迪突然想到什么,說道。
“對了景茹,既然這個問題已經解決,那咱們可以嘗試著發一篇文章。”
王景茹贊同:“完全可以,這個大課題可以拆成很多個小課題來發文章。”
“那是必然,這個生信工具要是開發出來,起碼足夠發十篇論文。”
根據前世的經驗,李楓做出判斷。
王景茹認真說道:“李楓說得沒錯,這個大課題其實可以看成是很多個小課題組成。”
“按照現在的這個完成質量,一個小課題其實完全夠發一篇中科院一區的論文。”
“小課題越多,那這個生信工具的應用面就越廣。”
顏吳迪也理解到其中的意思:
“也就是說,一個小課題可以代表一種疾病模型,疾病模型越多,自然這個工具就越是實用。”
聽著李楓三人一唱一和,施文瑤在一旁聽得頻頻點頭。
這場景就像是三個老師,在做學術討論。
而一個學生在一旁認真聽講,還時不時地趁機做點記錄,努力把老師們講的問題都記下來。
而現在,施文瑤就像是那個學生。
“顏老師,那咱們接下來做哪個小課題?”
施文瑤想著趁李楓還在,趕緊定下接下來要做的事情。
說不定李楓還能提供一定的幫助。
“要不就糖尿病足吧,這個疾病模型比較好做,而且應用市場大。”
顏吳迪翻看著筆記本,上面都是她調研后,記下來的可能要做的方向。
王景茹說道:“這個可以,就按我們之前討論的那樣,做個糖尿病足潰瘍細胞衰老的相關性。”
李楓點頭:“這個課題確實不錯,要是能做出點成果來,那糖尿病足的預防和治療,就有希望更進一步。”
“李楓,看樣子你有建議?”
施文瑤嬌俏一笑說道。