工作要注意方式方法
李世民其實也并不只會納諫，只有柔軟的一面，他也經常提醒下屬要注意工作方式方法。
比如剛執政之期，中書省作為文件的草擬機構，門下省作為文件的審核機構，應該是相互配合相互監督，如果發現文書中有什么不妥之處，應該馬上指出來。如果實在解決不了，應該呈報共同的上級來定斷。
但在實際機構運行過程中，大家都做老好人，就算發現了問題或不妥的地方也不說，想著反正不是我這邊弄錯的，出了差錯別人受罰，甚至還樂得看笑話，結果就有可能政策出臺后問題不斷，不但老百姓的利益可能會受損，政府的公信力也受到損害。
李世民就非常注意中書省、門下省官員要發揮主觀能動性，主動發現問題，主動上報糾錯，從辦事員、中層管理員、部門領導都要各司其職發揮功能，不能只想著趕緊把工作做完，對錯不問，那要你干嗎？直接找一臺機器操作就行了，說不定效率還更高一些（《資治通鑒》上始御太極殿，謂侍臣曰：“中書、門下，機要之司，詔敕有不便者，皆應論執。比來唯睹順從，不聞違異。若但行文書，則誰不可為，何必擇才也！”房玄齡等皆頓首謝。故事：凡軍國大事，則中書舍人各執所見，雜署其名，謂之五花判事。中書侍郎、中書令省審之，給事中、黃門侍郎駁正之。上始申明舊制，由是鮮有敗事）（《資治通鑒》：上謂黃門侍郎王珪曰：“國家本置中書、門下以相檢察，中書詔敕或有差失，則門下當行駁正。人心所見，互有不同，茍論難往來，務求至當，舍己從人，亦復何傷！比來或護己之短，遂成怨隙，或茍避私怨，知非不正，順一人顏情，為兆民之深患，此乃亡國之政也。煬帝之世，內外庶官，務相順從，當是之時，皆自謂有智，禍不及身。及天下大亂，家國兩亡，雖其間萬一有得免者，亦為時論所貶，終古不磨。卿曹各當徇公忘私，勿雷同也！”）
當然不能等出了事情再來懲罰，平時也要經常扯扯袖子提醒提醒。
李世民經常對房玄齡等人提諸葛亮的例子，要求下屬公平公正。
李世民說，以前，諸葛亮將廖立、李嚴流放到南蠻之地，諸葛亮死了之后，廖立悲痛萬分，李嚴哀傷而死，如果諸葛亮不是大公無私，能這樣嗎？隋朝的宰相高颎，治理國家公正無私，隋朝的興亡全系高颎在維系。高穎被楊廣冤殺后，隋朝也迅速滅亡了。我現在想學習古代的明君治理好國家，你們也不可不學習古代的賢臣，公平公正，盡心盡力地履職盡責（《資治通鑒》：上謂房玄齡等曰：“為政莫若至公。昔諸葛亮竄廖立、李嚴于南夷，亮卒而立、嚴皆悲泣，有死者，非至公能如是乎！又高颎為隋相，公平識治體，隋之興亡，系颎之存沒。朕既慕前世之明君，卿等不可不法前世之賢相也。”）。
李世民也經常提醒房玄齡等注意工作方式方法，不要事事親力親為，作為宰相，主要是協調把關決策，瑣碎的事情盡量發揮下屬的主觀能動性，讓下屬做好前期工作（《資治通鑒》：丁巳，上謂房玄齡、杜如晦曰：“公為仆射，當廣求賢人，隨才授任，此宰相之職也。比聞聽受辭訟，日不暇給，安能助朕求賢乎！”因敕“尚書細務屬左右丞，唯大事應奏者，乃關仆射。”）。
對于事后諸葛亮的做法，李世民也不太認同。
杜如晦的叔叔杜淹欲向領導推薦刑部的司級官員（刑部員外郎）邸懷道，李世民問有什么才能？杜淹說隋煬帝想去揚州，征求百官意見，大家都拍領導馬屁說領導決策英明，邸懷道當時為組織部部長（吏部主事），就他一個人說不行。
李世民聽了，問杜淹，你是認可邸懷道的做法的咯，但當時你自己為什么不向隋煬帝勸誡呢？
