不久公孫述蜀地大軍，進犯荊州南郡，劉秀下詔讓隗囂從天水開始伐蜀，以此迫使公孫述回援，對此隗囂百般推脫。

劉秀也明白隗囂是不會真正歸附漢朝的，準備首先對隴右地區先行攻打。

建武六年四月份，劉秀親自到長安，下令建威大將軍耿弇等等七個將領，從隴道伐蜀，雖然當時劉秀對外聲稱是借到伐蜀，實際上就是最后給隗囂一個面子，隗囂發現漢軍都齊聚長安了，名為伐蜀，實際上就是來干我的。

所以就和劉秀徹底翻臉了，他派大將王元率軍到達隴坻。伐木砍樹把路全給堵起來，雙方在隴坻附近大戰，由于地形不熟，漢軍被隗囂軍隊打的大敗，如果當時不是馬武斷后漢軍幾乎全軍覆沒。

劉秀在洛陽得知漢軍大敗，著急的五內如焚，馬上命令耿弇、馮異、吳漢，這些大將再次部署，想重新集結軍隊攻打隗囂。

隗囂軍隊想進攻詢邑就是現在山西詢邑，詢邑一旦被隗囂軍隊攻下，關中肯定告急。還好馮異急行軍搶先占領詢邑！擊退隗囂兵馬！隗囂雖然在隴坻大敗漢軍，但是幾次下來也很難擴大戰果，也沒占到什么便宜。

最終只好收兵，為了穩定形式，隗囂回撤之后，還假模假式上書銅馬帝，說和漢軍打仗都是屬下自作主張，自己實在不知情，隗囂假裝謝罪，其實就是緩兵之計。

劉秀征殺十多年了，也覺得和隗囂再玩虛的沒什么意思！當時，他也沒有馬上把隗囂的兒子給殺了（后來殺了）直言不諱給隗囂回了一封信，你也別廢話了，如果真心降附，把你小兒子也派過來當質子。如此一來你父子宗族福祿得全，有莫大之福，朕都四十多的人了，在軍中十多年，不喜歡浮言虛語，如果你不愿意真心歸順，也就別再給我來書信，跟我玩虛的了（都是千年的狐你跟我玩什么聊齋）

隗囂見劉秀這樣說也沒辦法了，遣使向西蜀公孫述稱臣，公孫述肯定開心的像個孩子啊，也就不計前嫌了，馬上封隗囂為朔寧王。

現在有了公孫述蜀軍的支持，隗囂自我感覺還挺好，在建武7年，親自率領三萬精兵攻打安定，結果隗囂率領大軍到了陰盤也就是今天甘肅涇川。隗囂大軍被漢朝安定太守馮異候個正著，雙方大戰，隗囂沒有占到任何便宜，最后只得率軍郁郁而歡離去。

沒多久在河西地區，擁有一支獨立軍事力量的竇融（東漢竇氏家族祖宗）他也投降劉秀了，劉秀大喜，準備聯合竇融夾擊隗囂。

建武8年公元32年，漢軍攻占了略陽，略陽就是今天甘肅莊浪，為了奪回這一軍事要塞，隗囂親率數萬大軍攻城，漢軍死守。當時的戰局已經到了緊要關頭，劉秀再次御駕親征，他本人親臨長安城，指揮漢軍平隴作戰，當時由于占有河西五郡的竇融，他那一部軍隊歸附漢朝，漢朝實際上對隗囂軍隊已經構成東西夾擊之勢（鉗形攻勢）隗囂手下一些將領，在劉秀等人勸告下一共有十三個人（牛邯han那些人）集體投降歸附漢朝了，他們所屬的十六個縣數萬軍隊也都向優秀投降。