陜西動亂，讓圣駕一直待著遼東。朱由檢既不想返回京城那個牢籠中，又不敢去此次正在動亂的陜西。

他一向秉持君子不立于危墻之下，除非真的是迫不得已。

趁這次機會，朱由檢走訪查看遼東，山海關，寧遠，錦州等寧錦防線要地，關隘。

他隨后又在關寧鐵騎的陪伴下，和孫承宗一起去看了，已經收復的，義州，廣寧，西平堡前線其他前線要地，此次與后金兩次戰爭，既沉重打擊了后金的囂張氣焰。也擴張了明朝的版圖。原本寧遠之戰前，大明能控制的就是山海關至錦州一線。當時連大凌河城就放棄了。

現在明軍的勢力基本上可以控制遼河以西的土地了。

朱由檢指示，要重新修筑這些戰略要地。要把明軍的前線，往前移；隨后又撥付一百的軍餉來支持此次修筑。

在暗查走訪的日子，皇帝多次親臨士卒中間，傾聽士兵的心聲，了解士兵的難處。

隨后便開始了遼東十幾萬將士的整頓。

一，是裁掉老弱病殘之輩，對于那些不想當兵的人士發放遣散費用，重新從遼民之中，招募年富力強之輩?，F在財政寬裕不少，當兵雖然危險，但在亂世也算是一個混出頭的行業。朱由檢認為，讓一個不喜歡當兵的人去當兵，恐怕戰力也強不到哪里去。于是十幾萬大軍，裁減至十萬。

二，對于軍制，以及軍紀問題，軍內貪污腐敗問題，虐待士兵問題朱由檢相當關注，其中軍制主要是明后期的家丁和親軍的問題。

明朝后期，將領們普遍克扣士卒糧餉是一個積極普遍的現象，他們盤剝朘削下級官兵，自己過著花天酒地的糜爛生活，且向兵部官員，監視太監，和紀功御史等人行賄，營求升遷或開脫罪責。

這就決定了他們和士卒的矛盾必然激化。平時矛盾就多戰時更可能做不到上下一心。

這些將領沒辦法，為了保住自己的性命和地位，采取了自養家丁的辦法，他們把克扣貪污的錢財拿出一部分，豢養一小批經過挑選的士兵，給予較好的生活待遇和馬匹器械等裝備。將領即使革職離任了，家丁也依舊由他們帶回原籍供養。

這樣，到了關鍵時候，家丁就成了將領們邀功的王牌和逃命的盾牌。時人指出：明朝邊將“一萬額兵，止有六千，以四千為交際、自給、養家丁之用。”

這些原本維護了整個封建王朝的統治的官兵變成家丁，相當于是皇帝出錢給將領們養著為他們謀取私利的工具。這是朱由檢絕對不能接受的。

當然，官兵變成家丁，除了上述將領貪污導致之外，也有明末士兵待遇較低，不能如時發餉有關。當時這一問題，在此時崇禎朝，已經基本杜絕了。

對于上述問題，朱由檢與孫承宗商量許久，決定還是冒險實施改革方案。主要是孫承宗直屬掌握的軍隊已經能控制大局，再加上遼東完全是后方供應糧草。后金如今在角落里舔著傷口。

所以還是先把大明皇家銀行遼東分部建立，由銀行直接對士兵各自發放，每個士兵（把總以下）都做了一個鐵牌編號，拿著鐵牌編號，每月便可以前去存拿餉銀。

當然把總以上的，守備，游擊，參將，副總兵，總兵，都由督師行營直接發放。對于遼東將領，朱由檢覺得還是大方一些。盡量避免遼東軍改產生更大的阻力。朱由檢認為能用錢，解決了問題的，都不是問題。更何況，他還不僅僅只給錢，還有功名利祿。

做皇帝就是這點好！給出一個大餅，就有人前仆后繼。

后世有位名人曾經說過，員工跳槽，要么是錢給的不夠，要么人受委屈了。朱由檢決定嚴格尊重該規定。既不讓錢太少（肯定比貪污少一些），又不能讓人受了委屈。

隨后朱由檢開始對軍中，嚴重貪贓枉法的，嚴苛虐待士兵，就地查處，嚴厲打擊。后面不少將領覺得，如果再行貪污喝兵血，風險太大，上有督師嚴厲查處，下有士兵離心離德，恐怕得不償失。于當風險跟收益不成正比時，就沒多少人干了。

當然朱由檢解釋他也不是，飛鳥盡，良弓藏；狡兔死，走狗烹。馬放南山；而是遼東兵制，軍制早已積弊已久。已經到了不改不行的時候。前兩次對金作戰實際上就產生了很多問題。比如士兵戰斗力，凝聚力不夠，怕死，只能打順風戰，守城戰。對于遭遇戰，野戰，大明的水平還差的不少。

隨后他便頒布詔令，一，設立講武堂，全面提高，高、中、下、級的政治思想，和軍事能力。由皇帝任為名譽校長，孫承宗任第一校長。

二，設定監軍政委制度，此職只在軍中宣傳皇帝恩德以及朝堂關于軍隊的政策，監察軍中不法等問題。當然軍政委制度，有一明一暗，明的就是朝廷委派的御史，或者觀政進士；一暗，就是錦衣衛的諜探。

朱由檢深深知道，刀把子必須要掌控在自己手中，才會安心。只有皇帝才能指揮軍隊，而不是軍隊來指揮皇帝。趁著這個機會，他把所有軍將召集起來說道，朕不是不相信愛卿，但原來軍中積弊不少。要想徹底杜絕，就要先從思想上自我革新。

其實從另外的角度來看，皇帝這是在跟遼東軍將做交易。

皇帝對于軍中將領貪贓枉法，軍紀敗壞，除非是天怒人怨，或者殺雞儆猴的，在軍制改革之前將從輕發落，一律減一等；但是對于此次軍制改革之后，必須嚴厲打擊。

皇帝在遼東的半年時間內，一直為孫承宗整頓軍制，保駕護航。可以說半年后的大明軍，將是一種向新式軍隊轉變的軍隊。

隨后，遼東軍制改制，便也傳到袁崇煥總督的薊州軍鎮。

另外皇帝下令，要求，以后的軍糧由漕運改為海軍，這一制度改革，直接讓遼東原來每年五百六萬兩白銀的軍費，直接減少到四百萬了。

隨著孫承宗又建議遼東可以實施屯田。

朱由檢立即發布詔令要求遼民屯田，由于收復大凌河及遼河以西部分領土，再加上屯田主要是以種植高產，抗旱，抗寒的農作物為主，相信不遠的將來，在遼東軍隊總人數不變的情況下。遼東的軍費開支還會大幅度下降。