杜淹說，領導你又不是不知道隋煬帝的為人，一不高興就殺人，聽不得不同意見。我當時人輕言微，說了沒用，只是送死罷了。
李世民說，以前在隋煬帝手下可以說人輕言微，后來你在王世充手下任組織部長（吏部尚書），算得上位高權重了吧，怎么也對領導不勸諫呢？
杜淹說，我是勸諫過的，只是王世充不聽我的。
李世民笑了笑，說：“王世充如果賢明就會聽從諫言，也不至于亡國；如果殘暴而拒絕諫言，你們怎么可能免禍？”
一時說得杜淹無言以對。
李世民說，那現在你做到了宰相，職位已經很高了，愿意勸諫嗎？
杜淹說到，愿意盡職到死不后悔。
李世民聽了哈哈大笑（《資治通鑒》：淹薦刑部員外郎邸懷道，上問其行能，對曰：“煬帝將幸江都，召百官問行留之計，懷道為吏部主事，獨言不可。臣親見之。”上曰：“卿稱懷道為是，何為自不正諫？”對曰：“臣爾日不居重任，又知諫不從，徒死無益。”上曰：“卿知煬帝不可諫，何為立其朝？既立其朝，何得不諫？卿仕隋，容可云位卑；后仕王世充，尊顯矣，何得亦不諫？”對曰：“臣于世充非不諫，但不從耳。”上曰：“世充若賢而納諫，不應亡國；若暴而拒諫，卿何得免禍？”淹不能對。上曰：“今日可謂尊任矣，可以諫未？”對曰：“愿盡死。”上笑）。
有一次，李世民和身邊人討論司法事情，魏征說，隋煬帝的時候，發生了一些盜竊事件，隋煬帝派于士澄去偵查此事，于士澄對稍涉嫌疑者，皆以嚴刑拷打，刑訊逼供，結果在苦刑之下承認自己為賊者達二千余人，煬帝下令處斬。最高法院副院長級別領導（大理寺丞）張元濟對此案感到奇怪，覺得一案竟有“盜賊”二千余人值得懷疑，就試著在案狀之中尋找疑點。結果發現只有五人有作案嫌疑，尚無確證，余皆為冤枉者。但怕自己擔抗旨不遵的罪名而不敢將實情上報竟將二千余人一并殺之。
李世民聽了，認為這不僅僅是隋煬帝無道，他的大臣也不盡忠職守，上下都如此，怎么能不亡國呢？你們也要以此為戒（《資治通鑒》：上嘗與侍臣論獄，魏征曰：“煬帝時嘗有盜發，帝令于士澄捕之，少涉疑似，皆拷訊取服，凡二千馀人，帝悉令斬之。大理丞張元濟怪其多，試尋其狀，內五人嘗為盜，馀皆平民；竟不敢執奏，盡殺之。”上曰：“此豈唯煬帝無道，其臣亦不盡忠。君臣如此，何得不亡？公等宜戒之！”）。
李世民有一次看《晉書》，提及晉武帝司馬炎的時候，有個宰相叫何曾，一天，何曾在朝堂之上默默不語，回家之后吃飯的時候處跟兒子說，你們這一代啊，還能收得全尸，估計到你孩子那中就危險了。
他兒子很奇怪，說父親今天情緒不高，為什么說這樣可怕的話？現在不是朝廷興旺嗎？國家興旺，家族興旺，都蠻好的，怎么會這樣？
何曾搖搖頭說，皇上在國家朝議之時不談國家政事，談的都是張家長、李家短，最近有什么菜很好吃，最近又出了一套什么時尚的服裝，這不是國家興旺之勢啊。這樣下去，朝廷危矣。你這一代還能夠勉強過去，到你孩子那一代就危險了。
后來，何曾的判斷果然應驗了。
大家都夸贊何曾有先見之明，看問題精準。
但李世民卻不這樣認為，他認為何曾應該在朝堂上據理力爭，勸諫晉武帝司馬炎，而不是回到家中評頭論足。哪怕說得再對，也沒有盡到一個臣子的本分。
李世民其實也在替魏征說話，因為當時不少人在私下議論魏征，認為魏征以諫為器愛出風頭，都不服氣。李世民通過晉朝何曾的例子來表明魏征等人敢于當面直諫的不容易，也表示了自己的態度和導向，真的是難能可貴。